# TARGET T0320 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1874 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.457 0.282 0.140 0.080 0.031 0.009 0.001 2 Q 0.224 0.353 0.233 0.131 0.048 0.010 0.001 3 L 0.069 0.233 0.292 0.271 0.105 0.027 0.003 4 S 0.009 0.036 0.086 0.224 0.379 0.240 0.025 5 K 0.010 0.036 0.126 0.292 0.329 0.179 0.029 6 A 0.009 0.013 0.027 0.061 0.181 0.497 0.212 7 A 0.005 0.008 0.010 0.025 0.091 0.392 0.470 8 E 0.004 0.011 0.026 0.065 0.134 0.274 0.485 9 M 0.003 0.008 0.015 0.039 0.107 0.306 0.523 10 C 0.009 0.024 0.045 0.116 0.205 0.321 0.280 11 Y 0.019 0.060 0.102 0.160 0.195 0.287 0.178 12 E 0.027 0.065 0.102 0.175 0.239 0.271 0.120 13 I 0.037 0.063 0.118 0.196 0.257 0.257 0.072 14 T 0.120 0.169 0.167 0.192 0.176 0.133 0.043 15 N 0.145 0.168 0.173 0.189 0.154 0.129 0.041 16 S 0.124 0.168 0.199 0.221 0.172 0.099 0.017 17 Y 0.175 0.202 0.243 0.210 0.118 0.044 0.007 18 L 0.393 0.236 0.151 0.114 0.071 0.029 0.005 19 H 0.516 0.240 0.133 0.070 0.031 0.009 0.001 20 I 0.346 0.242 0.189 0.143 0.062 0.016 0.001 21 D 0.472 0.297 0.132 0.064 0.026 0.008 0.001 22 Q 0.360 0.255 0.185 0.125 0.059 0.015 0.001 23 K 0.343 0.275 0.187 0.130 0.051 0.012 0.001 24 S 0.324 0.298 0.210 0.116 0.041 0.010 0.001 25 Q 0.392 0.329 0.165 0.078 0.027 0.007 0.001 26 I 0.137 0.208 0.240 0.243 0.132 0.038 0.002 27 I 0.091 0.111 0.166 0.273 0.243 0.107 0.008 28 A 0.331 0.288 0.209 0.121 0.040 0.010 0.001 29 S 0.475 0.330 0.128 0.049 0.014 0.003 0.001 30 T 0.141 0.124 0.167 0.252 0.223 0.088 0.005 31 Q 0.147 0.189 0.246 0.238 0.138 0.040 0.002 32 E 0.629 0.279 0.070 0.017 0.003 0.001 0.001 33 A 0.386 0.315 0.181 0.089 0.024 0.004 0.001 34 I 0.108 0.163 0.241 0.282 0.164 0.039 0.001 35 R 0.324 0.350 0.192 0.092 0.032 0.009 0.001 36 L 0.358 0.272 0.195 0.117 0.046 0.011 0.001 37 T 0.296 0.295 0.180 0.124 0.068 0.032 0.004 38 R 0.080 0.122 0.189 0.295 0.220 0.087 0.007 39 K 0.144 0.315 0.262 0.174 0.077 0.025 0.003 40 Y 0.178 0.374 0.269 0.122 0.044 0.011 0.001 41 L 0.014 0.062 0.158 0.292 0.321 0.144 0.009 42 L 0.008 0.013 0.028 0.112 0.335 0.448 0.055 43 S 0.058 0.238 0.342 0.263 0.082 0.017 0.001 44 E 0.045 0.290 0.388 0.219 0.051 0.007 0.001 45 I 0.003 0.009 0.029 0.156 0.427 0.357 0.020 46 F 0.004 0.019 0.083 0.294 0.437 0.155 0.007 47 V 0.126 0.489 0.275 0.087 0.020 0.003 0.001 48 R 0.067 0.333 0.369 0.188 0.038 0.005 0.001 49 W 0.007 0.041 0.145 0.350 0.337 0.116 0.004 50 S 0.200 0.373 0.245 0.130 0.044 0.007 0.001 51 P 0.596 0.253 0.086 0.044 0.017 0.002 0.001 52 L 0.360 0.309 0.194 0.103 0.030 0.004 0.001 53 N 0.232 0.395 0.237 0.111 0.022 0.003 0.001 54 G 0.046 0.288 0.327 0.238 0.088 0.012 0.001 55 E 0.003 0.026 0.130 0.380 0.372 0.084 0.006 56 I 0.001 0.001 0.002 0.018 0.152 0.636 0.191 57 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.388 0.578 58 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.096 0.898 59 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.946 60 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.122 0.865 61 N 0.001 0.001 0.002 0.012 0.068 0.290 0.629 62 G 0.001 0.002 0.007 0.032 0.123 0.409 0.427 63 G 0.001 0.006 0.025 0.095 0.249 0.413 0.212 64 K 0.001 0.007 0.031 0.111 0.249 0.372 0.229 65 D 0.001 0.002 0.005 0.017 0.066 0.353 0.556 66 C 0.001 0.001 0.003 0.011 0.048 0.266 0.672 67 Q 0.001 0.001 0.003 0.016 0.082 0.304 0.594 68 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.190 0.785 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.103 0.891 70 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.236 0.714 71 L 0.001 0.001 0.010 0.051 0.156 0.343 0.438 72 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.065 0.433 0.490 73 Y 0.001 0.002 0.004 0.016 0.082 0.486 0.409 74 L 0.002 0.021 0.071 0.212 0.358 0.275 0.061 75 S 0.015 0.101 0.208 0.280 0.242 0.131 0.023 76 C 0.005 0.027 0.087 0.247 0.365 0.243 0.026 77 L 0.042 0.168 0.221 0.254 0.200 0.104 0.011 78 W 0.042 0.136 0.246 0.296 0.206 0.065 0.010 79 E 0.123 0.277 0.252 0.187 0.102 0.047 0.011 80 Y 0.008 0.019 0.053 0.146 0.292 0.381 0.101 81 F 0.004 0.008 0.015 0.038 0.132 0.467 0.337 82 F 0.006 0.018 0.036 0.071 0.154 0.366 0.350 83 I 0.003 0.005 0.010 0.042 0.170 0.425 0.344 84 K 0.018 0.087 0.167 0.241 0.234 0.185 0.067 85 A 0.025 0.081 0.162 0.286 0.297 0.133 0.017 86 Q 0.171 0.290 0.253 0.167 0.084 0.030 0.005 87 N 0.275 0.245 0.213 0.163 0.083 0.019 0.002 88 S 0.285 0.305 0.237 0.124 0.039 0.009 0.001 89 Q 0.457 0.312 0.138 0.066 0.022 0.004 0.001 90 F 0.233 0.253 0.250 0.175 0.071 0.017 0.001 91 D 0.546 0.274 0.110 0.049 0.017 0.004 0.001 92 F 0.607 0.221 0.097 0.051 0.019 0.005 0.001 93 E 0.513 0.261 0.130 0.066 0.023 0.006 0.001 94 F 0.258 0.264 0.218 0.165 0.074 0.019 0.001 95 Q 0.246 0.268 0.234 0.165 0.068 0.018 0.002 96 S 0.486 0.334 0.118 0.043 0.015 0.004 0.001 97 F 0.096 0.175 0.259 0.287 0.144 0.036 0.002 98 P 0.061 0.100 0.169 0.301 0.267 0.097 0.005 99 M 0.283 0.386 0.226 0.083 0.019 0.003 0.001 100 Q 0.408 0.412 0.135 0.037 0.007 0.001 0.001 101 R 0.065 0.137 0.220 0.330 0.200 0.046 0.001 102 L 0.041 0.101 0.234 0.355 0.230 0.039 0.001 103 P 0.535 0.341 0.099 0.022 0.003 0.001 0.001 104 T 0.471 0.330 0.139 0.048 0.010 0.002 0.001 105 V 0.058 0.104 0.209 0.322 0.237 0.067 0.002 106 F 0.220 0.332 0.246 0.135 0.050 0.015 0.002 107 I 0.041 0.057 0.129 0.272 0.338 0.151 0.012 108 D 0.150 0.330 0.267 0.154 0.069 0.027 0.003 109 Q 0.078 0.099 0.142 0.239 0.283 0.148 0.011 110 E 0.158 0.222 0.251 0.206 0.118 0.040 0.005 111 E 0.110 0.249 0.254 0.214 0.119 0.047 0.006 112 T 0.056 0.097 0.159 0.271 0.260 0.141 0.016 113 F 0.117 0.237 0.250 0.212 0.125 0.053 0.007 114 P 0.190 0.196 0.197 0.194 0.136 0.073 0.014 115 T 0.413 0.275 0.141 0.090 0.050 0.026 0.006 116 L 0.115 0.140 0.211 0.257 0.183 0.083 0.011 117 E 0.357 0.298 0.176 0.099 0.046 0.021 0.004 118 N 0.288 0.315 0.205 0.116 0.054 0.019 0.003 119 F 0.101 0.104 0.158 0.257 0.243 0.122 0.015 120 V 0.113 0.119 0.156 0.236 0.215 0.141 0.021 121 L 0.235 0.299 0.237 0.149 0.059 0.018 0.002 122 E 0.260 0.311 0.215 0.136 0.058 0.018 0.003 123 T 0.102 0.115 0.154 0.230 0.238 0.143 0.020 124 S 0.144 0.188 0.214 0.218 0.152 0.076 0.010 125 E 0.312 0.290 0.192 0.126 0.057 0.020 0.003 126 R 0.214 0.247 0.218 0.169 0.100 0.046 0.007 127 Y 0.083 0.140 0.178 0.219 0.199 0.155 0.026 128 C 0.057 0.100 0.166 0.244 0.243 0.157 0.033 129 L 0.143 0.178 0.214 0.219 0.153 0.075 0.018 130 S 0.348 0.248 0.148 0.116 0.075 0.049 0.016 131 L 0.198 0.188 0.179 0.193 0.139 0.085 0.017 132 Y 0.233 0.204 0.174 0.168 0.125 0.079 0.017 133 E 0.319 0.248 0.165 0.132 0.081 0.043 0.012 134 S 0.309 0.254 0.180 0.134 0.077 0.038 0.009 135 Q 0.314 0.237 0.169 0.132 0.082 0.051 0.014 136 R 0.241 0.240 0.197 0.153 0.094 0.057 0.018 137 Q 0.177 0.185 0.183 0.180 0.143 0.097 0.036 138 S 0.152 0.146 0.161 0.202 0.171 0.118 0.050 139 G 0.132 0.146 0.146 0.169 0.158 0.164 0.084 140 A 0.092 0.111 0.137 0.178 0.189 0.195 0.099 141 S 0.054 0.074 0.095 0.158 0.222 0.277 0.119 142 V 0.074 0.112 0.162 0.220 0.221 0.164 0.047 143 N 0.071 0.159 0.198 0.226 0.188 0.124 0.035 144 M 0.042 0.056 0.080 0.146 0.252 0.318 0.106 145 A 0.045 0.135 0.211 0.265 0.218 0.108 0.019 146 D 0.140 0.339 0.283 0.146 0.062 0.022 0.008 147 A 0.014 0.075 0.154 0.245 0.283 0.191 0.038 148 F 0.002 0.005 0.013 0.068 0.267 0.500 0.145 149 R 0.014 0.123 0.308 0.341 0.157 0.050 0.006 150 D 0.043 0.368 0.360 0.170 0.046 0.012 0.002 151 F 0.002 0.009 0.043 0.209 0.431 0.286 0.020 152 I 0.001 0.011 0.063 0.239 0.464 0.211 0.010 153 K 0.151 0.519 0.248 0.067 0.013 0.002 0.001 154 I 0.097 0.381 0.308 0.165 0.041 0.008 0.001 155 Y 0.018 0.082 0.265 0.383 0.217 0.034 0.001 156 P 0.328 0.409 0.183 0.064 0.015 0.001 0.001 157 E 0.520 0.376 0.085 0.017 0.002 0.001 0.001 158 T 0.002 0.018 0.100 0.367 0.420 0.092 0.002 159 E 0.017 0.139 0.298 0.355 0.157 0.032 0.002 160 A 0.001 0.001 0.005 0.038 0.246 0.616 0.095 161 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.471 0.487 162 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.203 0.775 163 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.157 0.822 164 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.054 0.373 0.565 165 I 0.001 0.003 0.015 0.072 0.236 0.484 0.191 166 R 0.002 0.017 0.059 0.178 0.361 0.329 0.055 167 H 0.033 0.112 0.204 0.271 0.235 0.123 0.022 168 T 0.238 0.266 0.199 0.146 0.091 0.048 0.012 169 D 0.288 0.247 0.206 0.147 0.072 0.032 0.006 170 P 0.449 0.249 0.135 0.090 0.048 0.025 0.005 171 F 0.306 0.199 0.176 0.164 0.103 0.046 0.007 172 G 0.412 0.253 0.156 0.100 0.052 0.022 0.004 173 E 0.353 0.263 0.183 0.118 0.055 0.023 0.004 174 A 0.214 0.188 0.196 0.194 0.138 0.062 0.009 175 L 0.119 0.150 0.206 0.238 0.182 0.093 0.012 176 K 0.187 0.234 0.224 0.195 0.115 0.040 0.005 177 P 0.188 0.227 0.217 0.193 0.122 0.047 0.006 178 I 0.124 0.147 0.204 0.258 0.193 0.069 0.005 179 Q 0.250 0.286 0.209 0.142 0.080 0.031 0.004 180 R 0.186 0.236 0.237 0.203 0.105 0.030 0.003 181 T 0.381 0.261 0.166 0.113 0.060 0.019 0.001 182 D 0.436 0.268 0.159 0.094 0.033 0.009 0.001 183 S 0.632 0.215 0.081 0.045 0.020 0.006 0.001 184 N 0.593 0.271 0.091 0.032 0.010 0.002 0.001 185 W 0.129 0.182 0.277 0.277 0.114 0.019 0.001 186 P 0.591 0.282 0.087 0.029 0.009 0.002 0.001 187 D 0.456 0.337 0.145 0.049 0.011 0.002 0.001 188 F 0.065 0.124 0.215 0.330 0.213 0.051 0.002 189 M 0.059 0.193 0.277 0.273 0.146 0.047 0.004 190 R 0.024 0.077 0.182 0.290 0.263 0.141 0.023 191 L 0.005 0.009 0.020 0.070 0.238 0.516 0.142 192 Q 0.015 0.033 0.079 0.214 0.335 0.260 0.064 193 P 0.012 0.023 0.040 0.070 0.138 0.444 0.273 194 L 0.008 0.015 0.023 0.060 0.170 0.434 0.289 195 L 0.011 0.039 0.080 0.187 0.274 0.317 0.092 196 H 0.017 0.091 0.169 0.251 0.243 0.181 0.047 197 W 0.006 0.020 0.067 0.189 0.365 0.314 0.040 198 D 0.041 0.199 0.192 0.151 0.176 0.193 0.048 199 L 0.007 0.037 0.111 0.291 0.345 0.188 0.021 200 T 0.099 0.361 0.305 0.151 0.060 0.021 0.004 201 N 0.007 0.076 0.252 0.388 0.217 0.054 0.005 202 I 0.001 0.001 0.003 0.034 0.228 0.589 0.145 203 W 0.002 0.031 0.148 0.350 0.331 0.128 0.010 204 S 0.034 0.283 0.314 0.223 0.102 0.039 0.004 205 F 0.002 0.010 0.058 0.245 0.407 0.261 0.017 206 L 0.003 0.005 0.015 0.066 0.294 0.507 0.110 207 L 0.037 0.181 0.286 0.314 0.144 0.037 0.002 208 Y 0.122 0.371 0.287 0.151 0.055 0.013 0.001 209 S 0.066 0.171 0.298 0.294 0.139 0.030 0.002 210 N 0.497 0.347 0.107 0.036 0.010 0.002 0.001 211 E 0.107 0.150 0.241 0.280 0.175 0.044 0.003 212 P 0.256 0.326 0.207 0.125 0.058 0.025 0.003 213 I 0.039 0.080 0.139 0.260 0.275 0.180 0.027 214 C 0.055 0.104 0.162 0.234 0.248 0.160 0.036 215 G 0.102 0.186 0.196 0.189 0.156 0.128 0.043 216 L 0.040 0.059 0.094 0.189 0.270 0.263 0.085 217 Y 0.069 0.122 0.183 0.228 0.206 0.153 0.040 218 G 0.176 0.242 0.211 0.180 0.117 0.058 0.016 219 K 0.178 0.202 0.195 0.182 0.136 0.079 0.030 220 G 0.193 0.177 0.156 0.160 0.150 0.125 0.039 221 F 0.048 0.063 0.099 0.169 0.228 0.268 0.124 222 T 0.092 0.133 0.165 0.208 0.173 0.154 0.075 223 S 0.107 0.091 0.084 0.123 0.184 0.255 0.156 224 I 0.047 0.046 0.058 0.095 0.147 0.258 0.350 225 G 0.055 0.058 0.082 0.116 0.146 0.242 0.302 226 G 0.046 0.039 0.044 0.069 0.119 0.279 0.406 227 I 0.062 0.064 0.069 0.106 0.159 0.257 0.283 228 N 0.082 0.100 0.128 0.163 0.190 0.209 0.128 229 N 0.047 0.057 0.080 0.155 0.240 0.293 0.129 230 S 0.082 0.088 0.116 0.170 0.232 0.240 0.073 231 L 0.072 0.130 0.186 0.252 0.229 0.114 0.017 232 P 0.218 0.244 0.226 0.177 0.095 0.033 0.006 233 N 0.286 0.295 0.217 0.131 0.055 0.015 0.002 234 P 0.418 0.266 0.154 0.101 0.046 0.013 0.002 235 H 0.298 0.247 0.200 0.152 0.076 0.025 0.002 236 L 0.224 0.227 0.222 0.187 0.104 0.034 0.002 237 R 0.578 0.270 0.094 0.039 0.014 0.004 0.001 238 K 0.516 0.252 0.134 0.071 0.023 0.004 0.001 239 D 0.556 0.260 0.115 0.050 0.016 0.004 0.001 240 S 0.448 0.313 0.148 0.066 0.020 0.005 0.001 241 N 0.223 0.283 0.251 0.168 0.062 0.012 0.001 242 N 0.282 0.308 0.222 0.132 0.046 0.009 0.001 243 P 0.483 0.230 0.129 0.089 0.046 0.019 0.003 244 A 0.206 0.251 0.228 0.173 0.095 0.042 0.005 245 L 0.127 0.081 0.110 0.220 0.268 0.169 0.025 246 H 0.216 0.254 0.225 0.181 0.083 0.034 0.007 247 F 0.184 0.259 0.224 0.176 0.101 0.048 0.007 248 E 0.143 0.145 0.165 0.213 0.208 0.109 0.017 249 W 0.102 0.082 0.138 0.227 0.264 0.160 0.027 250 E 0.342 0.302 0.193 0.105 0.042 0.014 0.002 251 I 0.268 0.272 0.193 0.151 0.078 0.033 0.005 252 I 0.140 0.186 0.201 0.227 0.161 0.074 0.010 253 H 0.240 0.243 0.210 0.162 0.092 0.045 0.009 254 A 0.570 0.238 0.095 0.055 0.027 0.013 0.003 255 F 0.190 0.195 0.227 0.219 0.124 0.041 0.004 256 G 0.514 0.256 0.127 0.067 0.028 0.007 0.001 257 K 0.467 0.278 0.158 0.074 0.020 0.003 0.001 258 D 0.329 0.281 0.222 0.120 0.041 0.006 0.001 259 A 0.653 0.217 0.081 0.036 0.011 0.002 0.001 260 E 0.783 0.154 0.041 0.016 0.005 0.001 0.001 261 G 0.654 0.214 0.087 0.035 0.009 0.001 0.001 262 E 0.649 0.232 0.072 0.034 0.010 0.002 0.001 263 R 0.240 0.301 0.255 0.147 0.049 0.009 0.001 264 S 0.200 0.269 0.268 0.188 0.066 0.009 0.001 265 S 0.477 0.318 0.134 0.053 0.015 0.002 0.001 266 A 0.208 0.284 0.256 0.170 0.065 0.017 0.001 267 I 0.057 0.082 0.141 0.296 0.302 0.117 0.005 268 N 0.131 0.205 0.266 0.242 0.119 0.034 0.003 269 T 0.399 0.297 0.160 0.091 0.038 0.013 0.002 270 S 0.278 0.259 0.218 0.147 0.070 0.026 0.003 271 P 0.233 0.216 0.196 0.170 0.120 0.058 0.007 272 I 0.065 0.087 0.155 0.240 0.260 0.171 0.021 273 S 0.107 0.171 0.207 0.231 0.184 0.090 0.010 274 V 0.087 0.154 0.211 0.259 0.193 0.088 0.009 275 V 0.093 0.131 0.201 0.288 0.221 0.063 0.003 276 D 0.360 0.328 0.198 0.084 0.025 0.005 0.001 277 K 0.477 0.291 0.144 0.065 0.019 0.003 0.001 278 E 0.407 0.296 0.169 0.089 0.032 0.007 0.001 279 R 0.242 0.285 0.227 0.160 0.066 0.018 0.001 280 F 0.145 0.211 0.237 0.236 0.131 0.039 0.002 281 S 0.231 0.277 0.230 0.158 0.076 0.025 0.002 282 K 0.266 0.262 0.200 0.149 0.086 0.032 0.004 283 Y 0.190 0.271 0.247 0.177 0.084 0.029 0.003 284 H 0.177 0.262 0.243 0.190 0.098 0.028 0.002 285 D 0.258 0.225 0.205 0.181 0.096 0.032 0.003 286 N 0.413 0.288 0.158 0.091 0.038 0.012 0.001 287 Y 0.306 0.235 0.206 0.159 0.070 0.022 0.002 288 Y 0.287 0.252 0.200 0.154 0.078 0.027 0.003 289 P 0.149 0.186 0.218 0.211 0.151 0.076 0.009 290 G 0.073 0.094 0.146 0.212 0.260 0.188 0.028 291 W 0.039 0.052 0.085 0.165 0.289 0.313 0.057 292 Y 0.041 0.105 0.162 0.226 0.238 0.190 0.039 293 L 0.032 0.057 0.116 0.261 0.334 0.182 0.019 294 V 0.185 0.321 0.263 0.152 0.060 0.017 0.002 295 D 0.386 0.346 0.172 0.072 0.020 0.004 0.001 296 D 0.728 0.190 0.056 0.018 0.006 0.001 0.001 297 T 0.544 0.265 0.120 0.052 0.016 0.003 0.001 298 L 0.180 0.178 0.213 0.252 0.138 0.038 0.002 299 E 0.188 0.200 0.232 0.232 0.120 0.027 0.001 300 R 0.369 0.366 0.182 0.065 0.016 0.003 0.001 301 A 0.348 0.248 0.187 0.141 0.060 0.015 0.001 302 G 0.260 0.167 0.180 0.192 0.143 0.054 0.004 303 R 0.390 0.309 0.177 0.089 0.027 0.007 0.001 304 I 0.416 0.235 0.164 0.120 0.053 0.013 0.001 305 K 0.641 0.227 0.083 0.033 0.012 0.003 0.001 306 N 0.741 0.164 0.059 0.025 0.008 0.002 0.001