# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.752 0.001 0.005 0.006 0.005 0.023 0.005 0.001 0.014 0.170 2 W 0.019 0.775 0.001 0.007 0.011 0.010 0.022 0.004 0.001 0.033 0.117 3 E 0.004 0.936 0.001 0.004 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.014 0.029 4 I 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 5 Y 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.008 6 D 0.023 0.729 0.003 0.006 0.001 0.002 0.008 0.003 0.001 0.153 0.071 7 A 0.023 0.170 0.256 0.007 0.001 0.002 0.034 0.007 0.099 0.324 0.078 8 M 0.371 0.144 0.060 0.007 0.002 0.004 0.046 0.075 0.034 0.106 0.151 9 I 0.363 0.020 0.003 0.005 0.002 0.003 0.054 0.005 0.004 0.042 0.499 10 N 0.012 0.004 0.001 0.005 0.002 0.005 0.099 0.001 0.001 0.011 0.861 11 G 0.006 0.004 0.002 0.009 0.001 0.007 0.097 0.001 0.001 0.018 0.853 12 I 0.283 0.022 0.002 0.006 0.011 0.010 0.121 0.033 0.001 0.080 0.430 13 P 0.321 0.066 0.001 0.008 0.001 0.002 0.058 0.003 0.001 0.031 0.508 14 E 0.067 0.063 0.002 0.018 0.006 0.017 0.095 0.007 0.001 0.036 0.689 15 D 0.048 0.049 0.002 0.055 0.025 0.048 0.109 0.003 0.001 0.054 0.606 16 F 0.042 0.085 0.005 0.102 0.083 0.086 0.110 0.005 0.002 0.073 0.406 17 L 0.066 0.085 0.004 0.142 0.088 0.121 0.090 0.007 0.002 0.060 0.335 18 V 0.053 0.057 0.002 0.101 0.084 0.098 0.093 0.006 0.001 0.048 0.459 19 D 0.016 0.028 0.002 0.238 0.146 0.195 0.074 0.004 0.001 0.057 0.241 20 E 0.007 0.015 0.003 0.217 0.091 0.196 0.080 0.002 0.001 0.058 0.330 21 L 0.008 0.004 0.002 0.284 0.212 0.195 0.044 0.001 0.001 0.097 0.152 22 V 0.013 0.001 0.004 0.300 0.148 0.205 0.051 0.001 0.002 0.111 0.164 23 C 0.016 0.001 0.002 0.222 0.115 0.222 0.076 0.002 0.002 0.067 0.275 24 G 0.033 0.001 0.002 0.134 0.064 0.206 0.130 0.002 0.002 0.074 0.352 25 T 0.007 0.002 0.001 0.101 0.096 0.227 0.131 0.001 0.001 0.077 0.356 26 T 0.003 0.001 0.001 0.078 0.120 0.373 0.094 0.001 0.001 0.080 0.250 27 H 0.001 0.001 0.001 0.082 0.228 0.419 0.038 0.001 0.001 0.052 0.179 28 S 0.001 0.001 0.001 0.059 0.275 0.546 0.010 0.001 0.001 0.057 0.051 29 V 0.001 0.001 0.001 0.131 0.334 0.358 0.013 0.001 0.001 0.065 0.097 30 I 0.001 0.001 0.001 0.164 0.335 0.362 0.015 0.001 0.001 0.070 0.052 31 R 0.006 0.001 0.001 0.141 0.212 0.367 0.042 0.001 0.001 0.105 0.123 32 S 0.223 0.002 0.001 0.080 0.088 0.135 0.080 0.004 0.003 0.081 0.304 33 G 0.096 0.001 0.002 0.030 0.011 0.026 0.130 0.003 0.002 0.088 0.610 34 N 0.012 0.001 0.001 0.021 0.010 0.023 0.143 0.002 0.001 0.041 0.747 35 G 0.031 0.002 0.001 0.042 0.057 0.097 0.181 0.004 0.001 0.093 0.493 36 V 0.012 0.002 0.001 0.062 0.094 0.093 0.135 0.002 0.001 0.088 0.510 37 G 0.011 0.003 0.001 0.093 0.098 0.224 0.106 0.003 0.001 0.108 0.353 38 L 0.015 0.004 0.001 0.084 0.090 0.153 0.110 0.001 0.001 0.073 0.469 39 G 0.023 0.002 0.001 0.084 0.127 0.195 0.120 0.001 0.001 0.077 0.370 40 P 0.005 0.002 0.001 0.055 0.078 0.181 0.149 0.002 0.001 0.055 0.472 41 N 0.072 0.013 0.003 0.048 0.035 0.051 0.140 0.003 0.003 0.050 0.580 42 R 0.195 0.012 0.003 0.016 0.038 0.041 0.114 0.016 0.002 0.124 0.440 43 P 0.058 0.011 0.002 0.013 0.005 0.011 0.129 0.003 0.001 0.055 0.713 44 F 0.162 0.028 0.003 0.018 0.014 0.029 0.104 0.010 0.001 0.056 0.575 45 E 0.145 0.014 0.001 0.010 0.013 0.014 0.099 0.003 0.001 0.051 0.650 46 T 0.016 0.007 0.001 0.008 0.036 0.053 0.150 0.003 0.001 0.020 0.706 47 R 0.021 0.031 0.001 0.020 0.011 0.024 0.135 0.004 0.001 0.026 0.727 48 M 0.148 0.032 0.004 0.018 0.036 0.030 0.128 0.009 0.002 0.216 0.379 49 P 0.081 0.152 0.005 0.023 0.012 0.026 0.123 0.008 0.002 0.144 0.423 50 M 0.121 0.112 0.006 0.017 0.013 0.024 0.077 0.005 0.002 0.075 0.547 51 L 0.084 0.276 0.005 0.021 0.032 0.054 0.071 0.017 0.001 0.063 0.374 52 T 0.083 0.284 0.002 0.009 0.028 0.056 0.070 0.007 0.001 0.039 0.420 53 Q 0.085 0.083 0.059 0.028 0.043 0.068 0.084 0.015 0.022 0.074 0.439 54 N 0.335 0.076 0.003 0.010 0.030 0.043 0.076 0.027 0.002 0.052 0.346 55 L 0.319 0.026 0.002 0.011 0.008 0.013 0.078 0.004 0.001 0.036 0.502 56 L 0.014 0.035 0.001 0.028 0.015 0.022 0.138 0.002 0.001 0.016 0.728 57 G 0.009 0.190 0.001 0.009 0.009 0.013 0.069 0.002 0.001 0.012 0.685 58 L 0.025 0.365 0.001 0.012 0.061 0.025 0.085 0.037 0.001 0.049 0.340 59 P 0.010 0.911 0.001 0.004 0.002 0.002 0.008 0.002 0.001 0.017 0.042 60 L 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.013 61 R 0.019 0.840 0.002 0.006 0.003 0.003 0.007 0.003 0.001 0.080 0.038 62 V 0.010 0.832 0.006 0.007 0.003 0.002 0.011 0.003 0.002 0.082 0.042 63 A 0.034 0.830 0.005 0.007 0.002 0.003 0.014 0.010 0.001 0.033 0.061 64 A 0.059 0.618 0.011 0.014 0.004 0.007 0.028 0.014 0.003 0.103 0.139 65 G 0.078 0.363 0.012 0.017 0.005 0.010 0.067 0.008 0.005 0.167 0.268 66 C 0.119 0.217 0.016 0.023 0.005 0.011 0.085 0.011 0.006 0.175 0.334 67 V 0.115 0.155 0.015 0.024 0.006 0.010 0.119 0.009 0.006 0.134 0.406 68 K 0.075 0.312 0.003 0.020 0.004 0.007 0.084 0.004 0.002 0.031 0.458 69 S 0.030 0.573 0.002 0.007 0.002 0.004 0.053 0.005 0.001 0.016 0.307 70 W 0.018 0.781 0.001 0.004 0.001 0.002 0.026 0.009 0.001 0.025 0.132 71 N 0.027 0.865 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.050 0.041 72 Y 0.009 0.121 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.832 0.024 73 V 0.009 0.636 0.004 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.289 0.045 74 E 0.010 0.893 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.048 0.039 75 A 0.005 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.049 0.021 76 S 0.004 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.023 0.020 77 I 0.002 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.009 78 G 0.010 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.007 79 L 0.007 0.624 0.002 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.310 0.040 80 A 0.005 0.936 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.024 0.019 81 A 0.045 0.821 0.014 0.008 0.001 0.002 0.010 0.029 0.002 0.037 0.031 82 I 0.085 0.467 0.020 0.023 0.004 0.005 0.043 0.018 0.012 0.168 0.155 83 N 0.157 0.152 0.012 0.016 0.005 0.009 0.109 0.010 0.010 0.169 0.351 84 A 0.134 0.051 0.015 0.040 0.004 0.013 0.138 0.021 0.009 0.153 0.420 85 Y 0.125 0.012 0.003 0.031 0.007 0.015 0.150 0.002 0.003 0.055 0.598 86 Y 0.007 0.008 0.002 0.033 0.006 0.017 0.159 0.001 0.001 0.021 0.746 87 N 0.053 0.042 0.003 0.011 0.006 0.010 0.121 0.005 0.002 0.028 0.719 88 N 0.393 0.085 0.002 0.004 0.003 0.005 0.083 0.055 0.002 0.068 0.299 89 P 0.123 0.106 0.001 0.005 0.001 0.004 0.069 0.007 0.001 0.038 0.645 90 Q 0.112 0.193 0.005 0.010 0.005 0.020 0.070 0.005 0.001 0.041 0.537 91 V 0.079 0.197 0.007 0.010 0.030 0.044 0.070 0.005 0.003 0.061 0.495 92 A 0.122 0.103 0.039 0.010 0.024 0.033 0.077 0.009 0.022 0.069 0.492 93 R 0.453 0.083 0.003 0.005 0.015 0.016 0.044 0.017 0.002 0.037 0.326 94 E 0.204 0.043 0.001 0.006 0.005 0.012 0.073 0.006 0.001 0.031 0.618 95 H 0.017 0.031 0.001 0.020 0.014 0.040 0.108 0.003 0.001 0.023 0.743 96 G 0.020 0.028 0.002 0.029 0.052 0.087 0.089 0.002 0.001 0.046 0.645 97 V 0.010 0.020 0.001 0.024 0.192 0.111 0.088 0.003 0.001 0.037 0.512 98 I 0.058 0.113 0.003 0.042 0.075 0.099 0.094 0.007 0.002 0.049 0.457 99 F 0.201 0.098 0.006 0.025 0.050 0.055 0.072 0.010 0.003 0.062 0.417 100 S 0.087 0.051 0.004 0.026 0.032 0.071 0.105 0.009 0.003 0.049 0.564 101 D 0.103 0.041 0.007 0.016 0.022 0.049 0.075 0.008 0.003 0.046 0.629 102 A 0.234 0.012 0.006 0.016 0.027 0.030 0.069 0.005 0.003 0.045 0.552 103 K 0.049 0.006 0.001 0.013 0.028 0.034 0.088 0.003 0.001 0.024 0.753 104 R 0.031 0.009 0.001 0.015 0.019 0.026 0.091 0.002 0.001 0.023 0.782 105 V 0.022 0.009 0.001 0.034 0.054 0.043 0.145 0.009 0.001 0.047 0.635 106 E 0.024 0.008 0.001 0.071 0.074 0.093 0.138 0.006 0.001 0.060 0.526 107 D 0.016 0.008 0.001 0.220 0.073 0.122 0.089 0.001 0.001 0.060 0.408 108 R 0.021 0.008 0.002 0.222 0.101 0.114 0.090 0.001 0.001 0.048 0.392 109 M 0.029 0.013 0.002 0.227 0.092 0.111 0.121 0.006 0.001 0.048 0.350 110 N 0.133 0.049 0.002 0.109 0.028 0.041 0.112 0.015 0.002 0.037 0.472 111 D 0.206 0.032 0.002 0.071 0.031 0.052 0.124 0.019 0.001 0.049 0.412 112 P 0.034 0.023 0.003 0.085 0.029 0.062 0.140 0.002 0.001 0.033 0.588 113 F 0.032 0.062 0.003 0.084 0.064 0.124 0.118 0.006 0.001 0.045 0.462 114 I 0.175 0.062 0.004 0.047 0.089 0.060 0.089 0.005 0.002 0.097 0.369 115 M 0.017 0.131 0.005 0.042 0.059 0.076 0.117 0.005 0.002 0.023 0.524 116 S 0.094 0.542 0.003 0.007 0.024 0.050 0.037 0.021 0.001 0.011 0.209 117 Q 0.186 0.374 0.008 0.013 0.037 0.044 0.040 0.019 0.003 0.063 0.213 118 N 0.068 0.113 0.040 0.014 0.055 0.109 0.104 0.008 0.022 0.087 0.381 119 E 0.246 0.022 0.020 0.015 0.024 0.060 0.058 0.014 0.006 0.074 0.461 120 V 0.309 0.007 0.003 0.015 0.022 0.022 0.066 0.007 0.002 0.061 0.486 121 K 0.027 0.002 0.001 0.014 0.009 0.017 0.087 0.001 0.001 0.013 0.829 122 G 0.005 0.001 0.001 0.010 0.010 0.016 0.069 0.001 0.001 0.009 0.878 123 K 0.013 0.001 0.001 0.009 0.066 0.033 0.124 0.011 0.001 0.026 0.717