# TARGET T0320 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.37338 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.093 0.049 0.092 0.188 0.037 0.034 0.365 0.111 0.016 0.013 0.002 2 E 0.050 0.294 0.516 0.004 0.035 0.012 0.007 0.001 0.079 0.003 0.001 3 P 0.106 0.013 0.802 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 4 I 0.174 0.454 0.197 0.050 0.037 0.044 0.005 0.002 0.034 0.001 0.001 5 C 0.132 0.427 0.265 0.050 0.069 0.022 0.006 0.001 0.025 0.003 0.001 6 G 0.220 0.056 0.112 0.039 0.200 0.016 0.074 0.128 0.012 0.141 0.001 7 L 0.296 0.190 0.213 0.175 0.030 0.062 0.006 0.002 0.021 0.001 0.003 8 Y 0.157 0.216 0.214 0.162 0.089 0.029 0.078 0.015 0.026 0.012 0.001 9 G 0.188 0.076 0.134 0.062 0.131 0.018 0.126 0.152 0.009 0.103 0.002 10 K 0.180 0.256 0.198 0.259 0.058 0.014 0.014 0.003 0.015 0.003 0.001 11 G 0.047 0.027 0.067 0.039 0.160 0.006 0.121 0.375 0.005 0.152 0.001 12 F 0.100 0.326 0.281 0.091 0.080 0.070 0.013 0.004 0.030 0.004 0.002 13 T 0.119 0.417 0.205 0.113 0.087 0.026 0.006 0.002 0.018 0.004 0.001 14 S 0.161 0.250 0.210 0.051 0.222 0.031 0.015 0.009 0.020 0.028 0.001 15 I 0.277 0.204 0.179 0.225 0.019 0.040 0.011 0.002 0.039 0.001 0.003 16 G 0.081 0.018 0.076 0.035 0.159 0.002 0.110 0.225 0.004 0.290 0.001 17 G 0.168 0.032 0.159 0.085 0.125 0.014 0.069 0.228 0.004 0.109 0.006 18 I 0.352 0.252 0.206 0.131 0.017 0.021 0.003 0.002 0.014 0.002 0.001 19 N 0.341 0.102 0.149 0.229 0.025 0.049 0.071 0.006 0.020 0.008 0.001 20 N 0.144 0.060 0.054 0.308 0.048 0.026 0.306 0.032 0.018 0.003 0.001 21 S 0.165 0.200 0.342 0.175 0.046 0.027 0.015 0.008 0.017 0.003 0.001 22 L 0.026 0.345 0.461 0.001 0.021 0.011 0.010 0.001 0.122 0.001 0.001 23 P 0.172 0.004 0.688 0.015 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 24 N 0.013 0.116 0.481 0.004 0.033 0.061 0.018 0.001 0.272 0.001 0.001 25 P 0.744 0.006 0.183 0.041 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 26 H 0.276 0.073 0.183 0.326 0.033 0.048 0.021 0.006 0.031 0.002 0.001 27 L 0.262 0.157 0.263 0.254 0.020 0.025 0.003 0.002 0.013 0.001 0.001 28 R 0.166 0.290 0.297 0.104 0.034 0.056 0.009 0.005 0.036 0.003 0.001 29 K 0.125 0.317 0.397 0.053 0.042 0.025 0.005 0.005 0.027 0.004 0.001 30 D 0.213 0.148 0.268 0.149 0.036 0.096 0.032 0.010 0.040 0.004 0.002 31 S 0.287 0.251 0.203 0.114 0.078 0.023 0.011 0.006 0.020 0.007 0.001 32 N 0.214 0.051 0.076 0.433 0.017 0.100 0.057 0.010 0.036 0.003 0.003 33 N 0.047 0.215 0.323 0.019 0.037 0.031 0.038 0.001 0.285 0.003 0.001 34 P 0.377 0.010 0.508 0.021 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.054 35 A 0.253 0.208 0.247 0.161 0.034 0.036 0.016 0.008 0.033 0.002 0.002 36 L 0.070 0.337 0.370 0.089 0.038 0.053 0.014 0.003 0.025 0.002 0.001 37 H 0.060 0.388 0.225 0.077 0.081 0.062 0.054 0.005 0.042 0.004 0.001 38 F 0.077 0.419 0.201 0.041 0.194 0.022 0.013 0.009 0.015 0.008 0.001 39 E 0.073 0.640 0.185 0.020 0.049 0.018 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 40 W 0.111 0.558 0.203 0.010 0.081 0.015 0.004 0.001 0.014 0.002 0.001 41 E 0.130 0.587 0.180 0.005 0.033 0.037 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 42 I 0.299 0.443 0.169 0.010 0.012 0.044 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 43 I 0.539 0.257 0.090 0.055 0.016 0.023 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 44 H 0.372 0.174 0.158 0.085 0.096 0.038 0.045 0.005 0.023 0.004 0.001 45 A 0.573 0.090 0.071 0.158 0.032 0.017 0.032 0.009 0.014 0.003 0.001 46 F 0.229 0.059 0.100 0.528 0.024 0.008 0.031 0.007 0.011 0.005 0.001 47 G 0.035 0.005 0.042 0.019 0.046 0.003 0.118 0.440 0.002 0.290 0.001 48 K 0.319 0.143 0.316 0.139 0.025 0.031 0.008 0.002 0.010 0.006 0.001 49 D 0.178 0.088 0.467 0.113 0.030 0.059 0.031 0.006 0.019 0.007 0.001 50 A 0.573 0.055 0.117 0.160 0.027 0.020 0.021 0.013 0.009 0.005 0.001 51 E 0.397 0.057 0.149 0.331 0.015 0.009 0.025 0.004 0.010 0.002 0.001 52 G 0.172 0.013 0.115 0.054 0.072 0.005 0.064 0.337 0.003 0.164 0.001 53 E 0.380 0.132 0.324 0.106 0.024 0.018 0.004 0.002 0.008 0.001 0.001 54 R 0.299 0.153 0.249 0.157 0.033 0.036 0.033 0.009 0.024 0.006 0.001 55 S 0.386 0.157 0.269 0.071 0.053 0.025 0.010 0.009 0.010 0.008 0.002 56 S 0.482 0.196 0.121 0.089 0.074 0.010 0.006 0.003 0.014 0.004 0.001 57 A 0.360 0.101 0.348 0.059 0.048 0.033 0.019 0.005 0.019 0.003 0.006 58 I 0.432 0.228 0.138 0.146 0.015 0.023 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 59 N 0.212 0.189 0.128 0.226 0.059 0.105 0.042 0.005 0.027 0.007 0.001 60 T 0.295 0.193 0.079 0.336 0.038 0.021 0.010 0.003 0.025 0.002 0.001 61 S 0.048 0.306 0.330 0.006 0.071 0.014 0.022 0.001 0.199 0.002 0.001 62 P 0.333 0.009 0.455 0.028 0.001 0.064 0.001 0.001 0.002 0.001 0.108 63 I 0.189 0.327 0.321 0.058 0.044 0.040 0.004 0.002 0.013 0.001 0.001 64 S 0.226 0.355 0.218 0.064 0.043 0.042 0.011 0.004 0.034 0.003 0.001 65 V 0.200 0.428 0.275 0.028 0.018 0.030 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 66 V 0.461 0.290 0.100 0.083 0.024 0.020 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 67 D 0.207 0.169 0.345 0.032 0.046 0.122 0.035 0.003 0.036 0.003 0.002 68 K 0.809 0.053 0.035 0.066 0.010 0.011 0.007 0.002 0.007 0.001 0.001 69 E 0.799 0.052 0.058 0.055 0.011 0.007 0.008 0.004 0.005 0.002 0.001 70 R 0.720 0.049 0.057 0.119 0.011 0.015 0.012 0.002 0.014 0.001 0.001 71 F 0.671 0.059 0.087 0.110 0.014 0.022 0.021 0.003 0.011 0.003 0.001 72 S 0.741 0.055 0.076 0.080 0.021 0.010 0.007 0.003 0.003 0.003 0.001 73 K 0.698 0.062 0.075 0.094 0.035 0.009 0.011 0.007 0.007 0.002 0.001 74 Y 0.527 0.084 0.103 0.220 0.014 0.021 0.011 0.003 0.014 0.002 0.001 75 H 0.402 0.167 0.141 0.099 0.031 0.042 0.048 0.004 0.061 0.004 0.001 76 D 0.589 0.056 0.099 0.143 0.019 0.030 0.034 0.008 0.011 0.008 0.001 77 N 0.263 0.076 0.094 0.377 0.019 0.067 0.067 0.008 0.027 0.002 0.001 78 Y 0.205 0.148 0.214 0.287 0.030 0.037 0.049 0.010 0.017 0.003 0.001 79 Y 0.034 0.266 0.345 0.002 0.028 0.022 0.028 0.001 0.275 0.002 0.001 80 P 0.176 0.004 0.724 0.015 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 81 G 0.149 0.057 0.124 0.063 0.210 0.007 0.040 0.249 0.007 0.094 0.001 82 W 0.196 0.348 0.254 0.054 0.094 0.023 0.006 0.002 0.016 0.004 0.002 83 Y 0.092 0.607 0.157 0.018 0.046 0.031 0.008 0.001 0.040 0.001 0.001 84 L 0.134 0.267 0.444 0.032 0.009 0.088 0.002 0.001 0.018 0.001 0.003 85 V 0.152 0.484 0.178 0.046 0.028 0.051 0.005 0.001 0.053 0.001 0.001 86 D 0.279 0.114 0.170 0.093 0.092 0.063 0.108 0.018 0.021 0.040 0.001 87 D 0.236 0.095 0.124 0.185 0.047 0.109 0.139 0.010 0.051 0.002 0.001 88 T 0.625 0.130 0.095 0.088 0.022 0.023 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 89 L 0.736 0.104 0.062 0.043 0.008 0.026 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 90 E 0.741 0.138 0.038 0.053 0.013 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 91 R 0.764 0.076 0.078 0.039 0.015 0.011 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 92 A 0.602 0.047 0.124 0.186 0.014 0.005 0.012 0.003 0.005 0.002 0.001 93 G 0.206 0.010 0.040 0.045 0.052 0.002 0.093 0.453 0.002 0.097 0.001 94 R 0.475 0.169 0.217 0.072 0.020 0.026 0.007 0.001 0.010 0.002 0.001 95 I 0.311 0.315 0.249 0.053 0.010 0.035 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 96 K 0.288 0.209 0.257 0.143 0.021 0.036 0.017 0.002 0.025 0.002 0.001 97 N 0.144 0.116 0.179 0.085 0.125 0.025 0.195 0.074 0.026 0.029 0.001