# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.3761 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.144 0.002 0.003 0.847 2 W 0.018 0.010 0.003 0.706 0.005 0.004 0.253 3 E 0.017 0.009 0.006 0.899 0.010 0.005 0.054 4 I 0.005 0.001 0.010 0.957 0.003 0.007 0.017 5 Y 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.002 6 D 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 7 A 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.003 0.001 8 M 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.010 0.001 9 I 0.001 0.001 0.018 0.918 0.008 0.052 0.003 10 N 0.001 0.001 0.019 0.598 0.005 0.375 0.003 11 G 0.001 0.002 0.015 0.311 0.023 0.626 0.023 12 I 0.002 0.006 0.004 0.016 0.208 0.019 0.745 13 P 0.003 0.004 0.157 0.045 0.062 0.305 0.424 14 E 0.006 0.006 0.231 0.050 0.126 0.524 0.056 15 D 0.033 0.013 0.321 0.037 0.167 0.244 0.185 16 F 0.172 0.021 0.017 0.019 0.185 0.021 0.564 17 L 0.395 0.052 0.007 0.004 0.041 0.024 0.477 18 V 0.639 0.027 0.015 0.003 0.022 0.011 0.282 19 D 0.442 0.002 0.015 0.006 0.341 0.018 0.176 20 E 0.936 0.001 0.012 0.003 0.016 0.008 0.024 21 L 0.973 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 22 V 0.986 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 23 C 0.928 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.059 24 G 0.529 0.001 0.002 0.001 0.126 0.045 0.296 25 T 0.488 0.002 0.004 0.001 0.230 0.055 0.221 26 T 0.603 0.006 0.004 0.001 0.149 0.040 0.198 27 H 0.912 0.002 0.001 0.001 0.016 0.005 0.063 28 S 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 29 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 30 I 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 31 R 0.931 0.007 0.001 0.002 0.005 0.004 0.050 32 S 0.630 0.017 0.003 0.004 0.036 0.062 0.248 33 G 0.076 0.004 0.010 0.003 0.161 0.654 0.093 34 N 0.060 0.006 0.022 0.005 0.202 0.603 0.101 35 G 0.174 0.039 0.063 0.014 0.230 0.237 0.243 36 V 0.228 0.043 0.072 0.016 0.162 0.168 0.311 37 G 0.342 0.047 0.089 0.015 0.145 0.205 0.156 38 L 0.358 0.084 0.090 0.020 0.096 0.091 0.261 39 G 0.266 0.058 0.054 0.012 0.113 0.108 0.389 40 P 0.138 0.028 0.034 0.005 0.174 0.155 0.466 41 N 0.089 0.045 0.015 0.005 0.377 0.061 0.409 42 R 0.037 0.014 0.008 0.005 0.331 0.026 0.580 43 P 0.023 0.020 0.050 0.017 0.132 0.140 0.618 44 F 0.036 0.035 0.117 0.034 0.216 0.257 0.304 45 E 0.060 0.026 0.116 0.038 0.214 0.192 0.353 46 T 0.094 0.034 0.059 0.040 0.231 0.108 0.433 47 R 0.108 0.056 0.039 0.053 0.206 0.117 0.422 48 M 0.074 0.024 0.024 0.046 0.184 0.039 0.610 49 P 0.073 0.029 0.065 0.095 0.102 0.130 0.505 50 M 0.049 0.020 0.106 0.162 0.109 0.201 0.353 51 L 0.046 0.031 0.113 0.230 0.106 0.128 0.347 52 T 0.022 0.016 0.151 0.379 0.061 0.159 0.212 53 Q 0.027 0.007 0.185 0.324 0.132 0.202 0.124 54 N 0.054 0.017 0.147 0.282 0.129 0.158 0.214 55 L 0.046 0.047 0.177 0.224 0.145 0.168 0.192 56 L 0.015 0.012 0.075 0.101 0.092 0.637 0.068 57 G 0.009 0.004 0.026 0.040 0.166 0.633 0.121 58 L 0.017 0.016 0.001 0.024 0.421 0.006 0.515 59 P 0.035 0.043 0.003 0.062 0.040 0.008 0.809 60 L 0.004 0.001 0.025 0.950 0.001 0.006 0.013 61 R 0.011 0.002 0.075 0.890 0.007 0.006 0.010 62 V 0.009 0.001 0.077 0.900 0.002 0.006 0.005 63 A 0.017 0.003 0.065 0.880 0.004 0.023 0.008 64 A 0.008 0.002 0.100 0.831 0.004 0.048 0.007 65 G 0.011 0.001 0.105 0.792 0.009 0.073 0.009 66 C 0.019 0.003 0.126 0.698 0.012 0.117 0.025 67 V 0.040 0.027 0.069 0.516 0.108 0.086 0.155 68 K 0.033 0.020 0.065 0.232 0.122 0.174 0.354 69 S 0.022 0.014 0.062 0.217 0.152 0.133 0.399 70 W 0.008 0.005 0.048 0.363 0.217 0.145 0.214 71 N 0.003 0.003 0.036 0.692 0.107 0.074 0.085 72 Y 0.001 0.001 0.024 0.934 0.005 0.017 0.018 73 V 0.001 0.001 0.008 0.985 0.001 0.004 0.002 74 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 75 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 76 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 78 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 82 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 83 N 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.015 0.001 84 A 0.001 0.001 0.004 0.941 0.001 0.052 0.002 85 Y 0.004 0.002 0.028 0.778 0.010 0.154 0.024 86 Y 0.021 0.021 0.052 0.457 0.095 0.184 0.169 87 N 0.022 0.015 0.027 0.103 0.218 0.146 0.468 88 N 0.010 0.008 0.022 0.050 0.205 0.042 0.663 89 P 0.014 0.005 0.074 0.086 0.120 0.115 0.586 90 Q 0.023 0.016 0.196 0.121 0.109 0.183 0.353 91 V 0.069 0.022 0.185 0.147 0.117 0.124 0.336 92 A 0.105 0.043 0.127 0.150 0.109 0.125 0.340 93 R 0.047 0.006 0.180 0.150 0.083 0.160 0.374 94 E 0.043 0.010 0.237 0.212 0.091 0.259 0.149 95 H 0.023 0.006 0.118 0.065 0.073 0.657 0.057 96 G 0.041 0.003 0.044 0.015 0.199 0.565 0.134 97 V 0.198 0.027 0.009 0.014 0.080 0.019 0.653 98 I 0.604 0.089 0.008 0.013 0.020 0.008 0.258 99 F 0.662 0.032 0.018 0.018 0.029 0.011 0.231 100 S 0.536 0.020 0.035 0.020 0.071 0.038 0.281 101 D 0.370 0.017 0.069 0.028 0.155 0.050 0.312 102 A 0.182 0.012 0.120 0.062 0.145 0.078 0.401 103 K 0.106 0.009 0.144 0.087 0.142 0.243 0.268 104 R 0.159 0.015 0.103 0.062 0.139 0.216 0.306 105 V 0.320 0.025 0.032 0.042 0.115 0.055 0.411 106 E 0.542 0.012 0.027 0.044 0.074 0.042 0.259 107 D 0.751 0.008 0.020 0.048 0.039 0.021 0.114 108 R 0.801 0.012 0.013 0.047 0.030 0.019 0.079 109 M 0.743 0.019 0.012 0.044 0.032 0.027 0.125 110 N 0.489 0.022 0.012 0.050 0.090 0.050 0.286 111 D 0.168 0.015 0.024 0.068 0.293 0.117 0.314 112 P 0.082 0.011 0.062 0.114 0.132 0.230 0.368 113 F 0.067 0.026 0.143 0.222 0.074 0.164 0.304 114 I 0.054 0.029 0.184 0.267 0.099 0.159 0.210 115 M 0.028 0.012 0.178 0.337 0.084 0.222 0.140 116 S 0.030 0.021 0.116 0.436 0.057 0.161 0.178 117 Q 0.008 0.006 0.142 0.677 0.027 0.039 0.101 118 N 0.007 0.001 0.224 0.598 0.029 0.078 0.062 119 E 0.012 0.002 0.120 0.716 0.014 0.103 0.033 120 V 0.031 0.014 0.072 0.583 0.059 0.132 0.109 121 K 0.022 0.011 0.018 0.277 0.054 0.543 0.073 122 G 0.022 0.005 0.005 0.096 0.048 0.270 0.554 123 K 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.991