# TARGET T0320 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2603 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.008 0.014 0.057 0.155 0.722 2 Q 0.082 0.013 0.021 0.113 0.163 0.608 3 L 0.090 0.014 0.043 0.201 0.176 0.476 4 S 0.120 0.013 0.034 0.168 0.228 0.437 5 K 0.183 0.007 0.057 0.288 0.227 0.238 6 A 0.234 0.006 0.071 0.337 0.172 0.180 7 A 0.322 0.006 0.065 0.406 0.102 0.099 8 E 0.363 0.008 0.039 0.415 0.067 0.108 9 M 0.303 0.017 0.025 0.366 0.081 0.208 10 C 0.212 0.010 0.020 0.235 0.156 0.367 11 Y 0.194 0.006 0.031 0.207 0.217 0.345 12 E 0.263 0.010 0.033 0.187 0.231 0.276 13 I 0.406 0.018 0.033 0.168 0.171 0.203 14 T 0.352 0.016 0.023 0.164 0.160 0.285 15 N 0.315 0.009 0.037 0.206 0.160 0.273 16 S 0.379 0.009 0.038 0.229 0.136 0.210 17 Y 0.423 0.010 0.049 0.213 0.125 0.180 18 L 0.331 0.021 0.039 0.243 0.140 0.227 19 H 0.257 0.015 0.038 0.198 0.172 0.319 20 I 0.106 0.011 0.070 0.271 0.198 0.344 21 D 0.054 0.008 0.069 0.277 0.291 0.302 22 Q 0.015 0.005 0.150 0.514 0.193 0.123 23 K 0.017 0.004 0.104 0.667 0.118 0.090 24 S 0.018 0.002 0.086 0.728 0.105 0.062 25 Q 0.024 0.003 0.053 0.761 0.079 0.080 26 I 0.036 0.007 0.026 0.823 0.048 0.060 27 I 0.039 0.004 0.024 0.826 0.042 0.065 28 A 0.022 0.002 0.031 0.847 0.041 0.057 29 S 0.028 0.003 0.021 0.760 0.057 0.130 30 T 0.009 0.002 0.007 0.873 0.023 0.087 31 Q 0.002 0.001 0.002 0.976 0.006 0.013 32 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 33 A 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.005 34 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 35 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 36 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 37 T 0.001 0.001 0.002 0.985 0.004 0.008 38 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 39 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 40 Y 0.001 0.001 0.004 0.985 0.004 0.006 41 L 0.001 0.001 0.006 0.974 0.006 0.013 42 L 0.001 0.001 0.005 0.982 0.005 0.007 43 S 0.001 0.001 0.009 0.974 0.009 0.007 44 E 0.002 0.001 0.006 0.977 0.009 0.007 45 I 0.003 0.001 0.005 0.977 0.008 0.007 46 F 0.004 0.001 0.012 0.966 0.011 0.006 47 V 0.006 0.001 0.026 0.943 0.016 0.009 48 R 0.016 0.002 0.028 0.897 0.025 0.032 49 W 0.032 0.010 0.038 0.721 0.058 0.140 50 S 0.052 0.017 0.061 0.161 0.480 0.228 51 P 0.013 0.003 0.209 0.085 0.640 0.050 52 L 0.026 0.007 0.160 0.048 0.693 0.067 53 N 0.027 0.011 0.035 0.008 0.799 0.119 54 G 0.051 0.005 0.012 0.003 0.503 0.426 55 E 0.430 0.009 0.004 0.002 0.161 0.394 56 I 0.946 0.005 0.001 0.001 0.018 0.031 57 S 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 58 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 59 S 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 60 Y 0.934 0.001 0.001 0.001 0.010 0.055 61 N 0.690 0.003 0.001 0.001 0.072 0.233 62 G 0.239 0.018 0.002 0.002 0.171 0.568 63 G 0.071 0.015 0.006 0.007 0.650 0.251 64 K 0.027 0.032 0.022 0.181 0.576 0.161 65 D 0.006 0.007 0.038 0.414 0.391 0.144 66 C 0.002 0.003 0.016 0.919 0.046 0.015 67 Q 0.001 0.001 0.005 0.982 0.005 0.007 68 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 70 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 72 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.007 0.989 0.002 0.002 75 S 0.001 0.001 0.008 0.982 0.005 0.005 76 C 0.001 0.001 0.008 0.955 0.010 0.027 77 L 0.002 0.003 0.029 0.693 0.081 0.192 78 W 0.006 0.005 0.042 0.655 0.135 0.158 79 E 0.008 0.002 0.018 0.752 0.081 0.139 80 Y 0.006 0.001 0.010 0.821 0.049 0.112 81 F 0.009 0.002 0.012 0.878 0.039 0.061 82 F 0.022 0.003 0.020 0.872 0.042 0.041 83 I 0.031 0.003 0.022 0.876 0.038 0.029 84 K 0.034 0.002 0.030 0.854 0.046 0.033 85 A 0.024 0.003 0.033 0.774 0.081 0.084 86 Q 0.027 0.007 0.037 0.584 0.157 0.188 87 N 0.048 0.012 0.034 0.197 0.308 0.401 88 S 0.071 0.013 0.042 0.131 0.349 0.394 89 Q 0.121 0.022 0.055 0.104 0.386 0.312 90 F 0.178 0.020 0.063 0.107 0.344 0.288 91 D 0.181 0.026 0.042 0.123 0.333 0.297 92 F 0.228 0.022 0.037 0.105 0.283 0.325 93 E 0.271 0.033 0.037 0.131 0.248 0.279 94 F 0.337 0.038 0.052 0.131 0.233 0.210 95 Q 0.270 0.055 0.049 0.116 0.271 0.240 96 S 0.231 0.048 0.055 0.074 0.305 0.287 97 F 0.100 0.040 0.039 0.047 0.499 0.275 98 P 0.024 0.008 0.110 0.050 0.644 0.163 99 M 0.031 0.013 0.171 0.033 0.580 0.172 100 Q 0.043 0.018 0.117 0.027 0.603 0.192 101 R 0.084 0.018 0.035 0.012 0.425 0.426 102 L 0.146 0.004 0.003 0.001 0.138 0.708 103 P 0.646 0.005 0.002 0.001 0.069 0.278 104 T 0.940 0.004 0.001 0.001 0.012 0.043 105 V 0.975 0.002 0.001 0.001 0.005 0.017 106 F 0.971 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 107 I 0.884 0.006 0.001 0.001 0.021 0.087 108 D 0.490 0.008 0.002 0.003 0.249 0.248 109 Q 0.088 0.006 0.020 0.011 0.627 0.249 110 E 0.035 0.007 0.055 0.014 0.711 0.178 111 E 0.073 0.037 0.051 0.034 0.518 0.287 112 T 0.039 0.030 0.010 0.045 0.255 0.621 113 F 0.013 0.008 0.003 0.046 0.128 0.802 114 P 0.005 0.002 0.022 0.808 0.073 0.090 115 T 0.007 0.002 0.029 0.851 0.062 0.049 116 L 0.004 0.001 0.018 0.945 0.018 0.014 117 E 0.004 0.001 0.009 0.965 0.011 0.011 118 N 0.002 0.001 0.010 0.966 0.012 0.010 119 F 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.003 120 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.003 121 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 122 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 123 T 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 124 S 0.001 0.001 0.005 0.985 0.007 0.003 125 E 0.001 0.001 0.012 0.977 0.006 0.005 126 R 0.001 0.001 0.013 0.967 0.006 0.013 127 Y 0.002 0.001 0.014 0.860 0.018 0.105 128 C 0.003 0.001 0.001 0.003 0.017 0.976 129 L 0.058 0.002 0.001 0.001 0.031 0.907 130 S 0.378 0.003 0.001 0.001 0.052 0.565 131 L 0.710 0.006 0.003 0.001 0.036 0.244 132 Y 0.812 0.005 0.002 0.001 0.037 0.141 133 E 0.827 0.005 0.003 0.004 0.037 0.123 134 S 0.636 0.006 0.007 0.013 0.106 0.231 135 Q 0.444 0.006 0.026 0.028 0.219 0.277 136 R 0.417 0.018 0.041 0.061 0.214 0.249 137 Q 0.434 0.023 0.061 0.069 0.244 0.169 138 S 0.339 0.012 0.065 0.108 0.265 0.211 139 G 0.174 0.009 0.081 0.122 0.309 0.305 140 A 0.141 0.025 0.050 0.100 0.288 0.396 141 S 0.113 0.019 0.025 0.070 0.224 0.549 142 V 0.071 0.018 0.028 0.079 0.206 0.599 143 N 0.046 0.031 0.028 0.076 0.252 0.567 144 M 0.012 0.011 0.107 0.237 0.283 0.349 145 A 0.005 0.005 0.146 0.472 0.199 0.172 146 D 0.003 0.003 0.229 0.426 0.256 0.084 147 A 0.001 0.003 0.203 0.634 0.107 0.051 148 F 0.002 0.002 0.113 0.795 0.054 0.034 149 R 0.002 0.004 0.051 0.857 0.050 0.036 150 D 0.001 0.001 0.049 0.870 0.047 0.032 151 F 0.001 0.001 0.076 0.891 0.024 0.008 152 I 0.001 0.001 0.076 0.893 0.024 0.005 153 K 0.001 0.001 0.042 0.903 0.038 0.015 154 I 0.002 0.003 0.026 0.764 0.067 0.137 155 Y 0.003 0.013 0.005 0.046 0.665 0.268 156 P 0.001 0.001 0.052 0.033 0.782 0.132 157 E 0.004 0.002 0.040 0.013 0.850 0.092 158 T 0.035 0.005 0.035 0.009 0.843 0.073 159 E 0.193 0.006 0.011 0.013 0.313 0.464 160 A 0.886 0.019 0.002 0.005 0.029 0.058 161 I 0.968 0.004 0.001 0.005 0.009 0.015 162 V 0.964 0.002 0.001 0.005 0.009 0.019 163 I 0.804 0.005 0.002 0.014 0.041 0.134 164 G 0.418 0.003 0.007 0.008 0.123 0.442 165 I 0.403 0.017 0.011 0.010 0.169 0.389 166 R 0.215 0.040 0.018 0.012 0.448 0.267 167 H 0.063 0.026 0.036 0.033 0.593 0.249 168 T 0.020 0.011 0.022 0.031 0.619 0.296 169 D 0.015 0.013 0.042 0.065 0.671 0.194 170 P 0.015 0.013 0.089 0.301 0.383 0.199 171 F 0.029 0.025 0.150 0.230 0.427 0.140 172 G 0.046 0.013 0.204 0.235 0.344 0.158 173 E 0.082 0.016 0.211 0.263 0.246 0.182 174 A 0.107 0.024 0.135 0.228 0.267 0.239 175 L 0.112 0.020 0.052 0.171 0.250 0.396 176 K 0.115 0.015 0.031 0.085 0.231 0.524 177 P 0.130 0.015 0.054 0.096 0.235 0.470 178 I 0.188 0.029 0.080 0.069 0.230 0.404 179 Q 0.285 0.051 0.055 0.051 0.201 0.356 180 R 0.251 0.042 0.056 0.041 0.252 0.359 181 T 0.156 0.060 0.040 0.026 0.271 0.448 182 D 0.045 0.031 0.021 0.009 0.778 0.116 183 S 0.011 0.008 0.052 0.008 0.836 0.085 184 N 0.005 0.007 0.023 0.005 0.883 0.078 185 W 0.004 0.012 0.024 0.004 0.949 0.008 186 P 0.006 0.008 0.025 0.006 0.890 0.065 187 D 0.009 0.006 0.040 0.012 0.873 0.059 188 F 0.170 0.044 0.034 0.019 0.606 0.127 189 M 0.598 0.044 0.009 0.017 0.080 0.251 190 R 0.826 0.024 0.006 0.010 0.041 0.094 191 L 0.692 0.025 0.008 0.018 0.059 0.198 192 Q 0.442 0.011 0.015 0.015 0.141 0.376 193 P 0.215 0.007 0.057 0.033 0.291 0.397 194 L 0.164 0.029 0.152 0.035 0.468 0.152 195 L 0.147 0.016 0.103 0.026 0.552 0.156 196 H 0.065 0.009 0.069 0.016 0.527 0.314 197 W 0.065 0.051 0.013 0.014 0.358 0.500 198 D 0.023 0.015 0.003 0.016 0.054 0.889 199 L 0.001 0.001 0.033 0.959 0.004 0.004 200 T 0.001 0.001 0.018 0.979 0.002 0.001 201 N 0.001 0.001 0.012 0.986 0.001 0.001 202 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 203 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 204 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 205 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 206 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 207 L 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 208 Y 0.001 0.001 0.005 0.985 0.005 0.005 209 S 0.001 0.001 0.004 0.912 0.013 0.070 210 N 0.001 0.001 0.002 0.012 0.029 0.956 211 E 0.004 0.003 0.002 0.001 0.071 0.919 212 P 0.041 0.009 0.014 0.005 0.159 0.771 213 I 0.124 0.038 0.087 0.022 0.222 0.507 214 C 0.216 0.032 0.112 0.027 0.253 0.359 215 G 0.247 0.024 0.166 0.033 0.252 0.278 216 L 0.212 0.038 0.137 0.045 0.330 0.238 217 Y 0.185 0.039 0.119 0.046 0.388 0.223 218 G 0.130 0.020 0.065 0.032 0.494 0.258 219 K 0.087 0.016 0.031 0.023 0.565 0.277 220 G 0.108 0.014 0.012 0.006 0.483 0.377 221 F 0.246 0.058 0.013 0.008 0.329 0.346 222 T 0.282 0.082 0.015 0.008 0.288 0.325 223 S 0.264 0.052 0.015 0.008 0.350 0.311 224 I 0.212 0.035 0.022 0.010 0.405 0.316 225 G 0.116 0.046 0.018 0.011 0.419 0.390 226 G 0.149 0.049 0.018 0.016 0.400 0.367 227 I 0.129 0.066 0.036 0.039 0.410 0.320 228 N 0.128 0.055 0.042 0.042 0.429 0.305 229 N 0.083 0.032 0.060 0.034 0.509 0.283 230 S 0.057 0.037 0.041 0.026 0.481 0.357 231 L 0.032 0.028 0.023 0.017 0.384 0.517 232 P 0.025 0.036 0.018 0.021 0.294 0.605 233 N 0.015 0.023 0.015 0.010 0.501 0.436 234 P 0.004 0.008 0.182 0.069 0.517 0.219 235 H 0.007 0.007 0.228 0.081 0.502 0.175 236 L 0.015 0.021 0.219 0.100 0.501 0.143 237 R 0.030 0.033 0.112 0.129 0.337 0.359 238 K 0.042 0.051 0.119 0.119 0.365 0.304 239 D 0.026 0.018 0.155 0.092 0.519 0.189 240 S 0.026 0.013 0.122 0.096 0.472 0.271 241 N 0.018 0.021 0.052 0.085 0.441 0.383 242 N 0.011 0.012 0.019 0.044 0.526 0.388 243 P 0.006 0.004 0.156 0.229 0.388 0.217 244 A 0.025 0.010 0.275 0.299 0.283 0.108 245 L 0.066 0.013 0.289 0.347 0.216 0.069 246 H 0.165 0.020 0.103 0.367 0.144 0.201 247 F 0.207 0.021 0.064 0.387 0.171 0.150 248 E 0.193 0.013 0.044 0.463 0.148 0.140 249 W 0.092 0.004 0.059 0.537 0.182 0.126 250 E 0.091 0.006 0.074 0.606 0.152 0.072 251 I 0.112 0.007 0.065 0.617 0.125 0.073 252 I 0.177 0.008 0.054 0.533 0.122 0.105 253 H 0.198 0.007 0.048 0.553 0.108 0.085 254 A 0.187 0.012 0.037 0.447 0.168 0.148 255 F 0.065 0.009 0.029 0.385 0.246 0.266 256 G 0.064 0.014 0.021 0.057 0.319 0.526 257 K 0.081 0.025 0.068 0.112 0.282 0.432 258 D 0.094 0.029 0.113 0.099 0.336 0.329 259 A 0.054 0.010 0.176 0.156 0.383 0.220 260 E 0.063 0.008 0.107 0.192 0.397 0.234 261 G 0.114 0.013 0.079 0.170 0.402 0.221 262 E 0.223 0.029 0.049 0.186 0.246 0.267 263 R 0.330 0.036 0.044 0.195 0.183 0.212 264 S 0.279 0.017 0.056 0.207 0.209 0.233 265 S 0.241 0.010 0.083 0.207 0.210 0.249 266 A 0.304 0.014 0.108 0.183 0.205 0.185 267 I 0.416 0.022 0.075 0.157 0.185 0.145 268 N 0.400 0.028 0.036 0.099 0.228 0.210 269 T 0.290 0.024 0.025 0.077 0.301 0.283 270 S 0.158 0.011 0.026 0.041 0.416 0.348 271 P 0.151 0.010 0.063 0.060 0.392 0.324 272 I 0.332 0.027 0.075 0.074 0.249 0.243 273 S 0.441 0.031 0.050 0.074 0.186 0.218 274 V 0.360 0.033 0.041 0.075 0.305 0.187 275 V 0.288 0.020 0.034 0.073 0.386 0.198 276 D 0.201 0.009 0.032 0.064 0.445 0.249 277 K 0.221 0.016 0.041 0.092 0.380 0.250 278 E 0.272 0.022 0.029 0.059 0.230 0.388 279 R 0.303 0.020 0.024 0.052 0.212 0.389 280 F 0.361 0.013 0.025 0.049 0.167 0.385 281 S 0.555 0.012 0.024 0.048 0.114 0.247 282 K 0.689 0.013 0.025 0.044 0.076 0.153 283 Y 0.665 0.023 0.022 0.038 0.083 0.169 284 H 0.598 0.023 0.032 0.030 0.134 0.182 285 D 0.386 0.025 0.069 0.024 0.266 0.231 286 N 0.207 0.015 0.083 0.014 0.436 0.245 287 Y 0.141 0.026 0.091 0.010 0.456 0.277 288 Y 0.091 0.022 0.029 0.005 0.790 0.063 289 P 0.042 0.005 0.019 0.006 0.851 0.076 290 G 0.038 0.002 0.012 0.006 0.822 0.119 291 W 0.687 0.033 0.004 0.005 0.224 0.046 292 Y 0.922 0.023 0.001 0.005 0.016 0.033 293 L 0.920 0.023 0.001 0.003 0.022 0.032 294 V 0.641 0.011 0.001 0.007 0.132 0.207 295 D 0.128 0.003 0.004 0.021 0.391 0.453 296 D 0.034 0.003 0.031 0.291 0.535 0.107 297 T 0.047 0.015 0.066 0.448 0.353 0.071 298 L 0.112 0.020 0.084 0.574 0.164 0.046 299 E 0.156 0.007 0.100 0.595 0.107 0.036 300 R 0.131 0.004 0.124 0.578 0.109 0.054 301 A 0.115 0.007 0.045 0.659 0.092 0.082 302 G 0.215 0.011 0.040 0.276 0.179 0.279 303 R 0.293 0.026 0.030 0.140 0.126 0.384 304 I 0.220 0.046 0.033 0.144 0.202 0.356 305 K 0.116 0.031 0.010 0.062 0.186 0.595 306 N 0.014 0.002 0.001 0.004 0.058 0.922