# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.3761 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.004 0.019 0.332 0.091 0.547 2 W 0.005 0.004 0.022 0.769 0.055 0.144 3 E 0.007 0.007 0.032 0.808 0.051 0.096 4 I 0.001 0.001 0.021 0.958 0.010 0.008 5 Y 0.001 0.001 0.015 0.972 0.007 0.004 6 D 0.001 0.001 0.018 0.973 0.007 0.002 7 A 0.001 0.001 0.006 0.987 0.004 0.002 8 M 0.001 0.001 0.006 0.982 0.006 0.005 9 I 0.001 0.001 0.016 0.956 0.019 0.009 10 N 0.001 0.001 0.017 0.911 0.032 0.039 11 G 0.001 0.002 0.037 0.215 0.174 0.571 12 I 0.002 0.005 0.012 0.012 0.332 0.637 13 P 0.005 0.005 0.167 0.024 0.618 0.181 14 E 0.013 0.003 0.249 0.031 0.592 0.113 15 D 0.040 0.006 0.297 0.044 0.494 0.119 16 F 0.225 0.031 0.073 0.036 0.314 0.322 17 L 0.477 0.044 0.017 0.017 0.097 0.347 18 V 0.544 0.017 0.039 0.034 0.147 0.219 19 D 0.598 0.004 0.039 0.024 0.154 0.181 20 E 0.851 0.002 0.023 0.015 0.058 0.050 21 L 0.947 0.004 0.003 0.006 0.016 0.024 22 V 0.961 0.003 0.002 0.005 0.018 0.012 23 C 0.941 0.006 0.001 0.003 0.025 0.023 24 G 0.617 0.005 0.004 0.003 0.234 0.136 25 T 0.468 0.002 0.008 0.001 0.351 0.171 26 T 0.820 0.003 0.003 0.001 0.077 0.096 27 H 0.971 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 28 S 0.986 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 29 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 30 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 31 R 0.951 0.004 0.001 0.001 0.018 0.026 32 S 0.457 0.013 0.002 0.001 0.498 0.029 33 G 0.038 0.002 0.004 0.001 0.936 0.021 34 N 0.018 0.001 0.004 0.001 0.962 0.015 35 G 0.447 0.049 0.003 0.001 0.448 0.053 36 V 0.876 0.017 0.001 0.001 0.033 0.073 37 G 0.953 0.008 0.001 0.001 0.014 0.024 38 L 0.926 0.005 0.006 0.001 0.022 0.040 39 G 0.805 0.005 0.009 0.001 0.049 0.130 40 P 0.612 0.007 0.010 0.002 0.097 0.272 41 N 0.214 0.031 0.006 0.002 0.108 0.638 42 R 0.086 0.022 0.004 0.002 0.223 0.663 43 P 0.058 0.015 0.019 0.010 0.400 0.498 44 F 0.037 0.009 0.061 0.024 0.590 0.279 45 E 0.099 0.021 0.083 0.027 0.559 0.213 46 T 0.142 0.031 0.051 0.049 0.354 0.373 47 R 0.087 0.049 0.034 0.058 0.283 0.489 48 M 0.076 0.029 0.022 0.034 0.243 0.597 49 P 0.072 0.034 0.037 0.073 0.259 0.525 50 M 0.047 0.027 0.119 0.128 0.307 0.373 51 L 0.035 0.030 0.118 0.120 0.347 0.350 52 T 0.020 0.014 0.264 0.239 0.306 0.156 53 Q 0.018 0.010 0.335 0.212 0.282 0.142 54 N 0.014 0.011 0.276 0.263 0.327 0.110 55 L 0.007 0.016 0.238 0.204 0.504 0.031 56 L 0.005 0.006 0.079 0.242 0.607 0.061 57 G 0.003 0.003 0.037 0.102 0.655 0.201 58 L 0.018 0.025 0.013 0.232 0.397 0.315 59 P 0.023 0.025 0.004 0.352 0.046 0.550 60 L 0.004 0.001 0.002 0.972 0.006 0.014 61 R 0.005 0.001 0.004 0.981 0.005 0.005 62 V 0.005 0.001 0.004 0.984 0.004 0.003 63 A 0.006 0.001 0.005 0.979 0.006 0.003 64 A 0.003 0.001 0.005 0.982 0.006 0.004 65 G 0.004 0.001 0.010 0.959 0.016 0.011 66 C 0.004 0.001 0.015 0.930 0.028 0.022 67 V 0.005 0.002 0.018 0.891 0.040 0.043 68 K 0.005 0.004 0.012 0.845 0.048 0.087 69 S 0.004 0.003 0.006 0.638 0.059 0.290 70 W 0.002 0.002 0.005 0.626 0.060 0.305 71 N 0.003 0.003 0.004 0.693 0.068 0.228 72 Y 0.001 0.001 0.004 0.977 0.007 0.011 73 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 76 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 78 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 81 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 82 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 83 N 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 84 A 0.003 0.001 0.004 0.972 0.004 0.016 85 Y 0.016 0.005 0.010 0.701 0.026 0.242 86 Y 0.034 0.022 0.019 0.230 0.095 0.600 87 N 0.051 0.017 0.008 0.059 0.194 0.670 88 N 0.014 0.004 0.002 0.013 0.156 0.811 89 P 0.008 0.003 0.084 0.454 0.244 0.207 90 Q 0.025 0.007 0.129 0.455 0.296 0.087 91 V 0.023 0.011 0.125 0.514 0.261 0.065 92 A 0.026 0.014 0.071 0.605 0.168 0.117 93 R 0.023 0.014 0.084 0.595 0.169 0.116 94 E 0.015 0.006 0.089 0.585 0.172 0.134 95 H 0.015 0.004 0.050 0.460 0.207 0.263 96 G 0.023 0.005 0.018 0.061 0.228 0.665 97 V 0.141 0.014 0.008 0.016 0.137 0.685 98 I 0.459 0.048 0.011 0.015 0.085 0.383 99 F 0.471 0.036 0.022 0.018 0.133 0.320 100 S 0.381 0.016 0.039 0.021 0.185 0.358 101 D 0.200 0.010 0.076 0.031 0.251 0.432 102 A 0.152 0.017 0.132 0.091 0.393 0.215 103 K 0.162 0.012 0.113 0.100 0.414 0.198 104 R 0.172 0.012 0.076 0.099 0.425 0.217 105 V 0.259 0.053 0.032 0.163 0.269 0.223 106 E 0.335 0.023 0.028 0.151 0.171 0.291 107 D 0.335 0.009 0.035 0.232 0.196 0.195 108 R 0.408 0.016 0.036 0.199 0.173 0.168 109 M 0.474 0.044 0.022 0.178 0.145 0.137 110 N 0.404 0.026 0.027 0.200 0.184 0.158 111 D 0.144 0.011 0.028 0.188 0.367 0.262 112 P 0.097 0.012 0.060 0.242 0.376 0.214 113 F 0.108 0.024 0.090 0.205 0.341 0.231 114 I 0.084 0.022 0.133 0.325 0.273 0.164 115 M 0.062 0.021 0.115 0.380 0.219 0.203 116 S 0.071 0.017 0.120 0.447 0.163 0.181 117 Q 0.038 0.011 0.099 0.639 0.117 0.095 118 N 0.020 0.005 0.099 0.666 0.126 0.084 119 E 0.017 0.003 0.110 0.608 0.178 0.084 120 V 0.022 0.011 0.054 0.605 0.216 0.092 121 K 0.010 0.006 0.022 0.526 0.205 0.231 122 G 0.005 0.004 0.008 0.132 0.165 0.686 123 K 0.006 0.003 0.002 0.007 0.087 0.896