# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.3761 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.025 0.006 0.002 0.033 0.004 0.008 0.667 0.152 0.051 0.019 2 W 0.006 0.035 0.008 0.004 0.017 0.009 0.012 0.813 0.076 0.015 0.004 3 E 0.005 0.010 0.003 0.001 0.011 0.001 0.005 0.914 0.040 0.008 0.002 4 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.035 0.005 0.001 5 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.077 0.005 0.001 6 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.945 0.045 0.001 0.001 7 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.049 0.865 0.068 0.009 0.001 8 M 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.032 0.747 0.155 0.048 0.003 9 I 0.007 0.038 0.015 0.008 0.011 0.017 0.064 0.492 0.278 0.062 0.007 10 N 0.002 0.298 0.127 0.061 0.025 0.065 0.165 0.160 0.063 0.029 0.004 11 G 0.020 0.004 0.004 0.004 0.007 0.005 0.023 0.025 0.067 0.697 0.144 12 I 0.061 0.420 0.191 0.011 0.166 0.005 0.020 0.050 0.031 0.021 0.026 13 P 0.031 0.420 0.156 0.022 0.135 0.012 0.020 0.098 0.074 0.018 0.013 14 E 0.016 0.080 0.031 0.021 0.045 0.047 0.125 0.277 0.292 0.049 0.015 15 D 0.105 0.024 0.007 0.002 0.062 0.005 0.027 0.070 0.140 0.392 0.167 16 F 0.058 0.430 0.099 0.001 0.326 0.001 0.004 0.031 0.024 0.020 0.008 17 L 0.181 0.320 0.027 0.001 0.356 0.001 0.007 0.026 0.016 0.038 0.028 18 V 0.398 0.057 0.013 0.004 0.365 0.003 0.004 0.012 0.017 0.016 0.111 19 D 0.006 0.006 0.003 0.038 0.021 0.300 0.388 0.199 0.033 0.003 0.002 20 E 0.193 0.106 0.012 0.002 0.632 0.001 0.003 0.015 0.006 0.013 0.016 21 L 0.346 0.039 0.002 0.002 0.527 0.005 0.003 0.016 0.004 0.006 0.049 22 V 0.364 0.032 0.007 0.007 0.302 0.006 0.007 0.013 0.005 0.059 0.197 23 C 0.066 0.209 0.088 0.119 0.127 0.042 0.051 0.037 0.029 0.145 0.088 24 G 0.029 0.066 0.102 0.290 0.038 0.107 0.033 0.028 0.040 0.234 0.032 25 T 0.176 0.176 0.108 0.023 0.292 0.013 0.022 0.035 0.040 0.060 0.055 26 T 0.135 0.140 0.059 0.042 0.256 0.067 0.105 0.054 0.044 0.054 0.044 27 H 0.334 0.089 0.018 0.009 0.450 0.009 0.008 0.005 0.007 0.019 0.052 28 S 0.298 0.068 0.010 0.003 0.575 0.003 0.004 0.003 0.002 0.005 0.028 29 V 0.230 0.113 0.011 0.002 0.608 0.002 0.002 0.003 0.001 0.005 0.024 30 I 0.269 0.139 0.015 0.001 0.528 0.001 0.003 0.002 0.001 0.005 0.036 31 R 0.283 0.103 0.036 0.033 0.292 0.029 0.023 0.017 0.010 0.047 0.127 32 S 0.035 0.109 0.100 0.299 0.081 0.134 0.073 0.067 0.051 0.030 0.020 33 G 0.019 0.028 0.037 0.205 0.021 0.151 0.088 0.132 0.131 0.164 0.025 34 N 0.029 0.159 0.185 0.176 0.082 0.036 0.065 0.044 0.052 0.145 0.026 35 G 0.069 0.094 0.105 0.178 0.090 0.085 0.030 0.072 0.051 0.159 0.067 36 V 0.086 0.124 0.061 0.067 0.120 0.051 0.113 0.101 0.098 0.126 0.054 37 G 0.039 0.102 0.168 0.305 0.090 0.136 0.020 0.039 0.020 0.056 0.026 38 L 0.191 0.116 0.049 0.030 0.280 0.021 0.040 0.059 0.047 0.096 0.072 39 G 0.118 0.213 0.210 0.035 0.259 0.020 0.019 0.034 0.014 0.031 0.047 40 P 0.112 0.269 0.111 0.012 0.258 0.008 0.021 0.050 0.042 0.069 0.049 41 N 0.067 0.289 0.236 0.030 0.152 0.017 0.024 0.043 0.045 0.063 0.032 42 R 0.026 0.344 0.339 0.026 0.115 0.009 0.012 0.061 0.041 0.016 0.011 43 P 0.047 0.089 0.038 0.014 0.076 0.034 0.084 0.299 0.231 0.061 0.027 44 F 0.037 0.130 0.061 0.027 0.088 0.024 0.051 0.174 0.192 0.179 0.037 45 E 0.098 0.076 0.029 0.012 0.128 0.018 0.045 0.149 0.145 0.229 0.072 46 T 0.058 0.238 0.119 0.019 0.179 0.014 0.039 0.127 0.097 0.084 0.027 47 R 0.106 0.168 0.103 0.017 0.155 0.016 0.059 0.131 0.082 0.099 0.065 48 M 0.040 0.376 0.244 0.030 0.122 0.009 0.019 0.080 0.031 0.026 0.022 49 P 0.034 0.382 0.127 0.017 0.162 0.014 0.021 0.159 0.049 0.019 0.017 50 M 0.046 0.106 0.047 0.010 0.076 0.021 0.064 0.377 0.171 0.057 0.025 51 L 0.056 0.060 0.041 0.016 0.056 0.011 0.025 0.395 0.147 0.150 0.043 52 T 0.033 0.079 0.018 0.012 0.070 0.014 0.037 0.421 0.230 0.065 0.020 53 Q 0.016 0.044 0.015 0.012 0.034 0.041 0.076 0.446 0.254 0.051 0.013 54 N 0.027 0.030 0.028 0.010 0.039 0.009 0.111 0.483 0.157 0.079 0.026 55 L 0.039 0.022 0.014 0.012 0.032 0.028 0.073 0.392 0.199 0.155 0.035 56 L 0.008 0.208 0.092 0.074 0.042 0.069 0.179 0.220 0.075 0.025 0.008 57 G 0.016 0.007 0.018 0.024 0.007 0.015 0.005 0.016 0.038 0.749 0.106 58 L 0.004 0.571 0.350 0.003 0.063 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 59 P 0.007 0.840 0.089 0.001 0.038 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.720 0.272 0.002 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.043 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.926 0.059 0.011 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.874 0.086 0.035 0.001 64 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.748 0.205 0.023 0.001 65 G 0.001 0.006 0.004 0.002 0.002 0.006 0.048 0.804 0.111 0.015 0.001 66 C 0.003 0.003 0.002 0.003 0.003 0.004 0.033 0.641 0.219 0.084 0.004 67 V 0.015 0.024 0.006 0.004 0.022 0.010 0.081 0.580 0.203 0.048 0.008 68 K 0.014 0.030 0.012 0.006 0.017 0.016 0.054 0.399 0.238 0.187 0.026 69 S 0.046 0.177 0.053 0.008 0.135 0.010 0.051 0.378 0.067 0.059 0.016 70 W 0.014 0.059 0.028 0.014 0.032 0.033 0.037 0.288 0.199 0.265 0.031 71 N 0.069 0.065 0.044 0.011 0.108 0.005 0.026 0.527 0.077 0.037 0.030 72 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.852 0.134 0.010 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.060 0.002 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.036 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.040 0.001 0.001 76 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.050 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.044 0.001 0.001 78 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.034 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.021 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 82 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.973 0.022 0.001 0.001 83 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.845 0.134 0.007 0.001 84 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.048 0.757 0.177 0.007 0.001 85 Y 0.003 0.007 0.003 0.002 0.004 0.014 0.182 0.534 0.162 0.086 0.003 86 Y 0.026 0.170 0.048 0.013 0.077 0.028 0.181 0.204 0.077 0.146 0.031 87 N 0.094 0.059 0.036 0.027 0.084 0.057 0.082 0.053 0.049 0.282 0.176 88 N 0.115 0.225 0.136 0.018 0.366 0.005 0.008 0.028 0.025 0.029 0.045 89 P 0.021 0.053 0.035 0.012 0.051 0.010 0.024 0.365 0.355 0.058 0.016 90 Q 0.045 0.069 0.025 0.006 0.073 0.009 0.091 0.452 0.118 0.089 0.024 91 V 0.032 0.081 0.022 0.006 0.069 0.010 0.033 0.410 0.176 0.138 0.023 92 A 0.032 0.156 0.070 0.013 0.128 0.017 0.024 0.350 0.108 0.084 0.019 93 R 0.046 0.068 0.105 0.010 0.034 0.008 0.039 0.463 0.163 0.044 0.020 94 E 0.014 0.034 0.034 0.017 0.020 0.028 0.100 0.579 0.122 0.042 0.008 95 H 0.005 0.683 0.128 0.047 0.050 0.012 0.020 0.029 0.010 0.013 0.004 96 G 0.036 0.009 0.012 0.024 0.012 0.011 0.005 0.016 0.031 0.573 0.272 97 V 0.058 0.433 0.104 0.003 0.319 0.002 0.007 0.036 0.020 0.011 0.007 98 I 0.229 0.186 0.031 0.002 0.431 0.002 0.006 0.033 0.016 0.020 0.044 99 F 0.210 0.210 0.066 0.014 0.295 0.012 0.026 0.042 0.032 0.035 0.058 100 S 0.095 0.210 0.103 0.022 0.237 0.035 0.052 0.110 0.049 0.044 0.041 101 D 0.163 0.162 0.092 0.011 0.218 0.006 0.016 0.090 0.069 0.103 0.072 102 A 0.088 0.146 0.084 0.023 0.131 0.018 0.025 0.173 0.149 0.121 0.041 103 K 0.031 0.238 0.102 0.040 0.112 0.037 0.096 0.216 0.084 0.033 0.012 104 R 0.201 0.080 0.036 0.013 0.169 0.010 0.026 0.069 0.061 0.191 0.144 105 V 0.099 0.335 0.087 0.012 0.292 0.013 0.019 0.053 0.033 0.032 0.024 106 E 0.252 0.127 0.031 0.012 0.388 0.013 0.021 0.037 0.025 0.033 0.061 107 D 0.259 0.127 0.026 0.013 0.383 0.017 0.038 0.038 0.025 0.026 0.049 108 R 0.160 0.199 0.025 0.007 0.454 0.011 0.015 0.025 0.018 0.040 0.047 109 M 0.295 0.117 0.025 0.005 0.418 0.005 0.010 0.020 0.011 0.031 0.063 110 N 0.152 0.082 0.031 0.056 0.150 0.043 0.059 0.083 0.069 0.169 0.105 111 D 0.021 0.189 0.324 0.133 0.074 0.057 0.030 0.065 0.051 0.040 0.016 112 P 0.068 0.074 0.031 0.011 0.091 0.008 0.040 0.302 0.190 0.135 0.051 113 F 0.028 0.188 0.104 0.020 0.068 0.010 0.019 0.184 0.184 0.174 0.021 114 I 0.026 0.091 0.044 0.012 0.077 0.012 0.033 0.517 0.156 0.018 0.014 115 M 0.028 0.065 0.031 0.005 0.049 0.010 0.052 0.624 0.108 0.016 0.013 116 S 0.025 0.043 0.022 0.010 0.031 0.008 0.025 0.524 0.153 0.142 0.017 117 Q 0.016 0.036 0.010 0.004 0.028 0.005 0.011 0.578 0.263 0.040 0.009 118 N 0.004 0.025 0.008 0.004 0.013 0.013 0.034 0.654 0.227 0.015 0.003 119 E 0.015 0.013 0.007 0.003 0.016 0.005 0.065 0.645 0.125 0.097 0.009 120 V 0.064 0.036 0.026 0.020 0.060 0.038 0.081 0.376 0.132 0.127 0.039 121 K 0.015 0.099 0.054 0.103 0.034 0.097 0.167 0.274 0.088 0.052 0.016 122 G 0.016 0.047 0.086 0.130 0.023 0.050 0.025 0.105 0.104 0.369 0.045 123 K 0.055 0.214 0.096 0.023 0.168 0.024 0.065 0.150 0.094 0.085 0.027