# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.635 0.001 0.016 0.279 0.001 0.001 0.001 0.036 0.027 0.001 0.001 2 W 0.001 0.003 0.242 0.001 0.012 0.717 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.001 0.001 3 E 0.001 0.002 0.094 0.001 0.010 0.831 0.001 0.001 0.001 0.028 0.032 0.001 0.001 4 I 0.001 0.002 0.029 0.001 0.008 0.876 0.001 0.001 0.002 0.008 0.071 0.001 0.002 5 Y 0.001 0.003 0.024 0.001 0.008 0.933 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 0.001 0.002 6 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 7 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.039 0.887 0.001 0.006 0.005 0.011 0.041 0.001 0.002 8 M 0.001 0.002 0.013 0.001 0.072 0.855 0.001 0.001 0.004 0.007 0.045 0.001 0.001 9 I 0.001 0.001 0.010 0.001 0.197 0.666 0.001 0.001 0.001 0.013 0.112 0.001 0.001 10 N 0.001 0.001 0.021 0.001 0.153 0.303 0.001 0.001 0.001 0.027 0.495 0.001 0.001 11 G 0.001 0.007 0.093 0.001 0.156 0.111 0.001 0.001 0.002 0.052 0.576 0.001 0.004 12 I 0.001 0.060 0.528 0.001 0.033 0.053 0.001 0.001 0.016 0.215 0.092 0.002 0.001 13 P 0.001 0.009 0.752 0.001 0.061 0.023 0.001 0.001 0.002 0.096 0.055 0.001 0.002 14 E 0.001 0.003 0.072 0.003 0.151 0.034 0.001 0.001 0.001 0.148 0.585 0.001 0.001 15 D 0.001 0.004 0.122 0.004 0.117 0.019 0.001 0.001 0.003 0.140 0.586 0.002 0.003 16 F 0.001 0.018 0.511 0.002 0.026 0.008 0.002 0.001 0.017 0.286 0.080 0.017 0.030 17 L 0.007 0.091 0.557 0.003 0.004 0.007 0.006 0.006 0.095 0.077 0.018 0.051 0.078 18 V 0.011 0.046 0.322 0.026 0.020 0.023 0.017 0.038 0.262 0.058 0.022 0.032 0.123 19 D 0.016 0.004 0.211 0.446 0.010 0.011 0.010 0.028 0.092 0.078 0.016 0.054 0.024 20 E 0.113 0.002 0.099 0.055 0.011 0.013 0.063 0.076 0.237 0.031 0.011 0.075 0.214 21 L 0.258 0.002 0.019 0.022 0.004 0.006 0.148 0.273 0.076 0.004 0.004 0.072 0.114 22 V 0.466 0.003 0.010 0.006 0.002 0.003 0.117 0.197 0.024 0.003 0.005 0.117 0.047 23 C 0.229 0.004 0.038 0.005 0.004 0.003 0.130 0.328 0.104 0.013 0.020 0.029 0.093 24 G 0.087 0.009 0.243 0.066 0.011 0.004 0.049 0.090 0.170 0.063 0.065 0.054 0.088 25 T 0.039 0.006 0.211 0.064 0.009 0.003 0.008 0.007 0.044 0.444 0.056 0.074 0.036 26 T 0.040 0.011 0.278 0.107 0.023 0.009 0.004 0.003 0.020 0.197 0.122 0.041 0.148 27 H 0.231 0.018 0.177 0.030 0.028 0.017 0.037 0.041 0.035 0.043 0.071 0.105 0.167 28 S 0.315 0.011 0.029 0.005 0.008 0.006 0.049 0.080 0.037 0.010 0.008 0.350 0.091 29 V 0.521 0.003 0.015 0.013 0.005 0.003 0.084 0.024 0.011 0.005 0.004 0.021 0.290 30 I 0.454 0.003 0.023 0.122 0.007 0.005 0.044 0.012 0.033 0.013 0.005 0.242 0.037 31 R 0.375 0.008 0.057 0.008 0.005 0.004 0.022 0.003 0.028 0.021 0.003 0.036 0.430 32 S 0.043 0.016 0.482 0.015 0.016 0.006 0.004 0.002 0.016 0.034 0.031 0.139 0.196 33 G 0.007 0.009 0.050 0.024 0.034 0.009 0.001 0.001 0.002 0.176 0.627 0.034 0.027 34 N 0.002 0.002 0.057 0.015 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.114 0.753 0.012 0.006 35 G 0.021 0.015 0.242 0.003 0.054 0.008 0.004 0.002 0.014 0.351 0.174 0.044 0.068 36 V 0.064 0.035 0.300 0.011 0.040 0.013 0.021 0.007 0.028 0.189 0.170 0.038 0.083 37 G 0.130 0.061 0.198 0.023 0.038 0.008 0.031 0.010 0.026 0.108 0.083 0.173 0.111 38 L 0.151 0.047 0.182 0.035 0.017 0.006 0.037 0.011 0.025 0.062 0.056 0.070 0.300 39 G 0.043 0.038 0.369 0.015 0.017 0.010 0.013 0.005 0.033 0.120 0.064 0.199 0.076 40 P 0.015 0.046 0.490 0.007 0.011 0.008 0.005 0.002 0.014 0.204 0.054 0.018 0.127 41 N 0.001 0.033 0.617 0.006 0.008 0.005 0.001 0.001 0.005 0.247 0.029 0.033 0.015 42 R 0.001 0.013 0.497 0.005 0.034 0.012 0.001 0.001 0.003 0.303 0.108 0.003 0.020 43 P 0.001 0.020 0.320 0.008 0.077 0.024 0.001 0.001 0.002 0.165 0.372 0.006 0.006 44 F 0.002 0.022 0.246 0.001 0.077 0.020 0.002 0.001 0.006 0.280 0.322 0.007 0.014 45 E 0.002 0.027 0.457 0.004 0.038 0.023 0.002 0.001 0.008 0.264 0.154 0.011 0.012 46 T 0.002 0.047 0.508 0.005 0.023 0.017 0.002 0.001 0.011 0.268 0.076 0.018 0.023 47 R 0.002 0.060 0.557 0.001 0.016 0.022 0.002 0.001 0.012 0.207 0.062 0.018 0.042 48 M 0.001 0.034 0.741 0.001 0.009 0.024 0.001 0.001 0.008 0.122 0.021 0.020 0.019 49 P 0.001 0.018 0.768 0.001 0.033 0.062 0.001 0.001 0.005 0.058 0.037 0.003 0.015 50 M 0.001 0.017 0.350 0.001 0.163 0.244 0.001 0.001 0.003 0.056 0.160 0.003 0.004 51 L 0.001 0.006 0.111 0.002 0.194 0.356 0.001 0.001 0.002 0.075 0.249 0.002 0.003 52 T 0.001 0.010 0.137 0.001 0.267 0.385 0.001 0.001 0.003 0.090 0.100 0.001 0.005 53 Q 0.001 0.009 0.090 0.001 0.187 0.503 0.001 0.001 0.003 0.069 0.129 0.005 0.004 54 N 0.001 0.018 0.079 0.001 0.176 0.499 0.001 0.001 0.002 0.050 0.168 0.001 0.005 55 L 0.001 0.017 0.137 0.001 0.141 0.448 0.001 0.001 0.011 0.042 0.190 0.001 0.010 56 L 0.001 0.007 0.057 0.002 0.031 0.215 0.001 0.001 0.002 0.107 0.575 0.002 0.001 57 G 0.001 0.003 0.085 0.001 0.017 0.049 0.001 0.001 0.001 0.223 0.619 0.001 0.001 58 L 0.001 0.006 0.306 0.001 0.004 0.063 0.001 0.001 0.001 0.578 0.040 0.003 0.001 59 P 0.001 0.035 0.800 0.001 0.001 0.122 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.001 0.011 60 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 65 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 66 C 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.017 0.949 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 68 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 0.848 0.001 0.001 0.001 0.007 0.114 0.001 0.001 69 S 0.001 0.001 0.021 0.001 0.014 0.833 0.001 0.001 0.001 0.026 0.101 0.001 0.001 70 W 0.001 0.007 0.095 0.001 0.004 0.706 0.001 0.001 0.002 0.135 0.049 0.002 0.001 71 N 0.001 0.013 0.270 0.001 0.002 0.617 0.001 0.001 0.003 0.080 0.007 0.001 0.007 72 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 78 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 82 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 83 N 0.002 0.001 0.005 0.003 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.022 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.001 0.001 85 Y 0.001 0.002 0.014 0.001 0.027 0.851 0.001 0.001 0.001 0.010 0.088 0.001 0.004 86 Y 0.002 0.007 0.082 0.001 0.027 0.702 0.001 0.002 0.005 0.051 0.113 0.006 0.002 87 N 0.001 0.010 0.350 0.001 0.014 0.356 0.001 0.001 0.003 0.176 0.088 0.001 0.002 88 N 0.001 0.008 0.619 0.001 0.005 0.120 0.001 0.001 0.001 0.238 0.009 0.001 0.001 89 P 0.001 0.001 0.028 0.001 0.014 0.919 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.001 0.001 90 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 91 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 92 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 93 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 94 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.023 0.841 0.001 0.001 0.001 0.006 0.123 0.001 0.001 95 H 0.001 0.001 0.019 0.001 0.011 0.410 0.001 0.001 0.001 0.034 0.523 0.001 0.001 96 G 0.001 0.002 0.147 0.001 0.007 0.028 0.001 0.001 0.001 0.088 0.724 0.001 0.001 97 V 0.001 0.009 0.785 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 0.006 0.116 0.035 0.011 0.012 98 I 0.001 0.047 0.639 0.001 0.019 0.026 0.003 0.001 0.043 0.056 0.034 0.055 0.073 99 F 0.003 0.026 0.411 0.011 0.099 0.090 0.004 0.014 0.129 0.066 0.045 0.019 0.083 100 S 0.003 0.012 0.267 0.124 0.123 0.129 0.002 0.009 0.075 0.144 0.055 0.036 0.020 101 D 0.002 0.008 0.323 0.021 0.165 0.178 0.001 0.006 0.053 0.103 0.096 0.017 0.027 102 A 0.002 0.019 0.361 0.012 0.096 0.222 0.002 0.007 0.037 0.069 0.083 0.013 0.076 103 K 0.007 0.036 0.329 0.008 0.073 0.170 0.004 0.011 0.040 0.109 0.077 0.107 0.027 104 R 0.006 0.030 0.372 0.004 0.060 0.173 0.003 0.015 0.059 0.085 0.075 0.014 0.104 105 V 0.002 0.022 0.475 0.016 0.053 0.159 0.001 0.005 0.029 0.137 0.061 0.022 0.019 106 E 0.001 0.008 0.328 0.010 0.144 0.204 0.001 0.002 0.010 0.089 0.175 0.009 0.020 107 D 0.001 0.010 0.167 0.010 0.234 0.176 0.001 0.003 0.003 0.096 0.264 0.013 0.022 108 R 0.005 0.024 0.285 0.009 0.154 0.114 0.002 0.005 0.009 0.120 0.186 0.033 0.053 109 M 0.014 0.054 0.380 0.005 0.050 0.061 0.004 0.010 0.043 0.131 0.082 0.038 0.127 110 N 0.016 0.035 0.334 0.051 0.025 0.029 0.002 0.006 0.036 0.221 0.076 0.083 0.086 111 D 0.007 0.010 0.384 0.077 0.034 0.022 0.001 0.002 0.022 0.287 0.076 0.026 0.050 112 P 0.031 0.009 0.315 0.039 0.095 0.040 0.009 0.018 0.044 0.092 0.129 0.040 0.139 113 F 0.160 0.025 0.081 0.011 0.040 0.031 0.097 0.094 0.062 0.039 0.059 0.169 0.132 114 I 0.255 0.034 0.086 0.007 0.032 0.028 0.100 0.057 0.077 0.040 0.022 0.104 0.157 115 M 0.246 0.040 0.179 0.008 0.011 0.026 0.044 0.017 0.091 0.036 0.012 0.117 0.172 116 S 0.032 0.011 0.479 0.013 0.011 0.016 0.001 0.001 0.040 0.063 0.012 0.180 0.141 117 Q 0.008 0.003 0.107 0.087 0.123 0.124 0.001 0.001 0.004 0.115 0.343 0.004 0.079 118 N 0.013 0.007 0.087 0.050 0.153 0.147 0.002 0.003 0.005 0.093 0.360 0.071 0.011 119 E 0.029 0.015 0.133 0.004 0.188 0.206 0.007 0.009 0.018 0.045 0.083 0.047 0.217 120 V 0.038 0.034 0.162 0.027 0.109 0.204 0.006 0.006 0.018 0.072 0.150 0.081 0.094 121 K 0.012 0.008 0.140 0.017 0.061 0.141 0.002 0.001 0.008 0.130 0.402 0.047 0.031 122 G 0.005 0.007 0.227 0.005 0.016 0.027 0.001 0.001 0.003 0.187 0.475 0.011 0.034 123 K 0.002 0.017 0.577 0.005 0.010 0.015 0.001 0.001 0.002 0.231 0.072 0.043 0.025