# TARGET T0320 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2603 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.542 0.227 0.119 0.074 0.029 0.008 0.001 2 Q 0.666 0.234 0.067 0.024 0.007 0.002 0.001 3 L 0.375 0.258 0.180 0.128 0.047 0.011 0.001 4 S 0.320 0.201 0.171 0.166 0.105 0.034 0.003 5 K 0.447 0.311 0.152 0.064 0.020 0.006 0.001 6 A 0.199 0.215 0.226 0.200 0.117 0.039 0.004 7 A 0.121 0.153 0.196 0.246 0.190 0.084 0.010 8 E 0.171 0.205 0.201 0.191 0.141 0.074 0.016 9 M 0.131 0.165 0.203 0.227 0.167 0.090 0.016 10 C 0.135 0.185 0.199 0.207 0.159 0.093 0.022 11 Y 0.225 0.219 0.195 0.175 0.111 0.058 0.017 12 E 0.376 0.288 0.156 0.093 0.050 0.029 0.010 13 I 0.172 0.176 0.205 0.214 0.145 0.074 0.015 14 T 0.257 0.252 0.200 0.152 0.089 0.043 0.008 15 N 0.288 0.200 0.180 0.164 0.109 0.050 0.010 16 S 0.258 0.218 0.204 0.170 0.103 0.041 0.005 17 Y 0.163 0.163 0.207 0.228 0.167 0.066 0.006 18 L 0.267 0.227 0.201 0.171 0.100 0.032 0.003 19 H 0.379 0.278 0.183 0.103 0.044 0.012 0.001 20 I 0.380 0.253 0.172 0.128 0.053 0.012 0.001 21 D 0.593 0.256 0.091 0.041 0.015 0.004 0.001 22 Q 0.487 0.256 0.146 0.077 0.027 0.005 0.001 23 K 0.562 0.250 0.107 0.056 0.020 0.004 0.001 24 S 0.441 0.274 0.171 0.083 0.026 0.005 0.001 25 Q 0.462 0.326 0.140 0.054 0.014 0.003 0.001 26 I 0.137 0.191 0.249 0.264 0.129 0.029 0.001 27 I 0.128 0.187 0.240 0.258 0.147 0.037 0.002 28 A 0.399 0.301 0.173 0.089 0.030 0.007 0.001 29 S 0.435 0.294 0.155 0.082 0.028 0.006 0.001 30 T 0.131 0.141 0.190 0.248 0.197 0.088 0.005 31 Q 0.372 0.272 0.179 0.112 0.049 0.014 0.001 32 E 0.475 0.340 0.126 0.044 0.011 0.003 0.001 33 A 0.122 0.147 0.206 0.269 0.185 0.066 0.005 34 I 0.096 0.162 0.218 0.260 0.183 0.075 0.006 35 R 0.436 0.372 0.134 0.043 0.012 0.003 0.001 36 L 0.139 0.219 0.279 0.229 0.107 0.025 0.002 37 T 0.037 0.065 0.099 0.211 0.316 0.252 0.020 38 R 0.043 0.118 0.207 0.312 0.230 0.084 0.006 39 K 0.230 0.442 0.227 0.078 0.019 0.004 0.001 40 Y 0.075 0.232 0.313 0.247 0.103 0.027 0.002 41 L 0.008 0.019 0.044 0.145 0.340 0.404 0.041 42 L 0.010 0.039 0.106 0.272 0.360 0.196 0.019 43 S 0.084 0.340 0.327 0.176 0.056 0.015 0.002 44 E 0.029 0.158 0.324 0.322 0.138 0.027 0.002 45 I 0.003 0.008 0.020 0.077 0.305 0.529 0.058 46 F 0.004 0.023 0.094 0.306 0.397 0.166 0.010 47 V 0.059 0.399 0.338 0.151 0.043 0.009 0.001 48 R 0.011 0.083 0.268 0.418 0.188 0.031 0.002 49 W 0.003 0.009 0.029 0.147 0.411 0.372 0.029 50 S 0.036 0.202 0.330 0.292 0.119 0.019 0.001 51 P 0.430 0.404 0.114 0.039 0.011 0.001 0.001 52 L 0.183 0.355 0.272 0.148 0.037 0.004 0.001 53 N 0.147 0.295 0.291 0.199 0.061 0.007 0.001 54 G 0.068 0.356 0.323 0.183 0.060 0.010 0.001 55 E 0.004 0.030 0.127 0.360 0.369 0.104 0.007 56 I 0.001 0.001 0.002 0.016 0.129 0.633 0.219 57 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.390 0.569 58 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.094 0.900 59 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.071 0.924 60 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.142 0.841 61 N 0.001 0.001 0.002 0.014 0.075 0.305 0.604 62 G 0.001 0.002 0.008 0.036 0.130 0.411 0.412 63 G 0.001 0.007 0.026 0.097 0.252 0.408 0.210 64 K 0.001 0.008 0.035 0.124 0.263 0.363 0.206 65 D 0.001 0.002 0.005 0.016 0.070 0.369 0.537 66 C 0.001 0.001 0.002 0.010 0.045 0.266 0.676 67 Q 0.001 0.001 0.003 0.014 0.078 0.304 0.600 68 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.196 0.777 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.108 0.886 70 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.248 0.703 71 L 0.001 0.001 0.011 0.057 0.167 0.352 0.412 72 L 0.001 0.001 0.003 0.018 0.094 0.483 0.402 73 Y 0.001 0.002 0.004 0.016 0.090 0.542 0.345 74 L 0.003 0.021 0.086 0.271 0.385 0.205 0.029 75 S 0.029 0.170 0.275 0.250 0.171 0.090 0.014 76 C 0.006 0.038 0.121 0.295 0.339 0.187 0.015 77 L 0.025 0.097 0.169 0.243 0.281 0.171 0.014 78 W 0.048 0.108 0.220 0.299 0.240 0.078 0.006 79 E 0.315 0.296 0.192 0.111 0.059 0.024 0.003 80 Y 0.131 0.172 0.233 0.243 0.155 0.060 0.005 81 F 0.164 0.222 0.224 0.202 0.132 0.052 0.004 82 F 0.087 0.104 0.183 0.274 0.251 0.095 0.007 83 I 0.346 0.248 0.187 0.137 0.063 0.018 0.001 84 K 0.638 0.238 0.078 0.033 0.010 0.003 0.001 85 A 0.642 0.178 0.085 0.062 0.026 0.006 0.001 86 Q 0.667 0.207 0.077 0.034 0.012 0.003 0.001 87 N 0.581 0.244 0.110 0.048 0.014 0.003 0.001 88 S 0.529 0.280 0.120 0.052 0.015 0.003 0.001 89 Q 0.305 0.316 0.210 0.113 0.045 0.010 0.001 90 F 0.067 0.107 0.203 0.316 0.230 0.072 0.006 91 D 0.153 0.265 0.244 0.183 0.102 0.045 0.007 92 F 0.044 0.055 0.105 0.224 0.310 0.224 0.039 93 E 0.095 0.164 0.193 0.213 0.174 0.126 0.034 94 F 0.045 0.075 0.125 0.217 0.241 0.227 0.071 95 Q 0.061 0.084 0.108 0.178 0.223 0.257 0.088 96 S 0.096 0.142 0.165 0.175 0.180 0.173 0.069 97 F 0.049 0.077 0.120 0.202 0.254 0.221 0.077 98 P 0.126 0.198 0.185 0.182 0.149 0.117 0.043 99 M 0.048 0.096 0.149 0.250 0.265 0.159 0.033 100 Q 0.056 0.217 0.249 0.232 0.162 0.071 0.014 101 R 0.014 0.076 0.194 0.323 0.232 0.115 0.046 102 L 0.001 0.001 0.004 0.023 0.137 0.545 0.290 103 P 0.001 0.003 0.023 0.136 0.343 0.357 0.138 104 T 0.001 0.001 0.002 0.008 0.043 0.368 0.578 105 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.260 0.718 106 F 0.001 0.001 0.003 0.017 0.074 0.307 0.597 107 I 0.001 0.001 0.003 0.016 0.111 0.421 0.448 108 D 0.002 0.018 0.057 0.152 0.280 0.378 0.114 109 Q 0.004 0.028 0.096 0.252 0.368 0.232 0.021 110 E 0.131 0.255 0.248 0.190 0.118 0.049 0.008 111 E 0.116 0.206 0.260 0.239 0.133 0.041 0.005 112 T 0.215 0.296 0.231 0.157 0.074 0.025 0.003 113 F 0.080 0.201 0.277 0.260 0.136 0.044 0.003 114 P 0.554 0.261 0.102 0.048 0.023 0.010 0.002 115 T 0.451 0.320 0.137 0.061 0.023 0.007 0.001 116 L 0.072 0.109 0.185 0.308 0.245 0.077 0.005 117 E 0.084 0.266 0.319 0.226 0.082 0.022 0.002 118 N 0.242 0.534 0.179 0.037 0.007 0.001 0.001 119 F 0.010 0.066 0.227 0.381 0.255 0.059 0.003 120 V 0.003 0.005 0.016 0.120 0.421 0.406 0.029 121 L 0.040 0.271 0.403 0.229 0.049 0.007 0.001 122 E 0.103 0.483 0.302 0.096 0.014 0.002 0.001 123 T 0.007 0.021 0.063 0.248 0.433 0.222 0.007 124 S 0.008 0.043 0.175 0.383 0.324 0.065 0.002 125 E 0.329 0.480 0.149 0.035 0.006 0.001 0.001 126 R 0.168 0.357 0.304 0.136 0.030 0.005 0.001 127 Y 0.015 0.051 0.154 0.319 0.332 0.123 0.006 128 C 0.089 0.343 0.316 0.163 0.065 0.021 0.003 129 L 0.019 0.032 0.084 0.219 0.403 0.225 0.018 130 S 0.089 0.291 0.287 0.194 0.095 0.039 0.005 131 L 0.019 0.046 0.109 0.287 0.371 0.159 0.008 132 Y 0.119 0.237 0.306 0.226 0.093 0.018 0.001 133 E 0.265 0.365 0.227 0.111 0.028 0.004 0.001 134 S 0.592 0.241 0.104 0.046 0.014 0.003 0.001 135 Q 0.647 0.233 0.077 0.031 0.010 0.002 0.001 136 R 0.331 0.269 0.230 0.130 0.034 0.006 0.001 137 Q 0.594 0.248 0.094 0.047 0.015 0.003 0.001 138 S 0.702 0.192 0.071 0.026 0.008 0.001 0.001 139 G 0.566 0.234 0.122 0.057 0.017 0.003 0.001 140 A 0.438 0.259 0.165 0.098 0.033 0.007 0.001 141 S 0.423 0.314 0.157 0.075 0.025 0.005 0.001 142 V 0.252 0.216 0.218 0.192 0.101 0.021 0.001 143 N 0.348 0.299 0.176 0.111 0.050 0.014 0.002 144 M 0.143 0.188 0.198 0.235 0.165 0.065 0.006 145 A 0.092 0.188 0.241 0.253 0.159 0.060 0.007 146 D 0.243 0.377 0.224 0.103 0.039 0.011 0.002 147 A 0.045 0.220 0.318 0.253 0.120 0.038 0.006 148 F 0.003 0.006 0.020 0.123 0.385 0.410 0.054 149 R 0.023 0.165 0.350 0.304 0.123 0.032 0.003 150 D 0.082 0.471 0.302 0.113 0.026 0.006 0.001 151 F 0.006 0.029 0.109 0.319 0.377 0.153 0.007 152 I 0.003 0.015 0.067 0.237 0.445 0.222 0.011 153 K 0.140 0.464 0.275 0.095 0.021 0.003 0.001 154 I 0.138 0.413 0.278 0.132 0.032 0.006 0.001 155 Y 0.027 0.107 0.285 0.363 0.189 0.029 0.001 156 P 0.325 0.388 0.189 0.077 0.020 0.002 0.001 157 E 0.463 0.402 0.105 0.025 0.004 0.001 0.001 158 T 0.001 0.013 0.077 0.320 0.455 0.131 0.003 159 E 0.009 0.095 0.254 0.384 0.204 0.050 0.003 160 A 0.001 0.001 0.004 0.030 0.205 0.629 0.132 161 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.406 0.563 162 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.184 0.798 163 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.145 0.840 164 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.038 0.331 0.626 165 I 0.001 0.002 0.011 0.061 0.218 0.478 0.229 166 R 0.002 0.021 0.070 0.179 0.341 0.317 0.071 167 H 0.036 0.112 0.186 0.249 0.230 0.151 0.037 168 T 0.239 0.218 0.176 0.153 0.113 0.075 0.025 169 D 0.283 0.204 0.176 0.147 0.104 0.066 0.020 170 P 0.274 0.179 0.154 0.149 0.117 0.095 0.032 171 F 0.219 0.168 0.154 0.169 0.134 0.113 0.042 172 G 0.162 0.127 0.132 0.169 0.173 0.168 0.069 173 E 0.148 0.157 0.159 0.190 0.165 0.131 0.050 174 A 0.113 0.134 0.149 0.176 0.182 0.171 0.076 175 L 0.071 0.120 0.177 0.232 0.208 0.152 0.039 176 K 0.143 0.236 0.229 0.193 0.126 0.059 0.014 177 P 0.122 0.234 0.236 0.202 0.129 0.063 0.013 178 I 0.071 0.114 0.180 0.255 0.239 0.128 0.014 179 Q 0.145 0.217 0.228 0.206 0.136 0.059 0.008 180 R 0.277 0.254 0.195 0.153 0.086 0.032 0.005 181 T 0.318 0.223 0.183 0.152 0.088 0.034 0.003 182 D 0.420 0.249 0.162 0.106 0.046 0.015 0.001 183 S 0.539 0.232 0.116 0.072 0.032 0.008 0.001 184 N 0.634 0.240 0.082 0.032 0.010 0.003 0.001 185 W 0.182 0.203 0.257 0.238 0.099 0.020 0.001 186 P 0.580 0.279 0.091 0.035 0.012 0.003 0.001 187 D 0.314 0.342 0.210 0.098 0.031 0.005 0.001 188 F 0.043 0.083 0.159 0.311 0.288 0.109 0.008 189 M 0.042 0.169 0.262 0.290 0.168 0.061 0.007 190 R 0.018 0.063 0.168 0.280 0.273 0.166 0.033 191 L 0.003 0.006 0.013 0.049 0.194 0.536 0.200 192 Q 0.007 0.020 0.059 0.182 0.329 0.302 0.102 193 P 0.006 0.014 0.027 0.053 0.116 0.433 0.350 194 L 0.004 0.009 0.014 0.041 0.138 0.424 0.371 195 L 0.007 0.026 0.061 0.149 0.243 0.365 0.149 196 H 0.012 0.066 0.129 0.217 0.247 0.239 0.089 197 W 0.006 0.020 0.062 0.169 0.326 0.350 0.067 198 D 0.029 0.146 0.160 0.148 0.195 0.247 0.076 199 L 0.006 0.030 0.093 0.260 0.346 0.228 0.036 200 T 0.093 0.341 0.297 0.164 0.070 0.028 0.006 201 N 0.008 0.074 0.239 0.373 0.232 0.067 0.007 202 I 0.001 0.001 0.004 0.034 0.209 0.582 0.170 203 W 0.002 0.027 0.130 0.336 0.344 0.146 0.014 204 S 0.034 0.272 0.307 0.228 0.108 0.044 0.005 205 F 0.002 0.012 0.064 0.254 0.399 0.250 0.019 206 L 0.002 0.005 0.013 0.064 0.286 0.503 0.126 207 L 0.035 0.184 0.287 0.307 0.145 0.040 0.002 208 Y 0.118 0.363 0.280 0.157 0.064 0.017 0.002 209 S 0.054 0.155 0.288 0.303 0.158 0.039 0.003 210 N 0.446 0.358 0.129 0.048 0.014 0.004 0.001 211 E 0.099 0.141 0.230 0.281 0.190 0.054 0.004 212 P 0.248 0.309 0.205 0.133 0.068 0.033 0.005 213 I 0.039 0.080 0.141 0.253 0.267 0.187 0.031 214 C 0.044 0.084 0.140 0.220 0.268 0.196 0.047 215 G 0.084 0.159 0.183 0.193 0.177 0.155 0.049 216 L 0.039 0.071 0.114 0.207 0.272 0.237 0.060 217 Y 0.067 0.124 0.195 0.248 0.212 0.129 0.024 218 G 0.216 0.267 0.215 0.164 0.094 0.037 0.007 219 K 0.257 0.237 0.201 0.160 0.096 0.039 0.011 220 G 0.442 0.245 0.129 0.087 0.053 0.034 0.009 221 F 0.093 0.095 0.138 0.212 0.231 0.183 0.048 222 T 0.168 0.205 0.207 0.191 0.119 0.082 0.030 223 S 0.151 0.120 0.106 0.149 0.192 0.200 0.081 224 I 0.060 0.057 0.078 0.124 0.179 0.256 0.246 225 G 0.078 0.102 0.121 0.142 0.149 0.216 0.192 226 G 0.059 0.060 0.073 0.110 0.156 0.256 0.286 227 I 0.074 0.089 0.092 0.126 0.167 0.240 0.211 228 N 0.095 0.119 0.140 0.161 0.181 0.189 0.115 229 N 0.042 0.052 0.089 0.183 0.273 0.266 0.096 230 S 0.125 0.147 0.168 0.179 0.182 0.151 0.049 231 L 0.055 0.108 0.169 0.264 0.256 0.130 0.018 232 P 0.172 0.272 0.258 0.177 0.088 0.029 0.004 233 N 0.158 0.213 0.255 0.225 0.115 0.031 0.003 234 P 0.626 0.230 0.081 0.040 0.017 0.005 0.001 235 H 0.415 0.267 0.167 0.098 0.041 0.012 0.001 236 L 0.171 0.191 0.234 0.235 0.129 0.039 0.002 237 R 0.509 0.328 0.112 0.038 0.010 0.002 0.001 238 K 0.641 0.223 0.089 0.036 0.009 0.001 0.001 239 D 0.616 0.228 0.100 0.042 0.012 0.002 0.001 240 S 0.605 0.260 0.091 0.034 0.009 0.002 0.001 241 N 0.371 0.298 0.186 0.104 0.033 0.007 0.001 242 N 0.287 0.266 0.215 0.154 0.063 0.013 0.001 243 P 0.446 0.240 0.145 0.102 0.047 0.017 0.003 244 A 0.295 0.247 0.189 0.147 0.080 0.037 0.005 245 L 0.189 0.115 0.138 0.212 0.207 0.121 0.016 246 H 0.281 0.216 0.174 0.160 0.102 0.056 0.011 247 F 0.186 0.240 0.225 0.189 0.108 0.044 0.007 248 E 0.184 0.224 0.204 0.192 0.130 0.055 0.012 249 W 0.093 0.118 0.168 0.232 0.229 0.136 0.024 250 E 0.258 0.258 0.203 0.152 0.086 0.036 0.006 251 I 0.263 0.239 0.185 0.160 0.098 0.047 0.009 252 I 0.145 0.183 0.215 0.230 0.151 0.064 0.011 253 H 0.189 0.259 0.206 0.154 0.095 0.074 0.023 254 A 0.169 0.163 0.162 0.190 0.166 0.118 0.031 255 F 0.105 0.141 0.183 0.219 0.195 0.126 0.030 256 G 0.311 0.208 0.161 0.150 0.104 0.052 0.013 257 K 0.312 0.312 0.209 0.112 0.040 0.013 0.002 258 D 0.312 0.251 0.210 0.148 0.063 0.015 0.001 259 A 0.736 0.181 0.054 0.021 0.007 0.001 0.001 260 E 0.826 0.124 0.033 0.012 0.003 0.001 0.001 261 G 0.627 0.209 0.097 0.050 0.014 0.003 0.001 262 E 0.638 0.223 0.084 0.040 0.012 0.003 0.001 263 R 0.399 0.296 0.174 0.092 0.032 0.007 0.001 264 S 0.224 0.225 0.227 0.199 0.100 0.024 0.002 265 S 0.265 0.254 0.196 0.152 0.089 0.038 0.006 266 A 0.107 0.165 0.224 0.243 0.171 0.079 0.011 267 I 0.053 0.087 0.142 0.245 0.281 0.171 0.021 268 N 0.105 0.163 0.219 0.248 0.174 0.079 0.011 269 T 0.180 0.246 0.230 0.182 0.108 0.047 0.007 270 S 0.257 0.234 0.204 0.161 0.095 0.043 0.007 271 P 0.320 0.259 0.168 0.122 0.081 0.043 0.008 272 I 0.074 0.092 0.168 0.263 0.246 0.141 0.016 273 S 0.173 0.255 0.227 0.190 0.107 0.044 0.005 274 V 0.126 0.186 0.225 0.240 0.154 0.062 0.007 275 V 0.257 0.225 0.206 0.182 0.103 0.026 0.002 276 D 0.532 0.282 0.126 0.046 0.012 0.002 0.001 277 K 0.551 0.270 0.118 0.046 0.013 0.002 0.001 278 E 0.314 0.332 0.216 0.099 0.032 0.008 0.001 279 R 0.136 0.234 0.247 0.226 0.121 0.033 0.002 280 F 0.067 0.110 0.193 0.302 0.238 0.083 0.007 281 S 0.118 0.207 0.248 0.230 0.135 0.056 0.006 282 K 0.108 0.230 0.253 0.222 0.128 0.053 0.006 283 Y 0.051 0.088 0.171 0.297 0.289 0.098 0.005 284 H 0.316 0.333 0.203 0.096 0.038 0.012 0.001 285 D 0.385 0.283 0.169 0.103 0.043 0.015 0.001 286 N 0.376 0.280 0.164 0.111 0.052 0.016 0.001 287 Y 0.301 0.276 0.222 0.141 0.049 0.010 0.001 288 Y 0.363 0.286 0.191 0.112 0.039 0.008 0.001 289 P 0.412 0.283 0.178 0.088 0.031 0.007 0.001 290 G 0.333 0.346 0.203 0.084 0.026 0.006 0.001 291 W 0.051 0.082 0.165 0.287 0.288 0.120 0.007 292 Y 0.057 0.155 0.220 0.259 0.203 0.097 0.009 293 L 0.041 0.065 0.114 0.236 0.305 0.216 0.022 294 V 0.082 0.159 0.230 0.279 0.181 0.063 0.005 295 D 0.280 0.333 0.229 0.111 0.036 0.009 0.001 296 D 0.465 0.299 0.143 0.064 0.022 0.006 0.001 297 T 0.478 0.305 0.135 0.056 0.020 0.005 0.001 298 L 0.147 0.181 0.241 0.260 0.133 0.035 0.002 299 E 0.241 0.283 0.219 0.159 0.075 0.021 0.001 300 R 0.276 0.275 0.230 0.147 0.058 0.014 0.001 301 A 0.270 0.242 0.211 0.177 0.079 0.020 0.001 302 G 0.303 0.271 0.204 0.139 0.064 0.018 0.001 303 R 0.296 0.317 0.221 0.121 0.037 0.008 0.001 304 I 0.245 0.185 0.209 0.216 0.119 0.026 0.001 305 K 0.752 0.184 0.046 0.014 0.004 0.001 0.001 306 N 0.806 0.140 0.038 0.013 0.003 0.001 0.001