# TARGET T0320 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.37338 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.527 0.202 0.045 0.083 0.065 0.037 0.018 0.011 0.008 0.003 0.001 2 E 0.201 0.073 0.027 0.095 0.098 0.101 0.123 0.080 0.085 0.062 0.055 3 P 0.109 0.134 0.065 0.175 0.142 0.115 0.118 0.058 0.044 0.024 0.016 4 I 0.011 0.022 0.037 0.077 0.068 0.077 0.150 0.142 0.146 0.152 0.119 5 C 0.011 0.011 0.020 0.030 0.051 0.090 0.163 0.169 0.166 0.155 0.134 6 G 0.092 0.114 0.121 0.243 0.156 0.104 0.074 0.042 0.031 0.015 0.008 7 L 0.014 0.017 0.019 0.041 0.047 0.062 0.139 0.132 0.167 0.190 0.172 8 Y 0.032 0.038 0.015 0.050 0.064 0.078 0.153 0.157 0.163 0.136 0.115 9 G 0.123 0.137 0.078 0.189 0.141 0.103 0.086 0.055 0.046 0.027 0.016 10 K 0.096 0.079 0.059 0.127 0.146 0.144 0.128 0.080 0.066 0.046 0.028 11 G 0.080 0.069 0.034 0.114 0.114 0.109 0.143 0.106 0.109 0.073 0.048 12 F 0.012 0.012 0.009 0.033 0.042 0.062 0.145 0.153 0.182 0.186 0.163 13 T 0.018 0.029 0.035 0.069 0.080 0.092 0.140 0.138 0.141 0.131 0.128 14 S 0.015 0.034 0.032 0.084 0.088 0.099 0.156 0.138 0.138 0.120 0.096 15 I 0.025 0.025 0.017 0.056 0.073 0.086 0.135 0.137 0.159 0.153 0.133 16 G 0.086 0.057 0.023 0.086 0.090 0.097 0.144 0.118 0.133 0.096 0.070 17 G 0.083 0.117 0.038 0.170 0.144 0.104 0.109 0.081 0.070 0.050 0.035 18 I 0.012 0.011 0.005 0.016 0.024 0.040 0.108 0.131 0.205 0.224 0.225 19 N 0.203 0.162 0.070 0.199 0.141 0.082 0.060 0.033 0.025 0.015 0.010 20 N 0.082 0.081 0.055 0.147 0.126 0.117 0.152 0.082 0.071 0.054 0.034 21 S 0.155 0.122 0.046 0.118 0.104 0.086 0.104 0.094 0.078 0.056 0.037 22 L 0.046 0.042 0.013 0.051 0.067 0.099 0.167 0.157 0.151 0.114 0.093 23 P 0.185 0.248 0.104 0.183 0.120 0.067 0.038 0.023 0.017 0.009 0.005 24 N 0.052 0.044 0.023 0.102 0.120 0.135 0.181 0.116 0.101 0.075 0.051 25 P 0.139 0.070 0.039 0.085 0.094 0.096 0.124 0.110 0.116 0.077 0.049 26 H 0.036 0.055 0.035 0.167 0.132 0.117 0.167 0.111 0.084 0.056 0.040 27 L 0.011 0.012 0.020 0.025 0.032 0.043 0.109 0.128 0.190 0.222 0.207 28 R 0.071 0.085 0.081 0.189 0.153 0.113 0.130 0.067 0.052 0.036 0.024 29 K 0.159 0.151 0.130 0.198 0.131 0.087 0.074 0.031 0.022 0.012 0.005 30 D 0.258 0.122 0.057 0.122 0.106 0.091 0.104 0.062 0.041 0.024 0.012 31 S 0.361 0.195 0.050 0.108 0.083 0.064 0.060 0.038 0.024 0.011 0.006 32 N 0.352 0.234 0.072 0.118 0.084 0.054 0.038 0.025 0.015 0.006 0.003 33 N 0.287 0.149 0.071 0.121 0.114 0.088 0.070 0.042 0.029 0.017 0.013 34 P 0.339 0.193 0.082 0.143 0.099 0.062 0.041 0.019 0.013 0.005 0.002 35 A 0.178 0.126 0.096 0.193 0.138 0.094 0.074 0.045 0.030 0.017 0.009 36 L 0.020 0.021 0.014 0.029 0.047 0.092 0.185 0.200 0.172 0.128 0.092 37 H 0.086 0.181 0.125 0.266 0.143 0.087 0.052 0.031 0.017 0.008 0.004 38 F 0.008 0.017 0.023 0.032 0.044 0.079 0.145 0.164 0.185 0.180 0.123 39 E 0.091 0.131 0.077 0.207 0.198 0.145 0.077 0.039 0.023 0.008 0.003 40 W 0.023 0.017 0.029 0.067 0.063 0.095 0.193 0.156 0.158 0.128 0.070 41 E 0.023 0.043 0.065 0.165 0.164 0.144 0.174 0.104 0.062 0.038 0.019 42 I 0.001 0.003 0.012 0.010 0.010 0.019 0.074 0.111 0.236 0.293 0.231 43 I 0.008 0.024 0.099 0.114 0.176 0.194 0.199 0.079 0.051 0.039 0.017 44 H 0.035 0.059 0.268 0.226 0.119 0.102 0.099 0.037 0.027 0.019 0.007 45 A 0.054 0.057 0.090 0.149 0.124 0.145 0.210 0.092 0.044 0.025 0.010 46 F 0.043 0.033 0.026 0.039 0.037 0.063 0.170 0.185 0.170 0.141 0.093 47 G 0.177 0.144 0.114 0.137 0.125 0.104 0.085 0.050 0.034 0.019 0.011 48 K 0.254 0.184 0.168 0.168 0.099 0.054 0.037 0.015 0.011 0.006 0.003 49 D 0.304 0.150 0.057 0.130 0.102 0.081 0.083 0.041 0.027 0.015 0.009 50 A 0.236 0.161 0.046 0.114 0.089 0.082 0.103 0.065 0.052 0.031 0.021 51 E 0.206 0.210 0.080 0.181 0.111 0.075 0.064 0.034 0.021 0.011 0.006 52 G 0.265 0.124 0.096 0.149 0.123 0.089 0.068 0.037 0.026 0.015 0.007 53 E 0.272 0.142 0.118 0.164 0.103 0.072 0.061 0.028 0.022 0.012 0.007 54 R 0.085 0.140 0.064 0.184 0.143 0.113 0.123 0.075 0.041 0.022 0.010 55 S 0.015 0.013 0.013 0.023 0.039 0.070 0.150 0.180 0.188 0.168 0.141 56 S 0.237 0.156 0.182 0.217 0.111 0.053 0.025 0.009 0.006 0.002 0.001 57 A 0.158 0.110 0.137 0.210 0.142 0.090 0.074 0.038 0.023 0.013 0.005 58 I 0.012 0.010 0.007 0.012 0.021 0.039 0.123 0.163 0.200 0.200 0.214 59 N 0.151 0.237 0.070 0.203 0.125 0.084 0.064 0.035 0.018 0.007 0.004 60 T 0.209 0.138 0.168 0.159 0.123 0.078 0.047 0.032 0.023 0.015 0.007 61 S 0.335 0.144 0.065 0.112 0.109 0.090 0.069 0.036 0.025 0.011 0.006 62 P 0.205 0.157 0.041 0.162 0.120 0.093 0.087 0.061 0.044 0.020 0.009 63 I 0.016 0.012 0.012 0.020 0.034 0.063 0.134 0.165 0.195 0.182 0.167 64 S 0.104 0.162 0.149 0.255 0.142 0.084 0.057 0.024 0.014 0.006 0.004 65 V 0.048 0.054 0.087 0.138 0.108 0.106 0.159 0.101 0.085 0.073 0.042 66 V 0.082 0.070 0.046 0.090 0.095 0.105 0.157 0.124 0.102 0.075 0.053 67 D 0.164 0.218 0.082 0.189 0.116 0.087 0.069 0.037 0.024 0.010 0.004 68 K 0.159 0.103 0.093 0.156 0.143 0.118 0.101 0.053 0.038 0.023 0.011 69 E 0.370 0.131 0.123 0.132 0.084 0.060 0.050 0.022 0.016 0.008 0.004 70 R 0.093 0.144 0.090 0.212 0.145 0.115 0.110 0.050 0.025 0.012 0.005 71 F 0.016 0.021 0.029 0.031 0.042 0.077 0.171 0.179 0.170 0.150 0.113 72 S 0.157 0.128 0.166 0.204 0.144 0.096 0.058 0.024 0.014 0.007 0.003 73 K 0.181 0.128 0.229 0.188 0.114 0.075 0.044 0.020 0.013 0.006 0.002 74 Y 0.028 0.030 0.027 0.053 0.062 0.087 0.187 0.160 0.151 0.122 0.094 75 H 0.043 0.048 0.032 0.071 0.078 0.110 0.190 0.148 0.128 0.088 0.064 76 D 0.118 0.117 0.250 0.210 0.121 0.075 0.047 0.023 0.020 0.012 0.006 77 N 0.093 0.087 0.125 0.157 0.139 0.137 0.126 0.058 0.040 0.025 0.013 78 Y 0.022 0.028 0.015 0.049 0.055 0.086 0.175 0.163 0.164 0.138 0.104 79 Y 0.031 0.044 0.027 0.079 0.080 0.110 0.169 0.147 0.129 0.101 0.082 80 P 0.028 0.055 0.059 0.133 0.133 0.129 0.140 0.098 0.092 0.074 0.058 81 G 0.014 0.020 0.020 0.071 0.093 0.118 0.177 0.127 0.152 0.119 0.089 82 W 0.004 0.004 0.006 0.027 0.039 0.055 0.137 0.133 0.206 0.202 0.186 83 Y 0.002 0.004 0.008 0.028 0.041 0.053 0.161 0.170 0.193 0.184 0.155 84 L 0.001 0.002 0.012 0.015 0.016 0.019 0.061 0.103 0.200 0.263 0.309 85 V 0.002 0.004 0.012 0.012 0.024 0.042 0.116 0.167 0.229 0.211 0.181 86 D 0.025 0.062 0.066 0.143 0.164 0.155 0.158 0.103 0.068 0.035 0.020 87 D 0.051 0.046 0.034 0.076 0.092 0.129 0.185 0.137 0.121 0.077 0.051 88 T 0.223 0.155 0.055 0.176 0.138 0.096 0.078 0.039 0.026 0.010 0.004 89 L 0.041 0.024 0.031 0.059 0.054 0.074 0.165 0.112 0.162 0.148 0.129 90 E 0.029 0.046 0.077 0.133 0.141 0.141 0.204 0.083 0.065 0.048 0.033 91 R 0.016 0.044 0.113 0.165 0.118 0.114 0.181 0.101 0.070 0.051 0.026 92 A 0.023 0.019 0.062 0.058 0.072 0.107 0.195 0.159 0.130 0.108 0.068 93 G 0.189 0.125 0.165 0.168 0.116 0.088 0.068 0.037 0.026 0.012 0.005 94 R 0.073 0.074 0.079 0.116 0.111 0.116 0.161 0.099 0.085 0.055 0.031 95 I 0.069 0.065 0.045 0.081 0.091 0.108 0.192 0.124 0.099 0.072 0.055 96 K 0.230 0.195 0.136 0.199 0.104 0.060 0.042 0.017 0.010 0.005 0.002 97 N 0.257 0.148 0.154 0.152 0.105 0.074 0.055 0.027 0.017 0.009 0.004