# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.001 0.001 0.176 0.002 0.004 0.811 2 W 0.026 0.011 0.003 0.651 0.006 0.005 0.298 3 E 0.028 0.010 0.007 0.869 0.013 0.007 0.066 4 I 0.010 0.001 0.014 0.937 0.004 0.009 0.024 5 Y 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.003 0.005 6 D 0.001 0.001 0.014 0.977 0.002 0.003 0.003 7 A 0.001 0.001 0.015 0.976 0.001 0.008 0.001 8 M 0.001 0.001 0.012 0.964 0.001 0.022 0.001 9 I 0.001 0.001 0.044 0.856 0.017 0.074 0.007 10 N 0.001 0.001 0.038 0.545 0.011 0.397 0.007 11 G 0.002 0.003 0.031 0.338 0.041 0.544 0.042 12 I 0.003 0.007 0.004 0.017 0.273 0.017 0.679 13 P 0.004 0.005 0.115 0.043 0.056 0.215 0.561 14 E 0.007 0.008 0.217 0.063 0.150 0.476 0.078 15 D 0.032 0.014 0.285 0.042 0.179 0.238 0.211 16 F 0.163 0.019 0.027 0.023 0.208 0.028 0.531 17 L 0.352 0.052 0.011 0.004 0.051 0.031 0.499 18 V 0.574 0.026 0.022 0.004 0.028 0.015 0.331 19 D 0.424 0.002 0.018 0.006 0.347 0.021 0.182 20 E 0.941 0.001 0.011 0.003 0.013 0.008 0.022 21 L 0.976 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 22 V 0.988 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 23 C 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.040 24 G 0.603 0.001 0.002 0.001 0.100 0.031 0.262 25 T 0.547 0.003 0.004 0.001 0.189 0.039 0.216 26 T 0.552 0.007 0.005 0.001 0.139 0.054 0.243 27 H 0.842 0.005 0.003 0.001 0.033 0.012 0.106 28 S 0.913 0.001 0.002 0.001 0.016 0.004 0.063 29 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.021 30 I 0.976 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 31 R 0.944 0.011 0.001 0.002 0.004 0.003 0.036 32 S 0.671 0.018 0.002 0.004 0.021 0.032 0.252 33 G 0.104 0.005 0.008 0.003 0.152 0.553 0.175 34 N 0.055 0.007 0.018 0.004 0.219 0.582 0.114 35 G 0.125 0.032 0.054 0.015 0.265 0.246 0.262 36 V 0.147 0.037 0.068 0.017 0.161 0.184 0.386 37 G 0.274 0.066 0.084 0.016 0.157 0.221 0.182 38 L 0.308 0.107 0.077 0.018 0.102 0.083 0.305 39 G 0.224 0.058 0.046 0.009 0.118 0.112 0.433 40 P 0.118 0.031 0.029 0.005 0.173 0.162 0.482 41 N 0.075 0.044 0.012 0.004 0.375 0.053 0.437 42 R 0.035 0.013 0.008 0.005 0.330 0.029 0.579 43 P 0.023 0.021 0.051 0.019 0.135 0.151 0.600 44 F 0.039 0.040 0.113 0.038 0.210 0.224 0.335 45 E 0.065 0.029 0.106 0.043 0.198 0.178 0.381 46 T 0.095 0.037 0.054 0.045 0.231 0.122 0.416 47 R 0.100 0.051 0.037 0.057 0.211 0.122 0.423 48 M 0.069 0.023 0.021 0.049 0.187 0.033 0.619 49 P 0.064 0.027 0.085 0.130 0.096 0.155 0.442 50 M 0.037 0.015 0.141 0.206 0.091 0.245 0.264 51 L 0.037 0.027 0.144 0.282 0.087 0.164 0.260 52 T 0.023 0.018 0.134 0.378 0.066 0.175 0.206 53 Q 0.032 0.009 0.155 0.308 0.150 0.204 0.142 54 N 0.063 0.018 0.132 0.274 0.133 0.161 0.219 55 L 0.045 0.046 0.185 0.242 0.131 0.167 0.183 56 L 0.014 0.011 0.079 0.107 0.090 0.636 0.064 57 G 0.007 0.004 0.024 0.040 0.150 0.665 0.109 58 L 0.016 0.015 0.001 0.025 0.374 0.006 0.564 59 P 0.037 0.041 0.003 0.064 0.033 0.009 0.813 60 L 0.009 0.002 0.031 0.925 0.003 0.008 0.023 61 R 0.029 0.003 0.093 0.835 0.013 0.009 0.018 62 V 0.023 0.002 0.089 0.869 0.003 0.007 0.007 63 A 0.034 0.004 0.069 0.848 0.006 0.027 0.012 64 A 0.017 0.003 0.111 0.803 0.006 0.049 0.011 65 G 0.022 0.001 0.110 0.777 0.012 0.065 0.013 66 C 0.033 0.003 0.126 0.686 0.013 0.110 0.029 67 V 0.061 0.027 0.064 0.509 0.099 0.098 0.143 68 K 0.052 0.021 0.055 0.219 0.143 0.170 0.340 69 S 0.038 0.017 0.044 0.156 0.177 0.117 0.451 70 W 0.012 0.006 0.037 0.236 0.272 0.170 0.268 71 N 0.006 0.005 0.033 0.511 0.187 0.110 0.147 72 Y 0.001 0.001 0.026 0.914 0.007 0.025 0.026 73 V 0.001 0.001 0.009 0.982 0.001 0.005 0.003 74 E 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.002 0.001 75 A 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 76 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 78 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 82 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 83 N 0.001 0.001 0.001 0.976 0.001 0.023 0.001 84 A 0.001 0.001 0.006 0.913 0.001 0.074 0.005 85 Y 0.006 0.002 0.038 0.697 0.020 0.189 0.048 86 Y 0.024 0.026 0.058 0.334 0.156 0.193 0.208 87 N 0.018 0.013 0.031 0.082 0.253 0.150 0.452 88 N 0.007 0.006 0.025 0.059 0.187 0.039 0.676 89 P 0.011 0.005 0.112 0.153 0.101 0.147 0.471 90 Q 0.014 0.013 0.263 0.191 0.072 0.203 0.245 91 V 0.033 0.014 0.263 0.224 0.072 0.125 0.269 92 A 0.058 0.037 0.170 0.256 0.074 0.146 0.261 93 R 0.025 0.004 0.190 0.233 0.072 0.187 0.288 94 E 0.025 0.007 0.216 0.305 0.084 0.175 0.188 95 H 0.017 0.006 0.133 0.144 0.069 0.562 0.069 96 G 0.026 0.003 0.045 0.029 0.158 0.600 0.139 97 V 0.152 0.025 0.013 0.030 0.095 0.026 0.659 98 I 0.463 0.091 0.012 0.037 0.029 0.014 0.354 99 F 0.530 0.036 0.034 0.049 0.045 0.022 0.284 100 S 0.414 0.027 0.053 0.043 0.100 0.049 0.314 101 D 0.279 0.018 0.098 0.049 0.152 0.058 0.345 102 A 0.139 0.012 0.137 0.102 0.127 0.074 0.408 103 K 0.071 0.010 0.172 0.139 0.114 0.249 0.246 104 R 0.097 0.012 0.120 0.093 0.132 0.259 0.286 105 V 0.187 0.023 0.045 0.074 0.133 0.081 0.457 106 E 0.352 0.018 0.046 0.088 0.104 0.050 0.343 107 D 0.472 0.013 0.057 0.126 0.077 0.041 0.213 108 R 0.552 0.019 0.052 0.117 0.062 0.054 0.143 109 M 0.529 0.034 0.035 0.097 0.053 0.063 0.189 110 N 0.350 0.027 0.021 0.085 0.133 0.099 0.285 111 D 0.138 0.012 0.022 0.065 0.320 0.147 0.296 112 P 0.094 0.013 0.052 0.134 0.134 0.206 0.366 113 F 0.108 0.027 0.123 0.212 0.092 0.143 0.294 114 I 0.097 0.034 0.165 0.235 0.118 0.143 0.208 115 M 0.050 0.017 0.176 0.289 0.098 0.203 0.166 116 S 0.041 0.024 0.106 0.408 0.070 0.147 0.205 117 Q 0.009 0.006 0.167 0.628 0.034 0.039 0.118 118 N 0.006 0.001 0.295 0.509 0.026 0.105 0.058 119 E 0.009 0.002 0.162 0.634 0.014 0.143 0.035 120 V 0.023 0.017 0.109 0.475 0.081 0.158 0.138 121 K 0.013 0.007 0.023 0.168 0.060 0.654 0.075 122 G 0.014 0.005 0.005 0.062 0.045 0.296 0.574 123 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994