# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0319/T0319.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.7512 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.012 0.219 0.503 0.001 0.031 0.003 0.001 0.009 0.004 0.011 0.011 0.082 0.001 0.001 0.035 2 K 0.035 0.031 0.464 0.382 0.002 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.044 0.001 0.001 0.003 3 F 0.003 0.009 0.038 0.837 0.008 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.030 0.001 0.001 0.002 4 L 0.002 0.051 0.036 0.738 0.028 0.069 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 0.010 0.047 0.001 0.001 0.002 5 T 0.003 0.032 0.009 0.247 0.114 0.403 0.013 0.010 0.002 0.005 0.038 0.017 0.097 0.006 0.001 0.003 6 T 0.005 0.073 0.019 0.095 0.010 0.135 0.004 0.138 0.007 0.007 0.308 0.056 0.124 0.003 0.014 0.003 7 N 0.005 0.056 0.008 0.044 0.001 0.100 0.002 0.008 0.028 0.014 0.134 0.323 0.256 0.001 0.006 0.013 8 F 0.034 0.023 0.030 0.042 0.002 0.017 0.010 0.001 0.005 0.001 0.132 0.168 0.499 0.006 0.004 0.025 9 L 0.007 0.023 0.101 0.047 0.002 0.016 0.014 0.002 0.001 0.001 0.015 0.101 0.650 0.003 0.008 0.009 10 K 0.005 0.041 0.076 0.127 0.004 0.030 0.025 0.003 0.004 0.001 0.007 0.016 0.600 0.015 0.009 0.039 11 C 0.010 0.027 0.060 0.169 0.004 0.082 0.023 0.003 0.002 0.001 0.019 0.018 0.541 0.004 0.015 0.021 12 S 0.013 0.062 0.102 0.119 0.009 0.077 0.015 0.006 0.004 0.003 0.060 0.037 0.428 0.014 0.008 0.044 13 V 0.024 0.030 0.049 0.098 0.058 0.082 0.078 0.008 0.004 0.002 0.064 0.066 0.275 0.134 0.012 0.017 14 K 0.008 0.160 0.136 0.123 0.005 0.017 0.020 0.056 0.006 0.002 0.026 0.035 0.199 0.012 0.157 0.039 15 A 0.024 0.034 0.113 0.164 0.007 0.035 0.042 0.006 0.053 0.025 0.011 0.018 0.139 0.016 0.016 0.296 16 C 0.197 0.045 0.285 0.159 0.008 0.065 0.031 0.010 0.005 0.004 0.030 0.020 0.103 0.003 0.013 0.022 17 D 0.029 0.124 0.172 0.189 0.019 0.167 0.017 0.017 0.009 0.011 0.074 0.052 0.079 0.008 0.005 0.029 18 T 0.035 0.085 0.072 0.218 0.067 0.149 0.037 0.020 0.012 0.007 0.102 0.083 0.066 0.026 0.008 0.014 19 S 0.012 0.097 0.088 0.086 0.028 0.156 0.028 0.065 0.010 0.008 0.149 0.078 0.113 0.009 0.055 0.017 20 N 0.028 0.215 0.102 0.091 0.011 0.032 0.034 0.023 0.056 0.017 0.074 0.074 0.063 0.029 0.030 0.124 21 D 0.183 0.047 0.138 0.125 0.005 0.107 0.032 0.027 0.022 0.014 0.042 0.077 0.085 0.005 0.058 0.033 22 N 0.046 0.224 0.412 0.103 0.001 0.011 0.006 0.003 0.024 0.003 0.012 0.011 0.024 0.002 0.005 0.114 23 F 0.132 0.022 0.205 0.560 0.001 0.027 0.005 0.001 0.003 0.002 0.006 0.012 0.014 0.001 0.001 0.009 24 P 0.010 0.034 0.557 0.359 0.003 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 25 L 0.002 0.010 0.028 0.937 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.005 0.021 0.081 0.756 0.032 0.086 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 27 Y 0.003 0.013 0.012 0.159 0.564 0.162 0.037 0.005 0.001 0.002 0.028 0.002 0.005 0.008 0.001 0.001 28 D 0.001 0.169 0.006 0.076 0.005 0.079 0.001 0.571 0.005 0.002 0.035 0.022 0.004 0.001 0.024 0.001 29 G 0.007 0.046 0.018 0.097 0.006 0.038 0.003 0.009 0.368 0.154 0.127 0.036 0.022 0.002 0.002 0.065 30 S 0.370 0.065 0.128 0.080 0.006 0.047 0.009 0.011 0.005 0.003 0.048 0.167 0.050 0.001 0.007 0.005 31 K 0.013 0.078 0.289 0.113 0.008 0.161 0.011 0.018 0.006 0.005 0.074 0.064 0.122 0.008 0.007 0.023 32 C 0.016 0.074 0.082 0.240 0.008 0.153 0.010 0.016 0.006 0.003 0.098 0.095 0.175 0.004 0.012 0.008 33 Q 0.013 0.112 0.105 0.256 0.003 0.050 0.007 0.011 0.010 0.004 0.060 0.084 0.251 0.003 0.008 0.024 34 L 0.035 0.039 0.136 0.394 0.005 0.038 0.010 0.005 0.007 0.002 0.033 0.043 0.201 0.006 0.006 0.039 35 V 0.020 0.044 0.387 0.294 0.009 0.042 0.018 0.004 0.002 0.001 0.011 0.014 0.123 0.005 0.006 0.020 36 Q 0.011 0.071 0.189 0.393 0.011 0.134 0.015 0.012 0.002 0.003 0.020 0.012 0.095 0.004 0.008 0.019 37 D 0.020 0.113 0.098 0.349 0.009 0.215 0.008 0.013 0.009 0.006 0.049 0.018 0.070 0.003 0.004 0.016 38 E 0.026 0.207 0.086 0.309 0.003 0.091 0.005 0.011 0.006 0.003 0.108 0.059 0.067 0.003 0.005 0.010 39 S 0.023 0.146 0.192 0.326 0.003 0.074 0.006 0.004 0.006 0.002 0.031 0.079 0.079 0.003 0.007 0.019 40 I 0.025 0.020 0.224 0.280 0.005 0.086 0.009 0.007 0.002 0.002 0.132 0.036 0.148 0.003 0.005 0.016 41 E 0.020 0.192 0.149 0.352 0.012 0.078 0.011 0.003 0.004 0.001 0.022 0.041 0.084 0.004 0.003 0.025 42 F 0.009 0.088 0.091 0.702 0.001 0.012 0.002 0.007 0.001 0.002 0.009 0.013 0.047 0.001 0.004 0.010 43 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.035 0.001 0.001 0.001 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.006 0.001 0.001 0.001 46 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.003 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 49 N 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.006 50 I 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.011 0.006 0.049 51 V 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.008 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.815 0.071 0.005 0.009 52 D 0.002 0.023 0.009 0.003 0.001 0.013 0.013 0.004 0.001 0.001 0.019 0.006 0.807 0.005 0.077 0.017 53 R 0.010 0.055 0.013 0.014 0.001 0.002 0.013 0.001 0.019 0.001 0.011 0.025 0.181 0.030 0.007 0.617 54 V 0.144 0.013 0.423 0.027 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.289 0.001 0.027 0.026 55 D 0.006 0.036 0.228 0.027 0.001 0.213 0.002 0.001 0.001 0.004 0.012 0.018 0.422 0.001 0.001 0.027 56 W 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.378 0.001 0.001 0.001 0.001 0.354 0.022 0.241 0.001 0.001 0.001 57 P 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.273 0.538 0.167 0.001 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.135 0.859 0.001 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.910 0.001 0.019 66 L 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.002 0.818 0.003 67 G 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.197 0.038 0.004 0.717 68 N 0.539 0.008 0.011 0.009 0.002 0.020 0.033 0.007 0.002 0.002 0.024 0.016 0.228 0.051 0.032 0.014 69 N 0.013 0.160 0.131 0.016 0.002 0.026 0.024 0.021 0.009 0.006 0.103 0.058 0.252 0.015 0.084 0.078 70 A 0.069 0.122 0.180 0.150 0.002 0.018 0.021 0.006 0.029 0.004 0.015 0.083 0.118 0.009 0.025 0.151 71 L 0.067 0.033 0.589 0.177 0.002 0.017 0.014 0.001 0.002 0.001 0.005 0.011 0.053 0.002 0.006 0.019 72 P 0.018 0.015 0.338 0.163 0.008 0.322 0.014 0.005 0.001 0.004 0.021 0.012 0.068 0.001 0.002 0.007 73 P 0.016 0.194 0.042 0.315 0.011 0.102 0.005 0.012 0.005 0.002 0.209 0.030 0.043 0.005 0.001 0.008 74 T 0.011 0.187 0.062 0.498 0.005 0.031 0.005 0.008 0.011 0.002 0.014 0.118 0.030 0.003 0.007 0.007 75 K 0.014 0.026 0.319 0.260 0.009 0.152 0.025 0.006 0.005 0.006 0.020 0.017 0.113 0.003 0.008 0.019 76 P 0.032 0.064 0.133 0.251 0.010 0.108 0.015 0.017 0.004 0.005 0.209 0.032 0.096 0.004 0.004 0.015 77 S 0.023 0.219 0.071 0.429 0.006 0.042 0.006 0.009 0.012 0.003 0.024 0.091 0.039 0.005 0.005 0.017 78 F 0.019 0.040 0.194 0.441 0.009 0.095 0.016 0.006 0.004 0.004 0.020 0.026 0.098 0.003 0.009 0.015 79 P 0.013 0.039 0.119 0.117 0.011 0.437 0.013 0.011 0.003 0.006 0.069 0.024 0.118 0.003 0.004 0.010 80 S 0.015 0.139 0.033 0.214 0.003 0.044 0.003 0.022 0.007 0.003 0.356 0.067 0.080 0.003 0.004 0.008 81 S 0.019 0.074 0.065 0.168 0.004 0.137 0.009 0.004 0.015 0.004 0.023 0.300 0.146 0.006 0.006 0.019 82 I 0.013 0.030 0.209 0.108 0.004 0.074 0.019 0.005 0.001 0.001 0.092 0.029 0.387 0.004 0.010 0.016 83 Q 0.010 0.053 0.096 0.132 0.010 0.092 0.024 0.010 0.003 0.002 0.087 0.121 0.319 0.014 0.007 0.019 84 E 0.020 0.070 0.069 0.209 0.004 0.039 0.011 0.021 0.007 0.003 0.069 0.054 0.351 0.013 0.024 0.036 85 L 0.016 0.050 0.127 0.118 0.008 0.087 0.040 0.005 0.010 0.006 0.032 0.056 0.325 0.023 0.018 0.077 86 T 0.022 0.028 0.097 0.031 0.007 0.151 0.039 0.012 0.001 0.002 0.104 0.041 0.410 0.009 0.026 0.020 87 D 0.012 0.054 0.045 0.022 0.004 0.068 0.011 0.016 0.005 0.007 0.286 0.111 0.294 0.017 0.017 0.031 88 D 0.022 0.050 0.025 0.021 0.001 0.038 0.004 0.009 0.006 0.005 0.104 0.274 0.380 0.006 0.026 0.027 89 D 0.005 0.008 0.013 0.003 0.001 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 0.094 0.755 0.001 0.005 0.014 90 M 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.065 0.743 0.001 0.001 0.002 91 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.178 0.785 0.001 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.979 0.001 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 94 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.989 0.001 0.001 0.001 95 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.002 100 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.005 0.002 0.005 101 L 0.001 0.019 0.019 0.013 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.916 0.001 0.010 0.009 102 Q 0.006 0.014 0.058 0.127 0.004 0.018 0.014 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.590 0.037 0.005 0.113 103 T 0.032 0.062 0.348 0.159 0.001 0.007 0.004 0.008 0.001 0.001 0.011 0.006 0.296 0.002 0.048 0.015 104 S 0.006 0.042 0.102 0.379 0.005 0.126 0.004 0.001 0.004 0.003 0.013 0.013 0.245 0.002 0.001 0.052 105 I 0.034 0.022 0.039 0.150 0.048 0.423 0.011 0.002 0.001 0.001 0.032 0.014 0.219 0.002 0.001 0.003 106 A 0.001 0.472 0.034 0.145 0.125 0.027 0.047 0.009 0.001 0.001 0.024 0.033 0.025 0.049 0.002 0.004 107 E 0.005 0.021 0.025 0.335 0.003 0.018 0.002 0.302 0.010 0.002 0.005 0.008 0.030 0.002 0.226 0.006 108 G 0.017 0.036 0.284 0.170 0.001 0.017 0.003 0.004 0.120 0.089 0.016 0.004 0.041 0.001 0.003 0.194 109 E 0.356 0.011 0.069 0.526 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.009 0.001 0.001 0.004 110 M 0.008 0.009 0.331 0.559 0.019 0.045 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.004 111 K 0.001 0.043 0.021 0.899 0.011 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 112 C 0.001 0.005 0.002 0.092 0.036 0.847 0.002 0.004 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 113 R 0.002 0.067 0.005 0.017 0.015 0.031 0.001 0.058 0.002 0.003 0.783 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 114 N 0.008 0.059 0.008 0.019 0.093 0.009 0.049 0.007 0.058 0.010 0.031 0.276 0.004 0.356 0.003 0.010 115 C 0.006 0.005 0.035 0.009 0.001 0.008 0.006 0.070 0.001 0.001 0.006 0.007 0.019 0.001 0.825 0.002 116 G 0.003 0.034 0.024 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.015 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.745 117 H 0.919 0.002 0.013 0.052 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 118 I 0.002 0.026 0.897 0.065 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 119 Y 0.001 0.004 0.015 0.971 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 Y 0.003 0.008 0.075 0.756 0.045 0.103 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 121 I 0.001 0.008 0.004 0.120 0.645 0.175 0.005 0.005 0.001 0.001 0.026 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 122 K 0.001 0.096 0.003 0.051 0.469 0.022 0.030 0.156 0.005 0.002 0.049 0.024 0.003 0.083 0.006 0.001 123 N 0.002 0.013 0.004 0.028 0.003 0.013 0.002 0.561 0.087 0.029 0.010 0.012 0.009 0.001 0.220 0.008 124 G 0.049 0.020 0.032 0.017 0.002 0.004 0.004 0.003 0.345 0.141 0.021 0.010 0.010 0.001 0.002 0.337 125 I 0.759 0.013 0.063 0.034 0.018 0.015 0.029 0.003 0.002 0.002 0.007 0.035 0.011 0.005 0.002 0.004 126 P 0.011 0.030 0.268 0.080 0.013 0.298 0.013 0.134 0.004 0.007 0.030 0.023 0.047 0.005 0.033 0.005 127 N 0.008 0.384 0.020 0.227 0.003 0.055 0.005 0.009 0.096 0.025 0.042 0.048 0.036 0.002 0.006 0.035 128 L 0.226 0.032 0.096 0.366 0.002 0.017 0.008 0.005 0.021 0.004 0.056 0.087 0.045 0.003 0.006 0.025 129 L 0.019 0.020 0.769 0.111 0.002 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.021 0.001 0.002 0.015 130 L 0.011 0.062 0.198 0.684 0.003 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.008 131 P 0.001 0.002 0.003 0.014 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 132 P 0.001 0.013 0.001 0.003 0.001 0.017 0.001 0.005 0.001 0.001 0.950 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 133 H 0.001 0.053 0.002 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.909 0.006 0.001 0.002 0.001 134 L 0.019 0.008 0.142 0.030 0.011 0.019 0.082 0.002 0.007 0.002 0.015 0.025 0.484 0.028 0.016 0.110 135 V 0.015 0.028 0.421 0.039 0.010 0.025 0.088 0.021 0.002 0.001 0.036 0.019 0.227 0.015 0.029 0.025