# TARGET T0320 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.37338 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.060 0.004 0.003 0.017 0.038 0.043 0.836 2 E 0.371 0.052 0.003 0.018 0.057 0.006 0.492 3 P 0.443 0.018 0.006 0.018 0.051 0.006 0.459 4 I 0.686 0.033 0.023 0.033 0.031 0.014 0.179 5 C 0.508 0.024 0.056 0.084 0.050 0.079 0.199 6 G 0.337 0.010 0.128 0.088 0.120 0.177 0.140 7 L 0.392 0.025 0.094 0.096 0.073 0.123 0.197 8 Y 0.325 0.043 0.072 0.063 0.115 0.140 0.241 9 G 0.248 0.020 0.060 0.041 0.198 0.268 0.165 10 K 0.186 0.018 0.054 0.032 0.250 0.248 0.211 11 G 0.254 0.023 0.037 0.018 0.255 0.175 0.238 12 F 0.405 0.040 0.025 0.017 0.124 0.087 0.302 13 T 0.503 0.050 0.020 0.010 0.137 0.059 0.220 14 S 0.472 0.038 0.024 0.018 0.101 0.054 0.292 15 I 0.292 0.026 0.052 0.057 0.141 0.133 0.299 16 G 0.180 0.018 0.059 0.050 0.220 0.176 0.296 17 G 0.224 0.023 0.082 0.094 0.165 0.137 0.275 18 I 0.219 0.055 0.148 0.143 0.097 0.128 0.210 19 N 0.135 0.048 0.180 0.127 0.089 0.262 0.159 20 N 0.079 0.012 0.129 0.055 0.139 0.391 0.196 21 S 0.088 0.041 0.065 0.039 0.308 0.174 0.286 22 L 0.047 0.026 0.007 0.004 0.575 0.031 0.309 23 P 0.029 0.029 0.011 0.006 0.319 0.176 0.430 24 N 0.014 0.029 0.014 0.004 0.192 0.046 0.702 25 P 0.010 0.008 0.133 0.040 0.112 0.578 0.119 26 H 0.019 0.017 0.210 0.062 0.053 0.512 0.127 27 L 0.047 0.046 0.141 0.070 0.208 0.123 0.365 28 R 0.064 0.040 0.055 0.065 0.103 0.118 0.556 29 K 0.103 0.105 0.049 0.033 0.219 0.103 0.388 30 D 0.041 0.015 0.050 0.008 0.134 0.126 0.626 31 S 0.035 0.014 0.051 0.013 0.230 0.415 0.243 32 N 0.054 0.029 0.047 0.011 0.265 0.297 0.298 33 N 0.054 0.016 0.034 0.005 0.318 0.053 0.519 34 P 0.058 0.014 0.059 0.012 0.131 0.152 0.573 35 A 0.212 0.043 0.095 0.015 0.122 0.142 0.372 36 L 0.401 0.036 0.024 0.012 0.097 0.034 0.397 37 H 0.444 0.010 0.008 0.013 0.064 0.050 0.412 38 F 0.717 0.007 0.004 0.009 0.037 0.017 0.209 39 E 0.906 0.004 0.001 0.010 0.012 0.005 0.062 40 W 0.958 0.001 0.001 0.011 0.005 0.002 0.024 41 E 0.963 0.002 0.001 0.014 0.003 0.001 0.016 42 I 0.946 0.002 0.001 0.021 0.005 0.003 0.022 43 I 0.853 0.005 0.004 0.036 0.022 0.010 0.070 44 H 0.603 0.006 0.020 0.083 0.067 0.050 0.170 45 A 0.211 0.006 0.054 0.129 0.140 0.212 0.247 46 F 0.090 0.025 0.059 0.133 0.126 0.366 0.201 47 G 0.072 0.012 0.031 0.050 0.205 0.258 0.374 48 K 0.066 0.021 0.066 0.067 0.160 0.214 0.406 49 D 0.044 0.022 0.122 0.092 0.125 0.250 0.345 50 A 0.032 0.015 0.137 0.123 0.114 0.341 0.237 51 E 0.027 0.013 0.087 0.125 0.098 0.520 0.129 52 G 0.024 0.007 0.064 0.114 0.256 0.333 0.202 53 E 0.067 0.025 0.065 0.162 0.143 0.160 0.377 54 R 0.140 0.058 0.076 0.246 0.086 0.137 0.257 55 S 0.132 0.021 0.152 0.214 0.079 0.062 0.339 56 S 0.106 0.010 0.251 0.231 0.096 0.097 0.209 57 A 0.112 0.013 0.290 0.244 0.078 0.140 0.123 58 I 0.160 0.037 0.150 0.255 0.094 0.140 0.164 59 N 0.141 0.017 0.082 0.205 0.075 0.260 0.221 60 T 0.084 0.009 0.059 0.096 0.323 0.228 0.200 61 S 0.073 0.009 0.021 0.029 0.421 0.120 0.326 62 P 0.100 0.014 0.043 0.051 0.169 0.151 0.472 63 I 0.258 0.028 0.026 0.056 0.086 0.035 0.511 64 S 0.448 0.022 0.023 0.078 0.050 0.028 0.350 65 V 0.610 0.025 0.024 0.099 0.046 0.024 0.172 66 V 0.580 0.038 0.013 0.090 0.051 0.027 0.200 67 D 0.399 0.010 0.019 0.076 0.073 0.028 0.395 68 K 0.120 0.005 0.098 0.509 0.057 0.072 0.140 69 E 0.073 0.004 0.121 0.565 0.056 0.108 0.073 70 R 0.061 0.008 0.132 0.521 0.044 0.126 0.108 71 F 0.080 0.017 0.100 0.490 0.044 0.078 0.192 72 S 0.070 0.009 0.116 0.511 0.058 0.095 0.141 73 K 0.065 0.008 0.169 0.426 0.067 0.168 0.096 74 Y 0.057 0.019 0.149 0.350 0.126 0.156 0.144 75 H 0.048 0.015 0.196 0.268 0.142 0.145 0.186 76 D 0.020 0.009 0.292 0.214 0.097 0.299 0.069 77 N 0.021 0.009 0.197 0.126 0.110 0.449 0.089 78 Y 0.045 0.042 0.112 0.053 0.289 0.230 0.229 79 Y 0.066 0.031 0.010 0.004 0.410 0.052 0.427 80 P 0.089 0.013 0.014 0.003 0.266 0.202 0.413 81 G 0.272 0.011 0.020 0.005 0.314 0.109 0.270 82 W 0.663 0.012 0.008 0.008 0.062 0.009 0.237 83 Y 0.916 0.010 0.006 0.008 0.010 0.004 0.046 84 L 0.930 0.011 0.007 0.013 0.005 0.004 0.030 85 V 0.854 0.010 0.008 0.029 0.012 0.017 0.069 86 D 0.551 0.006 0.018 0.029 0.112 0.092 0.193 87 D 0.222 0.010 0.030 0.028 0.267 0.185 0.258 88 T 0.204 0.017 0.070 0.131 0.151 0.253 0.173 89 L 0.229 0.031 0.115 0.278 0.092 0.130 0.125 90 E 0.225 0.007 0.114 0.320 0.041 0.140 0.153 91 R 0.234 0.012 0.096 0.364 0.049 0.125 0.121 92 A 0.188 0.020 0.061 0.361 0.061 0.157 0.152 93 G 0.182 0.007 0.050 0.255 0.125 0.202 0.179 94 R 0.209 0.010 0.075 0.342 0.116 0.105 0.142 95 I 0.225 0.030 0.082 0.229 0.108 0.143 0.184 96 K 0.102 0.027 0.023 0.131 0.055 0.105 0.557 97 N 0.010 0.003 0.004 0.013 0.018 0.012 0.941