# TARGET T0320 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2603 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.003 0.004 0.024 0.015 0.010 0.927 2 Q 0.078 0.023 0.017 0.086 0.019 0.035 0.742 3 L 0.119 0.019 0.053 0.192 0.100 0.072 0.444 4 S 0.098 0.005 0.058 0.118 0.111 0.115 0.495 5 K 0.154 0.012 0.079 0.138 0.139 0.141 0.338 6 A 0.244 0.015 0.068 0.169 0.089 0.087 0.327 7 A 0.385 0.012 0.043 0.206 0.066 0.058 0.230 8 E 0.514 0.015 0.019 0.188 0.053 0.043 0.168 9 M 0.582 0.018 0.009 0.133 0.047 0.036 0.175 10 C 0.414 0.016 0.007 0.136 0.058 0.029 0.341 11 Y 0.240 0.008 0.028 0.194 0.085 0.164 0.281 12 E 0.235 0.010 0.038 0.190 0.100 0.185 0.242 13 I 0.316 0.024 0.031 0.192 0.087 0.071 0.280 14 T 0.322 0.023 0.019 0.172 0.077 0.105 0.283 15 N 0.260 0.012 0.036 0.141 0.134 0.137 0.280 16 S 0.317 0.016 0.037 0.157 0.101 0.076 0.295 17 Y 0.392 0.022 0.046 0.163 0.080 0.067 0.229 18 L 0.307 0.032 0.040 0.126 0.102 0.069 0.322 19 H 0.190 0.016 0.029 0.096 0.074 0.066 0.529 20 I 0.084 0.013 0.048 0.240 0.103 0.096 0.416 21 D 0.048 0.011 0.080 0.242 0.084 0.121 0.414 22 Q 0.023 0.006 0.112 0.395 0.084 0.185 0.194 23 K 0.027 0.005 0.077 0.509 0.049 0.176 0.158 24 S 0.044 0.007 0.044 0.627 0.064 0.074 0.140 25 Q 0.052 0.007 0.031 0.642 0.043 0.053 0.173 26 I 0.066 0.012 0.019 0.715 0.035 0.031 0.122 27 I 0.061 0.009 0.016 0.779 0.020 0.031 0.084 28 A 0.025 0.003 0.016 0.841 0.026 0.042 0.047 29 S 0.015 0.004 0.016 0.781 0.035 0.063 0.087 30 T 0.005 0.002 0.011 0.871 0.014 0.033 0.064 31 Q 0.001 0.001 0.008 0.968 0.004 0.009 0.010 32 E 0.001 0.001 0.006 0.980 0.002 0.007 0.004 33 A 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.008 0.003 34 I 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.008 0.002 35 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 36 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 37 T 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.010 0.004 38 R 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 39 K 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.009 0.001 40 Y 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.015 0.001 41 L 0.001 0.001 0.002 0.976 0.002 0.012 0.008 42 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 43 S 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 44 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 45 I 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.010 0.001 46 F 0.001 0.001 0.004 0.980 0.001 0.013 0.001 47 V 0.002 0.001 0.010 0.944 0.002 0.039 0.003 48 R 0.003 0.001 0.010 0.864 0.004 0.108 0.010 49 W 0.022 0.015 0.021 0.735 0.034 0.078 0.096 50 S 0.063 0.019 0.068 0.353 0.112 0.069 0.317 51 P 0.015 0.002 0.204 0.259 0.042 0.394 0.085 52 L 0.013 0.003 0.164 0.084 0.066 0.600 0.070 53 N 0.023 0.007 0.073 0.007 0.226 0.484 0.179 54 G 0.066 0.002 0.009 0.001 0.388 0.266 0.268 55 E 0.395 0.006 0.002 0.001 0.177 0.018 0.401 56 I 0.956 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.036 57 S 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 58 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 59 S 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 60 Y 0.911 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.075 61 N 0.546 0.010 0.004 0.002 0.089 0.036 0.314 62 G 0.127 0.006 0.012 0.004 0.382 0.144 0.325 63 G 0.053 0.009 0.046 0.060 0.336 0.265 0.232 64 K 0.016 0.010 0.081 0.423 0.142 0.243 0.086 65 D 0.009 0.006 0.055 0.742 0.036 0.079 0.074 66 C 0.001 0.001 0.013 0.953 0.002 0.012 0.018 67 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.012 0.001 75 S 0.001 0.001 0.003 0.920 0.001 0.074 0.001 76 C 0.001 0.001 0.007 0.789 0.007 0.181 0.015 77 L 0.002 0.004 0.023 0.609 0.047 0.188 0.127 78 W 0.004 0.004 0.092 0.638 0.051 0.106 0.105 79 E 0.005 0.002 0.108 0.656 0.036 0.149 0.045 80 Y 0.006 0.003 0.076 0.645 0.040 0.153 0.077 81 F 0.016 0.009 0.064 0.502 0.049 0.121 0.239 82 F 0.037 0.010 0.072 0.511 0.049 0.087 0.234 83 I 0.063 0.012 0.113 0.479 0.037 0.128 0.167 84 K 0.070 0.009 0.135 0.349 0.050 0.163 0.224 85 A 0.092 0.022 0.109 0.266 0.089 0.232 0.190 86 Q 0.047 0.014 0.064 0.113 0.066 0.575 0.121 87 N 0.027 0.004 0.048 0.026 0.157 0.477 0.260 88 S 0.040 0.009 0.078 0.027 0.159 0.286 0.401 89 Q 0.072 0.023 0.152 0.027 0.167 0.302 0.258 90 F 0.128 0.029 0.103 0.024 0.176 0.205 0.335 91 D 0.171 0.031 0.058 0.028 0.138 0.131 0.442 92 F 0.290 0.034 0.046 0.047 0.134 0.068 0.381 93 E 0.441 0.025 0.033 0.051 0.059 0.050 0.341 94 F 0.425 0.034 0.048 0.080 0.096 0.088 0.230 95 Q 0.401 0.015 0.036 0.065 0.098 0.194 0.191 96 S 0.239 0.030 0.041 0.043 0.201 0.215 0.230 97 F 0.137 0.008 0.060 0.027 0.177 0.079 0.512 98 P 0.143 0.017 0.175 0.056 0.166 0.238 0.205 99 M 0.196 0.015 0.235 0.024 0.080 0.258 0.192 100 Q 0.217 0.012 0.139 0.018 0.167 0.290 0.158 101 R 0.321 0.020 0.026 0.004 0.117 0.138 0.375 102 L 0.271 0.006 0.001 0.001 0.013 0.002 0.708 103 P 0.616 0.003 0.001 0.001 0.062 0.002 0.317 104 T 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 105 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 106 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 107 I 0.955 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 108 D 0.424 0.005 0.001 0.001 0.067 0.013 0.489 109 Q 0.092 0.009 0.020 0.004 0.391 0.168 0.316 110 E 0.024 0.006 0.112 0.012 0.295 0.336 0.215 111 E 0.017 0.017 0.114 0.026 0.245 0.230 0.350 112 T 0.012 0.029 0.056 0.059 0.307 0.142 0.394 113 F 0.009 0.008 0.009 0.080 0.316 0.019 0.560 114 P 0.001 0.001 0.040 0.790 0.019 0.091 0.057 115 T 0.002 0.004 0.033 0.860 0.014 0.055 0.031 116 L 0.001 0.001 0.015 0.939 0.005 0.017 0.022 117 E 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.006 0.003 118 N 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 119 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.002 120 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 121 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 122 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 123 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 124 S 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.002 125 E 0.001 0.001 0.003 0.972 0.001 0.023 0.001 126 R 0.001 0.001 0.005 0.925 0.004 0.064 0.002 127 Y 0.001 0.001 0.010 0.442 0.017 0.513 0.017 128 C 0.003 0.002 0.003 0.012 0.027 0.844 0.110 129 L 0.029 0.004 0.001 0.002 0.035 0.004 0.925 130 S 0.348 0.010 0.003 0.004 0.029 0.006 0.600 131 L 0.692 0.014 0.002 0.004 0.019 0.003 0.266 132 Y 0.885 0.007 0.002 0.005 0.010 0.003 0.088 133 E 0.840 0.015 0.002 0.010 0.012 0.002 0.119 134 S 0.369 0.005 0.006 0.013 0.038 0.024 0.546 135 Q 0.251 0.006 0.027 0.018 0.146 0.129 0.424 136 R 0.251 0.020 0.060 0.044 0.125 0.118 0.382 137 Q 0.323 0.032 0.084 0.056 0.094 0.085 0.326 138 S 0.253 0.016 0.075 0.064 0.120 0.185 0.287 139 G 0.152 0.016 0.074 0.047 0.123 0.217 0.371 140 A 0.097 0.015 0.037 0.050 0.166 0.135 0.500 141 S 0.080 0.016 0.043 0.050 0.114 0.154 0.543 142 V 0.065 0.021 0.065 0.112 0.215 0.134 0.388 143 N 0.053 0.030 0.077 0.096 0.145 0.148 0.452 144 M 0.036 0.015 0.096 0.161 0.134 0.075 0.483 145 A 0.019 0.008 0.104 0.460 0.052 0.067 0.290 146 D 0.006 0.004 0.067 0.749 0.048 0.056 0.070 147 A 0.004 0.005 0.027 0.825 0.028 0.042 0.071 148 F 0.001 0.001 0.004 0.976 0.001 0.008 0.009 149 R 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.002 0.004 150 D 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.002 0.001 151 F 0.001 0.001 0.014 0.975 0.001 0.007 0.001 152 I 0.002 0.001 0.036 0.903 0.005 0.051 0.002 153 K 0.002 0.001 0.025 0.677 0.005 0.285 0.005 154 I 0.002 0.002 0.016 0.607 0.024 0.296 0.054 155 Y 0.004 0.004 0.003 0.032 0.218 0.013 0.726 156 P 0.003 0.002 0.044 0.095 0.133 0.619 0.104 157 E 0.011 0.003 0.031 0.013 0.072 0.816 0.054 158 T 0.233 0.013 0.019 0.005 0.055 0.027 0.648 159 E 0.297 0.002 0.003 0.003 0.451 0.008 0.236 160 A 0.972 0.001 0.002 0.001 0.007 0.002 0.016 161 I 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 162 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 163 I 0.961 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.033 164 G 0.796 0.002 0.002 0.002 0.037 0.018 0.144 165 I 0.543 0.015 0.008 0.006 0.146 0.043 0.240 166 R 0.279 0.033 0.027 0.011 0.202 0.068 0.379 167 H 0.151 0.017 0.051 0.028 0.252 0.232 0.269 168 T 0.070 0.022 0.055 0.050 0.230 0.252 0.321 169 D 0.030 0.011 0.078 0.070 0.244 0.130 0.436 170 P 0.025 0.014 0.105 0.180 0.120 0.270 0.287 171 F 0.038 0.012 0.119 0.219 0.070 0.310 0.233 172 G 0.105 0.026 0.107 0.201 0.093 0.208 0.260 173 E 0.152 0.034 0.071 0.209 0.103 0.115 0.317 174 A 0.272 0.029 0.059 0.167 0.069 0.091 0.314 175 L 0.214 0.021 0.047 0.260 0.078 0.047 0.332 176 K 0.208 0.011 0.040 0.200 0.122 0.040 0.379 177 P 0.150 0.010 0.076 0.308 0.074 0.098 0.284 178 I 0.218 0.026 0.103 0.319 0.057 0.088 0.189 179 Q 0.261 0.024 0.085 0.318 0.083 0.071 0.158 180 R 0.211 0.020 0.092 0.280 0.081 0.124 0.192 181 T 0.142 0.037 0.050 0.202 0.172 0.194 0.204 182 D 0.065 0.017 0.033 0.034 0.267 0.100 0.484 183 S 0.019 0.009 0.067 0.016 0.149 0.616 0.124 184 N 0.021 0.013 0.088 0.018 0.169 0.532 0.160 185 W 0.046 0.021 0.123 0.022 0.333 0.056 0.399 186 P 0.032 0.012 0.202 0.036 0.114 0.406 0.198 187 D 0.056 0.008 0.155 0.038 0.121 0.503 0.120 188 F 0.326 0.035 0.039 0.046 0.079 0.041 0.433 189 M 0.676 0.026 0.010 0.038 0.038 0.017 0.194 190 R 0.876 0.005 0.005 0.019 0.015 0.006 0.072 191 L 0.851 0.015 0.003 0.019 0.013 0.003 0.096 192 Q 0.724 0.007 0.006 0.023 0.039 0.004 0.198 193 P 0.532 0.008 0.039 0.052 0.064 0.034 0.272 194 L 0.251 0.014 0.201 0.096 0.088 0.129 0.221 195 L 0.221 0.009 0.159 0.050 0.178 0.220 0.162 196 H 0.221 0.015 0.046 0.023 0.145 0.197 0.352 197 W 0.197 0.084 0.002 0.014 0.220 0.013 0.471 198 D 0.061 0.026 0.001 0.010 0.047 0.005 0.850 199 L 0.001 0.001 0.012 0.975 0.001 0.011 0.001 200 T 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.003 0.001 201 N 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 202 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 203 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 204 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 205 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 206 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 207 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 208 Y 0.001 0.001 0.002 0.948 0.002 0.046 0.001 209 S 0.001 0.001 0.003 0.330 0.009 0.649 0.008 210 N 0.001 0.002 0.003 0.019 0.066 0.800 0.110 211 E 0.009 0.004 0.001 0.002 0.135 0.002 0.848 212 P 0.087 0.038 0.006 0.007 0.036 0.007 0.817 213 I 0.231 0.133 0.033 0.033 0.062 0.026 0.482 214 C 0.209 0.027 0.100 0.037 0.134 0.115 0.378 215 G 0.151 0.020 0.151 0.079 0.135 0.222 0.243 216 L 0.164 0.045 0.112 0.109 0.125 0.155 0.291 217 Y 0.097 0.040 0.082 0.055 0.152 0.335 0.237 218 G 0.084 0.031 0.041 0.023 0.238 0.348 0.234 219 K 0.091 0.036 0.030 0.016 0.292 0.183 0.352 220 G 0.103 0.050 0.027 0.013 0.249 0.223 0.335 221 F 0.123 0.086 0.027 0.010 0.202 0.084 0.467 222 T 0.158 0.060 0.040 0.009 0.210 0.108 0.414 223 S 0.141 0.047 0.063 0.016 0.216 0.160 0.357 224 I 0.115 0.044 0.090 0.026 0.204 0.214 0.307 225 G 0.085 0.034 0.066 0.023 0.221 0.225 0.345 226 G 0.102 0.041 0.068 0.037 0.207 0.135 0.410 227 I 0.120 0.056 0.094 0.052 0.195 0.120 0.362 228 N 0.108 0.047 0.151 0.066 0.154 0.213 0.262 229 N 0.094 0.035 0.134 0.042 0.173 0.237 0.285 230 S 0.088 0.033 0.098 0.040 0.206 0.225 0.308 231 L 0.066 0.028 0.022 0.012 0.426 0.096 0.350 232 P 0.047 0.046 0.017 0.015 0.321 0.075 0.478 233 N 0.015 0.023 0.014 0.010 0.274 0.021 0.642 234 P 0.006 0.005 0.174 0.055 0.081 0.530 0.150 235 H 0.011 0.011 0.239 0.074 0.050 0.489 0.126 236 L 0.023 0.032 0.273 0.103 0.097 0.173 0.299 237 R 0.024 0.019 0.160 0.119 0.103 0.252 0.323 238 K 0.038 0.026 0.137 0.110 0.131 0.253 0.304 239 D 0.022 0.011 0.095 0.046 0.163 0.104 0.559 240 S 0.014 0.009 0.116 0.095 0.089 0.406 0.272 241 N 0.017 0.012 0.084 0.132 0.178 0.356 0.221 242 N 0.018 0.006 0.026 0.091 0.321 0.034 0.503 243 P 0.010 0.004 0.096 0.429 0.073 0.246 0.143 244 A 0.021 0.008 0.089 0.515 0.049 0.227 0.090 245 L 0.079 0.019 0.051 0.623 0.029 0.060 0.139 246 H 0.069 0.010 0.014 0.764 0.021 0.031 0.092 247 F 0.074 0.005 0.015 0.769 0.024 0.037 0.076 248 E 0.050 0.003 0.007 0.846 0.013 0.036 0.044 249 W 0.041 0.001 0.005 0.881 0.015 0.021 0.036 250 E 0.052 0.002 0.007 0.856 0.019 0.019 0.046 251 I 0.051 0.001 0.006 0.904 0.008 0.013 0.017 252 I 0.109 0.006 0.006 0.842 0.008 0.015 0.014 253 H 0.127 0.002 0.009 0.804 0.010 0.023 0.024 254 A 0.089 0.002 0.009 0.805 0.015 0.057 0.022 255 F 0.054 0.006 0.012 0.583 0.022 0.270 0.054 256 G 0.094 0.007 0.020 0.158 0.122 0.258 0.341 257 K 0.177 0.032 0.049 0.118 0.113 0.158 0.352 258 D 0.116 0.040 0.095 0.086 0.098 0.120 0.445 259 A 0.047 0.008 0.125 0.080 0.107 0.458 0.176 260 E 0.019 0.005 0.049 0.034 0.085 0.731 0.076 261 G 0.032 0.005 0.057 0.042 0.291 0.370 0.202 262 E 0.152 0.028 0.044 0.086 0.125 0.136 0.429 263 R 0.378 0.099 0.040 0.095 0.071 0.076 0.241 264 S 0.341 0.021 0.056 0.071 0.085 0.041 0.384 265 S 0.252 0.009 0.116 0.102 0.111 0.088 0.323 266 A 0.276 0.013 0.172 0.163 0.072 0.178 0.126 267 I 0.316 0.019 0.102 0.167 0.076 0.178 0.142 268 N 0.374 0.017 0.050 0.137 0.067 0.153 0.202 269 T 0.292 0.027 0.026 0.076 0.210 0.094 0.275 270 S 0.129 0.010 0.023 0.041 0.251 0.092 0.456 271 P 0.083 0.010 0.080 0.088 0.150 0.300 0.289 272 I 0.149 0.023 0.108 0.087 0.156 0.177 0.299 273 S 0.265 0.037 0.073 0.088 0.088 0.114 0.336 274 V 0.295 0.058 0.049 0.069 0.078 0.081 0.372 275 V 0.298 0.060 0.026 0.050 0.090 0.258 0.220 276 D 0.166 0.010 0.021 0.025 0.195 0.312 0.270 277 K 0.143 0.008 0.062 0.094 0.253 0.097 0.343 278 E 0.170 0.016 0.092 0.110 0.223 0.096 0.293 279 R 0.176 0.027 0.094 0.115 0.085 0.126 0.376 280 F 0.233 0.026 0.065 0.096 0.042 0.047 0.491 281 S 0.451 0.026 0.041 0.112 0.045 0.028 0.298 282 K 0.689 0.013 0.034 0.077 0.038 0.021 0.129 283 Y 0.652 0.029 0.025 0.059 0.056 0.036 0.143 284 H 0.455 0.020 0.039 0.046 0.074 0.063 0.305 285 D 0.242 0.017 0.092 0.061 0.147 0.164 0.277 286 N 0.143 0.019 0.070 0.027 0.190 0.320 0.231 287 Y 0.100 0.029 0.050 0.020 0.301 0.281 0.220 288 Y 0.128 0.029 0.013 0.002 0.355 0.035 0.437 289 P 0.045 0.006 0.017 0.002 0.193 0.640 0.097 290 G 0.063 0.003 0.015 0.001 0.109 0.730 0.079 291 W 0.586 0.027 0.003 0.003 0.022 0.004 0.354 292 Y 0.879 0.027 0.001 0.002 0.006 0.001 0.083 293 L 0.871 0.021 0.005 0.002 0.009 0.003 0.090 294 V 0.699 0.020 0.007 0.008 0.047 0.030 0.189 295 D 0.208 0.009 0.024 0.018 0.246 0.093 0.402 296 D 0.054 0.004 0.055 0.051 0.388 0.246 0.201 297 T 0.088 0.013 0.087 0.267 0.109 0.304 0.133 298 L 0.199 0.057 0.085 0.378 0.064 0.115 0.103 299 E 0.254 0.012 0.068 0.266 0.041 0.116 0.244 300 R 0.282 0.013 0.085 0.259 0.081 0.104 0.176 301 A 0.202 0.012 0.115 0.293 0.069 0.153 0.155 302 G 0.221 0.005 0.068 0.236 0.104 0.214 0.151 303 R 0.341 0.014 0.039 0.235 0.109 0.092 0.169 304 I 0.365 0.036 0.024 0.187 0.070 0.079 0.240 305 K 0.160 0.028 0.009 0.125 0.041 0.131 0.506 306 N 0.017 0.004 0.004 0.016 0.031 0.032 0.896