; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (July 15, 2005) compiled 05/31/06_11:54:01 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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...-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....- 1udh ...I.....I.....G.....Q.....D.....P.....Y.....H.....H.....-.....P 1udh ...I.....I.....G.....Q.....D.....P.....-.....-.....-.....-.....- 1udh ...I.....I.....G.....Q.....D.....P.....-.....-.....-.....Y.....H 1udh ...-.....-.....-.....L.....D.....W.....T.....T.....F.....R.....R 1udh ...I.....I.....G.....Q.....D.....P.....Y.....H.....H.....P.....- 1udh ...I.....I.....G.....Q.....Dpyhh.-.....-.....-.....-.....-.....P 1udh ...I.....I.....G.....Q.....D.....Py....-.....-.....-.....-.....- 1udh ...I.....I.....G.....Q.....D.....P.....Y.....H.....H.....P.....G 1udh ...I.....I.....G.....Q.....D.....P.....Y.....H.....H.....P.....- 1udh ...I.....I.....G.....Q.....Dpyhh.-.....-.....-.....-.....-.....P 1udh ...I.....I.....G.....Q.....D.....Py....-.....-.....-.....-.....- 1vbuA ...Ie23siE.....E.....I.....N.....A.....K.....S.....N.....F.....V 1vbuA ...V.....S.....D.....Sgt7svW.....Y.....Kt12frW.....A.....Kea8ilI 1vbuA 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v-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1udh .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1udh .V.....A.....N.....R.....Y.....L.....E.....T.....R.....S.....I.. 1udh .Pf....G.....T.....C.....Q.....H.....F.....L.....V.....A.....Nry 1udh .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1udh .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1udh .L.....K.....F.....S.....H.....P.....S.....P.....L.....Sk12lvAn1 1udh .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1udh .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1udh .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1udh .F.....G.....T.....C.....Q.....H.....F.....L.....V.....A.....N.. 1udh .-.....-.....-.....-.....-.....H.....F.....L.....V.....A.....N.. 1udh .K.....V.....P.....F.....Gtcq..H.....F.....L.....V.....A.....N.. 1udh .K.....V.....P.....F.....Gtcq..H.....F.....L.....V.....A.....N.. 1udh 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