# TARGET T0321 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0321.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.011 0.003 0.002 0.015 0.003 0.007 0.773 0.121 0.042 0.009 2 W 0.003 0.018 0.004 0.002 0.010 0.004 0.007 0.874 0.065 0.009 0.002 3 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.005 0.943 0.033 0.004 0.001 4 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.033 0.005 0.001 5 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.905 0.085 0.005 0.001 6 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.934 0.055 0.001 0.001 7 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.054 0.847 0.078 0.011 0.001 8 M 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.004 0.038 0.690 0.175 0.075 0.005 9 I 0.009 0.064 0.020 0.012 0.018 0.021 0.059 0.422 0.303 0.062 0.009 10 N 0.003 0.133 0.071 0.060 0.020 0.077 0.240 0.243 0.105 0.042 0.006 11 G 0.018 0.005 0.005 0.005 0.009 0.008 0.042 0.038 0.096 0.680 0.093 12 I 0.055 0.447 0.212 0.008 0.159 0.003 0.016 0.040 0.024 0.015 0.021 13 P 0.022 0.496 0.191 0.015 0.115 0.008 0.012 0.075 0.049 0.009 0.008 14 E 0.015 0.081 0.027 0.013 0.043 0.036 0.109 0.308 0.319 0.036 0.013 15 D 0.086 0.018 0.004 0.002 0.045 0.003 0.021 0.071 0.154 0.434 0.162 16 F 0.049 0.437 0.100 0.001 0.300 0.001 0.005 0.043 0.035 0.023 0.006 17 L 0.194 0.297 0.025 0.001 0.335 0.001 0.009 0.034 0.023 0.053 0.030 18 V 0.367 0.066 0.017 0.005 0.391 0.003 0.004 0.012 0.016 0.016 0.103 19 D 0.008 0.007 0.002 0.035 0.027 0.282 0.396 0.208 0.030 0.003 0.003 20 E 0.204 0.092 0.010 0.002 0.647 0.001 0.003 0.012 0.005 0.010 0.014 21 L 0.322 0.032 0.002 0.001 0.587 0.004 0.002 0.010 0.002 0.004 0.034 22 V 0.379 0.027 0.005 0.004 0.353 0.004 0.005 0.010 0.004 0.040 0.169 23 C 0.094 0.166 0.059 0.076 0.146 0.030 0.041 0.035 0.028 0.200 0.125 24 G 0.038 0.096 0.119 0.267 0.060 0.092 0.032 0.026 0.036 0.205 0.029 25 T 0.161 0.170 0.123 0.028 0.273 0.016 0.025 0.046 0.048 0.057 0.053 26 T 0.103 0.132 0.070 0.045 0.177 0.075 0.138 0.081 0.067 0.070 0.044 27 H 0.307 0.100 0.027 0.015 0.348 0.013 0.012 0.012 0.020 0.060 0.083 28 S 0.257 0.111 0.024 0.006 0.529 0.006 0.007 0.007 0.007 0.013 0.033 29 V 0.210 0.137 0.015 0.002 0.593 0.003 0.003 0.004 0.003 0.006 0.024 30 I 0.258 0.142 0.019 0.002 0.533 0.002 0.003 0.003 0.002 0.004 0.032 31 R 0.288 0.102 0.032 0.024 0.324 0.020 0.020 0.017 0.010 0.042 0.122 32 S 0.059 0.177 0.129 0.176 0.134 0.079 0.055 0.073 0.055 0.035 0.029 33 G 0.025 0.031 0.032 0.141 0.027 0.142 0.110 0.151 0.152 0.165 0.026 34 N 0.034 0.167 0.201 0.171 0.096 0.032 0.055 0.040 0.047 0.128 0.028 35 G 0.070 0.104 0.115 0.160 0.091 0.071 0.028 0.076 0.054 0.165 0.066 36 V 0.087 0.136 0.064 0.058 0.128 0.044 0.098 0.106 0.104 0.125 0.050 37 G 0.044 0.116 0.165 0.272 0.106 0.130 0.021 0.044 0.021 0.053 0.028 38 L 0.197 0.121 0.046 0.023 0.300 0.015 0.032 0.058 0.046 0.094 0.069 39 G 0.094 0.252 0.231 0.030 0.257 0.018 0.018 0.034 0.012 0.022 0.033 40 P 0.141 0.253 0.096 0.008 0.287 0.006 0.018 0.042 0.033 0.058 0.057 41 N 0.057 0.319 0.254 0.028 0.147 0.016 0.022 0.041 0.041 0.048 0.026 42 R 0.022 0.359 0.352 0.025 0.107 0.008 0.011 0.055 0.037 0.014 0.009 43 P 0.046 0.081 0.034 0.012 0.071 0.033 0.089 0.308 0.243 0.057 0.025 44 F 0.037 0.121 0.058 0.027 0.085 0.024 0.049 0.170 0.191 0.198 0.040 45 E 0.109 0.083 0.029 0.012 0.146 0.018 0.048 0.147 0.132 0.202 0.072 46 T 0.060 0.222 0.108 0.020 0.173 0.016 0.043 0.137 0.104 0.088 0.030 47 R 0.099 0.165 0.106 0.018 0.143 0.016 0.058 0.133 0.086 0.110 0.065 48 M 0.039 0.378 0.243 0.029 0.116 0.009 0.018 0.086 0.033 0.028 0.021 49 P 0.030 0.376 0.117 0.016 0.147 0.013 0.020 0.189 0.056 0.018 0.016 50 M 0.034 0.074 0.032 0.008 0.055 0.020 0.058 0.454 0.194 0.051 0.020 51 L 0.044 0.038 0.023 0.012 0.039 0.010 0.025 0.461 0.153 0.159 0.035 52 T 0.032 0.072 0.016 0.011 0.066 0.014 0.035 0.461 0.203 0.071 0.019 53 Q 0.018 0.047 0.015 0.012 0.040 0.039 0.066 0.462 0.230 0.056 0.015 54 N 0.027 0.032 0.032 0.010 0.039 0.008 0.102 0.513 0.147 0.066 0.025 55 L 0.031 0.020 0.013 0.011 0.028 0.024 0.069 0.429 0.206 0.140 0.029 56 L 0.008 0.243 0.092 0.061 0.045 0.057 0.160 0.230 0.075 0.022 0.007 57 G 0.017 0.005 0.012 0.016 0.006 0.012 0.005 0.016 0.039 0.763 0.110 58 L 0.003 0.568 0.362 0.003 0.057 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 59 P 0.011 0.832 0.084 0.001 0.051 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.002 60 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.698 0.292 0.003 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.043 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.927 0.057 0.011 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.874 0.081 0.039 0.001 64 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.767 0.187 0.021 0.001 65 G 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.005 0.039 0.821 0.109 0.013 0.001 66 C 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 0.004 0.031 0.691 0.198 0.060 0.003 67 V 0.011 0.014 0.003 0.003 0.014 0.009 0.083 0.617 0.196 0.044 0.006 68 K 0.011 0.026 0.010 0.005 0.015 0.015 0.050 0.411 0.247 0.187 0.023 69 S 0.051 0.173 0.047 0.007 0.146 0.009 0.054 0.368 0.067 0.061 0.017 70 W 0.015 0.062 0.029 0.013 0.034 0.029 0.034 0.271 0.205 0.276 0.031 71 N 0.068 0.079 0.054 0.012 0.113 0.006 0.027 0.496 0.078 0.039 0.028 72 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.851 0.135 0.009 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.061 0.002 0.001 74 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.039 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.954 0.042 0.001 0.001 76 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.052 0.002 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.053 0.001 0.001 78 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.038 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.022 0.001 0.001 82 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.963 0.027 0.001 0.001 83 N 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.832 0.133 0.012 0.001 84 A 0.003 0.007 0.002 0.001 0.003 0.003 0.060 0.739 0.168 0.012 0.001 85 Y 0.005 0.011 0.004 0.004 0.007 0.020 0.175 0.464 0.182 0.124 0.006 86 Y 0.034 0.269 0.073 0.018 0.134 0.029 0.130 0.150 0.055 0.083 0.026 87 N 0.055 0.035 0.029 0.034 0.044 0.057 0.065 0.051 0.059 0.411 0.160 88 N 0.169 0.166 0.094 0.016 0.407 0.005 0.011 0.023 0.019 0.029 0.061 89 P 0.023 0.050 0.027 0.010 0.057 0.008 0.015 0.327 0.399 0.063 0.019 90 Q 0.048 0.058 0.020 0.004 0.071 0.008 0.076 0.447 0.142 0.101 0.026 91 V 0.043 0.076 0.017 0.004 0.076 0.007 0.027 0.408 0.189 0.131 0.024 92 A 0.031 0.152 0.067 0.009 0.134 0.015 0.027 0.349 0.120 0.077 0.019 93 R 0.045 0.087 0.137 0.011 0.038 0.008 0.043 0.445 0.139 0.030 0.018 94 E 0.015 0.045 0.053 0.017 0.023 0.023 0.080 0.534 0.150 0.050 0.011 95 H 0.005 0.724 0.120 0.033 0.049 0.012 0.017 0.024 0.007 0.006 0.003 96 G 0.024 0.004 0.004 0.012 0.006 0.006 0.004 0.011 0.026 0.608 0.296 97 V 0.045 0.468 0.126 0.003 0.273 0.002 0.008 0.035 0.021 0.012 0.005 98 I 0.243 0.180 0.028 0.002 0.417 0.002 0.005 0.037 0.019 0.021 0.046 99 F 0.200 0.176 0.065 0.018 0.280 0.016 0.037 0.058 0.049 0.039 0.061 100 S 0.087 0.168 0.079 0.023 0.191 0.049 0.077 0.158 0.071 0.053 0.045 101 D 0.155 0.164 0.085 0.009 0.237 0.005 0.017 0.085 0.055 0.111 0.077 102 A 0.124 0.126 0.067 0.019 0.152 0.014 0.019 0.149 0.133 0.141 0.054 103 K 0.023 0.237 0.110 0.044 0.104 0.048 0.102 0.217 0.080 0.027 0.009 104 R 0.179 0.079 0.037 0.012 0.150 0.007 0.023 0.094 0.072 0.204 0.143 105 V 0.096 0.291 0.102 0.014 0.228 0.014 0.026 0.096 0.056 0.047 0.030 106 E 0.108 0.295 0.080 0.014 0.332 0.011 0.016 0.058 0.036 0.025 0.026 107 D 0.238 0.101 0.024 0.011 0.254 0.020 0.067 0.119 0.066 0.038 0.063 108 R 0.120 0.172 0.039 0.014 0.277 0.023 0.042 0.072 0.060 0.122 0.059 109 M 0.257 0.137 0.034 0.009 0.360 0.009 0.019 0.041 0.025 0.052 0.059 110 N 0.115 0.084 0.038 0.066 0.124 0.055 0.075 0.105 0.087 0.169 0.083 111 D 0.026 0.200 0.306 0.120 0.090 0.037 0.024 0.071 0.054 0.051 0.020 112 P 0.075 0.095 0.033 0.010 0.116 0.009 0.043 0.284 0.185 0.106 0.044 113 F 0.048 0.198 0.086 0.018 0.109 0.011 0.022 0.182 0.152 0.142 0.033 114 I 0.059 0.132 0.055 0.014 0.148 0.015 0.038 0.351 0.128 0.032 0.029 115 M 0.052 0.114 0.059 0.011 0.090 0.016 0.065 0.435 0.110 0.029 0.021 116 S 0.052 0.093 0.049 0.015 0.065 0.009 0.026 0.370 0.136 0.151 0.035 117 Q 0.023 0.058 0.017 0.007 0.043 0.008 0.015 0.490 0.283 0.043 0.013 118 N 0.006 0.030 0.009 0.006 0.016 0.019 0.045 0.598 0.248 0.019 0.005 119 E 0.026 0.018 0.009 0.004 0.026 0.006 0.063 0.544 0.147 0.140 0.016 120 V 0.096 0.047 0.032 0.023 0.084 0.039 0.066 0.300 0.123 0.137 0.053 121 K 0.015 0.089 0.057 0.120 0.032 0.115 0.182 0.241 0.084 0.048 0.016 122 G 0.018 0.049 0.093 0.135 0.026 0.048 0.023 0.099 0.102 0.358 0.049 123 K 0.062 0.205 0.091 0.024 0.173 0.025 0.062 0.142 0.095 0.091 0.031