# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.3761 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.799 0.027 0.060 0.079 0.005 0.013 0.007 0.002 0.005 0.002 0.001 2 W 0.940 0.008 0.022 0.016 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 3 E 0.964 0.004 0.009 0.012 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 4 I 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Y 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 A 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 M 0.947 0.001 0.003 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.897 0.013 0.029 0.050 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 10 N 0.409 0.004 0.038 0.532 0.002 0.003 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 11 G 0.069 0.004 0.044 0.077 0.007 0.005 0.200 0.564 0.004 0.027 0.001 12 I 0.041 0.169 0.617 0.007 0.015 0.051 0.006 0.001 0.092 0.001 0.001 13 P 0.515 0.006 0.386 0.057 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 14 E 0.523 0.117 0.157 0.115 0.059 0.009 0.009 0.003 0.004 0.004 0.001 15 D 0.123 0.060 0.051 0.630 0.011 0.046 0.035 0.008 0.036 0.001 0.001 16 F 0.002 0.479 0.341 0.005 0.085 0.025 0.008 0.001 0.056 0.001 0.001 17 L 0.006 0.410 0.498 0.005 0.010 0.062 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 18 V 0.007 0.562 0.324 0.001 0.032 0.058 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 19 D 0.720 0.023 0.004 0.245 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.002 0.510 0.011 0.006 0.463 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 21 L 0.005 0.901 0.039 0.002 0.026 0.006 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 22 V 0.006 0.818 0.061 0.002 0.041 0.025 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 23 C 0.010 0.588 0.136 0.031 0.064 0.047 0.009 0.001 0.113 0.002 0.001 24 G 0.014 0.054 0.273 0.011 0.334 0.017 0.016 0.070 0.008 0.199 0.004 25 T 0.253 0.167 0.214 0.192 0.087 0.037 0.024 0.004 0.007 0.010 0.006 26 T 0.098 0.331 0.183 0.154 0.174 0.020 0.015 0.006 0.013 0.005 0.001 27 H 0.024 0.598 0.148 0.022 0.154 0.018 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 28 S 0.014 0.746 0.148 0.008 0.062 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 29 V 0.008 0.826 0.076 0.003 0.060 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 30 I 0.007 0.781 0.135 0.002 0.024 0.030 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 31 R 0.033 0.574 0.238 0.030 0.021 0.064 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 32 S 0.044 0.292 0.267 0.045 0.276 0.019 0.018 0.004 0.021 0.014 0.001 33 G 0.283 0.053 0.069 0.135 0.132 0.009 0.050 0.139 0.006 0.124 0.001 34 N 0.080 0.167 0.154 0.340 0.147 0.011 0.055 0.012 0.025 0.008 0.001 35 G 0.039 0.062 0.245 0.020 0.190 0.008 0.043 0.179 0.005 0.203 0.004 36 V 0.110 0.468 0.201 0.110 0.063 0.018 0.005 0.003 0.018 0.002 0.001 37 G 0.046 0.129 0.159 0.044 0.296 0.017 0.065 0.056 0.014 0.171 0.002 38 L 0.074 0.436 0.320 0.055 0.060 0.026 0.002 0.001 0.020 0.002 0.004 39 G 0.038 0.276 0.372 0.008 0.082 0.044 0.027 0.002 0.141 0.008 0.001 40 P 0.233 0.031 0.534 0.089 0.004 0.041 0.001 0.001 0.003 0.001 0.061 41 N 0.103 0.236 0.346 0.101 0.084 0.056 0.017 0.007 0.040 0.009 0.002 42 R 0.031 0.223 0.531 0.003 0.025 0.028 0.013 0.001 0.139 0.003 0.002 43 P 0.205 0.005 0.662 0.016 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 44 F 0.215 0.122 0.240 0.174 0.084 0.024 0.055 0.062 0.015 0.008 0.001 45 E 0.203 0.150 0.217 0.151 0.090 0.048 0.075 0.030 0.022 0.013 0.002 46 T 0.094 0.359 0.310 0.082 0.091 0.030 0.008 0.003 0.020 0.003 0.001 47 R 0.235 0.205 0.247 0.165 0.028 0.067 0.017 0.003 0.030 0.002 0.002 48 M 0.043 0.368 0.303 0.008 0.045 0.026 0.014 0.001 0.188 0.002 0.001 49 P 0.188 0.013 0.710 0.010 0.001 0.037 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 50 M 0.392 0.115 0.280 0.081 0.044 0.031 0.015 0.018 0.013 0.009 0.002 51 L 0.348 0.137 0.241 0.091 0.043 0.046 0.030 0.008 0.047 0.008 0.001 52 T 0.461 0.062 0.232 0.173 0.019 0.022 0.012 0.007 0.007 0.004 0.002 53 Q 0.542 0.063 0.102 0.111 0.056 0.013 0.046 0.038 0.006 0.021 0.001 54 N 0.412 0.136 0.207 0.138 0.039 0.034 0.012 0.003 0.017 0.002 0.001 55 L 0.434 0.133 0.152 0.176 0.013 0.037 0.018 0.004 0.032 0.001 0.001 56 L 0.235 0.090 0.412 0.186 0.009 0.013 0.042 0.001 0.009 0.003 0.001 57 G 0.055 0.002 0.023 0.050 0.012 0.002 0.099 0.627 0.001 0.130 0.001 58 L 0.047 0.175 0.730 0.001 0.014 0.009 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 59 P 0.069 0.004 0.812 0.002 0.001 0.088 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 60 L 0.984 0.003 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.989 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.979 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 G 0.975 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 C 0.803 0.001 0.002 0.185 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.692 0.043 0.114 0.092 0.006 0.030 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 68 K 0.779 0.008 0.021 0.173 0.002 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 69 S 0.532 0.093 0.050 0.218 0.063 0.008 0.008 0.008 0.010 0.010 0.001 70 W 0.720 0.051 0.071 0.090 0.020 0.019 0.009 0.009 0.006 0.005 0.001 71 N 0.740 0.022 0.050 0.050 0.014 0.056 0.028 0.005 0.029 0.005 0.001 72 Y 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 I 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 N 0.961 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.882 0.009 0.010 0.087 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.634 0.020 0.025 0.287 0.006 0.009 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 86 Y 0.369 0.127 0.141 0.233 0.032 0.042 0.023 0.006 0.023 0.003 0.001 87 N 0.143 0.060 0.065 0.403 0.014 0.140 0.113 0.007 0.051 0.003 0.001 88 N 0.044 0.217 0.265 0.020 0.040 0.081 0.059 0.001 0.269 0.003 0.001 89 P 0.803 0.007 0.118 0.035 0.002 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.015 90 Q 0.736 0.042 0.069 0.097 0.008 0.020 0.010 0.006 0.009 0.001 0.001 91 V 0.664 0.086 0.078 0.129 0.008 0.016 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 92 A 0.726 0.055 0.095 0.061 0.014 0.018 0.012 0.003 0.012 0.004 0.001 93 R 0.647 0.042 0.156 0.094 0.012 0.027 0.009 0.003 0.007 0.002 0.002 94 E 0.739 0.052 0.056 0.111 0.007 0.011 0.010 0.003 0.009 0.001 0.001 95 H 0.265 0.034 0.103 0.496 0.010 0.006 0.069 0.005 0.008 0.003 0.001 96 G 0.031 0.003 0.020 0.021 0.016 0.002 0.212 0.640 0.002 0.053 0.001 97 V 0.077 0.396 0.433 0.024 0.022 0.028 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 98 I 0.103 0.245 0.528 0.020 0.006 0.076 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 99 F 0.243 0.358 0.199 0.090 0.037 0.048 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 100 S 0.270 0.320 0.178 0.060 0.109 0.025 0.008 0.002 0.024 0.004 0.001 101 D 0.291 0.152 0.214 0.172 0.054 0.047 0.024 0.005 0.037 0.004 0.002 102 A 0.381 0.109 0.286 0.110 0.039 0.025 0.013 0.010 0.019 0.007 0.002 103 K 0.387 0.129 0.270 0.095 0.045 0.018 0.024 0.009 0.010 0.011 0.001 104 R 0.269 0.109 0.207 0.169 0.068 0.033 0.076 0.038 0.017 0.012 0.002 105 V 0.153 0.420 0.210 0.093 0.067 0.024 0.008 0.003 0.020 0.002 0.001 106 E 0.183 0.417 0.188 0.044 0.040 0.060 0.024 0.003 0.038 0.002 0.001 107 D 0.156 0.485 0.159 0.064 0.056 0.035 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 108 R 0.117 0.492 0.135 0.051 0.139 0.023 0.010 0.005 0.024 0.003 0.001 109 M 0.088 0.481 0.201 0.041 0.090 0.052 0.008 0.002 0.032 0.004 0.001 110 N 0.138 0.419 0.132 0.155 0.040 0.039 0.007 0.001 0.066 0.002 0.001 111 D 0.097 0.105 0.372 0.019 0.192 0.047 0.058 0.006 0.055 0.045 0.004 112 P 0.493 0.022 0.180 0.211 0.002 0.047 0.007 0.004 0.007 0.001 0.027 113 F 0.234 0.160 0.322 0.073 0.055 0.038 0.054 0.018 0.035 0.011 0.001 114 I 0.302 0.175 0.341 0.050 0.025 0.050 0.017 0.007 0.023 0.004 0.007 115 M 0.487 0.110 0.248 0.057 0.035 0.019 0.013 0.009 0.009 0.012 0.001 116 S 0.429 0.112 0.172 0.120 0.033 0.072 0.020 0.010 0.025 0.005 0.002 117 Q 0.710 0.083 0.085 0.065 0.012 0.019 0.007 0.002 0.014 0.002 0.001 118 N 0.817 0.013 0.039 0.082 0.006 0.013 0.021 0.004 0.003 0.001 0.001 119 E 0.778 0.038 0.040 0.111 0.011 0.007 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 120 V 0.534 0.125 0.127 0.169 0.009 0.018 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 121 K 0.355 0.102 0.291 0.175 0.012 0.024 0.022 0.001 0.017 0.001 0.001 122 G 0.104 0.022 0.108 0.104 0.052 0.006 0.086 0.438 0.007 0.072 0.001 123 K 0.164 0.160 0.517 0.052 0.032 0.023 0.015 0.009 0.013 0.013 0.001