# TARGET T0320 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.807 0.156 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 2 E 0.741 0.201 0.045 0.011 0.002 0.001 0.001 3 P 0.520 0.328 0.105 0.036 0.008 0.001 0.001 4 I 0.192 0.254 0.250 0.210 0.080 0.013 0.001 5 C 0.293 0.346 0.226 0.106 0.025 0.003 0.001 6 G 0.269 0.358 0.200 0.120 0.044 0.008 0.001 7 L 0.139 0.156 0.198 0.288 0.177 0.040 0.002 8 Y 0.227 0.307 0.237 0.171 0.051 0.006 0.001 9 G 0.439 0.384 0.121 0.044 0.011 0.001 0.001 10 K 0.173 0.305 0.276 0.190 0.049 0.007 0.001 11 G 0.184 0.220 0.198 0.210 0.134 0.049 0.005 12 F 0.170 0.247 0.228 0.211 0.111 0.030 0.003 13 T 0.244 0.232 0.172 0.159 0.119 0.062 0.012 14 S 0.110 0.176 0.195 0.236 0.171 0.089 0.023 15 I 0.136 0.144 0.150 0.195 0.177 0.152 0.046 16 G 0.150 0.175 0.169 0.214 0.185 0.088 0.021 17 G 0.226 0.273 0.205 0.157 0.095 0.037 0.007 18 I 0.194 0.206 0.184 0.202 0.143 0.061 0.010 19 N 0.285 0.325 0.197 0.128 0.046 0.016 0.004 20 N 0.231 0.261 0.184 0.157 0.099 0.053 0.016 21 S 0.168 0.180 0.184 0.193 0.150 0.098 0.027 22 L 0.067 0.130 0.166 0.255 0.232 0.120 0.030 23 P 0.104 0.203 0.243 0.218 0.135 0.076 0.021 24 N 0.025 0.065 0.121 0.225 0.289 0.220 0.055 25 P 0.028 0.077 0.135 0.215 0.242 0.246 0.057 26 H 0.016 0.073 0.188 0.294 0.257 0.153 0.018 27 L 0.003 0.009 0.030 0.114 0.336 0.451 0.058 28 R 0.015 0.106 0.236 0.304 0.259 0.076 0.003 29 K 0.065 0.211 0.319 0.295 0.094 0.015 0.001 30 D 0.316 0.431 0.182 0.058 0.012 0.002 0.001 31 S 0.432 0.316 0.170 0.065 0.015 0.002 0.001 32 N 0.670 0.214 0.072 0.032 0.009 0.002 0.001 33 N 0.530 0.232 0.140 0.070 0.023 0.004 0.001 34 P 0.613 0.224 0.098 0.046 0.016 0.004 0.001 35 A 0.390 0.311 0.168 0.093 0.030 0.007 0.001 36 L 0.169 0.160 0.191 0.242 0.183 0.052 0.004 37 H 0.257 0.350 0.232 0.113 0.038 0.010 0.001 38 F 0.300 0.250 0.186 0.161 0.075 0.025 0.003 39 E 0.295 0.287 0.180 0.130 0.077 0.028 0.003 40 W 0.220 0.191 0.192 0.199 0.139 0.054 0.005 41 E 0.282 0.270 0.190 0.145 0.077 0.031 0.004 42 I 0.231 0.222 0.188 0.171 0.123 0.059 0.006 43 I 0.168 0.182 0.175 0.202 0.163 0.094 0.015 44 H 0.213 0.196 0.183 0.185 0.134 0.077 0.012 45 A 0.251 0.247 0.191 0.152 0.096 0.052 0.011 46 F 0.178 0.168 0.181 0.201 0.170 0.089 0.012 47 G 0.235 0.214 0.195 0.175 0.114 0.060 0.008 48 K 0.317 0.241 0.174 0.140 0.086 0.038 0.004 49 D 0.318 0.284 0.183 0.128 0.063 0.023 0.002 50 A 0.182 0.169 0.201 0.234 0.156 0.055 0.004 51 E 0.482 0.273 0.133 0.073 0.029 0.009 0.001 52 G 0.483 0.248 0.137 0.084 0.036 0.011 0.001 53 E 0.512 0.227 0.120 0.088 0.040 0.012 0.001 54 R 0.496 0.227 0.131 0.084 0.044 0.016 0.002 55 S 0.341 0.233 0.171 0.149 0.076 0.026 0.004 56 S 0.418 0.255 0.152 0.096 0.054 0.021 0.003 57 A 0.296 0.259 0.187 0.144 0.075 0.031 0.007 58 I 0.163 0.136 0.161 0.207 0.204 0.111 0.018 59 N 0.180 0.189 0.188 0.197 0.147 0.081 0.017 60 T 0.173 0.158 0.159 0.180 0.166 0.133 0.031 61 S 0.128 0.141 0.137 0.184 0.204 0.168 0.037 62 P 0.115 0.115 0.134 0.173 0.210 0.208 0.045 63 I 0.146 0.170 0.175 0.213 0.173 0.102 0.021 64 S 0.321 0.246 0.172 0.140 0.079 0.035 0.006 65 V 0.297 0.220 0.165 0.152 0.106 0.050 0.011 66 V 0.481 0.247 0.138 0.081 0.035 0.014 0.003 67 D 0.544 0.231 0.105 0.069 0.034 0.014 0.002 68 K 0.457 0.240 0.146 0.093 0.045 0.017 0.002 69 E 0.272 0.226 0.182 0.168 0.107 0.041 0.004 70 R 0.263 0.263 0.200 0.150 0.085 0.034 0.004 71 F 0.232 0.200 0.206 0.203 0.116 0.040 0.003 72 S 0.345 0.276 0.169 0.128 0.062 0.019 0.002 73 K 0.340 0.271 0.179 0.125 0.065 0.019 0.002 74 Y 0.213 0.204 0.199 0.225 0.126 0.030 0.002 75 H 0.405 0.294 0.166 0.092 0.035 0.007 0.001 76 D 0.373 0.354 0.155 0.086 0.027 0.005 0.001 77 N 0.179 0.361 0.253 0.143 0.050 0.012 0.001 78 Y 0.008 0.040 0.104 0.276 0.380 0.178 0.013 79 Y 0.007 0.024 0.066 0.176 0.330 0.338 0.059 80 P 0.003 0.005 0.012 0.050 0.152 0.497 0.281 81 G 0.003 0.007 0.016 0.048 0.128 0.450 0.347 82 W 0.003 0.008 0.021 0.058 0.124 0.393 0.393 83 Y 0.004 0.017 0.038 0.101 0.227 0.408 0.205 84 L 0.006 0.017 0.031 0.076 0.245 0.480 0.146 85 V 0.022 0.084 0.173 0.310 0.276 0.121 0.013 86 D 0.143 0.300 0.275 0.196 0.071 0.014 0.001 87 D 0.414 0.284 0.166 0.098 0.032 0.006 0.001 88 T 0.570 0.274 0.104 0.038 0.011 0.003 0.001 89 L 0.383 0.261 0.191 0.115 0.041 0.008 0.001 90 E 0.172 0.160 0.195 0.220 0.184 0.064 0.006 91 R 0.125 0.119 0.158 0.219 0.234 0.131 0.013 92 A 0.250 0.184 0.195 0.171 0.120 0.071 0.010 93 G 0.422 0.183 0.135 0.117 0.081 0.054 0.008 94 R 0.374 0.195 0.145 0.143 0.105 0.036 0.002 95 I 0.435 0.189 0.154 0.129 0.071 0.020 0.001 96 K 0.721 0.185 0.063 0.025 0.005 0.001 0.001 97 N 0.798 0.145 0.038 0.014 0.004 0.001 0.001