# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.831 0.024 0.030 0.084 0.005 0.009 0.008 0.002 0.005 0.002 0.001 2 W 0.927 0.013 0.026 0.018 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 E 0.953 0.007 0.011 0.014 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 4 I 0.981 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Y 0.988 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 A 0.970 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 M 0.919 0.003 0.005 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.888 0.016 0.034 0.046 0.002 0.004 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 10 N 0.457 0.005 0.040 0.475 0.003 0.003 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 11 G 0.134 0.010 0.090 0.133 0.013 0.009 0.190 0.384 0.006 0.031 0.001 12 I 0.054 0.206 0.547 0.011 0.020 0.040 0.009 0.001 0.109 0.002 0.001 13 P 0.259 0.008 0.674 0.020 0.001 0.016 0.002 0.002 0.001 0.005 0.013 14 E 0.668 0.043 0.170 0.079 0.019 0.009 0.005 0.002 0.002 0.003 0.001 15 D 0.114 0.033 0.035 0.698 0.009 0.036 0.038 0.011 0.025 0.001 0.001 16 F 0.002 0.434 0.392 0.007 0.082 0.022 0.010 0.001 0.050 0.001 0.001 17 L 0.009 0.369 0.546 0.005 0.008 0.053 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 18 V 0.009 0.539 0.354 0.001 0.027 0.058 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 19 D 0.774 0.015 0.003 0.203 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.002 0.492 0.010 0.005 0.485 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 21 L 0.005 0.912 0.036 0.002 0.020 0.005 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 22 V 0.007 0.835 0.055 0.002 0.032 0.021 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 23 C 0.014 0.650 0.128 0.030 0.034 0.051 0.005 0.001 0.086 0.001 0.001 24 G 0.021 0.100 0.222 0.025 0.329 0.032 0.045 0.080 0.023 0.120 0.002 25 T 0.152 0.236 0.291 0.100 0.120 0.041 0.024 0.003 0.012 0.016 0.005 26 T 0.154 0.227 0.236 0.165 0.125 0.038 0.020 0.009 0.014 0.008 0.003 27 H 0.063 0.406 0.179 0.071 0.173 0.030 0.032 0.006 0.035 0.004 0.001 28 S 0.044 0.575 0.181 0.030 0.144 0.010 0.002 0.001 0.009 0.003 0.001 29 V 0.024 0.698 0.112 0.013 0.111 0.019 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 30 I 0.014 0.738 0.162 0.004 0.032 0.029 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 31 R 0.063 0.504 0.273 0.032 0.019 0.070 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 32 S 0.069 0.345 0.246 0.046 0.227 0.019 0.015 0.004 0.018 0.008 0.001 33 G 0.256 0.077 0.087 0.081 0.169 0.010 0.041 0.123 0.009 0.145 0.001 34 N 0.096 0.143 0.152 0.395 0.107 0.015 0.048 0.008 0.029 0.007 0.001 35 G 0.049 0.047 0.160 0.033 0.172 0.007 0.074 0.256 0.006 0.194 0.002 36 V 0.107 0.409 0.224 0.124 0.085 0.017 0.008 0.005 0.015 0.004 0.001 37 G 0.055 0.135 0.154 0.043 0.287 0.017 0.064 0.066 0.013 0.163 0.002 38 L 0.080 0.419 0.321 0.062 0.059 0.029 0.003 0.001 0.022 0.002 0.003 39 G 0.041 0.270 0.380 0.007 0.081 0.043 0.026 0.002 0.141 0.008 0.001 40 P 0.259 0.025 0.500 0.095 0.003 0.044 0.001 0.001 0.003 0.001 0.068 41 N 0.097 0.234 0.362 0.095 0.085 0.053 0.017 0.006 0.041 0.008 0.002 42 R 0.035 0.216 0.559 0.002 0.025 0.025 0.012 0.001 0.119 0.003 0.003 43 P 0.211 0.005 0.660 0.015 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 44 F 0.222 0.118 0.240 0.170 0.086 0.022 0.053 0.063 0.016 0.008 0.001 45 E 0.205 0.152 0.247 0.135 0.083 0.056 0.062 0.023 0.021 0.013 0.002 46 T 0.120 0.368 0.267 0.102 0.086 0.026 0.007 0.003 0.017 0.003 0.001 47 R 0.235 0.179 0.227 0.192 0.032 0.071 0.025 0.004 0.031 0.003 0.002 48 M 0.036 0.376 0.281 0.005 0.036 0.023 0.012 0.001 0.229 0.001 0.001 49 P 0.200 0.008 0.685 0.009 0.001 0.040 0.001 0.001 0.002 0.001 0.055 50 M 0.393 0.106 0.270 0.083 0.052 0.033 0.019 0.020 0.013 0.009 0.002 51 L 0.432 0.105 0.163 0.131 0.039 0.043 0.036 0.012 0.030 0.007 0.001 52 T 0.417 0.097 0.178 0.231 0.026 0.018 0.012 0.006 0.010 0.003 0.001 53 Q 0.525 0.066 0.108 0.100 0.063 0.013 0.051 0.042 0.006 0.025 0.001 54 N 0.408 0.137 0.232 0.114 0.042 0.036 0.010 0.002 0.015 0.002 0.001 55 L 0.527 0.104 0.115 0.173 0.010 0.028 0.014 0.003 0.025 0.001 0.001 56 L 0.265 0.063 0.436 0.177 0.006 0.010 0.033 0.001 0.006 0.003 0.001 57 G 0.051 0.001 0.016 0.057 0.006 0.002 0.124 0.672 0.001 0.070 0.001 58 L 0.032 0.161 0.765 0.001 0.009 0.009 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 59 P 0.056 0.004 0.841 0.002 0.001 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 60 L 0.972 0.006 0.009 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.987 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.984 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.977 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 G 0.976 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 C 0.849 0.001 0.002 0.139 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 67 V 0.787 0.030 0.062 0.085 0.004 0.018 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 68 K 0.787 0.010 0.019 0.168 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 69 S 0.537 0.095 0.059 0.200 0.062 0.009 0.009 0.007 0.012 0.010 0.001 70 W 0.721 0.048 0.076 0.095 0.017 0.019 0.008 0.006 0.006 0.004 0.001 71 N 0.695 0.028 0.066 0.055 0.020 0.057 0.032 0.006 0.032 0.008 0.001 72 Y 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 S 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 I 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 G 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 I 0.986 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 N 0.949 0.002 0.002 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.879 0.009 0.013 0.084 0.004 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 85 Y 0.571 0.021 0.027 0.340 0.007 0.011 0.016 0.003 0.003 0.001 0.001 86 Y 0.367 0.128 0.160 0.210 0.041 0.039 0.025 0.006 0.020 0.003 0.001 87 N 0.136 0.044 0.061 0.433 0.017 0.143 0.111 0.012 0.041 0.003 0.001 88 N 0.049 0.227 0.212 0.024 0.038 0.080 0.046 0.001 0.319 0.003 0.001 89 P 0.863 0.006 0.078 0.030 0.002 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 90 Q 0.773 0.022 0.038 0.106 0.007 0.021 0.017 0.009 0.008 0.001 0.001 91 V 0.773 0.053 0.038 0.116 0.004 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 92 A 0.858 0.027 0.049 0.035 0.006 0.008 0.007 0.002 0.006 0.002 0.001 93 R 0.812 0.020 0.089 0.046 0.006 0.014 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 94 E 0.839 0.024 0.048 0.065 0.004 0.007 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 95 H 0.380 0.023 0.089 0.465 0.005 0.004 0.025 0.002 0.004 0.002 0.001 96 G 0.038 0.002 0.012 0.019 0.008 0.002 0.177 0.703 0.001 0.038 0.001 97 V 0.109 0.346 0.438 0.029 0.019 0.035 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 98 I 0.164 0.201 0.510 0.024 0.006 0.074 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 99 F 0.360 0.274 0.167 0.097 0.033 0.046 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 100 S 0.449 0.207 0.142 0.078 0.072 0.023 0.007 0.002 0.016 0.003 0.001 101 D 0.346 0.152 0.160 0.199 0.050 0.034 0.017 0.004 0.035 0.003 0.001 102 A 0.398 0.098 0.285 0.120 0.028 0.026 0.011 0.009 0.018 0.006 0.001 103 K 0.418 0.140 0.238 0.086 0.043 0.018 0.025 0.008 0.012 0.012 0.001 104 R 0.306 0.068 0.185 0.192 0.044 0.043 0.099 0.034 0.017 0.010 0.002 105 V 0.257 0.305 0.192 0.131 0.050 0.025 0.012 0.006 0.020 0.002 0.001 106 E 0.230 0.381 0.190 0.049 0.035 0.045 0.025 0.002 0.039 0.003 0.001 107 D 0.276 0.256 0.273 0.064 0.033 0.052 0.012 0.002 0.028 0.001 0.002 108 R 0.226 0.339 0.149 0.113 0.091 0.032 0.015 0.007 0.027 0.002 0.001 109 M 0.195 0.308 0.210 0.093 0.080 0.055 0.017 0.004 0.031 0.006 0.001 110 N 0.208 0.327 0.131 0.213 0.033 0.033 0.007 0.001 0.044 0.002 0.001 111 D 0.104 0.123 0.367 0.024 0.151 0.051 0.072 0.005 0.077 0.025 0.002 112 P 0.533 0.022 0.199 0.173 0.002 0.034 0.005 0.003 0.005 0.001 0.023 113 F 0.275 0.170 0.299 0.073 0.055 0.035 0.035 0.014 0.033 0.010 0.001 114 I 0.308 0.181 0.330 0.062 0.019 0.052 0.012 0.004 0.024 0.003 0.005 115 M 0.451 0.117 0.260 0.063 0.039 0.021 0.015 0.010 0.011 0.012 0.001 116 S 0.350 0.147 0.204 0.113 0.043 0.077 0.021 0.010 0.028 0.006 0.002 117 Q 0.665 0.099 0.099 0.068 0.015 0.022 0.008 0.002 0.019 0.002 0.001 118 N 0.794 0.015 0.045 0.097 0.007 0.012 0.019 0.005 0.003 0.002 0.001 119 E 0.719 0.046 0.046 0.131 0.017 0.011 0.017 0.002 0.008 0.001 0.001 120 V 0.498 0.146 0.131 0.176 0.010 0.019 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 121 K 0.335 0.093 0.323 0.157 0.011 0.027 0.033 0.001 0.018 0.002 0.001 122 G 0.089 0.016 0.083 0.101 0.041 0.006 0.109 0.490 0.006 0.058 0.001 123 K 0.157 0.166 0.523 0.056 0.029 0.024 0.015 0.007 0.014 0.010 0.001