; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (July 15, 2005) compiled 05/31/06_11:54:01 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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.-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .Y.....E.....Y.....D.....P.....Ak10kpG.....T.....K.....F.....E.. 1rdg .C.....G.....Y.....E.....Yd12ikP.....G.....T.....K.....F.....E.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .C.....T.....V.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....X.....M.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....M.....D.....I.....Y.....V.....C.....T.....V.....C.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .C.....T.....V.....-.....-.....C.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....D.....I.....Y.....V.....C.....T.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .C.....T.....V.....C.....G.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .C.....T.....V.....C.....G.....Y.....E.....Y.....-.....-.....-.. 1rdg .C.....T.....V.....C.....G.....Y.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .M.....D.....I.....Y.....V.....C.....T.....V.....C.....G.....Y.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rdg .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rlyA .L.....P.....R.....V.....T.....C.....P.....N.....H.....P.....D.. 1rlyA .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-ma 1rlyA .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rlyA .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rlyA .-.....-.....R.....V.....T.....C.....P.....N.....H.....P.....-.. 1rlyA .R.....-.....-.....V.....T.....C.....P.....N.....H.....P.....-.. 1rlyA .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rlyA .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rlyA .V.....T.....C.....P.....N.....H.....P.....D.....A.....I.....L.. 1rlyA .C.....P.....-.....-.....N.....H.....P.....-.....-.....D.....A.. 1rlyA .-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.....-.. 1rlyA 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