# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 20.7512 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.129 0.066 0.048 0.044 0.044 0.062 0.031 0.004 0.001 0.007 0.565 2 K 0.026 0.047 0.009 0.110 0.079 0.121 0.165 0.003 0.001 0.004 0.435 3 F 0.073 0.058 0.010 0.060 0.061 0.096 0.059 0.002 0.001 0.004 0.575 4 L 0.031 0.143 0.002 0.268 0.137 0.212 0.096 0.002 0.001 0.003 0.107 5 T 0.023 0.171 0.003 0.100 0.051 0.111 0.191 0.003 0.001 0.004 0.342 6 T 0.038 0.274 0.005 0.186 0.068 0.091 0.065 0.003 0.001 0.005 0.264 7 N 0.020 0.231 0.002 0.016 0.015 0.024 0.344 0.002 0.001 0.006 0.340 8 F 0.087 0.342 0.006 0.025 0.026 0.041 0.144 0.009 0.001 0.013 0.306 9 L 0.055 0.705 0.010 0.014 0.019 0.034 0.042 0.005 0.001 0.003 0.114 10 K 0.090 0.570 0.004 0.008 0.011 0.037 0.029 0.025 0.001 0.008 0.218 11 C 0.211 0.589 0.020 0.005 0.006 0.019 0.004 0.009 0.001 0.001 0.136 12 S 0.062 0.464 0.003 0.014 0.032 0.011 0.004 0.039 0.001 0.001 0.371 13 V 0.086 0.332 0.016 0.024 0.036 0.082 0.018 0.015 0.001 0.003 0.388 14 K 0.041 0.178 0.017 0.048 0.068 0.175 0.076 0.018 0.001 0.002 0.377 15 A 0.190 0.166 0.010 0.034 0.034 0.050 0.064 0.012 0.001 0.004 0.436 16 C 0.165 0.143 0.019 0.048 0.060 0.087 0.056 0.006 0.001 0.006 0.411 17 D 0.046 0.059 0.008 0.053 0.169 0.157 0.093 0.005 0.001 0.004 0.406 18 T 0.052 0.033 0.004 0.040 0.108 0.132 0.092 0.005 0.001 0.006 0.527 19 S 0.103 0.033 0.004 0.041 0.079 0.106 0.176 0.006 0.001 0.012 0.441 20 N 0.143 0.019 0.005 0.018 0.033 0.035 0.300 0.005 0.001 0.026 0.415 21 D 0.155 0.013 0.014 0.023 0.017 0.023 0.234 0.003 0.001 0.029 0.490 22 N 0.120 0.006 0.025 0.032 0.020 0.033 0.212 0.002 0.001 0.034 0.515 23 F 0.109 0.004 0.021 0.090 0.079 0.080 0.217 0.001 0.001 0.017 0.383 24 P 0.006 0.001 0.003 0.019 0.015 0.027 0.049 0.001 0.001 0.001 0.878 25 L 0.008 0.002 0.001 0.168 0.167 0.347 0.061 0.001 0.001 0.002 0.244 26 Q 0.012 0.006 0.001 0.117 0.091 0.191 0.104 0.001 0.001 0.003 0.476 27 Y 0.040 0.018 0.001 0.134 0.143 0.262 0.067 0.001 0.001 0.005 0.329 28 D 0.026 0.026 0.001 0.094 0.064 0.161 0.156 0.001 0.001 0.004 0.467 29 G 0.050 0.017 0.001 0.042 0.025 0.045 0.126 0.002 0.001 0.013 0.678 30 S 0.206 0.064 0.020 0.038 0.035 0.060 0.201 0.002 0.001 0.024 0.349 31 K 0.054 0.111 0.006 0.034 0.058 0.062 0.136 0.004 0.001 0.006 0.530 32 C 0.063 0.151 0.005 0.030 0.059 0.112 0.065 0.003 0.001 0.007 0.505 33 Q 0.088 0.178 0.004 0.030 0.094 0.157 0.068 0.007 0.001 0.006 0.367 34 L 0.165 0.181 0.008 0.019 0.054 0.076 0.059 0.011 0.001 0.006 0.421 35 V 0.109 0.153 0.021 0.047 0.098 0.139 0.041 0.011 0.001 0.005 0.376 36 Q 0.066 0.085 0.010 0.061 0.092 0.151 0.097 0.011 0.001 0.005 0.422 37 D 0.069 0.040 0.015 0.050 0.045 0.088 0.055 0.006 0.001 0.005 0.627 38 E 0.049 0.035 0.008 0.053 0.054 0.081 0.110 0.004 0.001 0.005 0.599 39 S 0.070 0.023 0.006 0.035 0.034 0.045 0.150 0.002 0.001 0.009 0.628 40 I 0.104 0.047 0.008 0.046 0.034 0.054 0.148 0.003 0.001 0.009 0.548 41 E 0.135 0.059 0.005 0.055 0.029 0.053 0.213 0.006 0.001 0.014 0.430 42 F 0.239 0.085 0.020 0.050 0.030 0.055 0.142 0.006 0.001 0.016 0.358 43 N 0.118 0.079 0.009 0.041 0.043 0.059 0.221 0.005 0.001 0.005 0.420 44 P 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.984 45 E 0.007 0.011 0.001 0.006 0.006 0.014 0.366 0.001 0.001 0.006 0.584 46 F 0.178 0.062 0.001 0.011 0.011 0.024 0.457 0.005 0.001 0.032 0.219 47 L 0.063 0.839 0.001 0.012 0.005 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.058 48 L 0.015 0.897 0.001 0.006 0.005 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.061 49 N 0.047 0.835 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.098 50 I 0.148 0.761 0.005 0.001 0.002 0.003 0.003 0.010 0.001 0.001 0.066 51 V 0.047 0.837 0.017 0.005 0.006 0.018 0.010 0.011 0.001 0.001 0.049 52 D 0.041 0.378 0.005 0.005 0.007 0.008 0.010 0.016 0.001 0.001 0.529 53 R 0.274 0.384 0.007 0.006 0.002 0.003 0.011 0.022 0.001 0.001 0.289 54 V 0.380 0.338 0.051 0.010 0.004 0.009 0.028 0.016 0.001 0.004 0.161 55 D 0.159 0.222 0.039 0.018 0.012 0.015 0.089 0.017 0.001 0.002 0.427 56 W 0.070 0.169 0.017 0.032 0.004 0.015 0.047 0.003 0.001 0.002 0.641 57 P 0.002 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.961 58 A 0.031 0.115 0.001 0.009 0.007 0.012 0.572 0.003 0.001 0.009 0.242 59 V 0.035 0.810 0.001 0.007 0.002 0.010 0.046 0.002 0.001 0.001 0.085 60 L 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 61 T 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 62 V 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 63 A 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 64 A 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 65 E 0.034 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.029 66 L 0.067 0.891 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.021 67 G 0.125 0.649 0.018 0.002 0.002 0.002 0.011 0.050 0.001 0.002 0.139 68 N 0.092 0.424 0.273 0.003 0.001 0.003 0.029 0.006 0.001 0.001 0.168 69 N 0.050 0.199 0.005 0.013 0.006 0.004 0.022 0.020 0.001 0.001 0.681 70 A 0.278 0.096 0.012 0.011 0.004 0.005 0.050 0.010 0.001 0.005 0.529 71 L 0.207 0.115 0.049 0.043 0.011 0.029 0.073 0.008 0.001 0.004 0.460 72 P 0.053 0.014 0.003 0.014 0.004 0.006 0.018 0.002 0.001 0.001 0.885 73 P 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.975 74 T 0.065 0.005 0.001 0.038 0.011 0.018 0.052 0.002 0.001 0.001 0.807 75 K 0.386 0.007 0.002 0.035 0.006 0.011 0.046 0.002 0.001 0.003 0.501 76 P 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.978 77 S 0.051 0.001 0.001 0.038 0.006 0.012 0.145 0.001 0.001 0.002 0.745 78 F 0.402 0.003 0.003 0.039 0.004 0.010 0.073 0.001 0.001 0.006 0.459 79 P 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.957 80 S 0.018 0.001 0.001 0.031 0.003 0.007 0.076 0.001 0.001 0.002 0.860 81 S 0.096 0.003 0.001 0.044 0.008 0.011 0.226 0.001 0.001 0.006 0.605 82 I 0.236 0.026 0.003 0.048 0.011 0.017 0.126 0.001 0.001 0.012 0.520 83 Q 0.072 0.057 0.002 0.055 0.018 0.038 0.197 0.001 0.001 0.007 0.552 84 E 0.141 0.065 0.002 0.039 0.016 0.028 0.157 0.003 0.001 0.012 0.537 85 L 0.317 0.129 0.006 0.020 0.011 0.019 0.124 0.009 0.001 0.010 0.355 86 T 0.237 0.157 0.019 0.021 0.008 0.014 0.116 0.015 0.001 0.009 0.404 87 D 0.137 0.093 0.018 0.015 0.005 0.006 0.143 0.012 0.001 0.010 0.561 88 D 0.161 0.056 0.014 0.005 0.002 0.003 0.346 0.008 0.001 0.014 0.391 89 D 0.070 0.144 0.008 0.004 0.001 0.002 0.329 0.007 0.001 0.007 0.429 90 M 0.010 0.279 0.001 0.002 0.001 0.001 0.277 0.003 0.001 0.006 0.421 91 A 0.008 0.313 0.001 0.001 0.001 0.001 0.542 0.001 0.001 0.009 0.125 92 I 0.017 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.006 0.001 0.001 0.028 93 L 0.021 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 94 N 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 95 D 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.032 96 L 0.009 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.005 97 H 0.005 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 98 T 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.008 99 L 0.017 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 100 L 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 101 L 0.004 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.009 102 Q 0.043 0.914 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.024 103 T 0.069 0.813 0.015 0.004 0.007 0.006 0.002 0.029 0.001 0.001 0.055 104 S 0.092 0.569 0.031 0.051 0.043 0.037 0.010 0.034 0.001 0.001 0.132 105 I 0.024 0.396 0.072 0.088 0.072 0.107 0.042 0.013 0.001 0.001 0.185 106 A 0.026 0.291 0.006 0.153 0.138 0.233 0.038 0.007 0.001 0.002 0.106 107 E 0.036 0.223 0.008 0.078 0.060 0.123 0.082 0.010 0.001 0.004 0.377 108 G 0.112 0.105 0.017 0.096 0.106 0.116 0.090 0.014 0.001 0.016 0.328 109 E 0.131 0.065 0.083 0.058 0.067 0.090 0.114 0.005 0.001 0.015 0.373 110 M 0.019 0.028 0.014 0.096 0.204 0.211 0.064 0.003 0.001 0.004 0.356 111 K 0.023 0.014 0.005 0.070 0.180 0.254 0.061 0.002 0.001 0.004 0.386 112 C 0.040 0.023 0.006 0.061 0.161 0.270 0.048 0.002 0.001 0.004 0.385 113 R 0.014 0.014 0.002 0.052 0.131 0.236 0.056 0.002 0.001 0.002 0.491 114 N 0.032 0.014 0.001 0.031 0.107 0.164 0.138 0.002 0.001 0.009 0.501 115 C 0.135 0.024 0.003 0.030 0.045 0.074 0.132 0.003 0.001 0.019 0.535 116 G 0.146 0.028 0.009 0.034 0.065 0.073 0.159 0.005 0.001 0.025 0.456 117 H 0.165 0.018 0.018 0.035 0.082 0.085 0.153 0.002 0.001 0.021 0.421 118 I 0.045 0.013 0.015 0.032 0.086 0.162 0.093 0.001 0.001 0.007 0.546 119 Y 0.019 0.007 0.003 0.067 0.312 0.345 0.054 0.001 0.001 0.002 0.190 120 Y 0.006 0.005 0.002 0.038 0.111 0.236 0.037 0.001 0.001 0.001 0.563 121 I 0.005 0.005 0.001 0.081 0.260 0.419 0.035 0.001 0.001 0.001 0.192 122 K 0.014 0.008 0.001 0.049 0.088 0.210 0.095 0.001 0.001 0.003 0.532 123 N 0.028 0.011 0.001 0.029 0.033 0.082 0.123 0.001 0.001 0.005 0.686 124 G 0.215 0.011 0.004 0.034 0.031 0.038 0.146 0.004 0.001 0.022 0.495 125 I 0.221 0.019 0.019 0.028 0.028 0.045 0.209 0.001 0.001 0.011 0.420 126 P 0.002 0.002 0.001 0.006 0.005 0.010 0.015 0.001 0.001 0.001 0.959 127 N 0.051 0.012 0.001 0.038 0.061 0.072 0.081 0.001 0.001 0.002 0.682 128 L 0.279 0.032 0.001 0.023 0.025 0.046 0.086 0.003 0.001 0.007 0.498 129 L 0.276 0.071 0.005 0.055 0.062 0.123 0.069 0.008 0.001 0.005 0.326 130 L 0.082 0.024 0.012 0.097 0.032 0.109 0.058 0.003 0.001 0.003 0.580 131 P 0.024 0.003 0.001 0.027 0.019 0.025 0.036 0.001 0.001 0.001 0.862 132 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.988 133 H 0.014 0.002 0.001 0.031 0.015 0.049 0.229 0.001 0.001 0.004 0.656 134 L 0.437 0.005 0.001 0.024 0.012 0.019 0.104 0.001 0.001 0.013 0.384 135 V 0.267 0.072 0.002 0.082 0.031 0.054 0.089 0.001 0.001 0.005 0.396