# TARGET T0320 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 223 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 Q 0.014 0.030 0.004 0.023 0.002 0.024 0.902 3 L 0.002 0.001 0.001 0.009 0.048 0.005 0.933 4 S 0.017 0.005 0.013 0.056 0.025 0.059 0.824 5 K 0.049 0.022 0.049 0.109 0.143 0.116 0.513 6 A 0.121 0.016 0.096 0.133 0.121 0.123 0.391 7 A 0.212 0.018 0.085 0.106 0.105 0.079 0.395 8 E 0.354 0.028 0.050 0.115 0.140 0.048 0.264 9 M 0.339 0.022 0.040 0.101 0.112 0.046 0.339 10 C 0.277 0.016 0.042 0.124 0.087 0.087 0.366 11 Y 0.245 0.019 0.067 0.183 0.110 0.106 0.270 12 E 0.215 0.015 0.068 0.223 0.099 0.117 0.263 13 I 0.174 0.017 0.042 0.249 0.101 0.091 0.326 14 T 0.134 0.013 0.027 0.268 0.133 0.047 0.377 15 N 0.111 0.012 0.046 0.296 0.081 0.103 0.350 16 S 0.078 0.015 0.085 0.414 0.072 0.100 0.235 17 Y 0.069 0.010 0.112 0.428 0.072 0.097 0.212 18 L 0.066 0.006 0.128 0.421 0.081 0.138 0.161 19 H 0.048 0.009 0.102 0.461 0.092 0.117 0.171 20 I 0.025 0.008 0.074 0.480 0.117 0.083 0.213 21 D 0.022 0.004 0.065 0.549 0.071 0.113 0.175 22 Q 0.016 0.004 0.067 0.532 0.066 0.151 0.164 23 K 0.017 0.006 0.050 0.585 0.059 0.140 0.143 24 S 0.023 0.008 0.035 0.562 0.083 0.087 0.201 25 Q 0.018 0.007 0.040 0.617 0.068 0.063 0.187 26 I 0.007 0.003 0.039 0.726 0.042 0.045 0.138 27 I 0.005 0.002 0.033 0.784 0.037 0.053 0.086 28 A 0.004 0.002 0.033 0.794 0.028 0.087 0.053 29 S 0.002 0.001 0.021 0.801 0.029 0.080 0.066 30 T 0.002 0.001 0.010 0.821 0.043 0.051 0.072 31 Q 0.002 0.001 0.007 0.873 0.029 0.041 0.047 32 E 0.001 0.001 0.004 0.902 0.018 0.038 0.036 33 A 0.001 0.001 0.003 0.911 0.017 0.028 0.039 34 I 0.001 0.001 0.002 0.925 0.018 0.033 0.021 35 R 0.001 0.001 0.004 0.911 0.015 0.050 0.019 36 L 0.001 0.001 0.007 0.889 0.023 0.047 0.033 37 T 0.001 0.001 0.009 0.873 0.022 0.061 0.033 38 R 0.001 0.001 0.013 0.742 0.027 0.175 0.040 39 K 0.001 0.002 0.010 0.665 0.064 0.155 0.103 40 Y 0.001 0.001 0.005 0.733 0.046 0.069 0.146 41 L 0.001 0.001 0.003 0.897 0.024 0.033 0.042 42 L 0.001 0.001 0.002 0.961 0.009 0.013 0.015 43 S 0.001 0.001 0.001 0.979 0.005 0.007 0.007 44 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.004 0.003 45 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 46 F 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.009 0.002 47 V 0.001 0.001 0.001 0.978 0.003 0.013 0.005 48 R 0.001 0.001 0.004 0.962 0.003 0.023 0.006 49 W 0.002 0.001 0.012 0.910 0.008 0.057 0.011 50 S 0.003 0.001 0.026 0.794 0.021 0.130 0.025 51 P 0.005 0.002 0.029 0.538 0.057 0.308 0.061 52 L 0.009 0.004 0.040 0.208 0.110 0.418 0.211 53 N 0.017 0.007 0.073 0.048 0.185 0.265 0.405 54 G 0.035 0.004 0.100 0.026 0.222 0.427 0.186 55 E 0.090 0.004 0.055 0.018 0.371 0.261 0.201 56 I 0.555 0.026 0.011 0.014 0.049 0.024 0.322 57 S 0.919 0.006 0.003 0.008 0.008 0.007 0.050 58 F 0.958 0.004 0.001 0.005 0.004 0.003 0.024 59 S 0.908 0.003 0.004 0.007 0.008 0.007 0.063 60 Y 0.774 0.006 0.007 0.009 0.044 0.036 0.124 61 N 0.349 0.017 0.018 0.020 0.139 0.117 0.339 62 G 0.055 0.010 0.023 0.047 0.366 0.179 0.320 63 G 0.019 0.005 0.036 0.213 0.298 0.114 0.314 64 K 0.003 0.002 0.056 0.681 0.056 0.159 0.044 65 D 0.002 0.001 0.016 0.827 0.020 0.119 0.015 66 C 0.004 0.001 0.005 0.939 0.008 0.026 0.017 67 Q 0.005 0.001 0.001 0.974 0.004 0.006 0.009 68 V 0.009 0.001 0.001 0.975 0.003 0.006 0.007 69 L 0.003 0.001 0.001 0.988 0.002 0.004 0.002 70 L 0.008 0.001 0.001 0.983 0.002 0.003 0.002 71 L 0.005 0.001 0.002 0.985 0.003 0.003 0.002 72 L 0.002 0.001 0.002 0.988 0.002 0.004 0.002 73 Y 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.010 0.003 74 L 0.001 0.001 0.017 0.911 0.005 0.063 0.004 75 S 0.002 0.001 0.021 0.759 0.010 0.197 0.011 76 C 0.002 0.003 0.037 0.573 0.073 0.233 0.078 77 L 0.007 0.025 0.047 0.239 0.150 0.206 0.326 78 W 0.008 0.005 0.035 0.043 0.258 0.186 0.465 79 E 0.020 0.013 0.031 0.024 0.422 0.118 0.373 80 Y 0.080 0.013 0.014 0.007 0.130 0.135 0.621 81 F 0.126 0.004 0.002 0.002 0.077 0.007 0.782 82 F 0.608 0.004 0.001 0.002 0.124 0.003 0.258 83 I 0.927 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.057 84 K 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 85 A 0.946 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.043 86 Q 0.834 0.006 0.002 0.002 0.026 0.009 0.120 87 N 0.362 0.009 0.008 0.005 0.104 0.037 0.475 88 S 0.046 0.008 0.045 0.016 0.259 0.352 0.275 89 Q 0.015 0.008 0.061 0.015 0.334 0.408 0.159 90 F 0.028 0.019 0.066 0.027 0.314 0.205 0.342 91 D 0.023 0.049 0.026 0.054 0.310 0.085 0.453 92 F 0.015 0.016 0.017 0.094 0.324 0.046 0.488 93 E 0.008 0.006 0.104 0.352 0.096 0.222 0.212 94 F 0.007 0.007 0.188 0.408 0.063 0.184 0.143 95 Q 0.011 0.007 0.169 0.554 0.039 0.072 0.149 96 S 0.007 0.003 0.086 0.759 0.028 0.054 0.063 97 F 0.009 0.005 0.069 0.764 0.024 0.074 0.055 98 P 0.004 0.003 0.054 0.832 0.016 0.053 0.038 99 M 0.001 0.001 0.022 0.935 0.007 0.020 0.014 100 Q 0.002 0.001 0.024 0.931 0.004 0.029 0.009 101 R 0.001 0.001 0.019 0.921 0.006 0.045 0.008 102 L 0.003 0.002 0.011 0.932 0.010 0.028 0.014 103 P 0.004 0.001 0.026 0.915 0.009 0.034 0.011 104 T 0.007 0.001 0.037 0.861 0.012 0.069 0.013 105 V 0.006 0.001 0.049 0.787 0.017 0.119 0.020 106 F 0.028 0.010 0.037 0.513 0.090 0.231 0.091 107 I 0.050 0.005 0.032 0.136 0.135 0.289 0.353 108 D 0.134 0.013 0.032 0.091 0.175 0.076 0.480 109 Q 0.223 0.015 0.021 0.045 0.099 0.043 0.553 110 E 0.305 0.018 0.049 0.090 0.092 0.066 0.380 111 E 0.466 0.017 0.039 0.076 0.071 0.044 0.286 112 T 0.415 0.019 0.036 0.060 0.089 0.042 0.339 113 F 0.267 0.026 0.016 0.057 0.133 0.039 0.463 114 P 0.082 0.015 0.011 0.053 0.216 0.032 0.589 115 T 0.029 0.010 0.021 0.103 0.131 0.059 0.647 116 L 0.009 0.003 0.077 0.437 0.077 0.155 0.242 117 E 0.009 0.003 0.071 0.586 0.058 0.122 0.152 118 N 0.014 0.004 0.045 0.687 0.057 0.065 0.128 119 F 0.022 0.007 0.024 0.774 0.039 0.047 0.086 120 V 0.026 0.004 0.019 0.812 0.028 0.043 0.069 121 L 0.030 0.004 0.017 0.849 0.020 0.043 0.037 122 E 0.042 0.002 0.016 0.833 0.020 0.043 0.044 123 T 0.032 0.004 0.023 0.817 0.023 0.055 0.046 124 S 0.031 0.005 0.027 0.769 0.040 0.056 0.072 125 E 0.019 0.004 0.039 0.755 0.035 0.086 0.063 126 R 0.016 0.003 0.036 0.644 0.060 0.176 0.065 127 Y 0.012 0.004 0.028 0.438 0.091 0.321 0.106 128 C 0.020 0.009 0.028 0.227 0.139 0.224 0.354 129 L 0.031 0.010 0.096 0.380 0.101 0.160 0.223 130 S 0.068 0.007 0.128 0.385 0.091 0.162 0.160 131 L 0.104 0.013 0.147 0.369 0.078 0.117 0.172 132 Y 0.206 0.023 0.071 0.347 0.087 0.091 0.175 133 E 0.257 0.021 0.055 0.321 0.073 0.089 0.183 134 S 0.180 0.020 0.057 0.320 0.103 0.124 0.195 135 Q 0.091 0.013 0.049 0.263 0.132 0.240 0.211 136 R 0.055 0.010 0.041 0.135 0.194 0.260 0.306 137 Q 0.049 0.018 0.039 0.133 0.238 0.170 0.353 138 S 0.043 0.013 0.029 0.118 0.235 0.116 0.445 139 G 0.025 0.007 0.101 0.313 0.148 0.189 0.218 140 A 0.032 0.010 0.152 0.330 0.118 0.210 0.148 141 S 0.049 0.010 0.168 0.332 0.113 0.158 0.170 142 V 0.087 0.017 0.095 0.336 0.087 0.140 0.237 143 N 0.155 0.019 0.050 0.337 0.085 0.134 0.219 144 M 0.161 0.009 0.037 0.330 0.086 0.098 0.279 145 A 0.148 0.013 0.024 0.398 0.077 0.046 0.294 146 D 0.158 0.018 0.021 0.431 0.055 0.035 0.282 147 A 0.114 0.013 0.032 0.417 0.052 0.062 0.310 148 F 0.062 0.012 0.034 0.480 0.056 0.059 0.297 149 R 0.041 0.004 0.034 0.617 0.063 0.031 0.210 150 D 0.032 0.003 0.065 0.737 0.031 0.038 0.094 151 F 0.020 0.003 0.067 0.750 0.032 0.040 0.087 152 I 0.017 0.003 0.082 0.746 0.032 0.051 0.070 153 K 0.010 0.001 0.074 0.720 0.032 0.122 0.042 154 I 0.003 0.002 0.077 0.611 0.025 0.243 0.039 155 Y 0.005 0.004 0.126 0.243 0.092 0.236 0.295 156 P 0.001 0.002 0.062 0.044 0.039 0.826 0.027 157 E 0.006 0.001 0.039 0.008 0.057 0.831 0.057 158 T 0.062 0.004 0.002 0.002 0.141 0.008 0.780 159 E 0.497 0.004 0.001 0.001 0.222 0.003 0.273 160 A 0.976 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 161 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 162 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 163 I 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 164 G 0.659 0.002 0.002 0.002 0.072 0.008 0.256 165 I 0.460 0.012 0.005 0.003 0.122 0.012 0.385 166 R 0.329 0.054 0.009 0.007 0.100 0.019 0.482 167 H 0.196 0.034 0.015 0.015 0.188 0.070 0.482 168 T 0.055 0.027 0.015 0.020 0.326 0.102 0.455 169 D 0.018 0.017 0.011 0.026 0.397 0.066 0.465 170 P 0.011 0.010 0.033 0.067 0.233 0.157 0.489 171 F 0.010 0.011 0.094 0.100 0.200 0.292 0.293 172 G 0.013 0.017 0.152 0.128 0.187 0.217 0.286 173 E 0.019 0.024 0.245 0.145 0.119 0.154 0.294 174 A 0.040 0.014 0.208 0.141 0.096 0.263 0.238 175 L 0.041 0.025 0.158 0.123 0.111 0.264 0.277 176 K 0.043 0.021 0.023 0.043 0.270 0.035 0.565 177 P 0.072 0.020 0.018 0.030 0.090 0.045 0.725 178 I 0.117 0.046 0.020 0.039 0.079 0.035 0.663 179 Q 0.116 0.032 0.028 0.038 0.080 0.041 0.666 180 R 0.105 0.024 0.042 0.041 0.137 0.114 0.537 181 T 0.062 0.039 0.039 0.036 0.202 0.087 0.536 182 D 0.018 0.026 0.047 0.020 0.215 0.066 0.608 183 S 0.007 0.004 0.091 0.031 0.180 0.538 0.149 184 N 0.006 0.005 0.079 0.018 0.151 0.595 0.146 185 W 0.011 0.023 0.117 0.020 0.234 0.175 0.421 186 P 0.025 0.023 0.130 0.026 0.195 0.220 0.382 187 D 0.048 0.008 0.175 0.037 0.218 0.303 0.211 188 F 0.247 0.056 0.114 0.050 0.102 0.134 0.296 189 M 0.550 0.037 0.026 0.039 0.060 0.042 0.246 190 R 0.590 0.031 0.026 0.034 0.058 0.032 0.230 191 L 0.510 0.063 0.024 0.053 0.073 0.016 0.262 192 Q 0.159 0.012 0.042 0.037 0.072 0.024 0.656 193 P 0.027 0.006 0.404 0.117 0.077 0.192 0.177 194 L 0.010 0.006 0.626 0.056 0.056 0.140 0.105 195 L 0.009 0.002 0.669 0.039 0.082 0.124 0.075 196 H 0.020 0.009 0.419 0.051 0.129 0.180 0.192 197 W 0.014 0.034 0.099 0.031 0.254 0.085 0.484 198 D 0.018 0.012 0.012 0.038 0.120 0.024 0.775 199 L 0.003 0.001 0.053 0.821 0.022 0.062 0.038 200 T 0.002 0.001 0.025 0.906 0.016 0.031 0.019 201 N 0.001 0.001 0.008 0.949 0.006 0.021 0.012 202 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.003 0.003 203 W 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.003 204 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 205 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 206 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 207 L 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 0.031 0.001 208 Y 0.001 0.001 0.004 0.817 0.009 0.158 0.011 209 S 0.001 0.001 0.003 0.170 0.020 0.800 0.007 210 N 0.001 0.001 0.003 0.005 0.029 0.938 0.025 211 E 0.015 0.011 0.001 0.003 0.142 0.013 0.815 212 P 0.049 0.032 0.002 0.002 0.082 0.009 0.824 213 I 0.132 0.097 0.041 0.025 0.148 0.028 0.529 214 C 0.090 0.009 0.051 0.018 0.082 0.030 0.722 215 G 0.063 0.003 0.354 0.092 0.086 0.177 0.225 216 L 0.077 0.010 0.444 0.189 0.058 0.124 0.098 217 Y 0.031 0.023 0.519 0.161 0.065 0.103 0.099 218 G 0.063 0.015 0.281 0.182 0.103 0.191 0.164 219 K 0.017 0.006 0.086 0.096 0.078 0.648 0.069 220 G 0.019 0.005 0.017 0.015 0.127 0.728 0.088 221 F 0.161 0.012 0.003 0.002 0.211 0.021 0.589 222 T 0.345 0.039 0.003 0.002 0.083 0.009 0.520 223 S 0.444 0.042 0.008 0.002 0.050 0.013 0.442 224 I 0.335 0.011 0.032 0.004 0.132 0.100 0.387 225 G 0.324 0.016 0.036 0.005 0.262 0.132 0.225 226 G 0.290 0.072 0.017 0.004 0.091 0.018 0.508 227 I 0.123 0.058 0.057 0.013 0.165 0.113 0.471 228 N 0.067 0.027 0.056 0.013 0.154 0.352 0.331 229 N 0.039 0.029 0.053 0.015 0.193 0.378 0.292 230 S 0.035 0.049 0.023 0.026 0.360 0.132 0.376 231 L 0.033 0.023 0.009 0.015 0.345 0.059 0.516 232 P 0.031 0.040 0.008 0.013 0.142 0.063 0.703 233 N 0.036 0.079 0.012 0.016 0.098 0.035 0.724 234 P 0.018 0.015 0.038 0.031 0.119 0.128 0.650 235 H 0.011 0.009 0.082 0.045 0.131 0.470 0.252 236 L 0.017 0.011 0.100 0.046 0.155 0.350 0.321 237 R 0.033 0.026 0.056 0.045 0.248 0.100 0.492 238 K 0.063 0.066 0.045 0.072 0.164 0.064 0.525 239 D 0.040 0.026 0.059 0.098 0.211 0.144 0.422 240 S 0.027 0.017 0.053 0.121 0.122 0.201 0.459 241 N 0.024 0.013 0.056 0.133 0.149 0.406 0.219 242 N 0.028 0.007 0.043 0.110 0.201 0.327 0.285 243 P 0.034 0.025 0.059 0.181 0.189 0.101 0.410 244 A 0.040 0.025 0.080 0.292 0.120 0.104 0.339 245 L 0.032 0.009 0.103 0.413 0.080 0.190 0.173 246 H 0.029 0.008 0.081 0.479 0.077 0.146 0.180 247 F 0.024 0.011 0.033 0.545 0.096 0.068 0.224 248 E 0.023 0.005 0.015 0.680 0.054 0.031 0.192 249 W 0.008 0.001 0.014 0.880 0.019 0.034 0.042 250 E 0.009 0.001 0.014 0.885 0.017 0.038 0.036 251 I 0.011 0.003 0.011 0.907 0.012 0.025 0.030 252 I 0.016 0.003 0.007 0.898 0.016 0.031 0.030 253 H 0.024 0.004 0.009 0.825 0.021 0.076 0.041 254 A 0.026 0.006 0.013 0.712 0.050 0.117 0.076 255 F 0.020 0.006 0.019 0.624 0.070 0.137 0.124 256 G 0.018 0.005 0.032 0.511 0.088 0.184 0.161 257 K 0.016 0.006 0.036 0.401 0.110 0.296 0.135 258 D 0.029 0.008 0.031 0.273 0.173 0.213 0.274 259 A 0.047 0.020 0.038 0.224 0.157 0.127 0.388 260 E 0.061 0.032 0.037 0.232 0.178 0.083 0.377 261 G 0.038 0.016 0.045 0.258 0.128 0.109 0.407 262 E 0.028 0.010 0.062 0.293 0.108 0.197 0.301 263 R 0.026 0.013 0.066 0.321 0.113 0.180 0.282 264 S 0.021 0.009 0.068 0.373 0.152 0.125 0.252 265 S 0.025 0.009 0.084 0.427 0.108 0.113 0.233 266 A 0.020 0.014 0.083 0.463 0.106 0.112 0.203 267 I 0.015 0.014 0.073 0.459 0.086 0.141 0.212 268 N 0.011 0.008 0.065 0.342 0.101 0.300 0.172 269 T 0.009 0.007 0.053 0.275 0.138 0.325 0.192 270 S 0.010 0.010 0.040 0.250 0.171 0.119 0.400 271 P 0.012 0.010 0.046 0.327 0.128 0.139 0.339 272 I 0.013 0.008 0.035 0.399 0.117 0.112 0.316 273 S 0.008 0.004 0.032 0.716 0.055 0.054 0.131 274 V 0.009 0.003 0.019 0.822 0.028 0.045 0.074 275 V 0.009 0.003 0.014 0.856 0.018 0.032 0.067 276 D 0.009 0.003 0.006 0.914 0.014 0.019 0.036 277 K 0.013 0.001 0.004 0.932 0.013 0.015 0.022 278 E 0.013 0.001 0.006 0.937 0.009 0.015 0.018 279 R 0.008 0.001 0.010 0.931 0.011 0.020 0.018 280 F 0.011 0.003 0.020 0.904 0.009 0.037 0.016 281 S 0.013 0.002 0.025 0.768 0.027 0.137 0.027 282 K 0.011 0.002 0.022 0.508 0.042 0.360 0.054 283 Y 0.012 0.007 0.028 0.203 0.213 0.214 0.323 284 H 0.025 0.010 0.061 0.107 0.236 0.197 0.364 285 D 0.054 0.008 0.075 0.057 0.276 0.238 0.293 286 N 0.092 0.016 0.064 0.038 0.228 0.152 0.410 287 Y 0.274 0.040 0.029 0.036 0.221 0.063 0.339 288 Y 0.287 0.019 0.023 0.014 0.151 0.025 0.482 289 P 0.387 0.018 0.034 0.011 0.094 0.080 0.375 290 G 0.617 0.008 0.031 0.010 0.082 0.071 0.181 291 W 0.843 0.009 0.010 0.006 0.028 0.018 0.086 292 Y 0.890 0.011 0.003 0.005 0.012 0.007 0.071 293 L 0.808 0.030 0.003 0.005 0.028 0.009 0.117 294 V 0.402 0.024 0.003 0.008 0.114 0.026 0.424 295 D 0.067 0.010 0.007 0.021 0.317 0.087 0.490 296 D 0.013 0.006 0.040 0.099 0.296 0.308 0.238 297 T 0.006 0.006 0.064 0.294 0.256 0.246 0.128 298 L 0.004 0.006 0.068 0.531 0.147 0.095 0.148 299 E 0.004 0.005 0.052 0.615 0.073 0.127 0.125 300 R 0.006 0.007 0.052 0.563 0.049 0.196 0.127 301 A 0.009 0.011 0.046 0.512 0.080 0.198 0.144 302 G 0.023 0.008 0.042 0.442 0.083 0.221 0.181 303 R 0.037 0.010 0.053 0.335 0.137 0.081 0.347 304 I 0.047 0.026 0.056 0.358 0.121 0.067 0.324 305 K 0.027 0.016 0.032 0.281 0.008 0.161 0.474 306 N 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.992