# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.3761 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.017 0.009 0.013 0.006 0.010 0.036 0.001 0.001 0.002 0.860 2 W 0.024 0.020 0.004 0.018 0.006 0.015 0.096 0.001 0.001 0.003 0.814 3 E 0.046 0.038 0.002 0.013 0.006 0.013 0.141 0.001 0.001 0.004 0.735 4 I 0.089 0.191 0.001 0.009 0.005 0.011 0.105 0.002 0.001 0.002 0.584 5 Y 0.031 0.641 0.001 0.014 0.005 0.019 0.063 0.001 0.001 0.003 0.222 6 D 0.009 0.744 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.224 7 A 0.026 0.906 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.004 0.001 0.001 0.044 8 M 0.018 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 9 I 0.040 0.926 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.022 10 N 0.046 0.826 0.005 0.001 0.001 0.003 0.007 0.071 0.001 0.001 0.040 11 G 0.478 0.099 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.364 0.001 0.001 0.052 12 I 0.165 0.016 0.777 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.029 13 P 0.001 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.974 14 E 0.003 0.001 0.001 0.020 0.002 0.004 0.047 0.001 0.001 0.001 0.921 15 D 0.285 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.071 0.001 0.001 0.016 0.609 16 F 0.461 0.010 0.006 0.238 0.019 0.019 0.045 0.001 0.001 0.013 0.187 17 L 0.035 0.005 0.002 0.477 0.047 0.050 0.153 0.001 0.001 0.003 0.228 18 V 0.011 0.007 0.001 0.439 0.079 0.161 0.044 0.001 0.001 0.002 0.256 19 D 0.003 0.008 0.001 0.431 0.172 0.329 0.022 0.001 0.001 0.001 0.033 20 E 0.014 0.017 0.001 0.134 0.109 0.162 0.090 0.002 0.001 0.005 0.466 21 L 0.040 0.020 0.003 0.302 0.234 0.241 0.033 0.003 0.001 0.005 0.120 22 V 0.023 0.017 0.005 0.194 0.160 0.287 0.074 0.003 0.001 0.005 0.232 23 C 0.010 0.009 0.003 0.123 0.179 0.247 0.064 0.002 0.001 0.004 0.358 24 G 0.023 0.005 0.003 0.079 0.145 0.216 0.075 0.002 0.001 0.006 0.446 25 T 0.020 0.003 0.008 0.044 0.042 0.072 0.049 0.001 0.001 0.005 0.756 26 T 0.019 0.002 0.003 0.088 0.118 0.217 0.126 0.001 0.001 0.010 0.416 27 H 0.059 0.003 0.004 0.141 0.175 0.288 0.075 0.001 0.001 0.013 0.241 28 S 0.014 0.006 0.001 0.210 0.267 0.357 0.033 0.001 0.001 0.003 0.109 29 V 0.004 0.004 0.001 0.206 0.333 0.373 0.017 0.001 0.001 0.001 0.060 30 I 0.003 0.004 0.001 0.124 0.351 0.397 0.013 0.001 0.001 0.001 0.106 31 R 0.002 0.002 0.001 0.076 0.340 0.517 0.012 0.001 0.001 0.001 0.050 32 S 0.003 0.002 0.001 0.061 0.275 0.427 0.061 0.001 0.001 0.002 0.168 33 G 0.008 0.002 0.001 0.058 0.132 0.216 0.118 0.001 0.001 0.010 0.454 34 N 0.025 0.002 0.001 0.015 0.040 0.044 0.336 0.001 0.001 0.024 0.512 35 G 0.293 0.003 0.003 0.023 0.016 0.018 0.193 0.002 0.001 0.067 0.381 36 V 0.275 0.004 0.027 0.035 0.041 0.041 0.222 0.001 0.001 0.038 0.316 37 G 0.020 0.001 0.007 0.076 0.159 0.116 0.182 0.001 0.001 0.004 0.435 38 L 0.004 0.001 0.004 0.055 0.060 0.168 0.049 0.001 0.001 0.001 0.658 39 G 0.002 0.001 0.001 0.128 0.294 0.433 0.057 0.001 0.001 0.001 0.085 40 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.967 41 N 0.006 0.001 0.001 0.126 0.122 0.308 0.106 0.001 0.001 0.004 0.327 42 R 0.032 0.001 0.001 0.048 0.020 0.052 0.088 0.001 0.001 0.007 0.752 43 P 0.005 0.001 0.001 0.020 0.011 0.018 0.031 0.001 0.001 0.002 0.912 44 F 0.040 0.001 0.001 0.046 0.039 0.075 0.152 0.001 0.001 0.008 0.637 45 E 0.223 0.010 0.001 0.029 0.023 0.034 0.086 0.001 0.001 0.008 0.586 46 T 0.165 0.030 0.002 0.037 0.056 0.073 0.084 0.002 0.001 0.006 0.545 47 R 0.085 0.015 0.006 0.027 0.035 0.062 0.063 0.002 0.001 0.004 0.700 48 M 0.082 0.012 0.007 0.050 0.071 0.134 0.116 0.002 0.001 0.005 0.522 49 P 0.008 0.001 0.002 0.009 0.007 0.015 0.016 0.001 0.001 0.001 0.941 50 M 0.009 0.002 0.001 0.019 0.023 0.047 0.068 0.001 0.001 0.002 0.830 51 L 0.074 0.006 0.001 0.022 0.023 0.039 0.149 0.001 0.001 0.007 0.679 52 T 0.164 0.039 0.001 0.032 0.024 0.040 0.132 0.002 0.001 0.008 0.558 53 Q 0.104 0.058 0.002 0.038 0.039 0.051 0.173 0.002 0.001 0.009 0.525 54 N 0.211 0.089 0.003 0.016 0.016 0.016 0.194 0.001 0.001 0.008 0.446 55 L 0.192 0.161 0.008 0.023 0.029 0.037 0.113 0.003 0.001 0.008 0.425 56 L 0.070 0.174 0.011 0.034 0.032 0.068 0.171 0.003 0.001 0.006 0.432 57 G 0.187 0.070 0.007 0.016 0.012 0.028 0.087 0.008 0.001 0.010 0.576 58 L 0.268 0.127 0.039 0.027 0.006 0.039 0.073 0.002 0.001 0.005 0.413 59 P 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.982 60 L 0.056 0.096 0.003 0.024 0.008 0.039 0.098 0.001 0.001 0.004 0.672 61 R 0.040 0.312 0.001 0.018 0.010 0.021 0.069 0.002 0.001 0.001 0.526 62 V 0.047 0.670 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.256 63 A 0.017 0.925 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.048 64 A 0.011 0.953 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.023 65 G 0.016 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.016 66 C 0.027 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.027 67 V 0.056 0.903 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.020 68 K 0.062 0.832 0.019 0.002 0.001 0.003 0.006 0.023 0.001 0.001 0.052 69 S 0.117 0.535 0.071 0.003 0.002 0.003 0.028 0.045 0.001 0.001 0.196 70 W 0.193 0.410 0.026 0.014 0.002 0.003 0.037 0.031 0.001 0.002 0.282 71 N 0.080 0.115 0.014 0.003 0.001 0.001 0.305 0.007 0.001 0.005 0.470 72 Y 0.015 0.141 0.017 0.002 0.001 0.001 0.150 0.001 0.001 0.001 0.673 73 V 0.009 0.323 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.001 0.001 0.002 0.493 74 E 0.044 0.551 0.001 0.001 0.001 0.002 0.274 0.005 0.001 0.008 0.114 75 A 0.013 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 76 S 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 77 I 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 78 G 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 79 L 0.003 0.984 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 80 A 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 81 A 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 82 I 0.004 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 83 N 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 84 A 0.027 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.027 85 Y 0.056 0.888 0.010 0.001 0.002 0.002 0.002 0.025 0.001 0.001 0.014 86 Y 0.132 0.582 0.044 0.004 0.003 0.007 0.006 0.148 0.001 0.002 0.072 87 N 0.170 0.353 0.163 0.012 0.005 0.006 0.014 0.114 0.001 0.001 0.162 88 N 0.235 0.098 0.042 0.015 0.006 0.007 0.024 0.051 0.001 0.002 0.521 89 P 0.002 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.981 90 Q 0.010 0.001 0.001 0.012 0.004 0.009 0.352 0.001 0.001 0.003 0.606 91 V 0.598 0.009 0.004 0.011 0.003 0.006 0.062 0.001 0.001 0.010 0.297 92 A 0.155 0.137 0.001 0.055 0.018 0.026 0.106 0.002 0.001 0.004 0.496 93 R 0.133 0.068 0.002 0.021 0.013 0.020 0.090 0.001 0.001 0.005 0.647 94 E 0.186 0.129 0.002 0.027 0.020 0.032 0.060 0.004 0.001 0.005 0.535 95 H 0.158 0.124 0.004 0.015 0.025 0.041 0.137 0.010 0.001 0.011 0.474 96 G 0.267 0.072 0.010 0.017 0.027 0.037 0.110 0.015 0.001 0.018 0.427 97 V 0.216 0.072 0.054 0.027 0.033 0.042 0.094 0.004 0.001 0.009 0.448 98 I 0.028 0.030 0.011 0.040 0.050 0.067 0.119 0.002 0.001 0.002 0.651 99 F 0.036 0.027 0.005 0.066 0.096 0.180 0.061 0.001 0.001 0.004 0.524 100 S 0.043 0.043 0.002 0.054 0.114 0.204 0.117 0.002 0.001 0.004 0.417 101 D 0.100 0.043 0.002 0.024 0.055 0.067 0.097 0.004 0.001 0.006 0.604 102 A 0.182 0.059 0.005 0.046 0.057 0.073 0.113 0.006 0.001 0.016 0.442 103 K 0.093 0.027 0.005 0.017 0.034 0.037 0.296 0.005 0.001 0.019 0.466 104 R 0.143 0.021 0.009 0.027 0.031 0.046 0.163 0.007 0.001 0.024 0.530 105 V 0.173 0.014 0.026 0.065 0.059 0.091 0.101 0.005 0.001 0.022 0.445 106 E 0.041 0.003 0.014 0.089 0.148 0.109 0.141 0.001 0.001 0.006 0.447 107 D 0.013 0.001 0.007 0.196 0.133 0.160 0.046 0.001 0.001 0.002 0.441 108 R 0.004 0.001 0.001 0.402 0.184 0.277 0.044 0.001 0.001 0.001 0.087 109 M 0.004 0.001 0.001 0.416 0.141 0.242 0.050 0.001 0.001 0.002 0.143 110 N 0.005 0.002 0.001 0.560 0.097 0.180 0.052 0.001 0.001 0.002 0.101 111 D 0.014 0.002 0.001 0.354 0.072 0.095 0.147 0.001 0.001 0.004 0.312 112 P 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.955 113 F 0.010 0.001 0.001 0.068 0.024 0.085 0.303 0.001 0.001 0.011 0.500 114 I 0.306 0.008 0.002 0.028 0.006 0.024 0.095 0.001 0.001 0.018 0.514 115 M 0.026 0.032 0.001 0.012 0.005 0.006 0.026 0.001 0.001 0.001 0.891 116 S 0.084 0.075 0.001 0.014 0.010 0.022 0.087 0.001 0.001 0.003 0.704 117 Q 0.095 0.328 0.001 0.017 0.014 0.042 0.104 0.002 0.001 0.004 0.393 118 N 0.043 0.456 0.001 0.004 0.010 0.012 0.049 0.003 0.001 0.001 0.422 119 E 0.092 0.678 0.002 0.001 0.004 0.005 0.029 0.002 0.001 0.002 0.185 120 V 0.078 0.785 0.004 0.002 0.006 0.010 0.021 0.005 0.001 0.002 0.086 121 K 0.060 0.785 0.008 0.002 0.005 0.011 0.016 0.010 0.001 0.001 0.101 122 G 0.138 0.538 0.006 0.004 0.008 0.009 0.008 0.052 0.001 0.002 0.237 123 K 0.366 0.359 0.048 0.003 0.004 0.005 0.010 0.015 0.001 0.002 0.189