# TARGET T0320 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.37338 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.009 0.002 0.002 0.004 0.072 0.911 2 E 0.119 0.033 0.007 0.028 0.142 0.672 3 P 0.216 0.033 0.010 0.022 0.118 0.601 4 I 0.444 0.068 0.049 0.049 0.130 0.259 5 C 0.517 0.019 0.077 0.049 0.147 0.191 6 G 0.457 0.014 0.129 0.057 0.175 0.168 7 L 0.393 0.041 0.061 0.064 0.249 0.192 8 Y 0.333 0.032 0.054 0.036 0.370 0.176 9 G 0.274 0.015 0.068 0.028 0.446 0.169 10 K 0.166 0.009 0.065 0.018 0.579 0.162 11 G 0.260 0.011 0.038 0.011 0.482 0.198 12 F 0.559 0.034 0.020 0.010 0.182 0.195 13 T 0.676 0.052 0.012 0.009 0.110 0.141 14 S 0.638 0.024 0.012 0.008 0.140 0.177 15 I 0.460 0.022 0.026 0.014 0.224 0.253 16 G 0.237 0.036 0.026 0.016 0.308 0.377 17 G 0.212 0.022 0.041 0.025 0.353 0.348 18 I 0.115 0.036 0.190 0.123 0.340 0.197 19 N 0.105 0.026 0.173 0.090 0.516 0.090 20 N 0.074 0.016 0.175 0.091 0.567 0.078 21 S 0.054 0.025 0.055 0.059 0.640 0.168 22 L 0.073 0.065 0.024 0.021 0.625 0.192 23 P 0.088 0.052 0.035 0.035 0.397 0.393 24 N 0.059 0.040 0.062 0.019 0.551 0.269 25 P 0.028 0.011 0.184 0.029 0.540 0.208 26 H 0.054 0.013 0.214 0.038 0.475 0.206 27 L 0.100 0.052 0.105 0.034 0.455 0.254 28 R 0.163 0.055 0.042 0.038 0.405 0.296 29 K 0.164 0.064 0.036 0.028 0.380 0.328 30 D 0.049 0.026 0.021 0.011 0.767 0.125 31 S 0.014 0.010 0.076 0.015 0.764 0.122 32 N 0.014 0.019 0.053 0.011 0.683 0.219 33 N 0.009 0.017 0.033 0.006 0.802 0.133 34 P 0.006 0.004 0.188 0.022 0.469 0.311 35 A 0.045 0.045 0.255 0.056 0.352 0.248 36 L 0.095 0.037 0.117 0.078 0.365 0.308 37 H 0.087 0.007 0.005 0.017 0.100 0.785 38 F 0.294 0.005 0.003 0.085 0.085 0.528 39 E 0.550 0.005 0.002 0.153 0.046 0.244 40 W 0.769 0.003 0.002 0.147 0.021 0.057 41 E 0.738 0.003 0.004 0.203 0.016 0.036 42 I 0.431 0.004 0.010 0.488 0.026 0.042 43 I 0.360 0.005 0.020 0.464 0.066 0.086 44 H 0.189 0.004 0.072 0.382 0.195 0.158 45 A 0.062 0.010 0.073 0.275 0.357 0.224 46 F 0.042 0.012 0.068 0.208 0.431 0.238 47 G 0.045 0.008 0.050 0.038 0.500 0.359 48 K 0.039 0.012 0.152 0.106 0.359 0.331 49 D 0.061 0.026 0.179 0.126 0.389 0.218 50 A 0.044 0.014 0.182 0.213 0.403 0.144 51 E 0.038 0.007 0.108 0.285 0.401 0.161 52 G 0.074 0.007 0.095 0.204 0.452 0.168 53 E 0.132 0.022 0.079 0.198 0.325 0.244 54 R 0.181 0.061 0.068 0.191 0.200 0.300 55 S 0.128 0.036 0.072 0.193 0.239 0.332 56 S 0.074 0.009 0.104 0.178 0.287 0.348 57 A 0.088 0.011 0.146 0.133 0.288 0.333 58 I 0.171 0.046 0.070 0.106 0.272 0.336 59 N 0.124 0.018 0.022 0.052 0.363 0.420 60 T 0.068 0.013 0.015 0.049 0.373 0.482 61 S 0.068 0.012 0.014 0.020 0.466 0.420 62 P 0.086 0.018 0.067 0.067 0.467 0.294 63 I 0.183 0.024 0.105 0.104 0.289 0.295 64 S 0.260 0.016 0.096 0.129 0.246 0.252 65 V 0.280 0.017 0.102 0.194 0.163 0.245 66 V 0.289 0.029 0.043 0.175 0.159 0.305 67 D 0.230 0.017 0.031 0.168 0.205 0.350 68 K 0.062 0.005 0.096 0.527 0.171 0.139 69 E 0.074 0.006 0.124 0.469 0.208 0.118 70 R 0.071 0.011 0.137 0.439 0.226 0.115 71 F 0.071 0.014 0.089 0.518 0.168 0.140 72 S 0.061 0.009 0.081 0.555 0.159 0.134 73 K 0.048 0.007 0.091 0.557 0.179 0.119 74 Y 0.056 0.020 0.076 0.558 0.166 0.124 75 H 0.069 0.033 0.100 0.429 0.275 0.094 76 D 0.058 0.014 0.118 0.155 0.550 0.105 77 N 0.044 0.006 0.099 0.072 0.609 0.170 78 Y 0.125 0.040 0.050 0.048 0.524 0.214 79 Y 0.118 0.030 0.009 0.010 0.479 0.354 80 P 0.145 0.015 0.011 0.018 0.434 0.377 81 G 0.352 0.015 0.018 0.022 0.304 0.290 82 W 0.783 0.007 0.025 0.030 0.087 0.068 83 Y 0.869 0.008 0.019 0.051 0.024 0.030 84 L 0.868 0.009 0.011 0.056 0.034 0.023 85 V 0.727 0.012 0.006 0.102 0.076 0.077 86 D 0.332 0.005 0.019 0.131 0.319 0.193 87 D 0.129 0.010 0.048 0.201 0.478 0.134 88 T 0.092 0.018 0.115 0.324 0.328 0.124 89 L 0.098 0.019 0.217 0.406 0.186 0.074 90 E 0.090 0.005 0.218 0.501 0.127 0.060 91 R 0.089 0.007 0.140 0.547 0.132 0.086 92 A 0.054 0.009 0.042 0.642 0.117 0.135 93 G 0.072 0.012 0.048 0.278 0.238 0.352 94 R 0.104 0.010 0.057 0.130 0.232 0.467 95 I 0.142 0.028 0.055 0.173 0.190 0.411 96 K 0.092 0.028 0.021 0.104 0.164 0.591 97 N 0.023 0.005 0.003 0.016 0.083 0.870