# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.867 0.001 0.003 0.002 0.003 0.012 0.004 0.001 0.010 0.084 2 W 0.014 0.845 0.001 0.004 0.006 0.006 0.013 0.003 0.001 0.034 0.074 3 E 0.004 0.943 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.016 0.024 4 I 0.003 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.013 5 Y 0.012 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.003 0.011 6 D 0.028 0.635 0.002 0.007 0.001 0.002 0.011 0.003 0.001 0.215 0.094 7 A 0.019 0.129 0.239 0.008 0.001 0.002 0.030 0.005 0.065 0.420 0.082 8 M 0.378 0.108 0.048 0.009 0.002 0.005 0.055 0.061 0.023 0.157 0.153 9 I 0.333 0.013 0.004 0.009 0.002 0.004 0.058 0.006 0.005 0.051 0.515 10 N 0.022 0.004 0.001 0.007 0.002 0.004 0.096 0.001 0.001 0.009 0.856 11 G 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.006 0.109 0.001 0.001 0.013 0.855 12 I 0.100 0.013 0.002 0.008 0.008 0.010 0.178 0.034 0.001 0.055 0.591 13 P 0.455 0.097 0.002 0.009 0.001 0.002 0.053 0.006 0.001 0.034 0.340 14 E 0.144 0.106 0.003 0.015 0.003 0.009 0.078 0.007 0.001 0.037 0.598 15 D 0.073 0.070 0.003 0.031 0.012 0.026 0.097 0.003 0.001 0.046 0.638 16 F 0.063 0.202 0.005 0.063 0.041 0.046 0.113 0.007 0.002 0.068 0.391 17 L 0.111 0.257 0.005 0.059 0.033 0.045 0.090 0.009 0.002 0.052 0.336 18 V 0.073 0.217 0.004 0.068 0.056 0.070 0.086 0.010 0.001 0.041 0.375 19 D 0.030 0.105 0.002 0.120 0.094 0.159 0.087 0.005 0.001 0.082 0.316 20 E 0.011 0.053 0.005 0.224 0.090 0.161 0.079 0.004 0.001 0.098 0.273 21 L 0.017 0.010 0.004 0.284 0.138 0.158 0.060 0.003 0.001 0.158 0.168 22 V 0.020 0.002 0.006 0.289 0.128 0.177 0.057 0.001 0.002 0.145 0.172 23 C 0.028 0.003 0.003 0.246 0.081 0.181 0.093 0.002 0.002 0.073 0.288 24 G 0.059 0.001 0.003 0.112 0.041 0.149 0.149 0.003 0.002 0.080 0.401 25 T 0.010 0.005 0.001 0.082 0.069 0.142 0.151 0.002 0.001 0.059 0.477 26 T 0.004 0.002 0.001 0.069 0.109 0.293 0.118 0.002 0.001 0.065 0.338 27 H 0.001 0.002 0.001 0.116 0.205 0.334 0.048 0.001 0.001 0.060 0.233 28 S 0.001 0.001 0.001 0.118 0.271 0.416 0.014 0.001 0.001 0.107 0.070 29 V 0.002 0.001 0.001 0.213 0.283 0.258 0.021 0.001 0.001 0.086 0.135 30 I 0.003 0.001 0.001 0.243 0.251 0.310 0.025 0.001 0.001 0.078 0.087 31 R 0.015 0.001 0.002 0.165 0.158 0.306 0.064 0.001 0.002 0.115 0.171 32 S 0.147 0.004 0.002 0.088 0.062 0.111 0.103 0.004 0.003 0.073 0.403 33 G 0.107 0.004 0.003 0.038 0.019 0.041 0.156 0.007 0.002 0.110 0.513 34 N 0.027 0.004 0.001 0.041 0.017 0.035 0.169 0.003 0.001 0.071 0.631 35 G 0.030 0.005 0.002 0.065 0.052 0.110 0.164 0.005 0.001 0.109 0.459 36 V 0.022 0.003 0.001 0.075 0.079 0.078 0.130 0.002 0.001 0.105 0.504 37 G 0.018 0.004 0.001 0.111 0.075 0.178 0.132 0.003 0.001 0.113 0.363 38 L 0.027 0.004 0.001 0.085 0.050 0.103 0.133 0.002 0.001 0.087 0.508 39 G 0.039 0.003 0.001 0.068 0.079 0.124 0.151 0.002 0.001 0.082 0.451 40 P 0.005 0.002 0.001 0.041 0.034 0.094 0.194 0.003 0.001 0.046 0.581 41 N 0.152 0.020 0.003 0.034 0.022 0.028 0.134 0.004 0.003 0.054 0.545 42 R 0.147 0.010 0.002 0.013 0.025 0.029 0.124 0.013 0.001 0.110 0.526 43 P 0.036 0.012 0.001 0.009 0.005 0.012 0.139 0.003 0.001 0.038 0.743 44 F 0.209 0.048 0.004 0.016 0.013 0.027 0.100 0.012 0.002 0.049 0.520 45 E 0.181 0.027 0.001 0.008 0.011 0.012 0.097 0.005 0.001 0.048 0.610 46 T 0.032 0.017 0.001 0.007 0.029 0.048 0.138 0.003 0.001 0.021 0.705 47 R 0.015 0.051 0.001 0.017 0.007 0.017 0.121 0.003 0.001 0.022 0.746 48 M 0.100 0.052 0.004 0.012 0.030 0.021 0.109 0.008 0.002 0.341 0.321 49 P 0.083 0.319 0.005 0.011 0.007 0.012 0.080 0.012 0.002 0.159 0.310 50 M 0.112 0.163 0.006 0.010 0.008 0.014 0.059 0.007 0.002 0.129 0.490 51 L 0.060 0.422 0.008 0.014 0.017 0.030 0.053 0.014 0.002 0.076 0.304 52 T 0.093 0.430 0.002 0.006 0.013 0.028 0.052 0.009 0.001 0.033 0.332 53 Q 0.100 0.138 0.091 0.022 0.024 0.038 0.065 0.022 0.035 0.075 0.390 54 N 0.360 0.121 0.002 0.008 0.016 0.024 0.076 0.022 0.002 0.037 0.333 55 L 0.232 0.034 0.003 0.011 0.006 0.010 0.093 0.004 0.002 0.052 0.553 56 L 0.013 0.065 0.002 0.028 0.013 0.015 0.170 0.003 0.001 0.020 0.670 57 G 0.015 0.354 0.001 0.007 0.006 0.011 0.062 0.006 0.001 0.010 0.528 58 L 0.033 0.493 0.002 0.012 0.033 0.015 0.059 0.030 0.001 0.056 0.266 59 P 0.012 0.898 0.002 0.003 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.025 0.044 60 L 0.017 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.009 0.015 61 R 0.019 0.844 0.004 0.005 0.002 0.003 0.008 0.003 0.001 0.061 0.050 62 V 0.014 0.843 0.004 0.005 0.002 0.003 0.015 0.002 0.001 0.058 0.053 63 A 0.023 0.836 0.004 0.007 0.002 0.003 0.014 0.006 0.001 0.038 0.065 64 A 0.051 0.636 0.008 0.012 0.005 0.008 0.031 0.008 0.002 0.123 0.116 65 G 0.056 0.459 0.008 0.025 0.007 0.016 0.051 0.007 0.003 0.175 0.193 66 C 0.093 0.290 0.011 0.032 0.008 0.016 0.074 0.009 0.003 0.188 0.276 67 V 0.096 0.160 0.015 0.047 0.014 0.022 0.109 0.007 0.005 0.229 0.294 68 K 0.067 0.283 0.005 0.050 0.010 0.018 0.099 0.006 0.002 0.055 0.405 69 S 0.067 0.490 0.003 0.017 0.005 0.010 0.068 0.007 0.001 0.031 0.300 70 W 0.034 0.621 0.003 0.011 0.005 0.008 0.055 0.010 0.001 0.037 0.214 71 N 0.034 0.810 0.001 0.005 0.001 0.003 0.018 0.004 0.001 0.036 0.087 72 Y 0.015 0.151 0.004 0.007 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.748 0.051 73 V 0.012 0.625 0.005 0.005 0.002 0.003 0.018 0.003 0.001 0.255 0.071 74 E 0.019 0.826 0.003 0.002 0.002 0.002 0.009 0.004 0.001 0.071 0.060 75 A 0.011 0.836 0.002 0.003 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.089 0.044 76 S 0.009 0.886 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.043 0.045 77 I 0.007 0.924 0.004 0.002 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.022 0.027 78 G 0.022 0.908 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 0.003 0.001 0.024 0.026 79 L 0.023 0.551 0.004 0.008 0.004 0.005 0.029 0.002 0.001 0.267 0.106 80 A 0.029 0.735 0.006 0.015 0.005 0.005 0.036 0.006 0.001 0.081 0.081 81 A 0.096 0.460 0.026 0.052 0.007 0.012 0.052 0.033 0.007 0.138 0.117 82 I 0.132 0.199 0.017 0.081 0.018 0.022 0.095 0.017 0.009 0.159 0.250 83 N 0.114 0.081 0.005 0.055 0.015 0.033 0.148 0.008 0.003 0.124 0.415 84 A 0.051 0.028 0.004 0.086 0.011 0.035 0.184 0.008 0.002 0.092 0.498 85 Y 0.097 0.017 0.003 0.076 0.015 0.030 0.175 0.002 0.002 0.072 0.513 86 Y 0.011 0.012 0.002 0.060 0.013 0.032 0.190 0.001 0.001 0.047 0.632 87 N 0.047 0.158 0.002 0.021 0.010 0.012 0.121 0.006 0.002 0.049 0.571 88 N 0.182 0.596 0.004 0.003 0.002 0.002 0.029 0.036 0.001 0.021 0.125 89 P 0.035 0.728 0.002 0.002 0.001 0.001 0.017 0.007 0.001 0.013 0.195 90 Q 0.045 0.812 0.004 0.001 0.002 0.004 0.011 0.008 0.001 0.013 0.099 91 V 0.038 0.794 0.003 0.001 0.003 0.003 0.013 0.007 0.002 0.049 0.086 92 A 0.064 0.189 0.276 0.001 0.003 0.004 0.022 0.017 0.208 0.096 0.120 93 R 0.668 0.102 0.005 0.001 0.002 0.003 0.021 0.021 0.003 0.025 0.148 94 E 0.125 0.035 0.002 0.004 0.003 0.009 0.050 0.006 0.002 0.033 0.733 95 H 0.023 0.026 0.003 0.014 0.002 0.009 0.093 0.001 0.001 0.019 0.809 96 G 0.010 0.019 0.002 0.021 0.019 0.043 0.087 0.002 0.001 0.043 0.753 97 V 0.020 0.012 0.001 0.008 0.033 0.026 0.101 0.003 0.001 0.040 0.756 98 I 0.093 0.091 0.002 0.040 0.030 0.042 0.109 0.009 0.001 0.063 0.520 99 F 0.237 0.118 0.004 0.017 0.009 0.016 0.077 0.007 0.002 0.048 0.465 100 S 0.102 0.109 0.002 0.027 0.018 0.034 0.105 0.013 0.001 0.038 0.550 101 D 0.087 0.172 0.002 0.020 0.018 0.034 0.082 0.008 0.001 0.033 0.542 102 A 0.090 0.141 0.007 0.025 0.035 0.043 0.083 0.006 0.003 0.033 0.534 103 K 0.067 0.161 0.005 0.014 0.047 0.053 0.081 0.007 0.002 0.031 0.533 104 R 0.111 0.226 0.006 0.008 0.024 0.033 0.062 0.010 0.003 0.031 0.485 105 V 0.204 0.307 0.008 0.008 0.012 0.015 0.053 0.013 0.003 0.039 0.337 106 E 0.177 0.081 0.008 0.010 0.017 0.026 0.076 0.009 0.003 0.059 0.533 107 D 0.071 0.029 0.003 0.018 0.018 0.039 0.085 0.005 0.001 0.054 0.678 108 R 0.092 0.011 0.003 0.027 0.036 0.046 0.104 0.002 0.001 0.066 0.612 109 M 0.024 0.010 0.002 0.042 0.041 0.049 0.149 0.002 0.001 0.035 0.645 110 N 0.034 0.024 0.001 0.026 0.041 0.052 0.154 0.006 0.001 0.031 0.630 111 D 0.038 0.018 0.001 0.065 0.072 0.082 0.164 0.019 0.001 0.088 0.452 112 P 0.019 0.027 0.001 0.149 0.060 0.167 0.121 0.005 0.001 0.092 0.358 113 F 0.015 0.009 0.002 0.181 0.109 0.260 0.063 0.001 0.001 0.075 0.286 114 I 0.008 0.007 0.003 0.192 0.187 0.217 0.063 0.001 0.001 0.048 0.272 115 M 0.015 0.016 0.004 0.129 0.129 0.184 0.079 0.003 0.003 0.038 0.399 116 S 0.412 0.094 0.003 0.025 0.042 0.057 0.051 0.020 0.003 0.042 0.252 117 Q 0.181 0.048 0.003 0.013 0.028 0.063 0.077 0.011 0.002 0.057 0.518 118 N 0.025 0.020 0.015 0.015 0.033 0.093 0.109 0.004 0.007 0.033 0.648 119 E 0.138 0.007 0.012 0.014 0.055 0.084 0.058 0.008 0.003 0.046 0.575 120 V 0.323 0.003 0.001 0.006 0.030 0.018 0.045 0.005 0.001 0.050 0.519 121 K 0.015 0.001 0.001 0.007 0.013 0.018 0.079 0.001 0.001 0.011 0.855 122 G 0.005 0.001 0.001 0.006 0.007 0.010 0.066 0.001 0.001 0.005 0.899 123 K 0.013 0.001 0.001 0.010 0.107 0.047 0.127 0.012 0.001 0.025 0.657