# TARGET T0320 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8556 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.032 0.030 0.001 0.015 0.013 0.019 0.110 0.003 0.001 0.021 0.754 2 E 0.060 0.016 0.001 0.022 0.114 0.073 0.163 0.013 0.001 0.055 0.483 3 P 0.012 0.059 0.001 0.062 0.069 0.122 0.118 0.005 0.001 0.032 0.520 4 I 0.037 0.070 0.003 0.091 0.134 0.243 0.065 0.006 0.001 0.068 0.284 5 C 0.025 0.038 0.003 0.115 0.197 0.192 0.066 0.003 0.001 0.051 0.308 6 G 0.016 0.027 0.005 0.118 0.149 0.351 0.059 0.003 0.002 0.056 0.215 7 L 0.077 0.007 0.019 0.114 0.110 0.163 0.065 0.004 0.010 0.106 0.325 8 Y 0.136 0.003 0.004 0.064 0.071 0.118 0.093 0.007 0.003 0.080 0.420 9 G 0.153 0.005 0.001 0.024 0.030 0.052 0.096 0.003 0.001 0.042 0.591 10 K 0.007 0.001 0.001 0.031 0.028 0.053 0.134 0.002 0.001 0.026 0.718 11 G 0.003 0.002 0.001 0.063 0.085 0.175 0.133 0.003 0.001 0.080 0.454 12 F 0.011 0.002 0.001 0.113 0.134 0.140 0.103 0.001 0.001 0.112 0.384 13 T 0.008 0.002 0.001 0.221 0.102 0.120 0.098 0.001 0.001 0.057 0.389 14 S 0.063 0.009 0.001 0.147 0.067 0.120 0.101 0.005 0.001 0.152 0.335 15 I 0.104 0.010 0.001 0.100 0.029 0.056 0.142 0.003 0.001 0.119 0.436 16 G 0.014 0.006 0.001 0.068 0.047 0.101 0.192 0.005 0.001 0.060 0.505 17 G 0.145 0.012 0.004 0.062 0.035 0.060 0.174 0.005 0.003 0.070 0.432 18 I 0.152 0.012 0.002 0.051 0.039 0.050 0.141 0.017 0.001 0.108 0.428 19 N 0.104 0.012 0.001 0.026 0.013 0.028 0.145 0.004 0.001 0.050 0.617 20 N 0.013 0.005 0.001 0.064 0.025 0.093 0.190 0.004 0.001 0.049 0.557 21 S 0.023 0.007 0.001 0.047 0.037 0.053 0.154 0.001 0.001 0.056 0.621 22 L 0.009 0.004 0.001 0.047 0.083 0.096 0.178 0.003 0.001 0.054 0.523 23 P 0.110 0.088 0.002 0.028 0.013 0.017 0.152 0.009 0.002 0.051 0.526 24 N 0.441 0.125 0.005 0.011 0.007 0.009 0.082 0.029 0.002 0.086 0.203 25 P 0.135 0.052 0.003 0.018 0.006 0.015 0.126 0.014 0.001 0.093 0.536 26 H 0.094 0.041 0.003 0.032 0.024 0.085 0.150 0.005 0.001 0.066 0.498 27 L 0.067 0.012 0.002 0.059 0.060 0.096 0.122 0.003 0.001 0.089 0.490 28 R 0.046 0.012 0.002 0.046 0.046 0.079 0.155 0.002 0.001 0.061 0.549 29 K 0.025 0.004 0.001 0.026 0.026 0.053 0.152 0.005 0.001 0.035 0.673 30 D 0.219 0.012 0.001 0.014 0.014 0.020 0.109 0.003 0.001 0.059 0.549 31 S 0.023 0.007 0.001 0.010 0.008 0.017 0.140 0.002 0.001 0.043 0.747 32 N 0.031 0.017 0.002 0.007 0.007 0.013 0.112 0.005 0.001 0.025 0.781 33 N 0.303 0.039 0.003 0.007 0.015 0.017 0.097 0.022 0.001 0.079 0.416 34 P 0.173 0.034 0.001 0.009 0.011 0.018 0.098 0.007 0.001 0.062 0.587 35 A 0.075 0.022 0.002 0.012 0.014 0.031 0.111 0.002 0.001 0.032 0.697 36 L 0.042 0.024 0.002 0.017 0.034 0.042 0.123 0.005 0.001 0.030 0.680 37 H 0.115 0.117 0.002 0.013 0.024 0.030 0.115 0.007 0.001 0.031 0.546 38 F 0.068 0.194 0.002 0.017 0.039 0.039 0.097 0.012 0.001 0.023 0.509 39 E 0.045 0.468 0.002 0.012 0.019 0.027 0.058 0.009 0.001 0.012 0.347 40 W 0.061 0.528 0.002 0.015 0.046 0.046 0.041 0.014 0.001 0.020 0.226 41 E 0.045 0.578 0.006 0.021 0.035 0.049 0.036 0.007 0.002 0.029 0.193 42 I 0.046 0.475 0.014 0.023 0.044 0.049 0.042 0.009 0.005 0.040 0.253 43 I 0.130 0.328 0.028 0.020 0.041 0.044 0.054 0.017 0.015 0.059 0.264 44 H 0.228 0.158 0.010 0.013 0.021 0.030 0.056 0.012 0.006 0.039 0.427 45 A 0.114 0.099 0.007 0.017 0.010 0.028 0.066 0.007 0.004 0.035 0.614 46 F 0.073 0.083 0.003 0.011 0.014 0.029 0.066 0.006 0.001 0.037 0.678 47 G 0.067 0.081 0.004 0.011 0.027 0.040 0.077 0.002 0.001 0.045 0.647 48 K 0.013 0.027 0.003 0.012 0.038 0.047 0.108 0.004 0.001 0.027 0.720 49 D 0.170 0.089 0.003 0.013 0.023 0.028 0.086 0.009 0.002 0.057 0.520 50 A 0.276 0.052 0.003 0.013 0.013 0.014 0.088 0.008 0.001 0.081 0.451 51 E 0.040 0.018 0.001 0.013 0.006 0.018 0.109 0.003 0.001 0.029 0.761 52 G 0.077 0.031 0.004 0.019 0.012 0.026 0.099 0.004 0.001 0.052 0.675 53 E 0.097 0.026 0.002 0.012 0.020 0.024 0.103 0.006 0.001 0.062 0.646 54 R 0.061 0.018 0.001 0.010 0.022 0.032 0.110 0.006 0.001 0.047 0.692 55 S 0.049 0.010 0.002 0.016 0.022 0.036 0.117 0.003 0.001 0.056 0.689 56 S 0.063 0.008 0.002 0.027 0.030 0.052 0.133 0.005 0.001 0.090 0.589 57 A 0.054 0.008 0.001 0.030 0.029 0.049 0.120 0.004 0.001 0.067 0.637 58 I 0.047 0.005 0.001 0.031 0.028 0.039 0.118 0.002 0.001 0.042 0.688 59 N 0.016 0.004 0.001 0.032 0.064 0.088 0.132 0.004 0.001 0.046 0.612 60 T 0.021 0.007 0.001 0.025 0.029 0.040 0.119 0.002 0.001 0.034 0.723 61 S 0.029 0.024 0.001 0.039 0.108 0.102 0.138 0.013 0.001 0.052 0.492 62 P 0.107 0.075 0.003 0.023 0.035 0.051 0.095 0.006 0.001 0.031 0.574 63 I 0.046 0.086 0.003 0.029 0.059 0.086 0.093 0.012 0.002 0.042 0.541 64 S 0.140 0.170 0.008 0.016 0.024 0.038 0.078 0.007 0.005 0.043 0.470 65 V 0.179 0.198 0.012 0.016 0.018 0.023 0.060 0.012 0.004 0.039 0.438 66 V 0.136 0.186 0.003 0.009 0.018 0.025 0.063 0.011 0.002 0.033 0.516 67 D 0.084 0.199 0.005 0.015 0.013 0.023 0.066 0.006 0.001 0.034 0.554 68 K 0.058 0.114 0.007 0.021 0.046 0.067 0.088 0.007 0.002 0.064 0.526 69 E 0.067 0.059 0.005 0.018 0.049 0.064 0.093 0.005 0.002 0.065 0.573 70 R 0.107 0.066 0.003 0.022 0.038 0.046 0.099 0.008 0.002 0.062 0.547 71 F 0.128 0.047 0.002 0.019 0.020 0.028 0.101 0.006 0.001 0.049 0.597 72 S 0.048 0.015 0.002 0.014 0.023 0.044 0.118 0.004 0.001 0.041 0.691 73 K 0.031 0.023 0.003 0.017 0.020 0.038 0.107 0.004 0.001 0.032 0.724 74 Y 0.226 0.039 0.005 0.017 0.022 0.028 0.093 0.009 0.002 0.056 0.502 75 H 0.164 0.067 0.002 0.014 0.014 0.019 0.096 0.016 0.001 0.051 0.556 76 D 0.107 0.009 0.001 0.013 0.017 0.030 0.113 0.003 0.001 0.032 0.675 77 N 0.009 0.006 0.002 0.053 0.069 0.124 0.139 0.002 0.001 0.030 0.566 78 Y 0.028 0.010 0.002 0.037 0.061 0.106 0.133 0.003 0.001 0.050 0.570 79 Y 0.062 0.021 0.002 0.068 0.139 0.112 0.126 0.008 0.001 0.107 0.354 80 P 0.014 0.023 0.001 0.078 0.072 0.182 0.128 0.003 0.001 0.057 0.441 81 G 0.007 0.011 0.001 0.078 0.151 0.359 0.053 0.003 0.001 0.062 0.274 82 W 0.006 0.006 0.001 0.095 0.241 0.312 0.050 0.001 0.001 0.051 0.238 83 Y 0.007 0.006 0.001 0.110 0.249 0.321 0.049 0.001 0.001 0.066 0.189 84 L 0.017 0.006 0.002 0.129 0.183 0.179 0.070 0.002 0.001 0.080 0.331 85 V 0.069 0.043 0.002 0.073 0.091 0.111 0.113 0.007 0.002 0.044 0.444 86 D 0.131 0.126 0.003 0.030 0.023 0.035 0.092 0.010 0.002 0.041 0.507 87 D 0.058 0.076 0.006 0.026 0.022 0.040 0.096 0.011 0.003 0.139 0.523 88 T 0.073 0.257 0.011 0.017 0.026 0.049 0.085 0.009 0.006 0.160 0.308 89 L 0.266 0.082 0.049 0.014 0.025 0.036 0.058 0.011 0.018 0.096 0.346 90 E 0.182 0.066 0.004 0.013 0.036 0.044 0.082 0.012 0.002 0.045 0.515 91 R 0.117 0.059 0.001 0.010 0.018 0.045 0.090 0.006 0.001 0.032 0.621 92 A 0.038 0.047 0.005 0.030 0.028 0.075 0.126 0.009 0.001 0.047 0.593 93 G 0.037 0.017 0.002 0.031 0.118 0.254 0.101 0.008 0.001 0.064 0.366 94 R 0.042 0.009 0.003 0.042 0.110 0.176 0.088 0.002 0.001 0.056 0.470 95 I 0.026 0.007 0.003 0.071 0.097 0.117 0.101 0.002 0.001 0.040 0.535 96 K 0.076 0.010 0.002 0.038 0.069 0.092 0.120 0.006 0.001 0.052 0.532 97 N 0.066 0.008 0.002 0.023 0.025 0.037 0.114 0.009 0.001 0.035 0.679