# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.797 0.003 0.003 0.004 0.016 0.047 0.097 2 W 0.012 0.837 0.008 0.006 0.005 0.012 0.061 0.059 3 E 0.007 0.945 0.002 0.002 0.002 0.006 0.008 0.030 4 I 0.023 0.945 0.004 0.001 0.001 0.002 0.014 0.009 5 Y 0.029 0.919 0.004 0.001 0.001 0.003 0.033 0.010 6 D 0.048 0.398 0.023 0.002 0.001 0.012 0.416 0.099 7 A 0.046 0.326 0.057 0.005 0.004 0.039 0.348 0.175 8 M 0.520 0.120 0.040 0.003 0.004 0.042 0.079 0.192 9 I 0.361 0.020 0.011 0.002 0.002 0.047 0.044 0.511 10 N 0.008 0.006 0.004 0.001 0.002 0.050 0.012 0.916 11 G 0.005 0.006 0.010 0.002 0.003 0.116 0.017 0.841 12 I 0.192 0.034 0.019 0.012 0.007 0.137 0.052 0.548 13 P 0.579 0.030 0.010 0.002 0.002 0.047 0.038 0.290 14 E 0.070 0.058 0.018 0.004 0.009 0.079 0.032 0.729 15 D 0.018 0.022 0.053 0.009 0.026 0.102 0.035 0.736 16 F 0.010 0.021 0.107 0.076 0.061 0.157 0.057 0.512 17 L 0.034 0.050 0.136 0.050 0.064 0.101 0.082 0.485 18 V 0.193 0.058 0.109 0.041 0.045 0.082 0.134 0.337 19 D 0.055 0.031 0.080 0.064 0.090 0.084 0.107 0.488 20 E 0.024 0.008 0.083 0.047 0.123 0.086 0.061 0.569 21 L 0.020 0.004 0.124 0.122 0.206 0.118 0.064 0.343 22 V 0.008 0.002 0.105 0.120 0.244 0.080 0.072 0.369 23 C 0.012 0.003 0.120 0.131 0.235 0.092 0.043 0.364 24 G 0.042 0.005 0.105 0.102 0.154 0.123 0.082 0.388 25 T 0.031 0.010 0.067 0.077 0.103 0.132 0.071 0.508 26 T 0.022 0.015 0.089 0.043 0.104 0.148 0.058 0.521 27 H 0.024 0.012 0.111 0.095 0.170 0.091 0.093 0.404 28 S 0.016 0.008 0.198 0.224 0.234 0.044 0.117 0.160 29 V 0.008 0.005 0.149 0.162 0.253 0.049 0.099 0.276 30 I 0.014 0.002 0.185 0.218 0.228 0.065 0.059 0.229 31 R 0.098 0.003 0.089 0.090 0.097 0.101 0.072 0.452 32 S 0.092 0.004 0.024 0.021 0.040 0.132 0.041 0.645 33 G 0.013 0.002 0.032 0.012 0.039 0.155 0.030 0.716 34 N 0.031 0.003 0.097 0.052 0.119 0.197 0.069 0.432 35 G 0.019 0.003 0.116 0.116 0.161 0.091 0.115 0.379 36 V 0.008 0.001 0.191 0.126 0.196 0.079 0.053 0.347 37 G 0.006 0.001 0.206 0.148 0.348 0.041 0.081 0.169 38 L 0.011 0.001 0.140 0.182 0.217 0.066 0.046 0.336 39 G 0.035 0.002 0.131 0.193 0.205 0.099 0.045 0.289 40 P 0.012 0.002 0.032 0.033 0.067 0.130 0.031 0.692 41 N 0.081 0.007 0.029 0.022 0.037 0.152 0.050 0.622 42 R 0.151 0.011 0.016 0.017 0.019 0.148 0.064 0.574 43 P 0.064 0.015 0.013 0.011 0.017 0.125 0.059 0.697 44 F 0.181 0.035 0.017 0.017 0.031 0.093 0.068 0.560 45 E 0.132 0.022 0.016 0.022 0.034 0.106 0.061 0.606 46 T 0.024 0.019 0.028 0.037 0.058 0.113 0.036 0.685 47 R 0.020 0.017 0.026 0.026 0.053 0.129 0.021 0.708 48 M 0.042 0.015 0.033 0.044 0.046 0.113 0.111 0.597 49 P 0.091 0.050 0.032 0.037 0.046 0.111 0.203 0.431 50 M 0.099 0.058 0.025 0.022 0.034 0.120 0.112 0.532 51 L 0.111 0.084 0.026 0.026 0.034 0.097 0.040 0.581 52 T 0.154 0.111 0.015 0.013 0.029 0.091 0.050 0.536 53 Q 0.027 0.036 0.066 0.043 0.076 0.134 0.119 0.499 54 N 0.181 0.029 0.041 0.031 0.065 0.113 0.046 0.494 55 L 0.326 0.014 0.034 0.041 0.026 0.081 0.118 0.360 56 L 0.012 0.048 0.023 0.011 0.030 0.126 0.018 0.732 57 G 0.009 0.094 0.011 0.006 0.020 0.066 0.012 0.781 58 L 0.020 0.393 0.027 0.075 0.021 0.076 0.048 0.340 59 P 0.014 0.965 0.002 0.001 0.002 0.002 0.008 0.007 60 L 0.040 0.933 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.007 61 R 0.025 0.777 0.037 0.011 0.007 0.008 0.102 0.032 62 V 0.038 0.818 0.014 0.005 0.006 0.011 0.039 0.071 63 A 0.172 0.621 0.031 0.005 0.008 0.023 0.058 0.081 64 A 0.191 0.330 0.035 0.012 0.011 0.041 0.104 0.275 65 G 0.040 0.061 0.012 0.006 0.008 0.054 0.143 0.676 66 C 0.064 0.099 0.023 0.010 0.011 0.108 0.163 0.522 67 V 0.173 0.061 0.026 0.017 0.018 0.134 0.125 0.446 68 K 0.125 0.052 0.009 0.003 0.004 0.087 0.039 0.680 69 S 0.073 0.251 0.004 0.002 0.002 0.065 0.027 0.577 70 W 0.025 0.452 0.011 0.002 0.002 0.065 0.022 0.422 71 N 0.041 0.842 0.002 0.001 0.001 0.016 0.024 0.073 72 Y 0.034 0.367 0.007 0.001 0.001 0.013 0.540 0.038 73 V 0.010 0.605 0.002 0.001 0.001 0.006 0.356 0.020 74 E 0.007 0.334 0.003 0.001 0.001 0.006 0.625 0.024 75 A 0.002 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.014 76 S 0.004 0.922 0.002 0.001 0.001 0.005 0.051 0.015 77 I 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.005 78 G 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 79 L 0.006 0.713 0.006 0.001 0.001 0.004 0.264 0.006 80 A 0.002 0.948 0.008 0.001 0.001 0.002 0.035 0.004 81 A 0.007 0.927 0.033 0.001 0.001 0.003 0.019 0.011 82 I 0.034 0.607 0.160 0.004 0.003 0.018 0.140 0.035 83 N 0.101 0.211 0.161 0.005 0.005 0.032 0.374 0.111 84 A 0.140 0.116 0.073 0.004 0.006 0.087 0.186 0.389 85 Y 0.134 0.080 0.081 0.008 0.009 0.147 0.083 0.459 86 Y 0.015 0.021 0.024 0.006 0.007 0.107 0.034 0.786 87 N 0.020 0.055 0.014 0.004 0.006 0.098 0.018 0.784 88 N 0.270 0.383 0.011 0.005 0.006 0.061 0.043 0.221 89 P 0.147 0.366 0.017 0.006 0.006 0.078 0.036 0.343 90 Q 0.129 0.271 0.027 0.011 0.012 0.059 0.064 0.427 91 V 0.095 0.112 0.060 0.021 0.020 0.100 0.162 0.431 92 A 0.110 0.036 0.071 0.015 0.021 0.109 0.152 0.485 93 R 0.477 0.017 0.018 0.008 0.010 0.058 0.059 0.353 94 E 0.061 0.010 0.007 0.005 0.008 0.069 0.020 0.819 95 H 0.006 0.005 0.019 0.007 0.028 0.123 0.011 0.801 96 G 0.014 0.006 0.063 0.051 0.101 0.148 0.059 0.558 97 V 0.020 0.012 0.084 0.123 0.077 0.109 0.073 0.502 98 I 0.047 0.023 0.140 0.070 0.073 0.089 0.050 0.508 99 F 0.082 0.024 0.095 0.063 0.078 0.092 0.079 0.486 100 S 0.076 0.021 0.067 0.036 0.041 0.084 0.075 0.600 101 D 0.153 0.052 0.025 0.022 0.030 0.094 0.063 0.561 102 A 0.065 0.056 0.015 0.014 0.023 0.115 0.030 0.683 103 K 0.024 0.053 0.021 0.019 0.031 0.124 0.027 0.701 104 R 0.062 0.146 0.026 0.026 0.037 0.101 0.092 0.510 105 V 0.207 0.223 0.021 0.026 0.026 0.071 0.118 0.309 106 E 0.115 0.099 0.038 0.033 0.039 0.073 0.170 0.432 107 D 0.069 0.047 0.026 0.023 0.037 0.092 0.118 0.588 108 R 0.147 0.061 0.029 0.020 0.027 0.123 0.076 0.517 109 M 0.033 0.048 0.015 0.011 0.019 0.130 0.021 0.722 110 N 0.034 0.089 0.016 0.007 0.013 0.093 0.026 0.721 111 D 0.125 0.465 0.010 0.010 0.012 0.065 0.057 0.256 112 P 0.062 0.273 0.032 0.012 0.017 0.086 0.260 0.258 113 F 0.037 0.385 0.028 0.019 0.030 0.051 0.261 0.189 114 I 0.061 0.312 0.044 0.034 0.058 0.067 0.196 0.229 115 M 0.046 0.299 0.059 0.040 0.062 0.088 0.116 0.291 116 S 0.067 0.249 0.054 0.072 0.105 0.052 0.136 0.265 117 Q 0.111 0.105 0.027 0.066 0.078 0.074 0.129 0.411 118 N 0.038 0.015 0.056 0.073 0.077 0.089 0.200 0.453 119 E 0.310 0.004 0.020 0.018 0.029 0.082 0.080 0.456 120 V 0.495 0.001 0.008 0.003 0.004 0.040 0.039 0.408 121 K 0.012 0.001 0.011 0.003 0.009 0.117 0.005 0.842 122 G 0.001 0.001 0.037 0.005 0.035 0.139 0.019 0.764 123 K 0.001 0.001 0.236 0.141 0.150 0.128 0.056 0.289 124 K 0.001 0.001 0.697 0.117 0.077 0.011 0.053 0.043 125 V 0.001 0.001 0.678 0.107 0.077 0.009 0.054 0.074 126 G 0.001 0.001 0.920 0.028 0.032 0.002 0.010 0.008 127 V 0.003 0.001 0.741 0.075 0.100 0.010 0.030 0.039 128 V 0.011 0.003 0.708 0.068 0.070 0.035 0.035 0.070 129 G 0.016 0.016 0.249 0.061 0.116 0.140 0.076 0.326 130 H 0.057 0.083 0.076 0.014 0.037 0.155 0.064 0.514 131 F 0.229 0.193 0.052 0.018 0.022 0.112 0.109 0.266 132 P 0.028 0.117 0.060 0.018 0.017 0.118 0.181 0.460 133 H 0.073 0.486 0.027 0.007 0.009 0.052 0.144 0.202 134 L 0.313 0.469 0.015 0.004 0.004 0.023 0.088 0.083 135 E 0.236 0.344 0.014 0.008 0.011 0.040 0.051 0.295 136 S 0.066 0.097 0.012 0.006 0.011 0.056 0.101 0.650 137 L 0.035 0.050 0.033 0.023 0.023 0.116 0.232 0.488 138 L 0.130 0.033 0.024 0.018 0.029 0.104 0.122 0.539 139 E 0.139 0.012 0.020 0.012 0.013 0.087 0.073 0.644 140 P 0.065 0.012 0.025 0.012 0.027 0.102 0.032 0.725 141 I 0.035 0.004 0.047 0.010 0.032 0.144 0.056 0.672 142 C 0.010 0.003 0.125 0.064 0.088 0.149 0.046 0.515 143 D 0.008 0.004 0.206 0.060 0.122 0.088 0.060 0.451 144 L 0.004 0.003 0.207 0.102 0.143 0.061 0.067 0.414 145 S 0.004 0.001 0.498 0.203 0.194 0.018 0.030 0.052 146 I 0.007 0.002 0.234 0.170 0.250 0.031 0.046 0.260 147 L 0.014 0.003 0.332 0.186 0.169 0.049 0.033 0.214 148 E 0.013 0.004 0.147 0.146 0.206 0.096 0.047 0.340 149 W 0.020 0.003 0.042 0.025 0.033 0.119 0.031 0.727 150 S 0.264 0.017 0.040 0.045 0.038 0.114 0.138 0.344 151 P 0.162 0.008 0.017 0.008 0.012 0.129 0.049 0.615 152 E 0.175 0.008 0.014 0.012 0.024 0.107 0.048 0.613 153 E 0.025 0.003 0.013 0.010 0.022 0.113 0.026 0.788 154 G 0.024 0.006 0.025 0.024 0.059 0.163 0.032 0.667 155 D 0.041 0.009 0.025 0.030 0.039 0.132 0.036 0.688 156 Y 0.035 0.019 0.025 0.023 0.022 0.154 0.025 0.697 157 P 0.082 0.050 0.016 0.007 0.009 0.099 0.099 0.639 158 L 0.228 0.191 0.017 0.008 0.006 0.084 0.175 0.290 159 P 0.154 0.278 0.013 0.005 0.007 0.078 0.061 0.404 160 A 0.194 0.259 0.010 0.005 0.008 0.057 0.084 0.382 161 S 0.250 0.255 0.007 0.007 0.014 0.060 0.130 0.278 162 E 0.141 0.103 0.009 0.008 0.013 0.092 0.084 0.551 163 F 0.014 0.040 0.023 0.024 0.030 0.140 0.090 0.639 164 I 0.028 0.028 0.026 0.014 0.023 0.134 0.105 0.642 165 L 0.318 0.029 0.048 0.012 0.013 0.100 0.235 0.243 166 P 0.195 0.028 0.034 0.006 0.007 0.114 0.071 0.544 167 E 0.072 0.015 0.033 0.002 0.007 0.137 0.046 0.688 168 C 0.005 0.005 0.094 0.006 0.016 0.279 0.058 0.536 169 D 0.002 0.003 0.572 0.022 0.046 0.090 0.101 0.163 170 Y 0.002 0.004 0.615 0.023 0.034 0.034 0.140 0.149 171 V 0.001 0.002 0.877 0.029 0.025 0.010 0.031 0.024 172 Y 0.002 0.003 0.871 0.024 0.037 0.011 0.023 0.028 173 I 0.004 0.005 0.760 0.045 0.048 0.031 0.063 0.044 174 T 0.019 0.025 0.479 0.024 0.048 0.114 0.126 0.164 175 C 0.085 0.081 0.147 0.020 0.045 0.188 0.142 0.291 176 A 0.039 0.063 0.138 0.020 0.050 0.135 0.226 0.330 177 S 0.056 0.086 0.190 0.040 0.082 0.098 0.200 0.247 178 V 0.075 0.056 0.124 0.066 0.091 0.100 0.153 0.335 179 V 0.080 0.064 0.079 0.036 0.053 0.102 0.244 0.342 180 D 0.068 0.085 0.029 0.016 0.027 0.131 0.109 0.535 181 K 0.011 0.050 0.029 0.017 0.018 0.129 0.075 0.671 182 T 0.043 0.823 0.005 0.002 0.002 0.020 0.012 0.093 183 L 0.116 0.848 0.003 0.001 0.001 0.005 0.011 0.017 184 P 0.031 0.850 0.010 0.003 0.002 0.009 0.025 0.070 185 R 0.088 0.814 0.006 0.001 0.002 0.009 0.023 0.057 186 L 0.164 0.172 0.022 0.002 0.003 0.024 0.549 0.063 187 L 0.103 0.211 0.020 0.006 0.006 0.038 0.433 0.182 188 E 0.027 0.069 0.012 0.004 0.005 0.045 0.101 0.738 189 L 0.033 0.053 0.028 0.014 0.011 0.088 0.119 0.653 190 S 0.350 0.031 0.027 0.011 0.014 0.079 0.146 0.342 191 R 0.336 0.004 0.010 0.002 0.003 0.081 0.037 0.529 192 N 0.058 0.003 0.021 0.002 0.004 0.100 0.037 0.774 193 A 0.003 0.001 0.059 0.002 0.006 0.278 0.028 0.623 194 R 0.001 0.001 0.505 0.012 0.030 0.137 0.067 0.249 195 R 0.001 0.001 0.824 0.021 0.019 0.017 0.064 0.055 196 I 0.001 0.001 0.933 0.011 0.009 0.005 0.022 0.019 197 T 0.001 0.001 0.946 0.012 0.012 0.003 0.018 0.009 198 L 0.002 0.001 0.848 0.030 0.036 0.013 0.037 0.033 199 V 0.010 0.001 0.767 0.019 0.036 0.046 0.047 0.073 200 G 0.083 0.006 0.207 0.032 0.053 0.205 0.137 0.277 201 P 0.015 0.006 0.100 0.010 0.026 0.230 0.066 0.547 202 G 0.052 0.021 0.038 0.007 0.019 0.178 0.057 0.628 203 T 0.248 0.075 0.036 0.016 0.017 0.154 0.156 0.298 204 P 0.041 0.104 0.026 0.014 0.017 0.156 0.051 0.592 205 L 0.087 0.325 0.021 0.007 0.015 0.076 0.037 0.434 206 A 0.221 0.432 0.017 0.011 0.010 0.056 0.088 0.165 207 P 0.126 0.361 0.041 0.019 0.019 0.047 0.100 0.287 208 V 0.141 0.265 0.053 0.018 0.031 0.074 0.090 0.329 209 L 0.126 0.051 0.131 0.020 0.023 0.091 0.173 0.385 210 F 0.374 0.072 0.021 0.014 0.017 0.066 0.060 0.376 211 E 0.048 0.026 0.008 0.003 0.005 0.056 0.027 0.827 212 H 0.010 0.052 0.042 0.013 0.026 0.174 0.026 0.657 213 G 0.072 0.168 0.042 0.024 0.049 0.094 0.077 0.475 214 L 0.082 0.087 0.065 0.047 0.034 0.102 0.195 0.388 215 Q 0.037 0.121 0.165 0.060 0.092 0.073 0.192 0.259 216 E 0.094 0.092 0.132 0.040 0.082 0.086 0.121 0.354 217 L 0.049 0.036 0.201 0.069 0.096 0.092 0.082 0.375 218 S 0.053 0.020 0.100 0.075 0.180 0.081 0.077 0.414 219 G 0.030 0.010 0.062 0.084 0.198 0.093 0.053 0.470 220 F 0.009 0.006 0.087 0.170 0.277 0.087 0.028 0.336 221 M 0.010 0.012 0.061 0.139 0.214 0.095 0.040 0.431 222 V 0.011 0.035 0.062 0.108 0.114 0.107 0.033 0.530 223 K 0.048 0.143 0.044 0.048 0.033 0.086 0.087 0.511 224 D 0.122 0.794 0.003 0.003 0.002 0.007 0.034 0.036 225 N 0.053 0.855 0.002 0.001 0.001 0.008 0.036 0.044 226 A 0.024 0.798 0.004 0.004 0.005 0.016 0.064 0.085 227 R 0.019 0.823 0.003 0.005 0.008 0.017 0.068 0.058 228 A 0.014 0.850 0.003 0.005 0.011 0.017 0.051 0.049 229 F 0.020 0.686 0.014 0.017 0.037 0.025 0.130 0.071 230 R 0.025 0.399 0.043 0.068 0.067 0.042 0.216 0.141 231 I 0.109 0.247 0.144 0.052 0.082 0.063 0.149 0.153 232 V 0.224 0.090 0.138 0.060 0.069 0.086 0.112 0.221 233 A 0.050 0.028 0.092 0.024 0.034 0.098 0.053 0.620 234 G 0.038 0.051 0.025 0.011 0.023 0.085 0.027 0.740 235 A 0.064 0.079 0.028 0.023 0.028 0.127 0.036 0.616 236 E 0.044 0.142 0.036 0.046 0.063 0.127 0.035 0.507 237 K 0.064 0.173 0.023 0.024 0.053 0.070 0.081 0.513 238 V 0.043 0.076 0.056 0.115 0.087 0.063 0.277 0.283 239 K 0.039 0.087 0.048 0.144 0.144 0.070 0.184 0.283 240 I 0.066 0.057 0.054 0.060 0.098 0.076 0.114 0.474 241 Y 0.134 0.056 0.045 0.076 0.106 0.091 0.062 0.429 242 S 0.140 0.048 0.015 0.031 0.052 0.058 0.040 0.615 243 A 0.045 0.048 0.013 0.022 0.062 0.104 0.029 0.677 244 G 0.019 0.024 0.046 0.057 0.141 0.110 0.163 0.441 245 Q 0.017 0.040 0.039 0.180 0.214 0.069 0.121 0.320 246 K 0.015 0.023 0.074 0.157 0.244 0.047 0.067 0.373 247 V 0.013 0.010 0.076 0.276 0.309 0.043 0.036 0.237 248 T 0.014 0.005 0.076 0.227 0.371 0.034 0.054 0.218 249 I 0.021 0.004 0.049 0.181 0.216 0.067 0.052 0.410 250 K 0.033 0.006 0.036 0.146 0.192 0.085 0.058 0.444 251 K 0.037 0.005 0.012 0.046 0.072 0.080 0.030 0.718