# TARGET T0320 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.37338 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.026 0.016 0.001 0.013 0.009 0.015 0.113 0.003 0.001 0.022 0.783 2 E 0.044 0.006 0.001 0.022 0.098 0.074 0.173 0.010 0.001 0.054 0.519 3 P 0.012 0.027 0.001 0.062 0.066 0.094 0.118 0.003 0.001 0.034 0.583 4 I 0.043 0.044 0.002 0.097 0.124 0.209 0.083 0.006 0.001 0.071 0.320 5 C 0.027 0.026 0.003 0.118 0.146 0.146 0.091 0.004 0.001 0.051 0.388 6 G 0.022 0.019 0.002 0.136 0.136 0.306 0.072 0.003 0.001 0.060 0.244 7 L 0.043 0.008 0.007 0.158 0.119 0.173 0.084 0.003 0.003 0.082 0.322 8 Y 0.051 0.005 0.004 0.136 0.097 0.161 0.103 0.005 0.003 0.066 0.369 9 G 0.147 0.009 0.001 0.051 0.074 0.100 0.109 0.005 0.001 0.069 0.434 10 K 0.014 0.002 0.001 0.061 0.046 0.081 0.146 0.003 0.001 0.038 0.609 11 G 0.009 0.005 0.001 0.097 0.068 0.154 0.137 0.003 0.001 0.081 0.445 12 F 0.020 0.004 0.002 0.128 0.117 0.134 0.119 0.002 0.001 0.112 0.361 13 T 0.017 0.005 0.002 0.201 0.076 0.104 0.122 0.002 0.001 0.061 0.410 14 S 0.091 0.015 0.002 0.134 0.055 0.094 0.108 0.007 0.001 0.126 0.368 15 I 0.124 0.015 0.002 0.082 0.022 0.043 0.156 0.004 0.001 0.095 0.455 16 G 0.016 0.008 0.001 0.072 0.041 0.090 0.191 0.006 0.001 0.065 0.508 17 G 0.117 0.016 0.004 0.077 0.032 0.061 0.180 0.004 0.002 0.090 0.418 18 I 0.097 0.011 0.003 0.080 0.051 0.068 0.152 0.013 0.001 0.125 0.399 19 N 0.143 0.011 0.001 0.038 0.014 0.029 0.143 0.004 0.001 0.064 0.552 20 N 0.018 0.003 0.001 0.063 0.025 0.082 0.195 0.005 0.001 0.058 0.551 21 S 0.029 0.007 0.001 0.035 0.020 0.033 0.148 0.001 0.001 0.040 0.686 22 L 0.008 0.004 0.001 0.033 0.066 0.086 0.201 0.004 0.001 0.046 0.551 23 P 0.081 0.066 0.002 0.023 0.010 0.013 0.160 0.009 0.002 0.043 0.590 24 N 0.516 0.132 0.003 0.008 0.007 0.009 0.062 0.028 0.002 0.064 0.169 25 P 0.152 0.055 0.002 0.013 0.007 0.017 0.113 0.009 0.001 0.079 0.552 26 H 0.055 0.051 0.004 0.024 0.021 0.085 0.149 0.004 0.001 0.049 0.558 27 L 0.098 0.023 0.005 0.034 0.054 0.080 0.104 0.004 0.002 0.083 0.513 28 R 0.143 0.023 0.003 0.016 0.037 0.050 0.126 0.005 0.002 0.063 0.532 29 K 0.032 0.002 0.001 0.007 0.012 0.028 0.107 0.005 0.001 0.025 0.779 30 D 0.133 0.007 0.001 0.007 0.008 0.014 0.088 0.002 0.001 0.035 0.704 31 S 0.014 0.002 0.001 0.008 0.011 0.018 0.131 0.002 0.001 0.036 0.777 32 N 0.034 0.005 0.001 0.007 0.011 0.017 0.113 0.004 0.001 0.031 0.778 33 N 0.161 0.006 0.001 0.010 0.034 0.026 0.147 0.011 0.001 0.076 0.527 34 P 0.040 0.004 0.001 0.024 0.024 0.039 0.158 0.003 0.001 0.044 0.663 35 A 0.014 0.003 0.001 0.033 0.028 0.089 0.133 0.001 0.001 0.045 0.653 36 L 0.011 0.002 0.001 0.053 0.185 0.172 0.114 0.003 0.001 0.056 0.402 37 H 0.008 0.009 0.001 0.099 0.070 0.151 0.115 0.001 0.001 0.032 0.514 38 F 0.003 0.010 0.001 0.102 0.256 0.310 0.043 0.002 0.001 0.046 0.228 39 E 0.006 0.014 0.001 0.156 0.254 0.291 0.042 0.002 0.001 0.059 0.174 40 W 0.005 0.021 0.001 0.139 0.294 0.279 0.030 0.001 0.001 0.028 0.201 41 E 0.009 0.021 0.001 0.149 0.307 0.366 0.023 0.002 0.001 0.041 0.081 42 I 0.024 0.035 0.006 0.143 0.227 0.217 0.047 0.004 0.003 0.059 0.236 43 I 0.082 0.060 0.017 0.129 0.152 0.169 0.070 0.012 0.013 0.074 0.221 44 H 0.356 0.040 0.005 0.037 0.031 0.052 0.073 0.014 0.004 0.053 0.334 45 A 0.108 0.033 0.003 0.033 0.024 0.061 0.091 0.007 0.002 0.046 0.594 46 F 0.031 0.030 0.002 0.026 0.022 0.057 0.093 0.002 0.001 0.028 0.707 47 G 0.045 0.046 0.004 0.020 0.080 0.093 0.099 0.002 0.002 0.046 0.563 48 K 0.012 0.023 0.003 0.012 0.060 0.061 0.111 0.004 0.001 0.025 0.689 49 D 0.263 0.155 0.004 0.008 0.019 0.021 0.071 0.015 0.003 0.045 0.397 50 A 0.387 0.106 0.005 0.007 0.006 0.008 0.064 0.012 0.002 0.070 0.334 51 E 0.066 0.030 0.003 0.009 0.006 0.018 0.096 0.005 0.001 0.039 0.728 52 G 0.081 0.023 0.004 0.018 0.019 0.041 0.085 0.002 0.001 0.056 0.670 53 E 0.059 0.022 0.002 0.019 0.039 0.040 0.102 0.003 0.001 0.060 0.651 54 R 0.068 0.040 0.002 0.013 0.036 0.041 0.123 0.009 0.001 0.042 0.626 55 S 0.071 0.021 0.001 0.013 0.028 0.030 0.117 0.008 0.001 0.040 0.671 56 S 0.062 0.018 0.001 0.034 0.054 0.085 0.149 0.011 0.001 0.075 0.511 57 A 0.048 0.019 0.002 0.055 0.025 0.068 0.124 0.005 0.001 0.054 0.599 58 I 0.086 0.010 0.002 0.066 0.060 0.064 0.108 0.002 0.001 0.052 0.549 59 N 0.019 0.010 0.001 0.051 0.054 0.071 0.141 0.002 0.001 0.029 0.620 60 T 0.020 0.011 0.001 0.031 0.017 0.024 0.107 0.003 0.001 0.031 0.754 61 S 0.091 0.137 0.003 0.041 0.058 0.045 0.131 0.027 0.001 0.091 0.376 62 P 0.118 0.279 0.005 0.020 0.010 0.017 0.077 0.010 0.002 0.028 0.436 63 I 0.086 0.254 0.005 0.031 0.042 0.058 0.063 0.013 0.001 0.042 0.405 64 S 0.067 0.309 0.003 0.019 0.038 0.054 0.069 0.008 0.001 0.043 0.388 65 V 0.076 0.392 0.013 0.021 0.025 0.035 0.063 0.011 0.005 0.041 0.319 66 V 0.105 0.403 0.012 0.016 0.028 0.029 0.056 0.015 0.006 0.033 0.297 67 D 0.136 0.350 0.004 0.007 0.013 0.021 0.054 0.014 0.002 0.029 0.369 68 K 0.137 0.250 0.013 0.015 0.016 0.029 0.060 0.011 0.005 0.066 0.400 69 E 0.075 0.163 0.013 0.016 0.018 0.033 0.082 0.006 0.004 0.063 0.528 70 R 0.104 0.152 0.006 0.012 0.022 0.032 0.079 0.010 0.003 0.052 0.528 71 F 0.140 0.112 0.004 0.013 0.014 0.016 0.078 0.009 0.002 0.047 0.566 72 S 0.074 0.050 0.002 0.012 0.016 0.028 0.103 0.005 0.001 0.042 0.666 73 K 0.040 0.081 0.004 0.018 0.013 0.027 0.108 0.004 0.002 0.043 0.660 74 Y 0.204 0.103 0.009 0.015 0.014 0.020 0.091 0.011 0.004 0.064 0.465 75 H 0.224 0.147 0.003 0.012 0.010 0.014 0.076 0.019 0.001 0.059 0.435 76 D 0.146 0.020 0.002 0.014 0.011 0.022 0.100 0.003 0.001 0.057 0.624 77 N 0.018 0.009 0.005 0.048 0.032 0.070 0.143 0.002 0.001 0.059 0.613 78 Y 0.050 0.008 0.002 0.033 0.039 0.067 0.149 0.004 0.001 0.065 0.582 79 Y 0.113 0.014 0.002 0.059 0.066 0.062 0.141 0.008 0.001 0.104 0.431 80 P 0.021 0.016 0.001 0.058 0.033 0.067 0.164 0.003 0.001 0.052 0.586 81 G 0.006 0.007 0.001 0.093 0.097 0.220 0.099 0.005 0.001 0.067 0.405 82 W 0.006 0.008 0.001 0.163 0.140 0.194 0.082 0.001 0.001 0.060 0.345 83 Y 0.005 0.006 0.001 0.251 0.180 0.249 0.051 0.001 0.001 0.064 0.191 84 L 0.014 0.013 0.002 0.252 0.163 0.145 0.057 0.001 0.001 0.076 0.275 85 V 0.029 0.101 0.003 0.146 0.089 0.111 0.093 0.007 0.002 0.020 0.400 86 D 0.077 0.395 0.002 0.039 0.017 0.023 0.055 0.014 0.002 0.026 0.350 87 D 0.090 0.329 0.013 0.020 0.012 0.016 0.058 0.019 0.006 0.167 0.271 88 T 0.093 0.426 0.017 0.008 0.009 0.013 0.049 0.011 0.009 0.173 0.191 89 L 0.264 0.117 0.085 0.007 0.012 0.017 0.045 0.018 0.040 0.119 0.275 90 E 0.333 0.092 0.004 0.007 0.014 0.017 0.062 0.015 0.002 0.045 0.410 91 R 0.097 0.070 0.001 0.008 0.008 0.023 0.071 0.005 0.001 0.027 0.689 92 A 0.032 0.042 0.006 0.021 0.014 0.045 0.122 0.006 0.001 0.041 0.670 93 G 0.055 0.022 0.005 0.026 0.047 0.120 0.112 0.007 0.002 0.085 0.517 94 R 0.087 0.012 0.003 0.028 0.039 0.069 0.093 0.003 0.001 0.068 0.597 95 I 0.062 0.012 0.002 0.039 0.031 0.046 0.105 0.002 0.001 0.043 0.656 96 K 0.059 0.010 0.002 0.024 0.024 0.038 0.124 0.006 0.001 0.037 0.676 97 N 0.058 0.008 0.001 0.018 0.018 0.027 0.119 0.010 0.001 0.035 0.704