# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.003 0.015 0.463 0.056 0.456 2 W 0.006 0.003 0.010 0.835 0.029 0.117 3 E 0.011 0.008 0.018 0.840 0.037 0.087 4 I 0.002 0.002 0.018 0.955 0.013 0.011 5 Y 0.003 0.001 0.021 0.961 0.010 0.005 6 D 0.001 0.001 0.022 0.965 0.009 0.002 7 A 0.001 0.001 0.008 0.983 0.005 0.002 8 M 0.001 0.001 0.010 0.970 0.009 0.011 9 I 0.001 0.001 0.043 0.899 0.039 0.018 10 N 0.001 0.001 0.040 0.852 0.058 0.048 11 G 0.002 0.003 0.062 0.285 0.201 0.447 12 I 0.003 0.007 0.011 0.019 0.353 0.607 13 P 0.005 0.005 0.143 0.039 0.618 0.190 14 E 0.014 0.003 0.216 0.039 0.619 0.110 15 D 0.036 0.006 0.286 0.050 0.522 0.101 16 F 0.208 0.031 0.089 0.047 0.343 0.282 17 L 0.452 0.046 0.020 0.025 0.097 0.360 18 V 0.504 0.016 0.049 0.062 0.152 0.218 19 D 0.570 0.004 0.046 0.044 0.160 0.177 20 E 0.825 0.002 0.028 0.034 0.061 0.050 21 L 0.937 0.004 0.004 0.013 0.019 0.024 22 V 0.958 0.002 0.002 0.009 0.015 0.013 23 C 0.952 0.004 0.002 0.006 0.017 0.019 24 G 0.744 0.005 0.004 0.004 0.125 0.118 25 T 0.571 0.003 0.007 0.001 0.242 0.175 26 T 0.775 0.003 0.004 0.001 0.100 0.116 27 H 0.940 0.002 0.003 0.001 0.026 0.029 28 S 0.971 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 29 V 0.982 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 30 I 0.982 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 31 R 0.955 0.005 0.001 0.001 0.012 0.028 32 S 0.562 0.016 0.002 0.001 0.403 0.016 33 G 0.052 0.002 0.002 0.001 0.928 0.016 34 N 0.011 0.001 0.003 0.001 0.975 0.010 35 G 0.365 0.048 0.002 0.001 0.557 0.027 36 V 0.873 0.015 0.001 0.001 0.034 0.077 37 G 0.962 0.010 0.002 0.001 0.010 0.017 38 L 0.940 0.004 0.007 0.001 0.018 0.031 39 G 0.832 0.004 0.009 0.002 0.038 0.115 40 P 0.644 0.006 0.011 0.003 0.085 0.253 41 N 0.219 0.032 0.006 0.004 0.104 0.635 42 R 0.080 0.018 0.004 0.003 0.178 0.716 43 P 0.065 0.014 0.021 0.016 0.342 0.542 44 F 0.054 0.012 0.058 0.037 0.516 0.323 45 E 0.110 0.021 0.086 0.036 0.514 0.232 46 T 0.123 0.028 0.052 0.060 0.378 0.359 47 R 0.068 0.036 0.038 0.077 0.295 0.486 48 M 0.056 0.026 0.024 0.055 0.254 0.585 49 P 0.049 0.028 0.047 0.124 0.288 0.464 50 M 0.024 0.016 0.193 0.239 0.304 0.224 51 L 0.023 0.019 0.194 0.202 0.347 0.214 52 T 0.016 0.012 0.295 0.287 0.281 0.109 53 Q 0.020 0.011 0.312 0.231 0.274 0.152 54 N 0.017 0.013 0.240 0.271 0.322 0.136 55 L 0.007 0.015 0.236 0.211 0.508 0.024 56 L 0.005 0.005 0.074 0.252 0.620 0.046 57 G 0.002 0.002 0.037 0.119 0.671 0.169 58 L 0.017 0.031 0.012 0.247 0.394 0.299 59 P 0.022 0.024 0.003 0.351 0.041 0.558 60 L 0.006 0.002 0.003 0.961 0.008 0.021 61 R 0.006 0.001 0.005 0.977 0.006 0.006 62 V 0.008 0.001 0.006 0.976 0.006 0.003 63 A 0.010 0.001 0.006 0.971 0.008 0.004 64 A 0.004 0.001 0.006 0.977 0.008 0.004 65 G 0.005 0.001 0.010 0.956 0.017 0.012 66 C 0.006 0.001 0.013 0.933 0.025 0.022 67 V 0.010 0.003 0.014 0.897 0.034 0.042 68 K 0.011 0.004 0.010 0.863 0.041 0.072 69 S 0.008 0.004 0.006 0.646 0.070 0.266 70 W 0.003 0.002 0.006 0.486 0.084 0.418 71 N 0.005 0.005 0.005 0.506 0.107 0.373 72 Y 0.001 0.001 0.006 0.970 0.010 0.013 73 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 74 E 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 76 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 78 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 81 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 82 I 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 83 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 84 A 0.003 0.001 0.003 0.971 0.004 0.019 85 Y 0.012 0.005 0.009 0.673 0.031 0.270 86 Y 0.023 0.020 0.018 0.229 0.107 0.604 87 N 0.027 0.013 0.009 0.069 0.200 0.681 88 N 0.013 0.007 0.007 0.032 0.308 0.633 89 P 0.005 0.003 0.126 0.354 0.320 0.192 90 Q 0.012 0.005 0.202 0.357 0.340 0.084 91 V 0.018 0.012 0.208 0.438 0.264 0.060 92 A 0.023 0.016 0.102 0.561 0.169 0.130 93 R 0.020 0.011 0.119 0.551 0.173 0.125 94 E 0.021 0.008 0.115 0.474 0.210 0.172 95 H 0.021 0.005 0.072 0.456 0.216 0.229 96 G 0.025 0.005 0.028 0.111 0.246 0.585 97 V 0.111 0.013 0.013 0.031 0.164 0.667 98 I 0.374 0.047 0.015 0.030 0.105 0.429 99 F 0.355 0.037 0.031 0.035 0.166 0.376 100 S 0.255 0.020 0.053 0.038 0.228 0.407 101 D 0.146 0.011 0.090 0.045 0.266 0.443 102 A 0.118 0.016 0.134 0.110 0.406 0.216 103 K 0.124 0.013 0.112 0.126 0.410 0.216 104 R 0.131 0.011 0.075 0.131 0.427 0.226 105 V 0.197 0.050 0.037 0.234 0.264 0.218 106 E 0.270 0.025 0.033 0.194 0.175 0.303 107 D 0.306 0.010 0.045 0.254 0.189 0.195 108 R 0.341 0.017 0.047 0.207 0.196 0.193 109 M 0.400 0.047 0.025 0.171 0.205 0.152 110 N 0.366 0.023 0.027 0.195 0.222 0.167 111 D 0.146 0.009 0.026 0.171 0.400 0.248 112 P 0.130 0.012 0.058 0.206 0.390 0.203 113 F 0.183 0.026 0.096 0.179 0.296 0.219 114 I 0.154 0.028 0.119 0.268 0.257 0.174 115 M 0.110 0.025 0.094 0.332 0.220 0.219 116 S 0.111 0.020 0.108 0.368 0.176 0.218 117 Q 0.040 0.011 0.126 0.579 0.140 0.104 118 N 0.016 0.005 0.133 0.629 0.141 0.076 119 E 0.012 0.003 0.175 0.554 0.189 0.067 120 V 0.019 0.012 0.082 0.530 0.255 0.101 121 K 0.011 0.007 0.031 0.468 0.242 0.241 122 G 0.006 0.005 0.010 0.110 0.177 0.691 123 K 0.006 0.003 0.001 0.006 0.080 0.905