# TARGET T0320 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1874 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.005 0.013 0.086 0.041 0.034 0.786 2 Q 0.096 0.024 0.024 0.123 0.034 0.066 0.633 3 L 0.114 0.023 0.036 0.128 0.078 0.064 0.557 4 S 0.115 0.009 0.048 0.070 0.084 0.074 0.600 5 K 0.159 0.013 0.058 0.103 0.204 0.158 0.305 6 A 0.315 0.011 0.067 0.119 0.100 0.143 0.245 7 A 0.547 0.018 0.031 0.136 0.040 0.030 0.197 8 E 0.667 0.016 0.017 0.103 0.049 0.022 0.127 9 M 0.623 0.023 0.015 0.077 0.039 0.028 0.195 10 C 0.283 0.017 0.011 0.074 0.076 0.025 0.513 11 Y 0.148 0.005 0.088 0.185 0.106 0.187 0.281 12 E 0.184 0.011 0.089 0.209 0.089 0.186 0.232 13 I 0.272 0.038 0.062 0.217 0.060 0.101 0.251 14 T 0.282 0.032 0.020 0.173 0.081 0.166 0.246 15 N 0.188 0.021 0.026 0.104 0.146 0.170 0.344 16 S 0.152 0.014 0.031 0.097 0.136 0.106 0.464 17 Y 0.092 0.014 0.075 0.269 0.133 0.206 0.211 18 L 0.075 0.017 0.071 0.199 0.131 0.228 0.279 19 H 0.061 0.013 0.050 0.205 0.107 0.147 0.417 20 I 0.053 0.010 0.037 0.499 0.058 0.069 0.275 21 D 0.053 0.011 0.039 0.630 0.045 0.067 0.154 22 Q 0.043 0.010 0.053 0.642 0.036 0.064 0.152 23 K 0.025 0.003 0.028 0.776 0.022 0.050 0.096 24 S 0.014 0.002 0.018 0.887 0.018 0.019 0.041 25 Q 0.006 0.001 0.017 0.918 0.011 0.022 0.026 26 I 0.004 0.002 0.014 0.921 0.009 0.026 0.024 27 I 0.002 0.001 0.008 0.963 0.003 0.016 0.008 28 A 0.001 0.001 0.007 0.974 0.002 0.013 0.004 29 S 0.001 0.001 0.006 0.962 0.002 0.023 0.006 30 T 0.001 0.001 0.004 0.959 0.003 0.020 0.012 31 Q 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.007 0.004 32 E 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.008 0.002 33 A 0.001 0.001 0.008 0.967 0.002 0.020 0.003 34 I 0.001 0.001 0.008 0.924 0.004 0.057 0.005 35 R 0.001 0.001 0.006 0.855 0.010 0.107 0.019 36 L 0.003 0.002 0.003 0.832 0.054 0.053 0.053 37 T 0.003 0.006 0.003 0.755 0.038 0.030 0.165 38 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 39 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 40 Y 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 42 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 43 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 45 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 46 F 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.013 0.001 47 V 0.001 0.001 0.013 0.896 0.002 0.087 0.002 48 R 0.001 0.001 0.013 0.703 0.005 0.264 0.012 49 W 0.010 0.017 0.021 0.487 0.094 0.128 0.243 50 S 0.016 0.011 0.034 0.040 0.131 0.043 0.726 51 P 0.008 0.002 0.261 0.040 0.090 0.476 0.122 52 L 0.010 0.003 0.218 0.013 0.078 0.624 0.054 53 N 0.025 0.005 0.093 0.002 0.253 0.477 0.147 54 G 0.110 0.003 0.007 0.001 0.309 0.123 0.448 55 E 0.666 0.009 0.001 0.001 0.070 0.008 0.245 56 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 57 S 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 58 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 59 S 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 60 Y 0.890 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.093 61 N 0.508 0.010 0.004 0.001 0.103 0.039 0.334 62 G 0.118 0.006 0.012 0.004 0.381 0.154 0.324 63 G 0.054 0.009 0.041 0.056 0.362 0.237 0.242 64 K 0.017 0.009 0.077 0.407 0.150 0.241 0.099 65 D 0.011 0.006 0.050 0.723 0.041 0.087 0.082 66 C 0.003 0.001 0.012 0.940 0.004 0.015 0.026 67 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 73 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.020 0.001 75 S 0.001 0.001 0.010 0.790 0.002 0.196 0.002 76 C 0.001 0.001 0.023 0.438 0.014 0.510 0.014 77 L 0.003 0.005 0.018 0.015 0.342 0.263 0.355 78 W 0.012 0.004 0.014 0.001 0.382 0.062 0.525 79 E 0.076 0.002 0.013 0.001 0.583 0.075 0.251 80 Y 0.846 0.006 0.006 0.001 0.016 0.006 0.120 81 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 82 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 83 I 0.956 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 84 K 0.565 0.006 0.004 0.003 0.062 0.026 0.333 85 A 0.172 0.015 0.020 0.004 0.288 0.121 0.380 86 Q 0.060 0.013 0.062 0.007 0.288 0.253 0.316 87 N 0.031 0.012 0.111 0.011 0.193 0.166 0.476 88 S 0.032 0.024 0.147 0.023 0.151 0.283 0.341 89 Q 0.025 0.011 0.127 0.040 0.189 0.256 0.352 90 F 0.023 0.011 0.032 0.039 0.254 0.093 0.547 91 D 0.019 0.015 0.038 0.128 0.163 0.154 0.484 92 F 0.018 0.007 0.067 0.502 0.104 0.147 0.155 93 E 0.039 0.010 0.075 0.578 0.053 0.085 0.160 94 F 0.042 0.011 0.070 0.658 0.031 0.064 0.124 95 Q 0.038 0.013 0.031 0.644 0.073 0.092 0.110 96 S 0.029 0.021 0.016 0.562 0.097 0.116 0.160 97 F 0.027 0.006 0.014 0.548 0.077 0.026 0.301 98 P 0.026 0.004 0.044 0.713 0.021 0.031 0.161 99 M 0.029 0.005 0.095 0.747 0.025 0.049 0.051 100 Q 0.009 0.003 0.054 0.809 0.029 0.072 0.025 101 R 0.006 0.003 0.009 0.873 0.016 0.059 0.034 102 L 0.027 0.009 0.024 0.643 0.056 0.032 0.209 103 P 0.046 0.002 0.080 0.646 0.039 0.088 0.099 104 T 0.091 0.015 0.121 0.550 0.047 0.134 0.042 105 V 0.052 0.014 0.103 0.186 0.058 0.545 0.043 106 F 0.025 0.002 0.008 0.015 0.026 0.858 0.066 107 I 0.089 0.011 0.001 0.003 0.035 0.011 0.850 108 D 0.300 0.017 0.005 0.005 0.061 0.017 0.595 109 Q 0.588 0.009 0.028 0.019 0.059 0.047 0.249 110 E 0.861 0.005 0.021 0.016 0.027 0.013 0.058 111 E 0.846 0.010 0.010 0.013 0.021 0.007 0.092 112 T 0.584 0.027 0.007 0.021 0.069 0.016 0.276 113 F 0.117 0.007 0.001 0.002 0.187 0.005 0.680 114 P 0.030 0.008 0.013 0.018 0.253 0.218 0.459 115 T 0.018 0.022 0.024 0.036 0.143 0.196 0.560 116 L 0.010 0.006 0.110 0.501 0.055 0.091 0.227 117 E 0.007 0.004 0.057 0.786 0.023 0.050 0.073 118 N 0.004 0.001 0.034 0.901 0.013 0.025 0.021 119 F 0.009 0.005 0.018 0.920 0.009 0.016 0.023 120 V 0.004 0.001 0.006 0.964 0.002 0.018 0.005 121 L 0.003 0.001 0.007 0.964 0.003 0.019 0.004 122 E 0.003 0.001 0.008 0.949 0.004 0.020 0.015 123 T 0.004 0.002 0.012 0.920 0.008 0.022 0.032 124 S 0.006 0.002 0.019 0.899 0.012 0.042 0.020 125 E 0.011 0.001 0.021 0.854 0.016 0.074 0.022 126 R 0.012 0.002 0.018 0.779 0.025 0.114 0.050 127 Y 0.020 0.017 0.016 0.541 0.075 0.189 0.142 128 C 0.018 0.012 0.014 0.171 0.079 0.079 0.625 129 L 0.007 0.003 0.141 0.481 0.039 0.170 0.159 130 S 0.008 0.005 0.167 0.499 0.031 0.205 0.085 131 L 0.012 0.007 0.220 0.422 0.032 0.155 0.152 132 Y 0.030 0.013 0.095 0.500 0.059 0.127 0.176 133 E 0.054 0.014 0.093 0.352 0.097 0.130 0.259 134 S 0.096 0.013 0.093 0.242 0.110 0.156 0.291 135 Q 0.120 0.030 0.113 0.217 0.103 0.160 0.257 136 R 0.081 0.013 0.159 0.187 0.104 0.211 0.246 137 Q 0.076 0.007 0.126 0.220 0.086 0.284 0.201 138 S 0.077 0.024 0.079 0.223 0.138 0.292 0.168 139 G 0.081 0.009 0.056 0.101 0.125 0.365 0.263 140 A 0.172 0.013 0.042 0.128 0.103 0.132 0.411 141 S 0.438 0.037 0.033 0.124 0.044 0.057 0.267 142 V 0.381 0.023 0.027 0.143 0.160 0.051 0.215 143 N 0.299 0.023 0.050 0.152 0.093 0.121 0.264 144 M 0.138 0.017 0.048 0.228 0.152 0.066 0.350 145 A 0.050 0.008 0.042 0.363 0.060 0.029 0.448 146 D 0.004 0.001 0.078 0.801 0.035 0.052 0.029 147 A 0.002 0.002 0.023 0.910 0.009 0.038 0.016 148 F 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.006 0.002 149 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 150 D 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.002 0.001 151 F 0.001 0.001 0.009 0.983 0.001 0.006 0.001 152 I 0.001 0.001 0.028 0.929 0.003 0.038 0.001 153 K 0.001 0.001 0.028 0.727 0.004 0.235 0.004 154 I 0.002 0.001 0.019 0.675 0.021 0.248 0.033 155 Y 0.005 0.006 0.003 0.019 0.254 0.008 0.706 156 P 0.002 0.001 0.032 0.053 0.123 0.714 0.074 157 E 0.008 0.002 0.019 0.005 0.065 0.875 0.025 158 T 0.265 0.013 0.016 0.003 0.080 0.025 0.599 159 E 0.341 0.002 0.003 0.002 0.435 0.007 0.210 160 A 0.976 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.014 161 I 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 162 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 163 I 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 164 G 0.777 0.002 0.001 0.001 0.040 0.016 0.163 165 I 0.526 0.023 0.005 0.004 0.151 0.026 0.264 166 R 0.205 0.037 0.018 0.007 0.161 0.041 0.531 167 H 0.080 0.017 0.047 0.016 0.244 0.303 0.294 168 T 0.036 0.023 0.055 0.032 0.207 0.301 0.346 169 D 0.015 0.008 0.067 0.038 0.281 0.151 0.441 170 P 0.011 0.017 0.091 0.084 0.130 0.337 0.330 171 F 0.015 0.014 0.125 0.094 0.102 0.525 0.125 172 G 0.039 0.015 0.087 0.066 0.153 0.336 0.305 173 E 0.075 0.029 0.093 0.084 0.161 0.113 0.445 174 A 0.157 0.044 0.078 0.087 0.120 0.189 0.325 175 L 0.176 0.023 0.056 0.120 0.093 0.137 0.396 176 K 0.277 0.019 0.020 0.059 0.145 0.019 0.462 177 P 0.317 0.017 0.043 0.103 0.069 0.040 0.412 178 I 0.397 0.026 0.074 0.129 0.062 0.062 0.250 179 Q 0.497 0.039 0.051 0.124 0.062 0.064 0.162 180 R 0.372 0.036 0.046 0.089 0.094 0.101 0.262 181 T 0.198 0.035 0.030 0.061 0.196 0.231 0.250 182 D 0.066 0.022 0.016 0.008 0.320 0.097 0.470 183 S 0.012 0.004 0.042 0.006 0.126 0.711 0.099 184 N 0.015 0.014 0.061 0.009 0.138 0.594 0.168 185 W 0.034 0.028 0.052 0.009 0.288 0.038 0.550 186 P 0.031 0.012 0.097 0.030 0.145 0.291 0.394 187 D 0.070 0.009 0.098 0.045 0.164 0.470 0.145 188 F 0.459 0.038 0.043 0.056 0.070 0.047 0.288 189 M 0.736 0.016 0.008 0.052 0.047 0.016 0.126 190 R 0.900 0.004 0.004 0.021 0.013 0.008 0.050 191 L 0.877 0.010 0.002 0.020 0.012 0.002 0.077 192 Q 0.789 0.005 0.004 0.023 0.026 0.004 0.149 193 P 0.613 0.007 0.019 0.036 0.039 0.025 0.260 194 L 0.297 0.012 0.160 0.098 0.083 0.113 0.236 195 L 0.233 0.007 0.144 0.057 0.180 0.225 0.154 196 H 0.195 0.019 0.047 0.027 0.136 0.210 0.366 197 W 0.167 0.082 0.002 0.016 0.212 0.012 0.511 198 D 0.055 0.024 0.001 0.011 0.040 0.004 0.864 199 L 0.001 0.001 0.011 0.976 0.001 0.011 0.001 200 T 0.001 0.001 0.007 0.989 0.001 0.004 0.001 201 N 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 202 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 203 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 204 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 205 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 206 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 207 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 208 Y 0.001 0.001 0.002 0.947 0.002 0.047 0.002 209 S 0.001 0.001 0.003 0.322 0.009 0.655 0.009 210 N 0.001 0.002 0.003 0.019 0.073 0.781 0.122 211 E 0.010 0.004 0.001 0.002 0.133 0.002 0.848 212 P 0.088 0.038 0.007 0.007 0.038 0.008 0.814 213 I 0.223 0.145 0.038 0.030 0.060 0.027 0.477 214 C 0.189 0.028 0.116 0.037 0.139 0.142 0.350 215 G 0.112 0.017 0.167 0.068 0.134 0.276 0.226 216 L 0.130 0.048 0.127 0.102 0.120 0.171 0.301 217 Y 0.078 0.040 0.088 0.050 0.148 0.349 0.247 218 G 0.072 0.031 0.043 0.023 0.232 0.377 0.222 219 K 0.089 0.039 0.030 0.016 0.292 0.157 0.378 220 G 0.097 0.061 0.023 0.012 0.275 0.185 0.347 221 F 0.106 0.077 0.019 0.008 0.202 0.087 0.502 222 T 0.137 0.066 0.025 0.007 0.219 0.089 0.457 223 S 0.123 0.055 0.037 0.011 0.210 0.102 0.462 224 I 0.095 0.037 0.089 0.025 0.200 0.241 0.312 225 G 0.069 0.036 0.070 0.020 0.217 0.266 0.321 226 G 0.088 0.054 0.060 0.026 0.219 0.112 0.441 227 I 0.093 0.048 0.085 0.044 0.189 0.111 0.430 228 N 0.105 0.050 0.132 0.055 0.143 0.218 0.298 229 N 0.094 0.035 0.108 0.034 0.184 0.206 0.340 230 S 0.100 0.043 0.052 0.032 0.210 0.156 0.407 231 L 0.093 0.038 0.011 0.008 0.352 0.063 0.436 232 P 0.066 0.063 0.010 0.008 0.233 0.050 0.569 233 N 0.027 0.028 0.012 0.004 0.209 0.023 0.696 234 P 0.018 0.013 0.117 0.026 0.167 0.315 0.343 235 H 0.022 0.025 0.172 0.033 0.079 0.317 0.352 236 L 0.020 0.024 0.192 0.061 0.125 0.220 0.359 237 R 0.021 0.018 0.126 0.070 0.108 0.258 0.399 238 K 0.057 0.057 0.127 0.072 0.201 0.136 0.351 239 D 0.042 0.020 0.083 0.030 0.201 0.102 0.520 240 S 0.025 0.016 0.120 0.047 0.123 0.406 0.263 241 N 0.029 0.020 0.080 0.065 0.234 0.301 0.271 242 N 0.026 0.015 0.045 0.064 0.278 0.054 0.518 243 P 0.011 0.005 0.150 0.237 0.092 0.322 0.184 244 A 0.023 0.010 0.128 0.366 0.068 0.288 0.118 245 L 0.067 0.021 0.074 0.577 0.035 0.103 0.123 246 H 0.058 0.009 0.015 0.733 0.035 0.072 0.079 247 F 0.074 0.006 0.011 0.700 0.035 0.043 0.130 248 E 0.036 0.003 0.003 0.888 0.010 0.011 0.049 249 W 0.016 0.001 0.002 0.954 0.005 0.007 0.015 250 E 0.018 0.001 0.005 0.944 0.007 0.008 0.018 251 I 0.018 0.001 0.004 0.958 0.004 0.006 0.009 252 I 0.029 0.005 0.006 0.939 0.003 0.012 0.006 253 H 0.011 0.001 0.013 0.909 0.004 0.054 0.007 254 A 0.007 0.001 0.017 0.808 0.012 0.136 0.019 255 F 0.009 0.005 0.029 0.523 0.024 0.345 0.065 256 G 0.019 0.006 0.042 0.165 0.099 0.423 0.247 257 K 0.065 0.024 0.093 0.143 0.133 0.204 0.339 258 D 0.058 0.029 0.138 0.094 0.113 0.138 0.430 259 A 0.027 0.010 0.158 0.081 0.116 0.439 0.169 260 E 0.016 0.005 0.071 0.032 0.081 0.697 0.097 261 G 0.025 0.007 0.059 0.036 0.260 0.311 0.302 262 E 0.087 0.036 0.029 0.048 0.098 0.085 0.616 263 R 0.222 0.086 0.033 0.072 0.077 0.050 0.459 264 S 0.167 0.020 0.133 0.164 0.079 0.059 0.378 265 S 0.102 0.006 0.269 0.193 0.090 0.114 0.226 266 A 0.141 0.012 0.282 0.250 0.060 0.128 0.127 267 I 0.198 0.036 0.149 0.305 0.059 0.134 0.120 268 N 0.163 0.014 0.078 0.261 0.057 0.280 0.147 269 T 0.111 0.009 0.040 0.088 0.281 0.284 0.188 270 S 0.085 0.007 0.018 0.029 0.394 0.123 0.344 271 P 0.128 0.011 0.050 0.046 0.216 0.235 0.313 272 I 0.320 0.027 0.063 0.054 0.143 0.110 0.282 273 S 0.520 0.034 0.043 0.068 0.055 0.056 0.225 274 V 0.637 0.037 0.025 0.050 0.039 0.032 0.180 275 V 0.572 0.054 0.012 0.034 0.077 0.069 0.181 276 D 0.318 0.010 0.013 0.026 0.151 0.115 0.367 277 K 0.165 0.007 0.055 0.294 0.153 0.077 0.249 278 E 0.076 0.008 0.074 0.585 0.091 0.049 0.116 279 R 0.052 0.008 0.112 0.586 0.031 0.061 0.150 280 F 0.059 0.007 0.099 0.632 0.015 0.048 0.141 281 S 0.119 0.014 0.062 0.661 0.023 0.032 0.089 282 K 0.146 0.006 0.077 0.606 0.037 0.053 0.076 283 Y 0.138 0.010 0.073 0.457 0.070 0.124 0.128 284 H 0.106 0.020 0.103 0.357 0.113 0.150 0.149 285 D 0.038 0.008 0.173 0.270 0.079 0.294 0.138 286 N 0.029 0.006 0.111 0.121 0.115 0.516 0.102 287 Y 0.047 0.023 0.036 0.022 0.450 0.210 0.212 288 Y 0.072 0.023 0.011 0.003 0.471 0.070 0.351 289 P 0.095 0.005 0.007 0.001 0.145 0.046 0.701 290 G 0.490 0.026 0.013 0.002 0.040 0.024 0.405 291 W 0.895 0.016 0.004 0.002 0.006 0.004 0.072 292 Y 0.943 0.013 0.004 0.003 0.007 0.002 0.029 293 L 0.811 0.019 0.007 0.007 0.011 0.009 0.136 294 V 0.447 0.017 0.009 0.013 0.101 0.053 0.359 295 D 0.121 0.009 0.051 0.082 0.234 0.244 0.261 296 D 0.036 0.003 0.073 0.170 0.207 0.414 0.097 297 T 0.082 0.013 0.073 0.357 0.108 0.222 0.145 298 L 0.208 0.045 0.039 0.503 0.045 0.054 0.106 299 E 0.359 0.010 0.042 0.322 0.035 0.081 0.151 300 R 0.426 0.013 0.049 0.229 0.062 0.082 0.139 301 A 0.247 0.007 0.069 0.253 0.082 0.131 0.210 302 G 0.257 0.004 0.042 0.219 0.110 0.182 0.187 303 R 0.425 0.016 0.028 0.167 0.086 0.084 0.194 304 I 0.475 0.026 0.015 0.138 0.065 0.062 0.218 305 K 0.275 0.023 0.004 0.084 0.036 0.047 0.532 306 N 0.033 0.004 0.002 0.012 0.018 0.013 0.918