# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.005 0.024 0.464 0.096 0.402 2 W 0.005 0.003 0.022 0.783 0.059 0.128 3 E 0.003 0.003 0.029 0.880 0.040 0.046 4 I 0.001 0.001 0.024 0.955 0.013 0.007 5 Y 0.001 0.001 0.023 0.961 0.010 0.005 6 D 0.001 0.001 0.032 0.948 0.014 0.005 7 A 0.001 0.001 0.015 0.963 0.013 0.007 8 M 0.001 0.001 0.020 0.944 0.018 0.016 9 I 0.002 0.002 0.063 0.851 0.056 0.026 10 N 0.002 0.001 0.064 0.786 0.076 0.071 11 G 0.005 0.004 0.081 0.265 0.202 0.443 12 I 0.006 0.009 0.013 0.031 0.369 0.571 13 P 0.006 0.005 0.092 0.042 0.661 0.194 14 E 0.011 0.003 0.128 0.041 0.675 0.142 15 D 0.034 0.005 0.163 0.037 0.613 0.147 16 F 0.207 0.034 0.059 0.024 0.324 0.351 17 L 0.442 0.046 0.012 0.014 0.086 0.401 18 V 0.597 0.014 0.026 0.038 0.113 0.213 19 D 0.666 0.003 0.021 0.025 0.117 0.167 20 E 0.849 0.002 0.013 0.022 0.057 0.056 21 L 0.907 0.004 0.004 0.014 0.030 0.041 22 V 0.934 0.003 0.003 0.012 0.025 0.022 23 C 0.918 0.007 0.002 0.011 0.025 0.036 24 G 0.641 0.010 0.004 0.010 0.159 0.175 25 T 0.413 0.005 0.005 0.003 0.291 0.284 26 T 0.599 0.005 0.004 0.002 0.183 0.207 27 H 0.792 0.004 0.005 0.005 0.088 0.106 28 S 0.866 0.002 0.003 0.007 0.048 0.074 29 V 0.944 0.001 0.001 0.004 0.017 0.032 30 I 0.960 0.009 0.001 0.003 0.007 0.021 31 R 0.924 0.012 0.001 0.003 0.049 0.011 32 S 0.406 0.007 0.002 0.003 0.564 0.019 33 G 0.030 0.001 0.003 0.001 0.949 0.016 34 N 0.055 0.003 0.003 0.001 0.916 0.022 35 G 0.661 0.040 0.002 0.001 0.197 0.100 36 V 0.933 0.012 0.001 0.001 0.017 0.037 37 G 0.967 0.003 0.001 0.001 0.009 0.020 38 L 0.939 0.005 0.003 0.001 0.016 0.036 39 G 0.775 0.007 0.006 0.001 0.061 0.151 40 P 0.521 0.008 0.009 0.001 0.142 0.320 41 N 0.209 0.030 0.009 0.001 0.161 0.589 42 R 0.091 0.029 0.009 0.002 0.336 0.533 43 P 0.064 0.023 0.036 0.010 0.476 0.391 44 F 0.027 0.012 0.086 0.019 0.600 0.255 45 E 0.044 0.018 0.162 0.035 0.587 0.154 46 T 0.076 0.020 0.143 0.066 0.457 0.239 47 R 0.073 0.048 0.102 0.091 0.410 0.277 48 M 0.114 0.058 0.055 0.074 0.367 0.332 49 P 0.107 0.052 0.046 0.105 0.292 0.399 50 M 0.057 0.028 0.076 0.151 0.345 0.344 51 L 0.032 0.030 0.093 0.140 0.376 0.330 52 T 0.019 0.021 0.208 0.222 0.378 0.154 53 Q 0.014 0.011 0.321 0.189 0.347 0.118 54 N 0.014 0.010 0.286 0.211 0.364 0.116 55 L 0.013 0.025 0.184 0.156 0.555 0.068 56 L 0.010 0.010 0.081 0.181 0.598 0.120 57 G 0.010 0.005 0.027 0.047 0.583 0.327 58 L 0.042 0.030 0.012 0.105 0.397 0.414 59 P 0.054 0.032 0.003 0.132 0.058 0.721 60 L 0.008 0.001 0.004 0.962 0.010 0.015 61 R 0.012 0.001 0.008 0.960 0.012 0.008 62 V 0.013 0.001 0.009 0.960 0.012 0.005 63 A 0.023 0.001 0.009 0.943 0.015 0.008 64 A 0.009 0.001 0.009 0.952 0.015 0.013 65 G 0.014 0.002 0.017 0.859 0.041 0.067 66 C 0.015 0.005 0.028 0.695 0.100 0.156 67 V 0.021 0.012 0.039 0.540 0.162 0.226 68 K 0.015 0.011 0.030 0.396 0.233 0.315 69 S 0.006 0.005 0.013 0.319 0.199 0.459 70 W 0.003 0.003 0.009 0.532 0.124 0.330 71 N 0.003 0.003 0.004 0.765 0.069 0.155 72 Y 0.001 0.001 0.003 0.982 0.006 0.007 73 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 74 E 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 76 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 78 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 82 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 83 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.004 85 Y 0.002 0.001 0.012 0.922 0.014 0.049 86 Y 0.010 0.009 0.026 0.621 0.082 0.251 87 N 0.025 0.015 0.025 0.360 0.191 0.384 88 N 0.023 0.011 0.014 0.107 0.282 0.564 89 P 0.007 0.002 0.125 0.413 0.279 0.174 90 Q 0.029 0.005 0.228 0.360 0.293 0.085 91 V 0.036 0.013 0.134 0.595 0.177 0.045 92 A 0.042 0.022 0.069 0.531 0.202 0.133 93 R 0.039 0.019 0.084 0.354 0.385 0.119 94 E 0.043 0.010 0.084 0.222 0.489 0.152 95 H 0.020 0.005 0.062 0.171 0.512 0.230 96 G 0.047 0.008 0.011 0.011 0.367 0.556 97 V 0.243 0.029 0.007 0.013 0.142 0.566 98 I 0.487 0.065 0.010 0.012 0.113 0.313 99 F 0.422 0.056 0.013 0.014 0.178 0.317 100 S 0.194 0.032 0.032 0.019 0.450 0.274 101 D 0.056 0.006 0.056 0.020 0.629 0.232 102 A 0.023 0.005 0.083 0.079 0.636 0.174 103 K 0.048 0.029 0.051 0.115 0.469 0.289 104 R 0.078 0.037 0.032 0.218 0.211 0.424 105 V 0.075 0.029 0.040 0.388 0.147 0.320 106 E 0.061 0.011 0.076 0.497 0.139 0.216 107 D 0.057 0.013 0.130 0.548 0.129 0.124 108 R 0.042 0.009 0.097 0.530 0.206 0.116 109 M 0.038 0.013 0.041 0.419 0.255 0.233 110 N 0.036 0.013 0.023 0.299 0.262 0.367 111 D 0.025 0.009 0.009 0.101 0.283 0.572 112 P 0.010 0.003 0.069 0.558 0.186 0.173 113 F 0.050 0.008 0.096 0.520 0.194 0.132 114 I 0.077 0.007 0.117 0.545 0.170 0.084 115 M 0.128 0.013 0.068 0.525 0.144 0.123 116 S 0.174 0.022 0.062 0.462 0.142 0.139 117 Q 0.112 0.009 0.097 0.483 0.169 0.129 118 N 0.099 0.006 0.161 0.379 0.194 0.161 119 E 0.111 0.021 0.207 0.266 0.262 0.133 120 V 0.075 0.023 0.112 0.118 0.630 0.041 121 K 0.038 0.007 0.048 0.045 0.783 0.078 122 G 0.025 0.002 0.015 0.006 0.837 0.115 123 K 0.280 0.008 0.005 0.001 0.515 0.191 124 K 0.834 0.006 0.001 0.001 0.034 0.124 125 V 0.987 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 126 G 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 127 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 128 V 0.941 0.001 0.001 0.001 0.014 0.042 129 G 0.634 0.005 0.003 0.003 0.100 0.256 130 H 0.258 0.009 0.011 0.011 0.210 0.501 131 F 0.080 0.011 0.031 0.021 0.363 0.495 132 P 0.035 0.012 0.058 0.091 0.447 0.357 133 H 0.017 0.021 0.157 0.247 0.325 0.233 134 L 0.006 0.004 0.234 0.571 0.139 0.045 135 E 0.005 0.001 0.313 0.562 0.094 0.025 136 S 0.007 0.002 0.330 0.507 0.121 0.033 137 L 0.026 0.011 0.226 0.464 0.189 0.084 138 L 0.041 0.016 0.092 0.370 0.256 0.226 139 E 0.058 0.010 0.071 0.156 0.339 0.367 140 P 0.048 0.007 0.086 0.100 0.362 0.397 141 I 0.071 0.013 0.204 0.047 0.434 0.231 142 C 0.177 0.007 0.082 0.016 0.446 0.272 143 D 0.434 0.005 0.016 0.007 0.241 0.297 144 L 0.887 0.003 0.001 0.001 0.027 0.081 145 S 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 146 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 147 L 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 148 E 0.901 0.002 0.001 0.001 0.015 0.081 149 W 0.500 0.020 0.001 0.002 0.054 0.423 150 S 0.107 0.014 0.003 0.001 0.324 0.552 151 P 0.018 0.005 0.097 0.008 0.705 0.166 152 E 0.010 0.004 0.141 0.010 0.742 0.093 153 E 0.015 0.010 0.193 0.010 0.719 0.053 154 G 0.040 0.013 0.050 0.009 0.530 0.358 155 D 0.108 0.152 0.044 0.023 0.271 0.402 156 Y 0.069 0.059 0.023 0.030 0.285 0.533 157 P 0.041 0.024 0.018 0.042 0.225 0.651 158 L 0.008 0.004 0.164 0.169 0.329 0.325 159 P 0.004 0.004 0.292 0.268 0.296 0.135 160 A 0.001 0.003 0.511 0.357 0.107 0.021 161 S 0.004 0.011 0.445 0.304 0.175 0.061 162 E 0.004 0.003 0.368 0.317 0.239 0.069 163 F 0.010 0.007 0.232 0.390 0.235 0.125 164 I 0.018 0.027 0.103 0.487 0.202 0.163 165 L 0.014 0.024 0.056 0.199 0.532 0.174 166 P 0.003 0.001 0.215 0.166 0.495 0.120 167 E 0.012 0.003 0.245 0.106 0.521 0.114 168 C 0.134 0.034 0.064 0.047 0.601 0.119 169 D 0.197 0.007 0.017 0.067 0.225 0.488 170 Y 0.842 0.010 0.006 0.070 0.028 0.043 171 V 0.956 0.002 0.002 0.028 0.006 0.006 172 Y 0.929 0.002 0.004 0.049 0.007 0.009 173 I 0.664 0.005 0.014 0.206 0.037 0.075 174 T 0.163 0.005 0.048 0.283 0.099 0.402 175 C 0.053 0.003 0.120 0.687 0.056 0.082 176 A 0.037 0.002 0.199 0.627 0.088 0.047 177 S 0.015 0.002 0.059 0.891 0.025 0.009 178 V 0.010 0.003 0.026 0.913 0.030 0.017 179 V 0.004 0.004 0.031 0.896 0.041 0.025 180 D 0.004 0.002 0.053 0.706 0.183 0.052 181 K 0.002 0.002 0.029 0.773 0.125 0.069 182 T 0.001 0.002 0.010 0.798 0.047 0.143 183 L 0.001 0.001 0.010 0.957 0.018 0.013 184 P 0.001 0.001 0.015 0.956 0.018 0.010 185 R 0.001 0.001 0.015 0.964 0.014 0.006 186 L 0.001 0.001 0.018 0.969 0.009 0.003 187 L 0.001 0.001 0.018 0.967 0.010 0.005 188 E 0.001 0.001 0.027 0.929 0.024 0.019 189 L 0.002 0.002 0.038 0.823 0.069 0.066 190 S 0.005 0.007 0.060 0.518 0.277 0.133 191 R 0.002 0.002 0.175 0.261 0.446 0.113 192 N 0.003 0.001 0.201 0.101 0.507 0.188 193 A 0.026 0.008 0.141 0.038 0.547 0.241 194 R 0.136 0.009 0.017 0.011 0.310 0.516 195 R 0.579 0.004 0.005 0.004 0.107 0.300 196 I 0.964 0.002 0.001 0.001 0.008 0.024 197 T 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 198 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 199 V 0.831 0.005 0.001 0.003 0.021 0.138 200 G 0.229 0.007 0.003 0.005 0.156 0.600 201 P 0.058 0.009 0.007 0.024 0.313 0.589 202 G 0.016 0.028 0.017 0.081 0.377 0.482 203 T 0.008 0.011 0.030 0.136 0.467 0.347 204 P 0.004 0.008 0.094 0.583 0.187 0.126 205 L 0.005 0.015 0.087 0.698 0.099 0.096 206 A 0.004 0.007 0.042 0.840 0.048 0.060 207 P 0.002 0.001 0.051 0.873 0.047 0.025 208 V 0.002 0.002 0.047 0.913 0.029 0.007 209 L 0.001 0.001 0.024 0.940 0.030 0.003 210 F 0.001 0.001 0.016 0.963 0.015 0.005 211 E 0.001 0.001 0.011 0.971 0.011 0.006 212 H 0.001 0.001 0.009 0.927 0.019 0.044 213 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.975 214 L 0.071 0.014 0.026 0.174 0.115 0.600 215 Q 0.360 0.009 0.039 0.064 0.164 0.364 216 E 0.722 0.011 0.046 0.070 0.062 0.089 217 L 0.879 0.005 0.012 0.031 0.029 0.043 218 S 0.870 0.002 0.015 0.032 0.031 0.049 219 G 0.763 0.002 0.006 0.045 0.040 0.145 220 F 0.840 0.004 0.005 0.022 0.030 0.099 221 M 0.866 0.006 0.004 0.018 0.039 0.066 222 V 0.785 0.009 0.005 0.009 0.075 0.117 223 K 0.400 0.022 0.003 0.021 0.178 0.375 224 D 0.053 0.006 0.002 0.022 0.155 0.762 225 N 0.001 0.001 0.035 0.935 0.017 0.011 226 A 0.001 0.001 0.044 0.942 0.010 0.003 227 R 0.001 0.001 0.026 0.966 0.006 0.001 228 A 0.002 0.001 0.003 0.987 0.004 0.003 229 F 0.007 0.001 0.004 0.979 0.008 0.003 230 R 0.013 0.001 0.004 0.968 0.011 0.003 231 I 0.019 0.001 0.003 0.966 0.008 0.003 232 V 0.015 0.001 0.005 0.963 0.013 0.003 233 A 0.025 0.002 0.010 0.907 0.045 0.012 234 G 0.021 0.003 0.014 0.642 0.158 0.162 235 A 0.031 0.012 0.020 0.177 0.391 0.370 236 E 0.102 0.013 0.020 0.079 0.342 0.443 237 K 0.370 0.015 0.027 0.088 0.245 0.254 238 V 0.634 0.013 0.024 0.061 0.134 0.134 239 K 0.823 0.010 0.016 0.036 0.045 0.070 240 I 0.810 0.011 0.026 0.038 0.048 0.068 241 Y 0.723 0.012 0.032 0.029 0.104 0.099 242 S 0.507 0.008 0.040 0.022 0.240 0.183 243 A 0.296 0.007 0.055 0.041 0.397 0.205 244 G 0.388 0.006 0.020 0.008 0.338 0.241 245 Q 0.749 0.006 0.006 0.004 0.102 0.132 246 K 0.899 0.004 0.002 0.006 0.028 0.061 247 V 0.950 0.002 0.001 0.005 0.014 0.028 248 T 0.963 0.001 0.001 0.004 0.008 0.023 249 I 0.878 0.004 0.001 0.010 0.013 0.094 250 K 0.515 0.008 0.001 0.014 0.046 0.416 251 K 0.101 0.002 0.001 0.004 0.056 0.836