# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.3761 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.238 0.202 0.169 0.183 0.139 0.060 0.009 2 W 0.093 0.213 0.305 0.240 0.115 0.032 0.002 3 E 0.218 0.450 0.224 0.077 0.023 0.006 0.001 4 I 0.005 0.016 0.052 0.198 0.429 0.280 0.020 5 Y 0.005 0.028 0.106 0.305 0.377 0.168 0.012 6 D 0.108 0.472 0.290 0.105 0.022 0.004 0.001 7 A 0.029 0.157 0.373 0.329 0.099 0.011 0.001 8 M 0.006 0.009 0.029 0.156 0.445 0.342 0.013 9 I 0.018 0.087 0.244 0.400 0.219 0.032 0.001 10 N 0.291 0.514 0.154 0.034 0.006 0.001 0.001 11 G 0.171 0.413 0.280 0.111 0.022 0.003 0.001 12 I 0.030 0.127 0.299 0.349 0.167 0.028 0.001 13 P 0.348 0.324 0.196 0.096 0.032 0.004 0.001 14 E 0.580 0.294 0.093 0.027 0.006 0.001 0.001 15 D 0.593 0.294 0.085 0.025 0.004 0.001 0.001 16 F 0.018 0.095 0.258 0.400 0.197 0.031 0.001 17 L 0.084 0.380 0.330 0.159 0.042 0.005 0.001 18 V 0.005 0.016 0.072 0.298 0.461 0.142 0.006 19 D 0.102 0.357 0.317 0.159 0.050 0.012 0.001 20 E 0.010 0.063 0.208 0.351 0.255 0.103 0.010 21 L 0.002 0.007 0.018 0.057 0.198 0.571 0.147 22 V 0.002 0.016 0.043 0.131 0.311 0.382 0.115 23 C 0.004 0.012 0.029 0.079 0.185 0.413 0.278 24 G 0.003 0.017 0.034 0.091 0.214 0.415 0.226 25 T 0.003 0.019 0.048 0.104 0.170 0.304 0.351 26 T 0.001 0.011 0.042 0.112 0.181 0.314 0.338 27 H 0.001 0.004 0.018 0.070 0.198 0.404 0.305 28 S 0.001 0.002 0.006 0.019 0.072 0.353 0.548 29 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.052 0.349 0.584 30 I 0.001 0.001 0.002 0.014 0.097 0.418 0.468 31 R 0.001 0.008 0.042 0.151 0.353 0.352 0.093 32 S 0.004 0.046 0.119 0.249 0.314 0.229 0.041 33 G 0.024 0.211 0.253 0.247 0.154 0.088 0.022 34 N 0.011 0.075 0.172 0.311 0.273 0.130 0.028 35 G 0.004 0.011 0.034 0.127 0.301 0.398 0.125 36 V 0.002 0.003 0.008 0.032 0.131 0.444 0.380 37 G 0.002 0.003 0.005 0.011 0.043 0.292 0.644 38 L 0.002 0.003 0.003 0.007 0.030 0.185 0.770 39 G 0.001 0.003 0.005 0.017 0.066 0.228 0.681 40 P 0.002 0.006 0.015 0.056 0.160 0.391 0.371 41 N 0.006 0.027 0.061 0.158 0.268 0.321 0.159 42 R 0.050 0.181 0.256 0.259 0.158 0.071 0.025 43 P 0.319 0.336 0.169 0.091 0.046 0.025 0.014 44 F 0.204 0.211 0.210 0.189 0.117 0.055 0.014 45 E 0.235 0.250 0.207 0.147 0.091 0.054 0.016 46 T 0.167 0.154 0.173 0.202 0.164 0.107 0.033 47 R 0.135 0.188 0.196 0.194 0.149 0.107 0.032 48 M 0.077 0.107 0.149 0.215 0.216 0.181 0.054 49 P 0.177 0.180 0.181 0.190 0.149 0.098 0.026 50 M 0.250 0.240 0.190 0.143 0.096 0.060 0.020 51 L 0.099 0.114 0.148 0.229 0.239 0.148 0.023 52 T 0.115 0.141 0.182 0.221 0.203 0.120 0.018 53 Q 0.227 0.319 0.232 0.139 0.059 0.021 0.003 54 N 0.101 0.260 0.285 0.207 0.103 0.039 0.006 55 L 0.014 0.025 0.062 0.196 0.368 0.285 0.049 56 L 0.064 0.214 0.272 0.252 0.135 0.055 0.009 57 G 0.183 0.386 0.243 0.124 0.046 0.016 0.003 58 L 0.038 0.142 0.272 0.294 0.198 0.051 0.004 59 P 0.021 0.175 0.291 0.261 0.164 0.079 0.009 60 L 0.001 0.004 0.017 0.128 0.426 0.383 0.041 61 R 0.007 0.107 0.292 0.355 0.191 0.046 0.002 62 V 0.004 0.034 0.143 0.311 0.352 0.143 0.013 63 A 0.001 0.002 0.003 0.010 0.059 0.482 0.444 64 A 0.001 0.003 0.016 0.115 0.343 0.403 0.120 65 G 0.010 0.117 0.260 0.309 0.173 0.100 0.031 66 C 0.001 0.017 0.070 0.224 0.339 0.289 0.061 67 V 0.001 0.001 0.003 0.020 0.137 0.509 0.330 68 K 0.005 0.057 0.186 0.331 0.285 0.114 0.022 69 S 0.042 0.161 0.175 0.170 0.183 0.195 0.073 70 W 0.010 0.058 0.161 0.296 0.272 0.169 0.035 71 N 0.025 0.095 0.200 0.245 0.229 0.152 0.053 72 Y 0.039 0.088 0.129 0.187 0.216 0.229 0.113 73 V 0.031 0.029 0.038 0.084 0.195 0.367 0.256 74 E 0.017 0.048 0.082 0.142 0.212 0.283 0.216 75 A 0.009 0.021 0.056 0.133 0.172 0.271 0.339 76 S 0.007 0.012 0.018 0.037 0.087 0.262 0.577 77 I 0.003 0.006 0.011 0.033 0.086 0.258 0.603 78 G 0.003 0.006 0.012 0.033 0.085 0.249 0.613 79 L 0.001 0.003 0.005 0.012 0.035 0.189 0.755 80 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.040 0.203 0.744 81 A 0.001 0.002 0.004 0.011 0.033 0.201 0.750 82 I 0.001 0.002 0.007 0.025 0.072 0.270 0.624 83 N 0.001 0.003 0.009 0.037 0.116 0.397 0.438 84 A 0.001 0.002 0.005 0.019 0.086 0.437 0.450 85 Y 0.001 0.011 0.044 0.151 0.296 0.394 0.102 86 Y 0.003 0.013 0.036 0.123 0.324 0.403 0.099 87 N 0.015 0.098 0.236 0.316 0.220 0.102 0.014 88 N 0.055 0.201 0.291 0.264 0.145 0.041 0.002 89 P 0.262 0.293 0.235 0.139 0.055 0.015 0.002 90 Q 0.565 0.254 0.101 0.051 0.022 0.007 0.001 91 V 0.232 0.210 0.231 0.199 0.099 0.028 0.002 92 A 0.328 0.287 0.183 0.133 0.054 0.014 0.001 93 R 0.435 0.306 0.157 0.072 0.024 0.005 0.001 94 E 0.507 0.252 0.141 0.072 0.024 0.004 0.001 95 H 0.458 0.254 0.152 0.089 0.037 0.010 0.001 96 G 0.309 0.320 0.220 0.104 0.036 0.010 0.001 97 V 0.082 0.135 0.211 0.279 0.213 0.075 0.005 98 I 0.054 0.091 0.143 0.241 0.273 0.179 0.020 99 F 0.038 0.061 0.125 0.251 0.316 0.191 0.019 100 S 0.193 0.299 0.242 0.160 0.076 0.027 0.004 101 D 0.109 0.224 0.251 0.232 0.126 0.050 0.008 102 A 0.104 0.177 0.207 0.228 0.173 0.097 0.014 103 K 0.320 0.305 0.183 0.114 0.055 0.020 0.003 104 R 0.281 0.259 0.206 0.148 0.076 0.026 0.004 105 V 0.195 0.260 0.226 0.166 0.095 0.049 0.009 106 E 0.155 0.268 0.232 0.177 0.102 0.055 0.011 107 D 0.054 0.108 0.174 0.249 0.243 0.147 0.025 108 R 0.034 0.048 0.085 0.174 0.277 0.299 0.082 109 M 0.021 0.027 0.045 0.103 0.203 0.394 0.208 110 N 0.046 0.048 0.054 0.098 0.177 0.321 0.257 111 D 0.035 0.052 0.092 0.169 0.222 0.247 0.184 112 P 0.018 0.029 0.043 0.075 0.141 0.334 0.361 113 F 0.011 0.016 0.024 0.050 0.124 0.332 0.444 114 I 0.018 0.048 0.089 0.168 0.260 0.287 0.129 115 M 0.014 0.026 0.056 0.129 0.244 0.356 0.175 116 S 0.009 0.014 0.025 0.075 0.219 0.510 0.147 117 Q 0.027 0.049 0.096 0.207 0.322 0.262 0.038 118 N 0.123 0.259 0.266 0.219 0.100 0.030 0.004 119 E 0.118 0.272 0.276 0.205 0.092 0.033 0.005 120 V 0.062 0.077 0.131 0.265 0.309 0.146 0.009 121 K 0.284 0.299 0.219 0.130 0.053 0.014 0.001 122 G 0.628 0.241 0.088 0.033 0.009 0.002 0.001 123 K 0.608 0.224 0.110 0.043 0.013 0.003 0.001