# TARGET T0321 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.066 0.045 0.097 0.093 0.118 0.170 0.130 0.113 0.074 0.046 2 W 0.134 0.061 0.059 0.111 0.121 0.130 0.145 0.095 0.073 0.045 0.026 3 E 0.141 0.143 0.155 0.278 0.143 0.076 0.039 0.016 0.007 0.002 0.001 4 I 0.001 0.002 0.006 0.007 0.010 0.018 0.069 0.107 0.203 0.292 0.286 5 Y 0.004 0.009 0.015 0.039 0.073 0.134 0.239 0.174 0.149 0.102 0.064 6 D 0.032 0.042 0.337 0.242 0.145 0.090 0.058 0.023 0.018 0.009 0.003 7 A 0.007 0.012 0.047 0.122 0.138 0.189 0.304 0.111 0.037 0.022 0.010 8 M 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.004 0.029 0.070 0.220 0.331 0.337 9 I 0.007 0.008 0.024 0.029 0.067 0.117 0.244 0.202 0.137 0.106 0.060 10 N 0.062 0.107 0.451 0.200 0.100 0.044 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 11 G 0.106 0.084 0.079 0.117 0.134 0.156 0.172 0.079 0.044 0.020 0.009 12 I 0.155 0.089 0.017 0.062 0.052 0.060 0.142 0.148 0.124 0.087 0.063 13 P 0.309 0.190 0.071 0.142 0.101 0.072 0.055 0.027 0.018 0.009 0.006 14 E 0.219 0.203 0.160 0.181 0.111 0.059 0.035 0.014 0.010 0.005 0.002 15 D 0.241 0.129 0.070 0.168 0.153 0.102 0.069 0.036 0.021 0.009 0.003 16 F 0.051 0.022 0.016 0.030 0.041 0.079 0.159 0.189 0.183 0.134 0.096 17 L 0.044 0.217 0.075 0.261 0.177 0.104 0.061 0.038 0.015 0.006 0.003 18 V 0.001 0.002 0.005 0.006 0.009 0.019 0.065 0.098 0.182 0.278 0.334 19 D 0.116 0.116 0.086 0.256 0.205 0.105 0.065 0.026 0.014 0.007 0.004 20 E 0.063 0.081 0.089 0.235 0.193 0.144 0.091 0.050 0.035 0.015 0.004 21 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.014 0.057 0.095 0.208 0.290 0.325 22 V 0.013 0.028 0.026 0.092 0.118 0.139 0.198 0.178 0.106 0.065 0.037 23 C 0.001 0.004 0.017 0.017 0.022 0.037 0.085 0.145 0.197 0.244 0.230 24 G 0.019 0.038 0.040 0.087 0.116 0.145 0.169 0.143 0.106 0.070 0.067 25 T 0.008 0.011 0.007 0.034 0.041 0.057 0.124 0.124 0.207 0.209 0.178 26 T 0.025 0.038 0.018 0.098 0.121 0.121 0.165 0.119 0.124 0.097 0.074 27 H 0.004 0.006 0.004 0.029 0.039 0.061 0.154 0.148 0.193 0.185 0.178 28 S 0.004 0.007 0.009 0.030 0.042 0.052 0.124 0.155 0.199 0.205 0.172 29 V 0.003 0.004 0.010 0.027 0.037 0.045 0.110 0.141 0.197 0.214 0.214 30 I 0.003 0.004 0.010 0.013 0.021 0.031 0.088 0.123 0.219 0.244 0.245 31 R 0.016 0.036 0.031 0.109 0.129 0.126 0.180 0.142 0.104 0.073 0.054 32 S 0.009 0.013 0.010 0.022 0.030 0.049 0.114 0.143 0.203 0.208 0.199 33 G 0.182 0.151 0.045 0.160 0.140 0.111 0.086 0.052 0.038 0.021 0.013 34 N 0.110 0.095 0.033 0.118 0.113 0.114 0.130 0.087 0.089 0.066 0.044 35 G 0.058 0.064 0.019 0.092 0.114 0.128 0.160 0.117 0.108 0.077 0.062 36 V 0.011 0.013 0.008 0.038 0.044 0.064 0.140 0.131 0.182 0.178 0.190 37 G 0.014 0.022 0.029 0.080 0.095 0.102 0.159 0.130 0.136 0.125 0.108 38 L 0.003 0.005 0.010 0.032 0.041 0.051 0.125 0.132 0.188 0.207 0.206 39 G 0.003 0.003 0.007 0.013 0.019 0.029 0.082 0.119 0.216 0.252 0.256 40 P 0.010 0.018 0.019 0.067 0.078 0.086 0.170 0.154 0.158 0.130 0.110 41 N 0.020 0.024 0.029 0.045 0.054 0.068 0.135 0.134 0.178 0.164 0.149 42 R 0.074 0.077 0.031 0.118 0.116 0.114 0.167 0.106 0.087 0.061 0.048 43 P 0.291 0.193 0.061 0.139 0.101 0.068 0.059 0.035 0.028 0.016 0.008 44 F 0.161 0.107 0.031 0.109 0.108 0.106 0.136 0.084 0.071 0.050 0.036 45 E 0.326 0.189 0.057 0.143 0.108 0.069 0.052 0.026 0.019 0.009 0.004 46 T 0.147 0.077 0.062 0.125 0.108 0.102 0.128 0.079 0.075 0.058 0.039 47 R 0.112 0.127 0.081 0.163 0.141 0.120 0.119 0.063 0.038 0.023 0.014 48 M 0.035 0.050 0.041 0.089 0.082 0.093 0.160 0.143 0.131 0.105 0.071 49 P 0.117 0.075 0.063 0.109 0.119 0.122 0.134 0.097 0.076 0.053 0.035 50 M 0.238 0.172 0.119 0.187 0.113 0.069 0.045 0.024 0.019 0.009 0.005 51 L 0.069 0.087 0.036 0.111 0.111 0.115 0.172 0.114 0.085 0.061 0.038 52 T 0.082 0.061 0.026 0.084 0.092 0.101 0.164 0.129 0.120 0.082 0.059 53 Q 0.310 0.132 0.170 0.166 0.095 0.053 0.035 0.015 0.014 0.007 0.004 54 N 0.150 0.130 0.105 0.237 0.153 0.094 0.077 0.029 0.014 0.007 0.003 55 L 0.040 0.025 0.024 0.033 0.036 0.055 0.146 0.155 0.171 0.166 0.151 56 L 0.069 0.195 0.062 0.163 0.139 0.125 0.114 0.068 0.038 0.017 0.010 57 G 0.250 0.198 0.205 0.153 0.103 0.053 0.019 0.011 0.006 0.002 0.001 58 L 0.204 0.053 0.031 0.094 0.094 0.123 0.156 0.117 0.062 0.041 0.025 59 P 0.085 0.281 0.049 0.172 0.192 0.114 0.052 0.033 0.016 0.004 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.030 0.057 0.191 0.288 0.423 61 R 0.009 0.018 0.069 0.146 0.263 0.240 0.168 0.050 0.022 0.011 0.004 62 V 0.001 0.005 0.044 0.179 0.130 0.140 0.257 0.148 0.051 0.034 0.012 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.061 0.209 0.346 0.363 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.067 0.156 0.295 0.291 0.172 65 G 0.002 0.014 0.378 0.175 0.177 0.117 0.077 0.029 0.017 0.009 0.003 66 C 0.001 0.002 0.014 0.033 0.055 0.141 0.369 0.208 0.094 0.054 0.029 67 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.023 0.069 0.210 0.327 0.362 68 K 0.038 0.059 0.091 0.167 0.176 0.181 0.174 0.063 0.029 0.015 0.007 69 S 0.025 0.074 0.218 0.130 0.122 0.127 0.113 0.065 0.063 0.040 0.023 70 W 0.032 0.042 0.028 0.101 0.114 0.176 0.269 0.104 0.072 0.037 0.024 71 N 0.089 0.062 0.046 0.123 0.089 0.105 0.177 0.118 0.093 0.064 0.034 72 Y 0.015 0.027 0.049 0.111 0.109 0.114 0.189 0.129 0.105 0.085 0.065 73 V 0.003 0.005 0.019 0.021 0.025 0.039 0.107 0.115 0.216 0.228 0.221 74 E 0.007 0.012 0.052 0.079 0.102 0.124 0.196 0.123 0.128 0.109 0.067 75 A 0.004 0.015 0.052 0.105 0.115 0.144 0.235 0.131 0.091 0.069 0.040 76 S 0.002 0.005 0.013 0.025 0.031 0.054 0.147 0.167 0.207 0.199 0.149 77 I 0.003 0.004 0.009 0.018 0.029 0.054 0.141 0.169 0.215 0.203 0.156 78 G 0.006 0.017 0.038 0.088 0.128 0.155 0.200 0.136 0.115 0.070 0.045 79 L 0.001 0.002 0.006 0.020 0.030 0.054 0.164 0.147 0.194 0.188 0.194 80 A 0.001 0.001 0.004 0.011 0.022 0.034 0.120 0.167 0.227 0.225 0.187 81 A 0.001 0.001 0.003 0.009 0.015 0.024 0.088 0.135 0.219 0.245 0.261 82 I 0.001 0.001 0.005 0.006 0.013 0.025 0.087 0.139 0.251 0.248 0.224 83 N 0.001 0.001 0.008 0.021 0.043 0.068 0.192 0.202 0.197 0.152 0.115 84 A 0.001 0.001 0.008 0.008 0.011 0.020 0.080 0.119 0.231 0.257 0.264 85 Y 0.002 0.004 0.012 0.022 0.036 0.059 0.180 0.190 0.197 0.168 0.131 86 Y 0.012 0.017 0.038 0.047 0.057 0.081 0.169 0.151 0.165 0.143 0.121 87 N 0.055 0.095 0.068 0.155 0.150 0.154 0.161 0.074 0.048 0.024 0.015 88 N 0.109 0.097 0.044 0.112 0.100 0.105 0.149 0.100 0.087 0.061 0.038 89 P 0.175 0.081 0.031 0.099 0.102 0.112 0.152 0.088 0.076 0.049 0.035 90 Q 0.267 0.176 0.097 0.178 0.109 0.068 0.051 0.024 0.018 0.009 0.005 91 V 0.037 0.035 0.031 0.076 0.084 0.102 0.199 0.131 0.125 0.103 0.078 92 A 0.106 0.081 0.088 0.117 0.099 0.090 0.132 0.087 0.083 0.065 0.054 93 R 0.098 0.138 0.106 0.246 0.135 0.096 0.095 0.039 0.024 0.014 0.008 94 E 0.111 0.149 0.097 0.135 0.126 0.104 0.106 0.072 0.049 0.033 0.017 95 H 0.124 0.093 0.033 0.121 0.118 0.126 0.150 0.094 0.073 0.042 0.025 96 G 0.475 0.150 0.094 0.120 0.085 0.041 0.016 0.009 0.006 0.002 0.001 97 V 0.038 0.026 0.028 0.067 0.090 0.122 0.202 0.158 0.123 0.088 0.060 98 I 0.020 0.050 0.040 0.077 0.071 0.079 0.150 0.160 0.154 0.105 0.093 99 F 0.006 0.009 0.023 0.035 0.049 0.074 0.173 0.164 0.174 0.164 0.129 100 S 0.139 0.123 0.284 0.211 0.117 0.060 0.035 0.014 0.008 0.005 0.002 101 D 0.102 0.131 0.071 0.202 0.154 0.131 0.113 0.053 0.029 0.011 0.004 102 A 0.054 0.034 0.018 0.030 0.040 0.064 0.149 0.168 0.189 0.150 0.104 103 K 0.248 0.210 0.099 0.200 0.116 0.065 0.038 0.013 0.007 0.003 0.001 104 R 0.198 0.170 0.243 0.172 0.101 0.058 0.031 0.014 0.008 0.004 0.001 105 V 0.073 0.058 0.056 0.089 0.096 0.124 0.195 0.123 0.086 0.059 0.040 106 E 0.155 0.120 0.090 0.158 0.126 0.120 0.109 0.055 0.039 0.019 0.009 107 D 0.090 0.075 0.184 0.167 0.121 0.103 0.098 0.058 0.049 0.036 0.019 108 R 0.037 0.053 0.064 0.109 0.108 0.135 0.194 0.119 0.079 0.059 0.043 109 M 0.024 0.040 0.027 0.062 0.063 0.087 0.153 0.163 0.160 0.128 0.093 110 N 0.071 0.073 0.056 0.112 0.113 0.115 0.128 0.106 0.095 0.073 0.058 111 D 0.173 0.128 0.072 0.173 0.131 0.101 0.085 0.050 0.044 0.027 0.017 112 P 0.063 0.067 0.029 0.107 0.115 0.113 0.142 0.105 0.115 0.086 0.058 113 F 0.019 0.019 0.012 0.039 0.047 0.068 0.148 0.134 0.190 0.172 0.152 114 I 0.056 0.058 0.058 0.154 0.137 0.123 0.148 0.096 0.078 0.056 0.036 115 M 0.023 0.031 0.044 0.082 0.086 0.104 0.174 0.141 0.125 0.107 0.084 116 S 0.027 0.059 0.038 0.085 0.078 0.081 0.140 0.141 0.146 0.114 0.091 117 Q 0.035 0.028 0.021 0.065 0.088 0.109 0.195 0.136 0.141 0.106 0.075 118 N 0.322 0.129 0.166 0.181 0.095 0.046 0.031 0.012 0.010 0.006 0.003 119 E 0.107 0.115 0.065 0.215 0.165 0.127 0.126 0.046 0.022 0.009 0.003 120 V 0.016 0.013 0.013 0.015 0.019 0.034 0.114 0.157 0.208 0.218 0.192 121 K 0.137 0.154 0.103 0.205 0.155 0.107 0.080 0.032 0.015 0.007 0.004 122 G 0.272 0.176 0.306 0.127 0.066 0.030 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 123 K 0.148 0.074 0.048 0.096 0.111 0.134 0.177 0.096 0.061 0.034 0.021