# TARGET T0321 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.984 2 W 0.007 0.008 0.023 0.735 0.002 0.040 0.184 3 E 0.007 0.004 0.043 0.606 0.050 0.102 0.187 4 I 0.007 0.007 0.039 0.696 0.040 0.082 0.128 5 Y 0.011 0.005 0.018 0.731 0.063 0.054 0.118 6 D 0.009 0.001 0.019 0.858 0.033 0.024 0.056 7 A 0.007 0.001 0.021 0.898 0.027 0.018 0.028 8 M 0.003 0.001 0.028 0.919 0.007 0.026 0.015 9 I 0.004 0.007 0.058 0.815 0.012 0.077 0.027 10 N 0.005 0.002 0.056 0.587 0.017 0.303 0.030 11 G 0.003 0.002 0.045 0.257 0.048 0.573 0.072 12 I 0.005 0.015 0.021 0.076 0.298 0.076 0.510 13 P 0.005 0.008 0.028 0.023 0.123 0.061 0.753 14 E 0.009 0.008 0.068 0.055 0.206 0.457 0.197 15 D 0.012 0.005 0.054 0.036 0.235 0.465 0.194 16 F 0.037 0.015 0.016 0.058 0.465 0.039 0.369 17 L 0.140 0.059 0.014 0.099 0.090 0.048 0.550 18 V 0.338 0.030 0.055 0.179 0.050 0.062 0.287 19 D 0.296 0.014 0.109 0.255 0.089 0.043 0.194 20 E 0.499 0.008 0.085 0.193 0.047 0.026 0.143 21 L 0.636 0.010 0.062 0.150 0.025 0.060 0.056 22 V 0.750 0.021 0.021 0.088 0.019 0.052 0.049 23 C 0.615 0.010 0.021 0.055 0.058 0.115 0.127 24 G 0.343 0.007 0.011 0.010 0.200 0.142 0.286 25 T 0.285 0.007 0.010 0.004 0.216 0.057 0.422 26 T 0.466 0.003 0.006 0.001 0.337 0.040 0.147 27 H 0.939 0.007 0.002 0.001 0.007 0.004 0.040 28 S 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 29 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 30 I 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 31 R 0.891 0.006 0.001 0.001 0.009 0.002 0.090 32 S 0.615 0.005 0.003 0.002 0.054 0.020 0.302 33 G 0.083 0.006 0.019 0.003 0.284 0.510 0.096 34 N 0.026 0.002 0.015 0.001 0.279 0.607 0.070 35 G 0.349 0.030 0.016 0.003 0.185 0.107 0.310 36 V 0.582 0.042 0.008 0.004 0.051 0.043 0.270 37 G 0.704 0.010 0.012 0.005 0.063 0.053 0.153 38 L 0.764 0.015 0.012 0.008 0.037 0.034 0.130 39 G 0.687 0.012 0.012 0.008 0.070 0.041 0.169 40 P 0.493 0.041 0.009 0.012 0.164 0.029 0.253 41 N 0.211 0.033 0.006 0.008 0.144 0.017 0.581 42 R 0.057 0.011 0.057 0.030 0.137 0.464 0.243 43 P 0.024 0.013 0.062 0.027 0.153 0.575 0.146 44 F 0.031 0.016 0.077 0.044 0.226 0.248 0.359 45 E 0.039 0.019 0.042 0.053 0.245 0.157 0.447 46 T 0.054 0.029 0.044 0.077 0.262 0.107 0.427 47 R 0.068 0.042 0.048 0.096 0.154 0.112 0.480 48 M 0.052 0.046 0.039 0.121 0.142 0.085 0.515 49 P 0.024 0.018 0.045 0.213 0.179 0.066 0.455 50 M 0.008 0.005 0.138 0.369 0.076 0.215 0.190 51 L 0.006 0.008 0.157 0.308 0.096 0.222 0.202 52 T 0.008 0.011 0.166 0.355 0.081 0.148 0.231 53 Q 0.012 0.006 0.171 0.346 0.093 0.262 0.108 54 N 0.013 0.008 0.181 0.342 0.093 0.223 0.139 55 L 0.010 0.024 0.183 0.262 0.129 0.145 0.247 56 L 0.008 0.006 0.066 0.216 0.078 0.530 0.095 57 G 0.008 0.003 0.025 0.065 0.102 0.686 0.111 58 L 0.034 0.026 0.010 0.081 0.257 0.038 0.555 59 P 0.098 0.077 0.015 0.159 0.050 0.024 0.577 60 L 0.006 0.001 0.042 0.915 0.007 0.015 0.013 61 R 0.003 0.001 0.030 0.948 0.003 0.009 0.006 62 V 0.002 0.001 0.019 0.959 0.003 0.013 0.003 63 A 0.002 0.001 0.010 0.961 0.005 0.016 0.005 64 A 0.001 0.001 0.019 0.951 0.002 0.021 0.005 65 G 0.002 0.001 0.033 0.858 0.007 0.095 0.005 66 C 0.003 0.001 0.065 0.752 0.007 0.164 0.009 67 V 0.017 0.020 0.058 0.578 0.105 0.139 0.083 68 K 0.053 0.007 0.057 0.394 0.099 0.295 0.095 69 S 0.081 0.024 0.030 0.247 0.145 0.247 0.226 70 W 0.057 0.017 0.013 0.127 0.307 0.097 0.381 71 N 0.029 0.006 0.002 0.030 0.154 0.020 0.759 72 Y 0.003 0.001 0.041 0.847 0.027 0.058 0.024 73 V 0.002 0.001 0.030 0.898 0.016 0.045 0.009 74 E 0.002 0.001 0.026 0.945 0.007 0.013 0.007 75 A 0.004 0.001 0.007 0.971 0.003 0.006 0.008 76 S 0.010 0.001 0.003 0.964 0.002 0.013 0.007 77 I 0.010 0.001 0.003 0.958 0.004 0.020 0.004 78 G 0.021 0.001 0.004 0.949 0.005 0.014 0.006 79 L 0.055 0.001 0.006 0.898 0.010 0.010 0.020 80 A 0.069 0.001 0.012 0.888 0.009 0.013 0.008 81 A 0.096 0.002 0.015 0.836 0.006 0.033 0.012 82 I 0.074 0.004 0.023 0.808 0.007 0.072 0.013 83 N 0.130 0.003 0.026 0.679 0.047 0.056 0.059 84 A 0.068 0.003 0.082 0.615 0.048 0.101 0.083 85 Y 0.063 0.008 0.071 0.501 0.084 0.178 0.096 86 Y 0.073 0.018 0.054 0.313 0.151 0.194 0.197 87 N 0.048 0.024 0.020 0.176 0.248 0.119 0.366 88 N 0.017 0.009 0.024 0.263 0.183 0.108 0.396 89 P 0.005 0.002 0.098 0.501 0.078 0.177 0.140 90 Q 0.006 0.002 0.133 0.539 0.055 0.181 0.084 91 V 0.010 0.005 0.104 0.599 0.058 0.083 0.142 92 A 0.013 0.008 0.075 0.645 0.058 0.065 0.136 93 R 0.014 0.006 0.079 0.626 0.054 0.107 0.115 94 E 0.010 0.006 0.083 0.595 0.052 0.174 0.080 95 H 0.008 0.004 0.055 0.404 0.067 0.375 0.088 96 G 0.013 0.006 0.035 0.184 0.097 0.498 0.166 97 V 0.035 0.014 0.025 0.104 0.193 0.105 0.524 98 I 0.082 0.030 0.036 0.117 0.146 0.072 0.517 99 F 0.123 0.024 0.061 0.139 0.112 0.091 0.450 100 S 0.141 0.028 0.091 0.162 0.121 0.125 0.332 101 D 0.154 0.020 0.074 0.154 0.137 0.121 0.338 102 A 0.141 0.020 0.059 0.182 0.136 0.088 0.374 103 K 0.115 0.015 0.056 0.202 0.150 0.091 0.371 104 R 0.113 0.024 0.064 0.220 0.120 0.113 0.346 105 V 0.065 0.014 0.097 0.259 0.103 0.133 0.329 106 E 0.054 0.010 0.121 0.217 0.129 0.211 0.259 107 D 0.049 0.008 0.147 0.203 0.149 0.255 0.189 108 R 0.086 0.017 0.097 0.192 0.156 0.207 0.246 109 M 0.194 0.024 0.051 0.150 0.121 0.126 0.334 110 N 0.286 0.021 0.050 0.130 0.115 0.094 0.304 111 D 0.285 0.011 0.077 0.174 0.147 0.101 0.204 112 P 0.427 0.012 0.078 0.166 0.068 0.072 0.176 113 F 0.632 0.016 0.036 0.109 0.039 0.037 0.130 114 I 0.650 0.010 0.022 0.096 0.035 0.035 0.152 115 M 0.564 0.031 0.016 0.098 0.052 0.036 0.203 116 S 0.347 0.024 0.013 0.069 0.070 0.025 0.452 117 Q 0.070 0.005 0.123 0.165 0.095 0.314 0.229 118 N 0.037 0.008 0.158 0.121 0.138 0.410 0.130 119 E 0.079 0.016 0.160 0.165 0.139 0.178 0.264 120 V 0.097 0.022 0.071 0.167 0.142 0.203 0.299 121 K 0.074 0.015 0.032 0.115 0.176 0.304 0.284 122 G 0.045 0.013 0.012 0.052 0.020 0.165 0.694 123 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997