# TARGET T0320 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8556 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.130 0.017 0.009 0.026 0.026 0.042 0.082 0.006 0.001 0.009 0.652 2 E 0.117 0.008 0.021 0.035 0.028 0.043 0.081 0.002 0.001 0.008 0.657 3 P 0.003 0.001 0.002 0.010 0.006 0.010 0.018 0.001 0.001 0.001 0.949 4 I 0.025 0.004 0.001 0.064 0.068 0.136 0.120 0.001 0.001 0.004 0.578 5 C 0.108 0.021 0.001 0.104 0.080 0.166 0.070 0.001 0.001 0.007 0.441 6 G 0.047 0.054 0.001 0.106 0.133 0.157 0.091 0.001 0.001 0.003 0.405 7 L 0.057 0.053 0.003 0.069 0.077 0.152 0.082 0.001 0.001 0.004 0.503 8 Y 0.035 0.089 0.001 0.131 0.154 0.243 0.096 0.004 0.001 0.006 0.240 9 G 0.148 0.087 0.004 0.022 0.053 0.085 0.148 0.009 0.001 0.028 0.417 10 K 0.191 0.075 0.033 0.030 0.060 0.083 0.104 0.010 0.001 0.019 0.395 11 G 0.126 0.023 0.018 0.048 0.100 0.087 0.151 0.010 0.001 0.018 0.420 12 F 0.081 0.014 0.095 0.075 0.102 0.122 0.095 0.001 0.001 0.010 0.404 13 T 0.005 0.008 0.004 0.143 0.211 0.326 0.064 0.001 0.001 0.002 0.237 14 S 0.013 0.009 0.001 0.167 0.193 0.274 0.069 0.001 0.001 0.003 0.270 15 I 0.018 0.014 0.001 0.085 0.086 0.176 0.082 0.001 0.001 0.004 0.531 16 G 0.032 0.013 0.003 0.123 0.114 0.207 0.150 0.002 0.001 0.012 0.344 17 G 0.059 0.010 0.003 0.054 0.053 0.071 0.233 0.002 0.001 0.019 0.495 18 I 0.077 0.023 0.011 0.080 0.084 0.107 0.131 0.001 0.001 0.011 0.476 19 N 0.012 0.017 0.002 0.049 0.085 0.132 0.116 0.001 0.001 0.004 0.582 20 N 0.058 0.021 0.002 0.032 0.064 0.076 0.090 0.002 0.001 0.007 0.646 21 S 0.197 0.033 0.006 0.019 0.031 0.052 0.121 0.004 0.001 0.013 0.524 22 L 0.148 0.029 0.011 0.058 0.091 0.156 0.153 0.004 0.001 0.010 0.340 23 P 0.017 0.004 0.004 0.016 0.010 0.021 0.024 0.001 0.001 0.002 0.902 24 N 0.075 0.009 0.004 0.086 0.058 0.151 0.146 0.002 0.001 0.006 0.462 25 P 0.009 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.972 26 H 0.040 0.008 0.001 0.051 0.044 0.064 0.220 0.001 0.001 0.005 0.566 27 L 0.252 0.015 0.003 0.035 0.023 0.057 0.129 0.001 0.001 0.013 0.472 28 R 0.116 0.060 0.002 0.096 0.088 0.107 0.109 0.004 0.001 0.005 0.414 29 K 0.148 0.034 0.006 0.032 0.034 0.063 0.089 0.002 0.001 0.006 0.587 30 D 0.082 0.024 0.003 0.051 0.048 0.065 0.088 0.005 0.001 0.004 0.629 31 S 0.073 0.009 0.005 0.028 0.018 0.027 0.124 0.004 0.001 0.009 0.703 32 N 0.089 0.004 0.006 0.016 0.010 0.015 0.288 0.003 0.001 0.016 0.553 33 N 0.201 0.005 0.005 0.018 0.007 0.008 0.318 0.002 0.001 0.019 0.416 34 P 0.018 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.060 0.001 0.001 0.003 0.907 35 A 0.018 0.005 0.001 0.010 0.008 0.016 0.485 0.001 0.001 0.012 0.445 36 L 0.319 0.025 0.002 0.019 0.015 0.032 0.257 0.002 0.001 0.025 0.304 37 H 0.241 0.168 0.003 0.035 0.028 0.046 0.099 0.004 0.001 0.008 0.368 38 F 0.073 0.101 0.006 0.014 0.023 0.037 0.039 0.002 0.001 0.004 0.701 39 E 0.062 0.098 0.004 0.027 0.041 0.077 0.088 0.005 0.001 0.005 0.594 40 W 0.132 0.182 0.010 0.035 0.036 0.059 0.074 0.007 0.001 0.007 0.459 41 E 0.050 0.286 0.006 0.041 0.042 0.068 0.103 0.006 0.001 0.005 0.393 42 I 0.079 0.290 0.007 0.033 0.053 0.093 0.098 0.005 0.001 0.006 0.335 43 I 0.088 0.408 0.005 0.046 0.052 0.107 0.047 0.007 0.001 0.003 0.238 44 H 0.051 0.510 0.005 0.032 0.046 0.081 0.033 0.009 0.001 0.003 0.229 45 A 0.082 0.375 0.008 0.010 0.021 0.030 0.032 0.010 0.001 0.003 0.429 46 F 0.135 0.372 0.011 0.013 0.025 0.045 0.072 0.027 0.001 0.006 0.292 47 G 0.276 0.175 0.020 0.013 0.018 0.024 0.078 0.040 0.001 0.015 0.340 48 K 0.158 0.139 0.102 0.012 0.014 0.020 0.105 0.007 0.001 0.008 0.435 49 D 0.052 0.103 0.009 0.018 0.022 0.027 0.138 0.009 0.001 0.004 0.617 50 A 0.103 0.103 0.013 0.020 0.020 0.022 0.067 0.004 0.001 0.008 0.639 51 E 0.052 0.129 0.005 0.015 0.022 0.039 0.327 0.005 0.001 0.011 0.395 52 G 0.212 0.089 0.006 0.016 0.021 0.026 0.180 0.018 0.001 0.024 0.408 53 E 0.329 0.182 0.032 0.013 0.007 0.014 0.109 0.005 0.001 0.016 0.293 54 R 0.056 0.127 0.018 0.022 0.030 0.042 0.181 0.010 0.001 0.010 0.504 55 S 0.095 0.102 0.010 0.033 0.041 0.049 0.086 0.011 0.001 0.009 0.562 56 S 0.113 0.102 0.006 0.015 0.026 0.026 0.137 0.010 0.001 0.009 0.557 57 A 0.127 0.127 0.008 0.015 0.022 0.025 0.128 0.008 0.001 0.013 0.526 58 I 0.150 0.131 0.010 0.022 0.027 0.048 0.268 0.013 0.001 0.026 0.305 59 N 0.232 0.140 0.010 0.036 0.027 0.040 0.209 0.030 0.001 0.024 0.253 60 T 0.298 0.127 0.041 0.044 0.016 0.024 0.056 0.023 0.001 0.017 0.356 61 S 0.148 0.045 0.028 0.032 0.024 0.026 0.215 0.010 0.001 0.008 0.463 62 P 0.006 0.002 0.008 0.005 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.962 63 I 0.026 0.011 0.005 0.042 0.034 0.075 0.309 0.001 0.001 0.009 0.487 64 S 0.173 0.030 0.002 0.031 0.021 0.035 0.258 0.002 0.001 0.016 0.432 65 V 0.157 0.214 0.002 0.053 0.031 0.036 0.071 0.004 0.001 0.006 0.426 66 V 0.102 0.235 0.006 0.028 0.022 0.042 0.155 0.003 0.001 0.012 0.395 67 D 0.111 0.238 0.004 0.023 0.024 0.040 0.183 0.012 0.001 0.016 0.350 68 K 0.201 0.329 0.011 0.013 0.010 0.016 0.082 0.017 0.001 0.014 0.307 69 E 0.144 0.318 0.016 0.010 0.019 0.017 0.149 0.020 0.001 0.012 0.294 70 R 0.145 0.277 0.020 0.014 0.027 0.037 0.133 0.016 0.001 0.012 0.319 71 F 0.095 0.340 0.023 0.024 0.041 0.069 0.059 0.012 0.001 0.005 0.334 72 S 0.087 0.286 0.005 0.019 0.033 0.048 0.064 0.015 0.001 0.004 0.438 73 K 0.221 0.118 0.007 0.008 0.025 0.026 0.057 0.016 0.001 0.006 0.518 74 Y 0.206 0.113 0.023 0.018 0.024 0.034 0.131 0.012 0.001 0.010 0.429 75 H 0.127 0.071 0.015 0.037 0.032 0.044 0.193 0.008 0.001 0.009 0.463 76 D 0.065 0.034 0.007 0.019 0.013 0.018 0.062 0.003 0.001 0.005 0.774 77 N 0.133 0.040 0.004 0.025 0.022 0.032 0.127 0.006 0.001 0.009 0.603 78 Y 0.406 0.048 0.018 0.035 0.028 0.051 0.071 0.006 0.001 0.018 0.319 79 Y 0.073 0.041 0.014 0.112 0.111 0.183 0.109 0.003 0.001 0.005 0.348 80 P 0.002 0.002 0.002 0.014 0.013 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.939 81 G 0.017 0.008 0.001 0.171 0.146 0.403 0.057 0.001 0.001 0.004 0.193 82 W 0.052 0.024 0.002 0.118 0.147 0.224 0.053 0.001 0.001 0.004 0.376 83 Y 0.050 0.053 0.001 0.157 0.178 0.245 0.043 0.002 0.001 0.003 0.267 84 L 0.049 0.037 0.004 0.139 0.134 0.299 0.098 0.003 0.001 0.006 0.230 85 V 0.062 0.045 0.006 0.156 0.082 0.194 0.152 0.006 0.001 0.009 0.288 86 D 0.035 0.034 0.013 0.050 0.025 0.056 0.170 0.004 0.001 0.009 0.602 87 D 0.033 0.023 0.003 0.011 0.008 0.009 0.228 0.002 0.001 0.010 0.674 88 T 0.068 0.042 0.003 0.004 0.004 0.004 0.478 0.001 0.001 0.013 0.383 89 L 0.042 0.201 0.003 0.007 0.008 0.012 0.338 0.002 0.001 0.009 0.377 90 E 0.050 0.534 0.002 0.007 0.019 0.038 0.154 0.003 0.001 0.013 0.180 91 R 0.085 0.726 0.003 0.001 0.005 0.015 0.022 0.002 0.001 0.003 0.137 92 A 0.072 0.766 0.002 0.002 0.011 0.012 0.003 0.013 0.001 0.001 0.119 93 G 0.192 0.436 0.005 0.004 0.023 0.013 0.008 0.068 0.001 0.003 0.247 94 R 0.166 0.188 0.277 0.005 0.009 0.018 0.023 0.010 0.001 0.004 0.299 95 I 0.034 0.149 0.034 0.068 0.061 0.094 0.079 0.025 0.001 0.002 0.453 96 K 0.103 0.100 0.009 0.090 0.029 0.057 0.061 0.009 0.001 0.007 0.536 97 N 0.091 0.104 0.005 0.025 0.020 0.028 0.111 0.007 0.001 0.006 0.603