# TARGET T0320 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0320.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.37338 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.040 0.021 0.028 0.017 0.023 0.006 0.006 0.020 0.058 0.596 0.186 2 E 0.018 0.538 0.244 0.006 0.146 0.002 0.005 0.024 0.011 0.004 0.003 3 P 0.176 0.264 0.055 0.003 0.360 0.004 0.016 0.053 0.019 0.012 0.039 4 I 0.259 0.115 0.032 0.014 0.264 0.022 0.045 0.076 0.051 0.048 0.074 5 C 0.098 0.154 0.067 0.066 0.157 0.057 0.058 0.144 0.074 0.083 0.044 6 G 0.030 0.157 0.206 0.170 0.079 0.046 0.022 0.125 0.055 0.086 0.024 7 L 0.130 0.074 0.019 0.021 0.132 0.031 0.090 0.255 0.097 0.092 0.060 8 Y 0.062 0.097 0.051 0.060 0.087 0.058 0.091 0.152 0.111 0.140 0.090 9 G 0.046 0.164 0.154 0.089 0.121 0.043 0.031 0.089 0.099 0.131 0.033 10 K 0.035 0.142 0.136 0.105 0.066 0.116 0.167 0.092 0.064 0.054 0.023 11 G 0.047 0.068 0.078 0.146 0.054 0.035 0.027 0.042 0.056 0.311 0.138 12 F 0.279 0.096 0.017 0.006 0.297 0.010 0.022 0.028 0.049 0.076 0.120 13 T 0.078 0.181 0.090 0.042 0.190 0.042 0.058 0.084 0.097 0.087 0.051 14 S 0.186 0.173 0.134 0.029 0.246 0.015 0.025 0.067 0.036 0.038 0.051 15 I 0.100 0.068 0.035 0.046 0.084 0.050 0.107 0.140 0.160 0.160 0.051 16 G 0.021 0.138 0.153 0.217 0.056 0.108 0.048 0.095 0.063 0.074 0.028 17 G 0.108 0.150 0.127 0.054 0.136 0.024 0.018 0.119 0.061 0.141 0.063 18 I 0.109 0.064 0.023 0.033 0.104 0.049 0.059 0.224 0.145 0.123 0.068 19 N 0.050 0.102 0.051 0.071 0.097 0.077 0.097 0.201 0.139 0.079 0.037 20 N 0.090 0.087 0.045 0.016 0.140 0.013 0.037 0.160 0.144 0.208 0.060 21 S 0.091 0.129 0.065 0.018 0.172 0.017 0.040 0.115 0.133 0.177 0.044 22 L 0.114 0.262 0.163 0.018 0.248 0.011 0.025 0.073 0.036 0.025 0.023 23 P 0.022 0.208 0.261 0.095 0.068 0.065 0.073 0.065 0.049 0.073 0.021 24 N 0.272 0.134 0.050 0.007 0.385 0.003 0.009 0.026 0.014 0.014 0.085 25 P 0.039 0.058 0.017 0.003 0.063 0.008 0.013 0.182 0.492 0.101 0.026 26 H 0.054 0.074 0.028 0.005 0.106 0.008 0.057 0.194 0.197 0.251 0.024 27 L 0.194 0.108 0.025 0.005 0.176 0.007 0.030 0.155 0.116 0.123 0.062 28 R 0.073 0.245 0.180 0.028 0.190 0.025 0.034 0.065 0.057 0.065 0.039 29 K 0.056 0.235 0.079 0.020 0.148 0.025 0.064 0.180 0.113 0.051 0.031 30 D 0.112 0.088 0.089 0.022 0.134 0.015 0.024 0.079 0.156 0.186 0.095 31 S 0.032 0.167 0.081 0.029 0.105 0.043 0.130 0.228 0.128 0.046 0.011 32 N 0.044 0.063 0.064 0.039 0.056 0.023 0.051 0.050 0.096 0.427 0.086 33 N 0.206 0.183 0.087 0.018 0.351 0.008 0.016 0.014 0.013 0.023 0.081 34 P 0.061 0.090 0.024 0.006 0.105 0.009 0.021 0.184 0.356 0.105 0.038 35 A 0.111 0.073 0.020 0.010 0.147 0.019 0.089 0.183 0.160 0.148 0.039 36 L 0.187 0.218 0.027 0.005 0.427 0.006 0.012 0.025 0.019 0.035 0.039 37 H 0.294 0.064 0.018 0.006 0.352 0.009 0.025 0.041 0.020 0.046 0.125 38 F 0.290 0.157 0.023 0.001 0.441 0.001 0.002 0.013 0.008 0.018 0.046 39 E 0.224 0.143 0.017 0.005 0.499 0.005 0.015 0.043 0.012 0.012 0.025 40 W 0.385 0.074 0.007 0.003 0.463 0.003 0.004 0.022 0.005 0.004 0.030 41 E 0.224 0.113 0.014 0.006 0.558 0.006 0.009 0.039 0.005 0.005 0.022 42 I 0.379 0.079 0.012 0.008 0.382 0.011 0.013 0.056 0.008 0.009 0.043 43 I 0.149 0.119 0.022 0.028 0.271 0.045 0.065 0.161 0.043 0.047 0.052 44 H 0.165 0.168 0.077 0.022 0.189 0.021 0.043 0.134 0.052 0.066 0.063 45 A 0.093 0.075 0.030 0.020 0.101 0.031 0.097 0.296 0.103 0.111 0.043 46 F 0.051 0.339 0.138 0.085 0.126 0.041 0.036 0.054 0.030 0.068 0.033 47 G 0.066 0.101 0.150 0.186 0.078 0.066 0.024 0.057 0.033 0.137 0.101 48 K 0.050 0.186 0.078 0.018 0.163 0.023 0.050 0.225 0.095 0.084 0.028 49 D 0.130 0.154 0.159 0.016 0.157 0.010 0.026 0.140 0.063 0.074 0.071 50 A 0.033 0.079 0.065 0.024 0.048 0.024 0.047 0.427 0.174 0.061 0.019 51 E 0.013 0.254 0.125 0.046 0.055 0.051 0.107 0.237 0.065 0.036 0.011 52 G 0.039 0.028 0.022 0.030 0.029 0.012 0.011 0.075 0.078 0.527 0.150 53 E 0.074 0.232 0.095 0.009 0.182 0.014 0.037 0.183 0.083 0.063 0.028 54 R 0.119 0.211 0.083 0.012 0.193 0.007 0.014 0.143 0.064 0.104 0.049 55 S 0.164 0.147 0.053 0.013 0.206 0.010 0.024 0.139 0.112 0.079 0.052 56 S 0.036 0.141 0.081 0.027 0.096 0.040 0.050 0.338 0.145 0.033 0.014 57 A 0.103 0.079 0.034 0.008 0.137 0.008 0.045 0.321 0.104 0.113 0.047 58 I 0.081 0.106 0.030 0.026 0.130 0.043 0.056 0.219 0.115 0.151 0.041 59 N 0.086 0.132 0.065 0.038 0.185 0.032 0.054 0.178 0.084 0.101 0.045 60 T 0.035 0.077 0.069 0.021 0.073 0.014 0.031 0.140 0.180 0.323 0.036 61 S 0.051 0.350 0.260 0.012 0.197 0.004 0.016 0.060 0.024 0.014 0.013 62 P 0.074 0.195 0.042 0.005 0.152 0.005 0.025 0.241 0.152 0.070 0.039 63 I 0.101 0.141 0.030 0.004 0.167 0.006 0.023 0.184 0.187 0.103 0.054 64 S 0.053 0.226 0.070 0.007 0.168 0.009 0.026 0.300 0.093 0.034 0.014 65 V 0.122 0.077 0.020 0.003 0.138 0.004 0.019 0.354 0.139 0.089 0.033 66 V 0.064 0.200 0.075 0.022 0.128 0.024 0.038 0.273 0.083 0.061 0.032 67 D 0.102 0.208 0.078 0.012 0.201 0.008 0.018 0.221 0.055 0.053 0.045 68 K 0.022 0.037 0.013 0.004 0.035 0.005 0.014 0.529 0.245 0.080 0.016 69 E 0.018 0.095 0.035 0.008 0.054 0.013 0.043 0.513 0.152 0.056 0.013 70 R 0.061 0.070 0.030 0.009 0.071 0.009 0.036 0.457 0.103 0.119 0.035 71 F 0.056 0.054 0.019 0.006 0.068 0.005 0.013 0.395 0.189 0.155 0.041 72 S 0.012 0.066 0.029 0.012 0.039 0.022 0.048 0.557 0.179 0.029 0.007 73 K 0.038 0.042 0.020 0.007 0.054 0.009 0.065 0.493 0.153 0.096 0.023 74 Y 0.052 0.070 0.039 0.018 0.073 0.030 0.079 0.325 0.128 0.152 0.035 75 H 0.096 0.102 0.047 0.033 0.138 0.014 0.016 0.218 0.140 0.131 0.066 76 D 0.020 0.072 0.035 0.026 0.044 0.065 0.111 0.323 0.232 0.060 0.012 77 N 0.080 0.061 0.027 0.017 0.095 0.010 0.050 0.159 0.127 0.300 0.075 78 Y 0.175 0.149 0.057 0.014 0.205 0.018 0.041 0.049 0.055 0.146 0.090 79 Y 0.076 0.269 0.257 0.059 0.221 0.023 0.017 0.031 0.012 0.016 0.020 80 P 0.053 0.077 0.050 0.071 0.071 0.100 0.229 0.170 0.082 0.068 0.029 81 G 0.054 0.144 0.125 0.232 0.123 0.071 0.018 0.032 0.036 0.122 0.044 82 W 0.239 0.090 0.011 0.003 0.540 0.005 0.008 0.024 0.021 0.016 0.044 83 Y 0.087 0.305 0.049 0.002 0.490 0.002 0.004 0.028 0.009 0.009 0.015 84 L 0.371 0.107 0.016 0.002 0.336 0.002 0.005 0.031 0.008 0.027 0.096 85 V 0.066 0.118 0.049 0.044 0.127 0.121 0.138 0.199 0.052 0.046 0.039 86 D 0.204 0.109 0.045 0.012 0.229 0.008 0.011 0.097 0.044 0.110 0.131 87 D 0.080 0.102 0.044 0.004 0.160 0.003 0.006 0.373 0.132 0.072 0.023 88 T 0.013 0.038 0.013 0.002 0.024 0.003 0.010 0.732 0.121 0.037 0.005 89 L 0.018 0.012 0.003 0.003 0.027 0.004 0.018 0.786 0.099 0.023 0.007 90 E 0.020 0.021 0.009 0.006 0.028 0.018 0.055 0.743 0.075 0.016 0.010 91 R 0.040 0.019 0.019 0.013 0.038 0.013 0.048 0.623 0.085 0.079 0.023 92 A 0.025 0.223 0.141 0.057 0.082 0.052 0.069 0.267 0.048 0.029 0.008 93 G 0.040 0.079 0.063 0.074 0.044 0.034 0.028 0.197 0.095 0.275 0.069 94 R 0.078 0.150 0.056 0.012 0.139 0.017 0.051 0.295 0.094 0.079 0.029 95 I 0.139 0.134 0.034 0.012 0.197 0.015 0.033 0.218 0.095 0.064 0.060 96 K 0.049 0.140 0.054 0.041 0.108 0.072 0.107 0.237 0.119 0.051 0.021 97 N 0.161 0.116 0.061 0.017 0.201 0.012 0.032 0.133 0.073 0.118 0.076