# TARGET T0320 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.8556 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.039 0.009 0.029 0.114 0.012 0.018 0.596 0.169 0.006 0.006 0.001 2 E 0.032 0.363 0.496 0.004 0.017 0.012 0.005 0.001 0.070 0.001 0.001 3 P 0.058 0.010 0.887 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 4 I 0.167 0.461 0.213 0.045 0.046 0.035 0.006 0.002 0.024 0.001 0.001 5 C 0.158 0.428 0.229 0.028 0.092 0.021 0.005 0.002 0.032 0.004 0.001 6 G 0.391 0.113 0.236 0.041 0.108 0.025 0.014 0.023 0.010 0.035 0.002 7 L 0.385 0.151 0.154 0.169 0.020 0.073 0.010 0.003 0.031 0.001 0.002 8 Y 0.197 0.166 0.233 0.155 0.070 0.027 0.092 0.013 0.030 0.016 0.001 9 G 0.229 0.035 0.091 0.061 0.081 0.017 0.203 0.187 0.005 0.087 0.002 10 K 0.171 0.197 0.180 0.379 0.037 0.012 0.010 0.002 0.011 0.001 0.001 11 G 0.027 0.022 0.067 0.043 0.121 0.006 0.139 0.472 0.005 0.098 0.001 12 F 0.070 0.355 0.295 0.068 0.075 0.076 0.018 0.003 0.035 0.004 0.001 13 T 0.072 0.419 0.267 0.104 0.082 0.028 0.005 0.002 0.017 0.003 0.001 14 S 0.078 0.242 0.273 0.026 0.274 0.023 0.011 0.008 0.024 0.041 0.001 15 I 0.279 0.120 0.290 0.209 0.013 0.048 0.008 0.002 0.024 0.001 0.007 16 G 0.049 0.011 0.061 0.031 0.121 0.002 0.097 0.273 0.003 0.352 0.001 17 G 0.119 0.028 0.159 0.083 0.125 0.011 0.059 0.277 0.003 0.129 0.006 18 I 0.286 0.276 0.213 0.160 0.024 0.018 0.004 0.003 0.014 0.003 0.001 19 N 0.201 0.167 0.202 0.184 0.065 0.066 0.067 0.010 0.026 0.013 0.001 20 N 0.112 0.088 0.081 0.291 0.045 0.073 0.242 0.012 0.053 0.002 0.001 21 S 0.195 0.158 0.309 0.223 0.049 0.027 0.013 0.008 0.012 0.004 0.002 22 L 0.050 0.357 0.389 0.002 0.029 0.013 0.011 0.001 0.146 0.002 0.001 23 P 0.219 0.006 0.625 0.019 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 24 N 0.025 0.118 0.333 0.011 0.027 0.085 0.042 0.001 0.355 0.001 0.001 25 P 0.753 0.009 0.180 0.031 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 26 H 0.386 0.067 0.211 0.233 0.018 0.039 0.017 0.003 0.024 0.001 0.001 27 L 0.304 0.145 0.278 0.216 0.021 0.020 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 28 R 0.169 0.333 0.231 0.097 0.038 0.073 0.013 0.003 0.040 0.002 0.001 29 K 0.107 0.377 0.365 0.043 0.040 0.026 0.004 0.002 0.032 0.003 0.001 30 D 0.168 0.148 0.348 0.106 0.029 0.123 0.022 0.005 0.046 0.002 0.003 31 S 0.457 0.130 0.163 0.142 0.045 0.020 0.016 0.007 0.013 0.007 0.001 32 N 0.219 0.050 0.073 0.489 0.016 0.061 0.050 0.012 0.026 0.002 0.002 33 N 0.036 0.165 0.467 0.019 0.028 0.043 0.024 0.001 0.213 0.003 0.001 34 P 0.551 0.010 0.369 0.021 0.001 0.018 0.004 0.002 0.002 0.001 0.020 35 A 0.575 0.062 0.188 0.122 0.009 0.020 0.007 0.004 0.012 0.001 0.001 36 L 0.316 0.121 0.265 0.223 0.015 0.035 0.007 0.002 0.014 0.001 0.001 37 H 0.242 0.190 0.233 0.136 0.073 0.041 0.038 0.009 0.026 0.012 0.001 38 F 0.444 0.115 0.198 0.135 0.043 0.022 0.018 0.008 0.011 0.006 0.001 39 E 0.388 0.116 0.149 0.224 0.028 0.026 0.034 0.013 0.019 0.004 0.001 40 W 0.367 0.167 0.316 0.048 0.041 0.020 0.017 0.007 0.012 0.005 0.001 41 E 0.617 0.150 0.146 0.031 0.022 0.014 0.005 0.004 0.007 0.002 0.001 42 I 0.657 0.176 0.096 0.028 0.018 0.011 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 43 I 0.709 0.138 0.077 0.031 0.010 0.019 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 44 H 0.737 0.114 0.064 0.036 0.021 0.014 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 45 A 0.696 0.085 0.097 0.050 0.029 0.013 0.014 0.003 0.011 0.002 0.001 46 F 0.423 0.047 0.067 0.423 0.011 0.007 0.009 0.003 0.009 0.001 0.001 47 G 0.187 0.028 0.099 0.043 0.059 0.009 0.168 0.237 0.010 0.159 0.001 48 K 0.426 0.128 0.212 0.142 0.030 0.025 0.013 0.004 0.010 0.009 0.001 49 D 0.283 0.073 0.317 0.147 0.031 0.060 0.049 0.007 0.028 0.004 0.001 50 A 0.566 0.076 0.146 0.140 0.020 0.020 0.012 0.005 0.010 0.003 0.001 51 E 0.374 0.093 0.195 0.271 0.013 0.016 0.018 0.003 0.014 0.002 0.001 52 G 0.127 0.015 0.085 0.046 0.073 0.004 0.071 0.357 0.004 0.218 0.001 53 E 0.393 0.120 0.262 0.130 0.022 0.034 0.014 0.004 0.017 0.002 0.001 54 R 0.337 0.136 0.213 0.189 0.022 0.047 0.027 0.005 0.021 0.003 0.001 55 S 0.373 0.139 0.186 0.181 0.036 0.039 0.018 0.005 0.017 0.004 0.001 56 S 0.305 0.184 0.206 0.143 0.099 0.017 0.013 0.007 0.018 0.009 0.001 57 A 0.393 0.115 0.271 0.103 0.034 0.028 0.019 0.007 0.024 0.003 0.003 58 I 0.411 0.201 0.149 0.187 0.017 0.016 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 59 N 0.125 0.089 0.128 0.253 0.033 0.125 0.188 0.009 0.044 0.006 0.001 60 T 0.190 0.205 0.220 0.257 0.056 0.023 0.014 0.010 0.018 0.005 0.002 61 S 0.042 0.329 0.407 0.007 0.049 0.019 0.014 0.001 0.131 0.002 0.001 62 P 0.120 0.015 0.772 0.008 0.001 0.040 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 63 I 0.254 0.332 0.201 0.096 0.055 0.033 0.006 0.003 0.019 0.001 0.001 64 S 0.142 0.341 0.275 0.033 0.121 0.032 0.011 0.011 0.022 0.011 0.001 65 V 0.388 0.280 0.150 0.101 0.027 0.026 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 66 V 0.439 0.202 0.123 0.115 0.037 0.031 0.015 0.003 0.031 0.005 0.001 67 D 0.388 0.078 0.159 0.146 0.029 0.076 0.083 0.005 0.029 0.004 0.003 68 K 0.530 0.067 0.093 0.198 0.019 0.024 0.037 0.013 0.014 0.002 0.001 69 E 0.417 0.207 0.218 0.084 0.027 0.017 0.009 0.003 0.015 0.002 0.001 70 R 0.410 0.203 0.206 0.083 0.023 0.033 0.014 0.002 0.023 0.002 0.001 71 F 0.345 0.183 0.191 0.155 0.035 0.040 0.021 0.003 0.024 0.004 0.001 72 S 0.395 0.172 0.178 0.107 0.082 0.023 0.013 0.008 0.012 0.008 0.001 73 K 0.431 0.176 0.134 0.147 0.050 0.019 0.014 0.007 0.016 0.003 0.001 74 Y 0.297 0.174 0.210 0.213 0.022 0.035 0.017 0.004 0.024 0.003 0.001 75 H 0.233 0.202 0.226 0.113 0.059 0.032 0.064 0.009 0.050 0.013 0.001 76 D 0.523 0.036 0.099 0.138 0.027 0.020 0.107 0.025 0.007 0.017 0.001 77 N 0.282 0.084 0.095 0.404 0.025 0.029 0.050 0.014 0.012 0.003 0.001 78 Y 0.175 0.207 0.325 0.179 0.033 0.028 0.028 0.007 0.014 0.003 0.001 79 Y 0.034 0.382 0.331 0.001 0.029 0.012 0.014 0.001 0.195 0.001 0.001 80 P 0.141 0.005 0.778 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 81 G 0.346 0.154 0.219 0.077 0.125 0.020 0.012 0.023 0.011 0.013 0.001 82 W 0.232 0.435 0.153 0.031 0.114 0.013 0.003 0.001 0.013 0.003 0.001 83 Y 0.162 0.484 0.210 0.026 0.034 0.042 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 84 L 0.178 0.209 0.410 0.078 0.014 0.085 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 85 V 0.159 0.464 0.186 0.055 0.038 0.037 0.007 0.001 0.051 0.002 0.001 86 D 0.217 0.062 0.141 0.131 0.067 0.050 0.248 0.019 0.022 0.042 0.001 87 D 0.263 0.074 0.104 0.264 0.056 0.045 0.134 0.039 0.016 0.004 0.001 88 T 0.286 0.380 0.142 0.100 0.057 0.016 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 89 L 0.323 0.303 0.184 0.056 0.028 0.061 0.012 0.003 0.030 0.001 0.001 90 E 0.216 0.567 0.094 0.044 0.048 0.014 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 91 R 0.315 0.367 0.175 0.035 0.047 0.025 0.008 0.001 0.025 0.002 0.001 92 A 0.302 0.146 0.334 0.119 0.034 0.017 0.027 0.004 0.012 0.004 0.001 93 G 0.126 0.031 0.066 0.039 0.154 0.004 0.097 0.373 0.003 0.107 0.001 94 R 0.205 0.411 0.258 0.045 0.044 0.019 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 95 I 0.120 0.466 0.312 0.022 0.010 0.040 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 96 K 0.216 0.272 0.328 0.093 0.012 0.046 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 97 N 0.121 0.158 0.243 0.058 0.145 0.031 0.142 0.046 0.028 0.029 0.001