# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.578 0.001 0.038 0.260 0.001 0.001 0.001 0.048 0.066 0.001 0.002 2 W 0.001 0.006 0.534 0.001 0.018 0.365 0.001 0.001 0.002 0.041 0.027 0.003 0.002 3 E 0.001 0.030 0.339 0.001 0.013 0.462 0.001 0.001 0.007 0.080 0.050 0.008 0.007 4 I 0.001 0.008 0.070 0.001 0.007 0.859 0.001 0.001 0.005 0.012 0.028 0.002 0.007 5 Y 0.001 0.001 0.014 0.001 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 6 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 7 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.958 0.001 0.003 0.005 0.002 0.010 0.001 0.002 8 M 0.001 0.002 0.006 0.001 0.026 0.945 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 9 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.104 0.751 0.001 0.001 0.001 0.006 0.132 0.001 0.001 10 N 0.001 0.001 0.008 0.001 0.055 0.194 0.001 0.001 0.001 0.016 0.726 0.001 0.001 11 G 0.001 0.003 0.051 0.001 0.046 0.055 0.001 0.001 0.001 0.048 0.796 0.001 0.001 12 I 0.001 0.021 0.571 0.001 0.019 0.020 0.001 0.001 0.003 0.310 0.056 0.001 0.001 13 P 0.001 0.010 0.399 0.001 0.236 0.032 0.001 0.001 0.001 0.136 0.185 0.001 0.001 14 E 0.001 0.002 0.048 0.002 0.260 0.021 0.001 0.001 0.001 0.155 0.510 0.001 0.001 15 D 0.001 0.010 0.269 0.006 0.221 0.016 0.001 0.001 0.015 0.152 0.281 0.004 0.023 16 F 0.004 0.025 0.509 0.007 0.015 0.004 0.006 0.002 0.071 0.201 0.038 0.067 0.051 17 L 0.015 0.056 0.397 0.005 0.003 0.004 0.012 0.012 0.225 0.066 0.013 0.069 0.123 18 V 0.021 0.019 0.177 0.037 0.012 0.012 0.039 0.052 0.415 0.038 0.018 0.038 0.122 19 D 0.052 0.004 0.169 0.411 0.006 0.007 0.025 0.032 0.130 0.040 0.014 0.074 0.036 20 E 0.198 0.002 0.094 0.043 0.006 0.006 0.075 0.043 0.197 0.017 0.006 0.090 0.224 21 L 0.366 0.001 0.022 0.026 0.003 0.004 0.143 0.120 0.060 0.004 0.003 0.103 0.146 22 V 0.572 0.003 0.009 0.005 0.002 0.002 0.091 0.071 0.017 0.002 0.004 0.152 0.071 23 C 0.335 0.004 0.037 0.009 0.004 0.004 0.145 0.151 0.076 0.013 0.022 0.043 0.157 24 G 0.140 0.008 0.193 0.104 0.011 0.004 0.052 0.056 0.099 0.054 0.055 0.083 0.140 25 T 0.090 0.005 0.147 0.058 0.007 0.003 0.010 0.005 0.024 0.420 0.045 0.126 0.062 26 T 0.055 0.009 0.241 0.103 0.018 0.009 0.003 0.002 0.012 0.156 0.110 0.046 0.237 27 H 0.306 0.015 0.144 0.036 0.026 0.018 0.023 0.015 0.015 0.034 0.070 0.142 0.156 28 S 0.346 0.009 0.027 0.005 0.008 0.006 0.024 0.028 0.021 0.011 0.009 0.393 0.113 29 V 0.561 0.002 0.014 0.016 0.006 0.003 0.051 0.012 0.007 0.005 0.005 0.017 0.300 30 I 0.524 0.002 0.013 0.067 0.005 0.003 0.036 0.007 0.020 0.010 0.004 0.284 0.025 31 R 0.460 0.006 0.025 0.004 0.002 0.002 0.025 0.002 0.012 0.008 0.002 0.017 0.435 32 S 0.087 0.014 0.341 0.017 0.007 0.003 0.006 0.002 0.011 0.020 0.024 0.291 0.177 33 G 0.019 0.010 0.047 0.014 0.013 0.005 0.001 0.001 0.002 0.122 0.631 0.075 0.059 34 N 0.001 0.001 0.027 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.061 0.881 0.010 0.005 35 G 0.010 0.006 0.171 0.004 0.013 0.003 0.002 0.001 0.004 0.456 0.284 0.022 0.028 36 V 0.053 0.034 0.390 0.009 0.018 0.007 0.012 0.003 0.013 0.181 0.143 0.061 0.075 37 G 0.139 0.078 0.149 0.015 0.021 0.005 0.028 0.007 0.014 0.061 0.050 0.154 0.279 38 L 0.185 0.045 0.137 0.083 0.026 0.006 0.043 0.006 0.014 0.051 0.043 0.087 0.274 39 G 0.055 0.020 0.243 0.014 0.020 0.008 0.014 0.002 0.029 0.106 0.035 0.368 0.086 40 P 0.023 0.034 0.423 0.010 0.017 0.009 0.010 0.002 0.016 0.130 0.062 0.018 0.246 41 N 0.007 0.069 0.534 0.011 0.013 0.006 0.002 0.001 0.009 0.208 0.048 0.070 0.022 42 R 0.001 0.015 0.631 0.003 0.019 0.006 0.001 0.001 0.005 0.236 0.046 0.008 0.030 43 P 0.001 0.016 0.260 0.006 0.063 0.016 0.001 0.001 0.001 0.105 0.519 0.005 0.007 44 F 0.001 0.011 0.136 0.001 0.054 0.012 0.001 0.001 0.002 0.243 0.532 0.003 0.004 45 E 0.001 0.020 0.464 0.002 0.028 0.015 0.001 0.001 0.006 0.361 0.090 0.005 0.008 46 T 0.001 0.032 0.584 0.003 0.010 0.009 0.001 0.001 0.010 0.280 0.041 0.019 0.010 47 R 0.001 0.056 0.667 0.001 0.013 0.012 0.001 0.001 0.009 0.136 0.057 0.006 0.041 48 M 0.001 0.045 0.714 0.001 0.014 0.025 0.001 0.001 0.009 0.107 0.051 0.018 0.015 49 P 0.001 0.034 0.625 0.002 0.053 0.053 0.001 0.001 0.007 0.084 0.113 0.007 0.021 50 M 0.001 0.017 0.395 0.002 0.171 0.107 0.001 0.001 0.003 0.095 0.194 0.007 0.008 51 L 0.001 0.008 0.190 0.003 0.253 0.149 0.001 0.001 0.002 0.131 0.255 0.002 0.005 52 T 0.001 0.026 0.207 0.001 0.284 0.195 0.001 0.001 0.003 0.140 0.129 0.002 0.010 53 Q 0.001 0.025 0.199 0.001 0.196 0.274 0.001 0.001 0.005 0.114 0.161 0.011 0.012 54 N 0.001 0.044 0.242 0.001 0.153 0.250 0.001 0.001 0.003 0.117 0.169 0.004 0.012 55 L 0.001 0.028 0.333 0.001 0.125 0.156 0.001 0.001 0.017 0.092 0.219 0.005 0.023 56 L 0.001 0.011 0.066 0.001 0.022 0.059 0.001 0.001 0.001 0.116 0.719 0.002 0.001 57 G 0.001 0.002 0.091 0.001 0.014 0.020 0.001 0.001 0.001 0.270 0.600 0.001 0.001 58 L 0.001 0.003 0.244 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.698 0.030 0.003 0.001 59 P 0.001 0.032 0.875 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.023 0.006 0.001 0.014 60 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 65 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.927 0.001 0.001 0.001 0.005 0.055 0.001 0.001 66 C 0.001 0.001 0.017 0.001 0.018 0.931 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.001 0.001 67 V 0.001 0.002 0.057 0.001 0.061 0.808 0.001 0.001 0.004 0.021 0.046 0.001 0.001 68 K 0.001 0.005 0.045 0.001 0.053 0.754 0.001 0.001 0.002 0.020 0.120 0.001 0.001 69 S 0.001 0.004 0.130 0.001 0.028 0.690 0.001 0.001 0.001 0.061 0.084 0.001 0.001 70 W 0.001 0.003 0.091 0.001 0.011 0.755 0.001 0.001 0.001 0.067 0.072 0.001 0.001 71 N 0.001 0.001 0.099 0.001 0.003 0.846 0.001 0.001 0.001 0.037 0.011 0.001 0.001 72 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 82 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 83 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 85 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.001 0.001 86 Y 0.001 0.002 0.022 0.001 0.018 0.798 0.001 0.001 0.002 0.023 0.128 0.004 0.001 87 N 0.001 0.006 0.154 0.001 0.021 0.387 0.001 0.001 0.002 0.101 0.325 0.001 0.002 88 N 0.001 0.008 0.640 0.001 0.014 0.062 0.001 0.001 0.002 0.245 0.028 0.001 0.001 89 P 0.001 0.005 0.191 0.001 0.284 0.216 0.001 0.001 0.001 0.063 0.237 0.001 0.002 90 Q 0.001 0.003 0.088 0.001 0.437 0.140 0.001 0.001 0.001 0.060 0.264 0.005 0.001 91 V 0.001 0.007 0.107 0.001 0.512 0.155 0.001 0.001 0.008 0.056 0.129 0.002 0.020 92 A 0.002 0.039 0.116 0.004 0.283 0.175 0.002 0.002 0.016 0.137 0.208 0.010 0.005 93 R 0.001 0.010 0.336 0.002 0.194 0.134 0.001 0.001 0.008 0.103 0.196 0.002 0.012 94 E 0.001 0.008 0.260 0.003 0.176 0.121 0.001 0.001 0.004 0.180 0.238 0.004 0.004 95 H 0.001 0.004 0.066 0.003 0.042 0.063 0.001 0.001 0.002 0.115 0.701 0.003 0.002 96 G 0.001 0.006 0.195 0.006 0.012 0.008 0.001 0.001 0.007 0.181 0.574 0.004 0.005 97 V 0.006 0.036 0.606 0.002 0.005 0.013 0.007 0.008 0.070 0.086 0.021 0.103 0.037 98 I 0.014 0.086 0.351 0.002 0.008 0.014 0.020 0.015 0.103 0.023 0.017 0.030 0.315 99 F 0.019 0.026 0.213 0.225 0.050 0.044 0.024 0.040 0.121 0.053 0.024 0.111 0.049 100 S 0.014 0.012 0.288 0.020 0.058 0.045 0.010 0.020 0.204 0.054 0.042 0.135 0.099 101 D 0.006 0.021 0.415 0.018 0.071 0.048 0.008 0.012 0.069 0.079 0.082 0.013 0.158 102 A 0.002 0.023 0.506 0.020 0.035 0.035 0.001 0.002 0.023 0.186 0.082 0.064 0.021 103 K 0.002 0.009 0.325 0.027 0.083 0.040 0.001 0.001 0.004 0.273 0.195 0.011 0.029 104 R 0.002 0.014 0.434 0.022 0.064 0.034 0.001 0.001 0.005 0.188 0.184 0.025 0.027 105 V 0.004 0.012 0.555 0.006 0.043 0.030 0.001 0.002 0.018 0.174 0.097 0.020 0.038 106 E 0.007 0.018 0.513 0.014 0.019 0.033 0.004 0.005 0.062 0.160 0.050 0.078 0.037 107 D 0.019 0.030 0.330 0.038 0.022 0.027 0.014 0.029 0.110 0.094 0.063 0.033 0.193 108 R 0.027 0.025 0.258 0.032 0.016 0.030 0.027 0.049 0.145 0.083 0.051 0.205 0.052 109 M 0.032 0.027 0.258 0.005 0.013 0.029 0.036 0.068 0.126 0.047 0.040 0.053 0.267 110 N 0.026 0.039 0.314 0.028 0.011 0.028 0.029 0.068 0.112 0.090 0.059 0.120 0.075 111 D 0.004 0.015 0.475 0.016 0.015 0.027 0.003 0.008 0.089 0.217 0.073 0.025 0.033 112 P 0.002 0.011 0.487 0.023 0.045 0.083 0.002 0.006 0.030 0.167 0.113 0.007 0.025 113 F 0.006 0.040 0.350 0.013 0.035 0.144 0.008 0.015 0.048 0.153 0.109 0.043 0.035 114 I 0.006 0.045 0.379 0.009 0.046 0.124 0.006 0.008 0.071 0.149 0.050 0.028 0.078 115 M 0.009 0.047 0.353 0.004 0.029 0.253 0.006 0.009 0.038 0.119 0.039 0.045 0.049 116 S 0.012 0.048 0.408 0.004 0.030 0.225 0.003 0.006 0.032 0.083 0.040 0.029 0.080 117 Q 0.002 0.007 0.054 0.004 0.159 0.688 0.001 0.001 0.003 0.023 0.039 0.002 0.019 118 N 0.001 0.002 0.021 0.006 0.245 0.651 0.001 0.001 0.001 0.013 0.053 0.003 0.002 119 E 0.001 0.001 0.027 0.001 0.272 0.609 0.001 0.001 0.002 0.011 0.065 0.004 0.005 120 V 0.004 0.012 0.065 0.002 0.207 0.566 0.001 0.002 0.007 0.019 0.097 0.001 0.018 121 K 0.004 0.011 0.128 0.004 0.078 0.342 0.001 0.001 0.005 0.095 0.303 0.025 0.003 122 G 0.002 0.009 0.217 0.001 0.043 0.082 0.001 0.001 0.002 0.143 0.482 0.002 0.016 123 K 0.001 0.010 0.643 0.001 0.012 0.022 0.001 0.001 0.002 0.253 0.045 0.009 0.003