# TARGET T0320 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.080 0.069 0.077 0.088 0.089 0.049 0.036 0.075 0.097 0.231 0.110 2 E 0.101 0.234 0.159 0.031 0.210 0.019 0.024 0.086 0.060 0.042 0.034 3 P 0.123 0.156 0.076 0.011 0.181 0.015 0.029 0.181 0.101 0.067 0.061 4 I 0.072 0.112 0.075 0.040 0.101 0.015 0.025 0.170 0.168 0.172 0.051 5 C 0.068 0.137 0.051 0.032 0.149 0.016 0.036 0.265 0.158 0.062 0.025 6 G 0.019 0.093 0.035 0.012 0.065 0.009 0.052 0.496 0.167 0.041 0.010 7 L 0.056 0.017 0.005 0.009 0.049 0.022 0.118 0.466 0.126 0.111 0.021 8 Y 0.080 0.127 0.055 0.039 0.121 0.028 0.041 0.251 0.112 0.093 0.051 9 G 0.094 0.041 0.027 0.026 0.096 0.041 0.077 0.324 0.139 0.085 0.050 10 K 0.024 0.262 0.225 0.093 0.080 0.024 0.059 0.095 0.045 0.079 0.014 11 G 0.044 0.074 0.068 0.143 0.068 0.083 0.050 0.098 0.052 0.211 0.108 12 F 0.196 0.116 0.029 0.013 0.228 0.015 0.031 0.135 0.089 0.087 0.060 13 T 0.119 0.225 0.103 0.035 0.226 0.028 0.048 0.063 0.035 0.066 0.051 14 S 0.246 0.130 0.068 0.029 0.267 0.018 0.018 0.059 0.041 0.055 0.070 15 I 0.042 0.056 0.063 0.146 0.055 0.100 0.119 0.121 0.111 0.149 0.038 16 G 0.020 0.090 0.147 0.311 0.040 0.073 0.055 0.073 0.046 0.112 0.033 17 G 0.060 0.118 0.128 0.088 0.107 0.054 0.041 0.100 0.086 0.173 0.045 18 I 0.100 0.202 0.101 0.048 0.160 0.048 0.061 0.114 0.074 0.054 0.037 19 N 0.100 0.084 0.031 0.027 0.152 0.025 0.039 0.069 0.093 0.247 0.134 20 N 0.180 0.083 0.035 0.016 0.259 0.007 0.014 0.046 0.084 0.197 0.080 21 S 0.100 0.254 0.172 0.028 0.230 0.009 0.024 0.043 0.040 0.068 0.033 22 L 0.030 0.384 0.337 0.028 0.111 0.010 0.025 0.041 0.016 0.011 0.007 23 P 0.040 0.474 0.136 0.017 0.117 0.032 0.057 0.040 0.025 0.037 0.025 24 N 0.146 0.179 0.061 0.006 0.473 0.003 0.006 0.030 0.042 0.017 0.036 25 P 0.032 0.041 0.026 0.011 0.061 0.013 0.026 0.263 0.434 0.074 0.020 26 H 0.045 0.104 0.031 0.007 0.113 0.010 0.055 0.216 0.212 0.182 0.024 27 L 0.167 0.100 0.016 0.007 0.191 0.013 0.025 0.088 0.114 0.200 0.081 28 R 0.092 0.301 0.143 0.014 0.231 0.005 0.010 0.037 0.037 0.078 0.052 29 K 0.061 0.296 0.226 0.034 0.151 0.020 0.028 0.083 0.043 0.031 0.027 30 D 0.048 0.243 0.129 0.039 0.132 0.020 0.038 0.127 0.096 0.099 0.030 31 S 0.053 0.163 0.117 0.046 0.143 0.025 0.053 0.194 0.113 0.067 0.026 32 N 0.035 0.077 0.050 0.031 0.068 0.028 0.069 0.244 0.146 0.210 0.042 33 N 0.062 0.180 0.064 0.027 0.158 0.021 0.043 0.151 0.119 0.130 0.044 34 P 0.051 0.152 0.105 0.034 0.111 0.024 0.041 0.187 0.131 0.118 0.047 35 A 0.069 0.158 0.073 0.014 0.129 0.016 0.052 0.224 0.123 0.101 0.041 36 L 0.118 0.194 0.069 0.016 0.184 0.013 0.026 0.122 0.081 0.116 0.060 37 H 0.077 0.216 0.140 0.043 0.169 0.023 0.032 0.126 0.068 0.070 0.038 38 F 0.054 0.095 0.051 0.025 0.096 0.026 0.046 0.325 0.169 0.084 0.027 39 E 0.059 0.081 0.040 0.017 0.084 0.015 0.040 0.329 0.153 0.145 0.038 40 W 0.085 0.133 0.049 0.011 0.168 0.009 0.017 0.299 0.113 0.079 0.036 41 E 0.074 0.104 0.034 0.008 0.136 0.010 0.024 0.438 0.116 0.032 0.024 42 I 0.072 0.067 0.027 0.011 0.113 0.010 0.023 0.492 0.116 0.047 0.024 43 I 0.067 0.058 0.020 0.010 0.104 0.010 0.027 0.488 0.134 0.057 0.024 44 H 0.041 0.074 0.028 0.015 0.086 0.014 0.030 0.535 0.128 0.034 0.015 45 A 0.053 0.040 0.019 0.014 0.061 0.017 0.059 0.538 0.115 0.063 0.022 46 F 0.054 0.061 0.036 0.026 0.073 0.022 0.034 0.464 0.121 0.082 0.026 47 G 0.037 0.059 0.029 0.027 0.053 0.028 0.042 0.499 0.132 0.070 0.023 48 K 0.053 0.094 0.059 0.036 0.083 0.028 0.034 0.382 0.112 0.086 0.034 49 D 0.052 0.075 0.050 0.031 0.080 0.019 0.033 0.428 0.118 0.079 0.034 50 A 0.082 0.062 0.029 0.013 0.088 0.011 0.024 0.427 0.141 0.087 0.036 51 E 0.030 0.117 0.044 0.032 0.070 0.044 0.088 0.395 0.112 0.054 0.013 52 G 0.065 0.151 0.071 0.048 0.123 0.028 0.041 0.196 0.090 0.139 0.046 53 E 0.080 0.120 0.076 0.043 0.116 0.032 0.049 0.172 0.113 0.137 0.063 54 R 0.113 0.089 0.045 0.024 0.144 0.019 0.039 0.183 0.108 0.156 0.080 55 S 0.082 0.153 0.067 0.040 0.156 0.027 0.043 0.141 0.106 0.137 0.048 56 S 0.036 0.198 0.163 0.086 0.104 0.037 0.049 0.133 0.084 0.085 0.024 57 A 0.063 0.090 0.053 0.021 0.100 0.022 0.063 0.256 0.171 0.123 0.039 58 I 0.064 0.143 0.062 0.024 0.136 0.035 0.076 0.164 0.122 0.137 0.038 59 N 0.130 0.127 0.061 0.024 0.252 0.012 0.024 0.083 0.068 0.141 0.079 60 T 0.097 0.162 0.089 0.028 0.185 0.022 0.034 0.132 0.111 0.098 0.041 61 S 0.054 0.295 0.196 0.025 0.178 0.012 0.021 0.105 0.052 0.040 0.022 62 P 0.170 0.154 0.041 0.006 0.265 0.006 0.016 0.125 0.081 0.082 0.054 63 I 0.061 0.238 0.082 0.018 0.177 0.017 0.032 0.180 0.103 0.065 0.026 64 S 0.109 0.200 0.070 0.010 0.224 0.009 0.020 0.162 0.073 0.080 0.044 65 V 0.079 0.105 0.045 0.017 0.123 0.021 0.047 0.327 0.139 0.067 0.029 66 V 0.044 0.101 0.063 0.044 0.075 0.032 0.046 0.263 0.140 0.154 0.037 67 D 0.041 0.148 0.059 0.035 0.096 0.027 0.052 0.296 0.139 0.082 0.023 68 K 0.068 0.062 0.033 0.020 0.083 0.015 0.029 0.202 0.145 0.263 0.081 69 E 0.091 0.234 0.079 0.017 0.218 0.015 0.036 0.166 0.070 0.046 0.027 70 R 0.140 0.154 0.060 0.018 0.212 0.016 0.029 0.167 0.077 0.078 0.051 71 F 0.100 0.130 0.053 0.036 0.183 0.032 0.054 0.194 0.105 0.070 0.043 72 S 0.059 0.135 0.070 0.048 0.116 0.035 0.061 0.200 0.127 0.115 0.034 73 K 0.115 0.104 0.069 0.035 0.126 0.024 0.040 0.155 0.109 0.147 0.076 74 Y 0.076 0.104 0.067 0.069 0.115 0.048 0.053 0.152 0.129 0.134 0.053 75 H 0.051 0.159 0.096 0.111 0.093 0.052 0.064 0.137 0.105 0.096 0.035 76 D 0.037 0.078 0.044 0.056 0.058 0.044 0.056 0.155 0.162 0.252 0.058 77 N 0.071 0.083 0.046 0.029 0.104 0.019 0.067 0.144 0.165 0.227 0.046 78 Y 0.107 0.272 0.163 0.027 0.247 0.007 0.014 0.038 0.029 0.065 0.032 79 Y 0.079 0.393 0.124 0.009 0.305 0.008 0.016 0.038 0.008 0.006 0.013 80 P 0.190 0.133 0.047 0.015 0.264 0.021 0.022 0.099 0.061 0.069 0.080 81 G 0.099 0.111 0.108 0.091 0.204 0.027 0.024 0.146 0.077 0.067 0.047 82 W 0.174 0.145 0.034 0.006 0.307 0.011 0.023 0.161 0.061 0.038 0.041 83 Y 0.116 0.243 0.029 0.004 0.431 0.005 0.012 0.089 0.029 0.018 0.024 84 L 0.359 0.062 0.012 0.004 0.287 0.008 0.019 0.129 0.026 0.032 0.063 85 V 0.055 0.215 0.090 0.065 0.135 0.108 0.089 0.141 0.042 0.040 0.021 86 D 0.128 0.152 0.079 0.097 0.140 0.025 0.024 0.094 0.046 0.102 0.112 87 D 0.052 0.090 0.072 0.049 0.075 0.025 0.042 0.212 0.146 0.180 0.057 88 T 0.019 0.081 0.032 0.013 0.040 0.021 0.078 0.446 0.211 0.048 0.011 89 L 0.091 0.128 0.044 0.012 0.150 0.012 0.032 0.302 0.122 0.078 0.029 90 E 0.121 0.089 0.050 0.039 0.122 0.039 0.069 0.262 0.079 0.066 0.063 91 R 0.103 0.113 0.077 0.025 0.210 0.028 0.032 0.241 0.068 0.076 0.028 92 A 0.090 0.177 0.079 0.046 0.160 0.019 0.034 0.192 0.085 0.073 0.045 93 G 0.074 0.115 0.108 0.092 0.116 0.041 0.020 0.105 0.054 0.195 0.080 94 R 0.134 0.280 0.076 0.007 0.290 0.005 0.013 0.116 0.033 0.021 0.025 95 I 0.236 0.143 0.057 0.008 0.304 0.006 0.009 0.124 0.036 0.028 0.049 96 K 0.038 0.209 0.077 0.060 0.132 0.093 0.110 0.193 0.055 0.022 0.011 97 N 0.110 0.142 0.086 0.032 0.162 0.022 0.031 0.126 0.068 0.147 0.075