# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.3761 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.004 0.633 0.001 0.023 0.266 0.001 0.001 0.001 0.037 0.035 0.001 0.001 2 W 0.001 0.003 0.300 0.001 0.016 0.621 0.001 0.001 0.001 0.028 0.028 0.001 0.001 3 E 0.001 0.012 0.172 0.001 0.009 0.703 0.001 0.001 0.002 0.056 0.040 0.002 0.003 4 I 0.001 0.002 0.028 0.001 0.002 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.002 5 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 8 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 9 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.890 0.001 0.001 0.001 0.002 0.074 0.001 0.001 10 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.242 0.001 0.001 0.001 0.006 0.730 0.001 0.001 11 G 0.001 0.001 0.028 0.001 0.018 0.054 0.001 0.001 0.001 0.026 0.871 0.001 0.001 12 I 0.001 0.014 0.578 0.001 0.012 0.016 0.001 0.001 0.002 0.333 0.044 0.001 0.001 13 P 0.001 0.007 0.309 0.001 0.283 0.031 0.001 0.001 0.001 0.122 0.246 0.001 0.001 14 E 0.001 0.002 0.047 0.001 0.254 0.018 0.001 0.001 0.001 0.185 0.490 0.001 0.001 15 D 0.001 0.014 0.292 0.004 0.262 0.022 0.002 0.001 0.029 0.148 0.189 0.003 0.035 16 F 0.003 0.029 0.479 0.005 0.015 0.007 0.006 0.003 0.104 0.186 0.030 0.105 0.029 17 L 0.007 0.067 0.447 0.003 0.005 0.008 0.009 0.011 0.212 0.048 0.015 0.032 0.136 18 V 0.010 0.023 0.209 0.026 0.035 0.050 0.024 0.050 0.391 0.043 0.030 0.030 0.079 19 D 0.034 0.006 0.199 0.357 0.024 0.041 0.016 0.035 0.106 0.065 0.029 0.058 0.031 20 E 0.112 0.003 0.128 0.062 0.030 0.050 0.052 0.044 0.187 0.035 0.025 0.083 0.189 21 L 0.238 0.004 0.041 0.040 0.014 0.035 0.112 0.153 0.081 0.008 0.014 0.078 0.181 22 V 0.437 0.008 0.031 0.008 0.009 0.013 0.061 0.094 0.023 0.008 0.015 0.218 0.075 23 C 0.184 0.009 0.097 0.008 0.014 0.016 0.076 0.166 0.087 0.046 0.060 0.048 0.189 24 G 0.044 0.015 0.302 0.093 0.027 0.012 0.016 0.030 0.086 0.123 0.103 0.049 0.099 25 T 0.030 0.006 0.179 0.088 0.021 0.008 0.004 0.004 0.017 0.488 0.066 0.055 0.034 26 T 0.051 0.009 0.263 0.115 0.029 0.014 0.004 0.002 0.012 0.175 0.070 0.057 0.198 27 H 0.330 0.012 0.107 0.015 0.023 0.018 0.032 0.031 0.024 0.017 0.025 0.118 0.249 28 S 0.427 0.008 0.020 0.005 0.009 0.008 0.048 0.063 0.037 0.008 0.008 0.277 0.083 29 V 0.632 0.002 0.012 0.011 0.006 0.004 0.085 0.027 0.012 0.004 0.005 0.021 0.181 30 I 0.596 0.002 0.020 0.063 0.006 0.005 0.047 0.015 0.035 0.011 0.005 0.158 0.037 31 R 0.456 0.008 0.048 0.007 0.004 0.003 0.023 0.004 0.025 0.014 0.003 0.041 0.363 32 S 0.066 0.014 0.391 0.020 0.013 0.006 0.004 0.002 0.015 0.031 0.043 0.169 0.227 33 G 0.010 0.008 0.045 0.016 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.139 0.679 0.038 0.030 34 N 0.002 0.002 0.038 0.008 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.088 0.817 0.016 0.006 35 G 0.020 0.010 0.204 0.005 0.039 0.006 0.003 0.002 0.007 0.361 0.239 0.037 0.067 36 V 0.082 0.030 0.303 0.018 0.037 0.011 0.017 0.004 0.017 0.177 0.159 0.055 0.090 37 G 0.172 0.050 0.152 0.021 0.030 0.006 0.031 0.006 0.016 0.071 0.049 0.197 0.198 38 L 0.185 0.041 0.131 0.044 0.020 0.006 0.043 0.007 0.020 0.047 0.033 0.068 0.356 39 G 0.047 0.021 0.250 0.013 0.015 0.007 0.012 0.003 0.038 0.090 0.031 0.410 0.063 40 P 0.022 0.036 0.428 0.008 0.014 0.007 0.009 0.002 0.022 0.116 0.060 0.015 0.259 41 N 0.007 0.075 0.550 0.009 0.011 0.005 0.002 0.001 0.012 0.188 0.051 0.068 0.023 42 R 0.001 0.015 0.634 0.002 0.015 0.005 0.001 0.001 0.005 0.239 0.051 0.007 0.025 43 P 0.001 0.014 0.315 0.006 0.051 0.013 0.001 0.001 0.001 0.122 0.465 0.004 0.006 44 F 0.001 0.011 0.145 0.001 0.052 0.010 0.001 0.001 0.002 0.251 0.520 0.002 0.004 45 E 0.001 0.017 0.452 0.002 0.025 0.011 0.001 0.001 0.005 0.371 0.104 0.005 0.006 46 T 0.001 0.034 0.612 0.003 0.011 0.008 0.001 0.001 0.009 0.252 0.040 0.016 0.013 47 R 0.001 0.071 0.645 0.001 0.013 0.012 0.001 0.001 0.012 0.126 0.057 0.011 0.050 48 M 0.001 0.049 0.701 0.002 0.012 0.018 0.002 0.001 0.011 0.107 0.046 0.029 0.023 49 P 0.001 0.037 0.674 0.002 0.032 0.032 0.001 0.001 0.009 0.088 0.080 0.011 0.032 50 M 0.001 0.022 0.564 0.002 0.094 0.071 0.001 0.001 0.004 0.097 0.122 0.010 0.012 51 L 0.001 0.012 0.296 0.004 0.176 0.136 0.001 0.001 0.002 0.157 0.206 0.003 0.007 52 T 0.001 0.024 0.233 0.002 0.248 0.187 0.001 0.001 0.003 0.141 0.148 0.002 0.011 53 Q 0.001 0.024 0.211 0.001 0.197 0.247 0.001 0.001 0.005 0.118 0.169 0.013 0.012 54 N 0.001 0.046 0.240 0.001 0.150 0.249 0.001 0.001 0.004 0.114 0.174 0.004 0.015 55 L 0.001 0.034 0.323 0.001 0.117 0.154 0.001 0.001 0.018 0.096 0.222 0.005 0.027 56 L 0.001 0.011 0.072 0.001 0.020 0.056 0.001 0.001 0.002 0.123 0.709 0.003 0.001 57 G 0.001 0.002 0.097 0.001 0.012 0.015 0.001 0.001 0.001 0.295 0.574 0.001 0.002 58 L 0.001 0.004 0.247 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.698 0.028 0.004 0.001 59 P 0.001 0.034 0.876 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.001 0.019 60 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 65 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.895 0.001 0.001 0.001 0.007 0.079 0.001 0.001 66 C 0.001 0.001 0.027 0.001 0.025 0.898 0.001 0.001 0.001 0.011 0.039 0.001 0.001 67 V 0.001 0.002 0.093 0.001 0.075 0.743 0.001 0.001 0.004 0.030 0.051 0.001 0.001 68 K 0.001 0.006 0.075 0.001 0.058 0.702 0.001 0.001 0.002 0.027 0.128 0.001 0.001 69 S 0.001 0.005 0.181 0.001 0.030 0.629 0.001 0.001 0.001 0.074 0.078 0.001 0.001 70 W 0.001 0.003 0.085 0.001 0.013 0.761 0.001 0.001 0.001 0.063 0.075 0.001 0.001 71 N 0.001 0.001 0.066 0.001 0.004 0.888 0.001 0.001 0.001 0.028 0.012 0.001 0.001 72 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 82 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 83 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 85 Y 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 0.917 0.001 0.001 0.001 0.006 0.049 0.001 0.002 86 Y 0.002 0.003 0.031 0.001 0.018 0.821 0.001 0.001 0.004 0.026 0.082 0.009 0.002 87 N 0.002 0.012 0.280 0.001 0.024 0.378 0.001 0.001 0.008 0.126 0.162 0.001 0.006 88 N 0.001 0.008 0.681 0.001 0.019 0.052 0.001 0.001 0.003 0.212 0.023 0.001 0.001 89 P 0.001 0.003 0.264 0.001 0.250 0.135 0.001 0.001 0.001 0.107 0.235 0.001 0.003 90 Q 0.001 0.003 0.114 0.001 0.350 0.119 0.001 0.001 0.001 0.126 0.280 0.004 0.001 91 V 0.001 0.009 0.151 0.001 0.443 0.153 0.001 0.001 0.008 0.091 0.115 0.002 0.027 92 A 0.002 0.018 0.163 0.003 0.297 0.198 0.001 0.001 0.010 0.126 0.155 0.021 0.005 93 R 0.001 0.016 0.216 0.002 0.275 0.218 0.001 0.001 0.006 0.069 0.170 0.002 0.024 94 E 0.001 0.011 0.239 0.004 0.186 0.195 0.001 0.001 0.010 0.157 0.177 0.009 0.010 95 H 0.001 0.003 0.055 0.006 0.036 0.067 0.001 0.001 0.002 0.095 0.727 0.006 0.002 96 G 0.001 0.004 0.152 0.006 0.012 0.007 0.001 0.001 0.006 0.154 0.644 0.004 0.007 97 V 0.010 0.034 0.564 0.003 0.007 0.010 0.007 0.005 0.067 0.092 0.024 0.130 0.046 98 I 0.017 0.068 0.308 0.003 0.009 0.009 0.020 0.015 0.148 0.030 0.017 0.048 0.309 99 F 0.022 0.021 0.210 0.160 0.042 0.024 0.028 0.042 0.192 0.049 0.022 0.102 0.087 100 S 0.015 0.014 0.285 0.033 0.048 0.028 0.012 0.020 0.229 0.059 0.043 0.138 0.076 101 D 0.008 0.018 0.415 0.019 0.071 0.033 0.008 0.009 0.070 0.080 0.093 0.016 0.161 102 A 0.002 0.019 0.477 0.023 0.039 0.025 0.001 0.002 0.019 0.193 0.107 0.069 0.024 103 K 0.002 0.009 0.340 0.031 0.086 0.027 0.001 0.001 0.004 0.250 0.207 0.012 0.030 104 R 0.002 0.017 0.443 0.021 0.061 0.021 0.001 0.002 0.009 0.197 0.169 0.032 0.026 105 V 0.005 0.013 0.556 0.010 0.031 0.015 0.002 0.003 0.030 0.189 0.075 0.024 0.047 106 E 0.010 0.015 0.426 0.027 0.013 0.015 0.008 0.015 0.131 0.191 0.032 0.066 0.050 107 D 0.036 0.014 0.229 0.046 0.012 0.014 0.030 0.084 0.199 0.086 0.030 0.041 0.179 108 R 0.044 0.014 0.128 0.030 0.010 0.023 0.075 0.195 0.236 0.060 0.028 0.109 0.048 109 M 0.041 0.014 0.116 0.004 0.009 0.027 0.097 0.312 0.210 0.025 0.024 0.033 0.088 110 N 0.028 0.019 0.188 0.008 0.006 0.021 0.068 0.264 0.234 0.037 0.037 0.054 0.036 111 D 0.005 0.017 0.422 0.011 0.012 0.028 0.010 0.037 0.215 0.140 0.061 0.016 0.025 112 P 0.001 0.015 0.428 0.009 0.041 0.117 0.002 0.010 0.050 0.171 0.138 0.006 0.012 113 F 0.002 0.025 0.349 0.008 0.033 0.214 0.004 0.013 0.035 0.174 0.119 0.008 0.016 114 I 0.002 0.023 0.243 0.005 0.065 0.386 0.002 0.006 0.036 0.140 0.062 0.012 0.017 115 M 0.003 0.021 0.163 0.001 0.039 0.603 0.001 0.006 0.012 0.081 0.044 0.008 0.018 116 S 0.006 0.019 0.155 0.002 0.032 0.652 0.001 0.003 0.009 0.049 0.035 0.011 0.025 117 Q 0.001 0.002 0.009 0.001 0.063 0.900 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.003 118 N 0.001 0.001 0.005 0.001 0.088 0.879 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 119 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.113 0.835 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.001 0.001 120 V 0.002 0.006 0.031 0.001 0.101 0.776 0.001 0.001 0.002 0.009 0.065 0.001 0.006 121 K 0.002 0.009 0.100 0.002 0.054 0.493 0.001 0.001 0.003 0.078 0.242 0.014 0.002 122 G 0.001 0.006 0.171 0.001 0.033 0.118 0.001 0.001 0.001 0.119 0.540 0.001 0.008 123 K 0.001 0.008 0.605 0.001 0.013 0.031 0.001 0.001 0.002 0.274 0.056 0.007 0.003