# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.062 0.051 0.083 0.081 0.102 0.162 0.135 0.131 0.095 0.062 2 W 0.051 0.046 0.055 0.110 0.122 0.150 0.187 0.101 0.086 0.055 0.036 3 E 0.137 0.101 0.233 0.227 0.122 0.077 0.054 0.023 0.015 0.008 0.003 4 I 0.006 0.017 0.031 0.073 0.086 0.121 0.249 0.157 0.111 0.090 0.057 5 Y 0.003 0.006 0.013 0.015 0.018 0.034 0.106 0.149 0.235 0.234 0.189 6 D 0.023 0.034 0.110 0.169 0.191 0.171 0.153 0.067 0.044 0.027 0.012 7 A 0.045 0.053 0.241 0.196 0.131 0.109 0.109 0.051 0.032 0.022 0.010 8 M 0.010 0.019 0.024 0.068 0.074 0.095 0.218 0.172 0.152 0.108 0.060 9 I 0.004 0.003 0.006 0.008 0.014 0.033 0.112 0.154 0.224 0.245 0.197 10 N 0.070 0.100 0.219 0.271 0.169 0.087 0.050 0.017 0.010 0.005 0.003 11 G 0.064 0.072 0.129 0.144 0.134 0.127 0.142 0.086 0.054 0.034 0.015 12 I 0.033 0.024 0.010 0.028 0.035 0.055 0.149 0.192 0.189 0.151 0.134 13 P 0.245 0.180 0.062 0.135 0.100 0.083 0.076 0.049 0.037 0.019 0.015 14 E 0.173 0.204 0.127 0.187 0.124 0.071 0.052 0.024 0.019 0.012 0.007 15 D 0.289 0.154 0.053 0.150 0.133 0.091 0.067 0.031 0.019 0.009 0.004 16 F 0.225 0.078 0.032 0.077 0.070 0.090 0.127 0.108 0.097 0.060 0.036 17 L 0.082 0.236 0.067 0.241 0.166 0.095 0.058 0.032 0.013 0.006 0.003 18 V 0.002 0.004 0.006 0.009 0.013 0.026 0.080 0.114 0.194 0.259 0.294 19 D 0.089 0.096 0.087 0.242 0.212 0.128 0.079 0.032 0.020 0.010 0.005 20 E 0.041 0.053 0.108 0.227 0.188 0.148 0.112 0.054 0.039 0.020 0.007 21 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.020 0.081 0.121 0.209 0.273 0.276 22 V 0.003 0.005 0.008 0.017 0.027 0.047 0.127 0.215 0.217 0.187 0.147 23 C 0.002 0.008 0.030 0.031 0.042 0.059 0.110 0.167 0.186 0.187 0.177 24 G 0.020 0.040 0.054 0.092 0.119 0.141 0.159 0.127 0.108 0.073 0.066 25 T 0.012 0.017 0.008 0.040 0.052 0.070 0.142 0.127 0.196 0.185 0.151 26 T 0.049 0.065 0.021 0.131 0.140 0.136 0.158 0.102 0.097 0.062 0.040 27 H 0.004 0.005 0.004 0.025 0.034 0.060 0.154 0.148 0.192 0.190 0.183 28 S 0.009 0.016 0.019 0.064 0.083 0.089 0.166 0.162 0.157 0.131 0.103 29 V 0.002 0.002 0.008 0.015 0.019 0.024 0.077 0.109 0.206 0.260 0.279 30 I 0.005 0.006 0.018 0.022 0.036 0.050 0.123 0.144 0.199 0.205 0.192 31 R 0.012 0.033 0.037 0.112 0.120 0.122 0.189 0.139 0.108 0.075 0.053 32 S 0.013 0.021 0.018 0.035 0.046 0.069 0.142 0.152 0.184 0.173 0.146 33 G 0.166 0.124 0.045 0.148 0.135 0.116 0.105 0.063 0.050 0.030 0.018 34 N 0.158 0.130 0.052 0.154 0.134 0.113 0.101 0.058 0.051 0.032 0.018 35 G 0.039 0.041 0.016 0.069 0.093 0.120 0.177 0.141 0.129 0.098 0.077 36 V 0.014 0.016 0.011 0.039 0.046 0.065 0.137 0.139 0.183 0.171 0.180 37 G 0.020 0.028 0.042 0.090 0.098 0.101 0.150 0.124 0.131 0.117 0.099 38 L 0.006 0.010 0.015 0.044 0.054 0.064 0.138 0.136 0.171 0.183 0.179 39 G 0.009 0.008 0.010 0.021 0.029 0.041 0.101 0.131 0.210 0.221 0.219 40 P 0.030 0.048 0.029 0.111 0.105 0.102 0.162 0.123 0.120 0.093 0.077 41 N 0.076 0.071 0.047 0.096 0.098 0.100 0.144 0.107 0.114 0.086 0.062 42 R 0.155 0.102 0.037 0.133 0.117 0.102 0.132 0.077 0.066 0.046 0.034 43 P 0.341 0.209 0.059 0.135 0.091 0.058 0.048 0.026 0.019 0.009 0.005 44 F 0.121 0.097 0.034 0.105 0.104 0.102 0.146 0.101 0.083 0.061 0.045 45 E 0.279 0.167 0.068 0.142 0.115 0.081 0.071 0.034 0.024 0.012 0.007 46 T 0.287 0.137 0.124 0.182 0.107 0.063 0.047 0.022 0.017 0.010 0.005 47 R 0.127 0.110 0.077 0.133 0.125 0.123 0.141 0.074 0.047 0.028 0.016 48 M 0.075 0.102 0.055 0.126 0.105 0.106 0.149 0.116 0.083 0.052 0.031 49 P 0.159 0.097 0.083 0.121 0.123 0.119 0.114 0.078 0.054 0.033 0.018 50 M 0.322 0.187 0.151 0.156 0.088 0.047 0.024 0.012 0.008 0.004 0.002 51 L 0.080 0.103 0.042 0.121 0.119 0.124 0.167 0.104 0.071 0.043 0.025 52 T 0.067 0.055 0.028 0.079 0.089 0.103 0.172 0.134 0.125 0.086 0.062 53 Q 0.257 0.125 0.208 0.188 0.103 0.055 0.033 0.013 0.011 0.005 0.003 54 N 0.115 0.110 0.133 0.252 0.156 0.100 0.081 0.030 0.014 0.007 0.002 55 L 0.022 0.016 0.021 0.026 0.030 0.050 0.143 0.163 0.186 0.183 0.160 56 L 0.053 0.133 0.064 0.143 0.132 0.138 0.148 0.093 0.054 0.027 0.016 57 G 0.218 0.187 0.257 0.157 0.100 0.048 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 58 L 0.180 0.052 0.035 0.086 0.092 0.128 0.164 0.122 0.069 0.044 0.028 59 P 0.119 0.303 0.052 0.157 0.155 0.100 0.053 0.035 0.019 0.005 0.002 60 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.019 0.069 0.092 0.213 0.263 0.325 61 R 0.029 0.039 0.118 0.183 0.242 0.188 0.127 0.039 0.020 0.011 0.004 62 V 0.003 0.016 0.069 0.242 0.162 0.152 0.202 0.095 0.034 0.019 0.006 63 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.028 0.076 0.213 0.333 0.337 64 A 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.038 0.130 0.198 0.264 0.226 0.124 65 G 0.006 0.029 0.410 0.209 0.164 0.094 0.050 0.020 0.011 0.006 0.002 66 C 0.001 0.003 0.013 0.023 0.041 0.110 0.307 0.215 0.135 0.094 0.059 67 V 0.002 0.002 0.005 0.004 0.005 0.009 0.048 0.102 0.229 0.293 0.302 68 K 0.034 0.046 0.093 0.144 0.154 0.172 0.186 0.080 0.049 0.028 0.014 69 S 0.025 0.059 0.163 0.136 0.128 0.135 0.132 0.077 0.069 0.046 0.029 70 W 0.015 0.022 0.018 0.057 0.066 0.116 0.253 0.145 0.137 0.096 0.077 71 N 0.042 0.046 0.037 0.105 0.085 0.100 0.184 0.129 0.116 0.094 0.061 72 Y 0.021 0.032 0.058 0.118 0.110 0.118 0.178 0.111 0.103 0.086 0.067 73 V 0.011 0.015 0.034 0.054 0.063 0.084 0.167 0.129 0.173 0.153 0.116 74 E 0.010 0.015 0.034 0.079 0.088 0.106 0.189 0.132 0.140 0.122 0.083 75 A 0.004 0.010 0.025 0.048 0.060 0.089 0.195 0.157 0.159 0.146 0.106 76 S 0.005 0.013 0.027 0.056 0.068 0.093 0.176 0.166 0.163 0.136 0.097 77 I 0.003 0.005 0.012 0.023 0.036 0.062 0.141 0.154 0.208 0.196 0.159 78 G 0.007 0.016 0.026 0.076 0.114 0.141 0.204 0.148 0.130 0.083 0.055 79 L 0.001 0.002 0.006 0.020 0.028 0.047 0.143 0.141 0.202 0.204 0.206 80 A 0.001 0.002 0.006 0.014 0.026 0.039 0.123 0.163 0.223 0.219 0.185 81 A 0.001 0.001 0.006 0.014 0.022 0.034 0.111 0.148 0.216 0.224 0.223 82 I 0.001 0.001 0.007 0.007 0.016 0.030 0.097 0.144 0.240 0.243 0.215 83 N 0.001 0.002 0.008 0.024 0.047 0.073 0.195 0.200 0.191 0.148 0.111 84 A 0.001 0.001 0.009 0.008 0.012 0.022 0.080 0.116 0.234 0.258 0.258 85 Y 0.003 0.007 0.018 0.043 0.066 0.094 0.229 0.183 0.159 0.117 0.081 86 Y 0.007 0.009 0.025 0.031 0.037 0.056 0.145 0.148 0.192 0.188 0.161 87 N 0.035 0.054 0.050 0.113 0.120 0.145 0.208 0.114 0.079 0.048 0.034 88 N 0.082 0.144 0.071 0.149 0.119 0.108 0.126 0.082 0.063 0.037 0.020 89 P 0.079 0.046 0.025 0.076 0.094 0.126 0.198 0.120 0.107 0.075 0.054 90 Q 0.389 0.168 0.105 0.158 0.085 0.044 0.027 0.011 0.007 0.003 0.001 91 V 0.061 0.064 0.055 0.142 0.127 0.130 0.190 0.098 0.069 0.042 0.021 92 A 0.031 0.031 0.047 0.048 0.051 0.068 0.156 0.139 0.156 0.144 0.129 93 R 0.075 0.116 0.136 0.236 0.156 0.111 0.097 0.036 0.020 0.011 0.005 94 E 0.133 0.149 0.263 0.177 0.111 0.072 0.047 0.023 0.014 0.008 0.003 95 H 0.086 0.070 0.050 0.113 0.114 0.136 0.195 0.104 0.069 0.040 0.022 96 G 0.330 0.147 0.089 0.135 0.100 0.074 0.057 0.034 0.022 0.010 0.003 97 V 0.100 0.064 0.104 0.118 0.111 0.115 0.130 0.092 0.078 0.053 0.033 98 I 0.050 0.115 0.092 0.145 0.124 0.126 0.151 0.089 0.057 0.031 0.020 99 F 0.024 0.031 0.039 0.084 0.086 0.102 0.188 0.142 0.126 0.105 0.073 100 S 0.202 0.115 0.143 0.153 0.113 0.086 0.079 0.046 0.032 0.021 0.011 101 D 0.152 0.221 0.090 0.234 0.139 0.081 0.045 0.022 0.011 0.004 0.001 102 A 0.023 0.014 0.012 0.020 0.031 0.059 0.147 0.157 0.207 0.184 0.145 103 K 0.264 0.182 0.115 0.209 0.115 0.057 0.035 0.012 0.007 0.003 0.001 104 R 0.126 0.160 0.224 0.225 0.118 0.069 0.045 0.019 0.009 0.004 0.001 105 V 0.035 0.036 0.038 0.049 0.062 0.101 0.211 0.179 0.126 0.097 0.067 106 E 0.224 0.174 0.105 0.179 0.126 0.090 0.057 0.024 0.014 0.005 0.002 107 D 0.228 0.116 0.288 0.155 0.088 0.055 0.033 0.016 0.012 0.007 0.003 108 R 0.097 0.097 0.089 0.156 0.135 0.131 0.155 0.072 0.036 0.021 0.012 109 M 0.029 0.038 0.025 0.049 0.054 0.086 0.177 0.182 0.161 0.118 0.081 110 N 0.104 0.137 0.136 0.188 0.136 0.104 0.076 0.052 0.034 0.021 0.013 111 D 0.102 0.109 0.112 0.167 0.149 0.128 0.097 0.055 0.044 0.026 0.014 112 P 0.058 0.048 0.031 0.103 0.116 0.130 0.170 0.115 0.113 0.073 0.042 113 F 0.029 0.022 0.022 0.068 0.074 0.091 0.170 0.143 0.163 0.126 0.092 114 I 0.015 0.019 0.035 0.062 0.065 0.082 0.162 0.154 0.157 0.137 0.112 115 M 0.011 0.028 0.048 0.078 0.073 0.079 0.153 0.141 0.141 0.128 0.120 116 S 0.027 0.033 0.039 0.067 0.078 0.092 0.177 0.145 0.141 0.116 0.085 117 Q 0.285 0.146 0.096 0.189 0.128 0.068 0.045 0.020 0.013 0.006 0.003 118 N 0.388 0.140 0.086 0.123 0.085 0.064 0.055 0.025 0.021 0.010 0.005 119 E 0.180 0.155 0.049 0.140 0.113 0.096 0.126 0.065 0.042 0.022 0.013 120 V 0.146 0.110 0.068 0.102 0.099 0.104 0.146 0.094 0.064 0.041 0.026 121 K 0.296 0.185 0.182 0.165 0.088 0.044 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 122 G 0.358 0.168 0.145 0.123 0.088 0.056 0.032 0.016 0.009 0.004 0.001 123 K 0.110 0.063 0.034 0.071 0.085 0.112 0.170 0.129 0.108 0.069 0.048