# TARGET T0319 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 55 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.005 0.007 0.018 0.163 0.758 2 K 0.172 0.020 0.015 0.034 0.097 0.661 3 F 0.369 0.018 0.017 0.040 0.095 0.460 4 L 0.565 0.028 0.025 0.045 0.090 0.247 5 T 0.548 0.020 0.015 0.045 0.111 0.263 6 T 0.473 0.012 0.065 0.075 0.196 0.179 7 N 0.346 0.010 0.082 0.066 0.264 0.232 8 F 0.432 0.010 0.071 0.081 0.267 0.139 9 L 0.359 0.020 0.086 0.119 0.278 0.138 10 K 0.336 0.028 0.073 0.136 0.288 0.139 11 C 0.197 0.013 0.135 0.227 0.309 0.118 12 S 0.147 0.010 0.116 0.250 0.334 0.143 13 V 0.148 0.011 0.102 0.294 0.314 0.130 14 K 0.147 0.009 0.063 0.218 0.359 0.204 15 A 0.219 0.008 0.027 0.068 0.379 0.300 16 C 0.383 0.056 0.021 0.029 0.271 0.240 17 D 0.336 0.036 0.022 0.038 0.302 0.267 18 T 0.232 0.022 0.044 0.025 0.400 0.277 19 S 0.107 0.015 0.034 0.022 0.532 0.290 20 N 0.102 0.013 0.040 0.013 0.510 0.322 21 D 0.135 0.039 0.026 0.018 0.384 0.397 22 N 0.154 0.017 0.024 0.013 0.262 0.529 23 F 0.292 0.014 0.020 0.021 0.193 0.460 24 P 0.412 0.016 0.015 0.029 0.137 0.391 25 L 0.564 0.018 0.010 0.042 0.073 0.294 26 Q 0.642 0.009 0.009 0.053 0.072 0.216 27 Y 0.540 0.007 0.026 0.209 0.069 0.149 28 D 0.586 0.007 0.019 0.188 0.088 0.111 29 G 0.465 0.008 0.027 0.225 0.145 0.131 30 S 0.341 0.012 0.022 0.178 0.200 0.247 31 K 0.263 0.023 0.028 0.196 0.285 0.205 32 C 0.145 0.006 0.081 0.281 0.329 0.158 33 Q 0.115 0.008 0.064 0.253 0.325 0.235 34 L 0.152 0.016 0.055 0.121 0.303 0.353 35 V 0.182 0.011 0.026 0.115 0.182 0.484 36 Q 0.335 0.015 0.017 0.116 0.116 0.401 37 D 0.396 0.016 0.014 0.135 0.100 0.340 38 E 0.346 0.015 0.011 0.129 0.125 0.373 39 S 0.233 0.017 0.031 0.149 0.178 0.392 40 I 0.116 0.014 0.037 0.114 0.330 0.389 41 E 0.072 0.013 0.041 0.131 0.257 0.486 42 F 0.048 0.054 0.034 0.126 0.203 0.534 43 N 0.014 0.008 0.006 0.101 0.186 0.684 44 P 0.001 0.001 0.045 0.911 0.030 0.014 45 E 0.001 0.001 0.036 0.923 0.035 0.004 46 F 0.001 0.001 0.039 0.940 0.018 0.001 47 L 0.001 0.001 0.024 0.954 0.014 0.005 48 L 0.002 0.001 0.045 0.929 0.021 0.003 49 N 0.003 0.001 0.046 0.893 0.043 0.014 50 I 0.004 0.001 0.054 0.852 0.051 0.039 51 V 0.006 0.006 0.156 0.602 0.121 0.108 52 D 0.010 0.001 0.306 0.319 0.196 0.167 53 R 0.016 0.003 0.315 0.325 0.207 0.134 54 V 0.049 0.025 0.072 0.191 0.265 0.399 55 D 0.021 0.009 0.048 0.377 0.175 0.369 56 W 0.001 0.001 0.013 0.976 0.007 0.004 57 P 0.001 0.001 0.005 0.981 0.010 0.003 58 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 59 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 60 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.007 0.003 62 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.009 0.003 63 A 0.001 0.001 0.004 0.977 0.014 0.005 64 A 0.001 0.001 0.021 0.930 0.034 0.014 65 E 0.001 0.001 0.029 0.843 0.085 0.043 66 L 0.001 0.001 0.026 0.728 0.116 0.127 67 G 0.003 0.004 0.038 0.180 0.260 0.515 68 N 0.011 0.008 0.122 0.123 0.402 0.334 69 N 0.040 0.013 0.153 0.169 0.339 0.285 70 A 0.063 0.029 0.086 0.092 0.321 0.409 71 L 0.060 0.036 0.037 0.054 0.264 0.549 72 P 0.031 0.017 0.042 0.046 0.451 0.413 73 P 0.011 0.009 0.174 0.091 0.533 0.182 74 T 0.009 0.007 0.146 0.082 0.575 0.181 75 K 0.018 0.019 0.087 0.049 0.562 0.265 76 P 0.026 0.025 0.036 0.056 0.310 0.547 77 S 0.032 0.034 0.029 0.047 0.253 0.604 78 F 0.034 0.029 0.038 0.054 0.301 0.543 79 P 0.031 0.022 0.062 0.095 0.385 0.404 80 S 0.022 0.018 0.095 0.137 0.404 0.324 81 S 0.019 0.013 0.079 0.134 0.434 0.321 82 I 0.016 0.012 0.052 0.126 0.427 0.367 83 Q 0.010 0.017 0.029 0.124 0.368 0.452 84 E 0.005 0.011 0.040 0.142 0.422 0.380 85 L 0.005 0.008 0.040 0.122 0.417 0.408 86 T 0.005 0.007 0.131 0.285 0.416 0.155 87 D 0.005 0.009 0.120 0.343 0.379 0.144 88 D 0.004 0.008 0.073 0.389 0.315 0.211 89 D 0.003 0.008 0.013 0.376 0.126 0.475 90 M 0.001 0.001 0.002 0.978 0.007 0.013 91 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 92 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 93 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 94 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 95 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 100 L 0.003 0.001 0.001 0.984 0.005 0.006 101 L 0.013 0.001 0.004 0.941 0.017 0.024 102 Q 0.024 0.001 0.005 0.919 0.022 0.028 103 T 0.116 0.003 0.009 0.755 0.047 0.069 104 S 0.369 0.007 0.011 0.468 0.058 0.087 105 I 0.551 0.011 0.020 0.255 0.073 0.090 106 A 0.537 0.011 0.023 0.183 0.126 0.120 107 E 0.481 0.006 0.019 0.131 0.226 0.136 108 G 0.246 0.002 0.019 0.059 0.417 0.256 109 E 0.598 0.021 0.007 0.018 0.204 0.151 110 M 0.767 0.031 0.004 0.014 0.080 0.105 111 K 0.760 0.043 0.002 0.012 0.054 0.129 112 C 0.536 0.043 0.011 0.019 0.202 0.188 113 R 0.039 0.006 0.033 0.026 0.854 0.043 114 N 0.008 0.001 0.065 0.044 0.855 0.026 115 C 0.018 0.007 0.071 0.038 0.828 0.037 116 G 0.077 0.012 0.019 0.016 0.684 0.192 117 H 0.275 0.035 0.006 0.010 0.131 0.542 118 I 0.481 0.137 0.010 0.011 0.097 0.264 119 Y 0.410 0.031 0.015 0.016 0.157 0.371 120 Y 0.328 0.046 0.027 0.026 0.188 0.385 121 I 0.168 0.042 0.059 0.063 0.292 0.375 122 K 0.083 0.026 0.058 0.040 0.683 0.110 123 N 0.060 0.005 0.024 0.022 0.763 0.126 124 G 0.022 0.014 0.024 0.014 0.782 0.143 125 I 0.029 0.088 0.013 0.010 0.660 0.200 126 P 0.036 0.010 0.022 0.015 0.366 0.551 127 N 0.067 0.038 0.094 0.031 0.368 0.403 128 L 0.089 0.025 0.038 0.034 0.370 0.444 129 L 0.104 0.031 0.028 0.036 0.230 0.571 130 L 0.072 0.028 0.016 0.030 0.213 0.641 131 P 0.054 0.016 0.032 0.063 0.289 0.545 132 P 0.012 0.003 0.419 0.157 0.308 0.101 133 H 0.010 0.006 0.390 0.139 0.314 0.141 134 L 0.008 0.005 0.352 0.136 0.306 0.193 135 V 0.003 0.005 0.040 0.078 0.194 0.680