# TARGET T0319 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 55 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.979 2 K 0.281 0.018 0.004 0.197 0.022 0.017 0.461 3 F 0.574 0.038 0.005 0.119 0.024 0.017 0.222 4 L 0.627 0.009 0.009 0.159 0.032 0.025 0.139 5 T 0.704 0.005 0.004 0.125 0.046 0.013 0.103 6 T 0.411 0.004 0.022 0.387 0.050 0.034 0.093 7 N 0.287 0.005 0.030 0.374 0.108 0.074 0.122 8 F 0.214 0.010 0.040 0.510 0.048 0.079 0.099 9 L 0.227 0.021 0.038 0.339 0.117 0.134 0.123 10 K 0.272 0.026 0.026 0.284 0.088 0.171 0.133 11 C 0.113 0.016 0.066 0.293 0.112 0.121 0.280 12 S 0.093 0.025 0.099 0.276 0.144 0.214 0.148 13 V 0.098 0.011 0.115 0.255 0.112 0.242 0.166 14 K 0.073 0.019 0.088 0.185 0.134 0.325 0.175 15 A 0.100 0.022 0.032 0.105 0.145 0.302 0.294 16 C 0.153 0.057 0.025 0.040 0.174 0.151 0.400 17 D 0.119 0.069 0.014 0.020 0.219 0.101 0.458 18 T 0.085 0.027 0.024 0.016 0.248 0.217 0.383 19 S 0.038 0.007 0.018 0.011 0.275 0.520 0.130 20 N 0.051 0.012 0.015 0.005 0.340 0.351 0.226 21 D 0.161 0.018 0.006 0.005 0.254 0.027 0.530 22 N 0.450 0.024 0.003 0.006 0.064 0.022 0.430 23 F 0.711 0.013 0.005 0.010 0.042 0.012 0.206 24 P 0.878 0.008 0.002 0.006 0.013 0.003 0.090 25 L 0.828 0.016 0.001 0.010 0.009 0.001 0.134 26 Q 0.776 0.012 0.002 0.018 0.011 0.003 0.179 27 Y 0.517 0.013 0.035 0.182 0.025 0.036 0.192 28 D 0.378 0.010 0.051 0.251 0.084 0.065 0.160 29 G 0.338 0.007 0.056 0.326 0.078 0.054 0.141 30 S 0.236 0.012 0.036 0.362 0.094 0.051 0.209 31 K 0.206 0.015 0.028 0.322 0.102 0.073 0.255 32 C 0.110 0.006 0.071 0.468 0.069 0.123 0.152 33 Q 0.078 0.004 0.092 0.395 0.108 0.196 0.126 34 L 0.139 0.008 0.101 0.305 0.094 0.214 0.139 35 V 0.255 0.010 0.039 0.218 0.128 0.080 0.271 36 Q 0.352 0.017 0.038 0.199 0.095 0.053 0.247 37 D 0.356 0.019 0.032 0.168 0.092 0.046 0.288 38 E 0.257 0.012 0.030 0.161 0.101 0.040 0.399 39 S 0.182 0.010 0.067 0.090 0.146 0.097 0.406 40 I 0.263 0.006 0.080 0.070 0.109 0.152 0.319 41 E 0.233 0.030 0.065 0.048 0.157 0.093 0.375 42 F 0.187 0.102 0.014 0.032 0.222 0.015 0.429 43 N 0.031 0.004 0.003 0.017 0.044 0.007 0.894 44 P 0.001 0.001 0.058 0.856 0.015 0.056 0.012 45 E 0.001 0.001 0.050 0.903 0.009 0.031 0.004 46 F 0.001 0.001 0.094 0.872 0.006 0.022 0.006 47 L 0.001 0.001 0.048 0.918 0.003 0.020 0.008 48 L 0.002 0.001 0.108 0.774 0.009 0.098 0.009 49 N 0.002 0.001 0.129 0.633 0.012 0.213 0.009 50 I 0.003 0.003 0.143 0.599 0.050 0.162 0.041 51 V 0.006 0.007 0.241 0.328 0.102 0.106 0.209 52 D 0.007 0.001 0.241 0.243 0.102 0.343 0.064 53 R 0.015 0.010 0.207 0.299 0.047 0.335 0.086 54 V 0.030 0.058 0.045 0.243 0.189 0.074 0.362 55 D 0.031 0.012 0.005 0.212 0.126 0.040 0.575 56 W 0.003 0.001 0.003 0.941 0.017 0.010 0.025 57 P 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.004 0.004 58 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.009 0.002 63 A 0.001 0.001 0.003 0.980 0.002 0.010 0.004 64 A 0.001 0.001 0.010 0.947 0.004 0.036 0.003 65 E 0.001 0.001 0.013 0.857 0.006 0.119 0.005 66 L 0.001 0.001 0.023 0.515 0.048 0.369 0.043 67 G 0.001 0.004 0.034 0.168 0.084 0.555 0.154 68 N 0.003 0.016 0.144 0.110 0.125 0.174 0.429 69 N 0.006 0.005 0.161 0.087 0.219 0.272 0.251 70 A 0.008 0.016 0.141 0.075 0.119 0.337 0.304 71 L 0.006 0.028 0.023 0.032 0.227 0.024 0.660 72 P 0.012 0.016 0.032 0.032 0.039 0.038 0.831 73 P 0.014 0.010 0.079 0.082 0.091 0.211 0.513 74 T 0.011 0.027 0.113 0.141 0.169 0.188 0.352 75 K 0.010 0.018 0.044 0.067 0.197 0.042 0.622 76 P 0.008 0.006 0.104 0.141 0.122 0.300 0.318 77 S 0.009 0.016 0.129 0.134 0.121 0.337 0.253 78 F 0.010 0.033 0.068 0.117 0.235 0.061 0.475 79 P 0.014 0.025 0.052 0.099 0.073 0.098 0.640 80 S 0.013 0.009 0.123 0.174 0.089 0.315 0.275 81 S 0.010 0.019 0.161 0.175 0.100 0.294 0.241 82 I 0.008 0.017 0.097 0.156 0.169 0.085 0.469 83 Q 0.011 0.014 0.118 0.217 0.117 0.135 0.389 84 E 0.005 0.010 0.129 0.277 0.124 0.252 0.203 85 L 0.003 0.010 0.115 0.237 0.135 0.188 0.313 86 T 0.002 0.005 0.155 0.404 0.101 0.166 0.167 87 D 0.003 0.003 0.123 0.499 0.072 0.220 0.080 88 D 0.002 0.005 0.091 0.513 0.106 0.168 0.115 89 D 0.001 0.005 0.012 0.544 0.141 0.055 0.241 90 M 0.001 0.001 0.004 0.956 0.009 0.021 0.009 91 A 0.001 0.001 0.005 0.962 0.005 0.021 0.006 92 I 0.001 0.001 0.006 0.964 0.002 0.025 0.003 93 L 0.001 0.001 0.003 0.978 0.003 0.011 0.003 94 N 0.001 0.001 0.003 0.982 0.003 0.009 0.003 95 D 0.001 0.001 0.003 0.964 0.003 0.025 0.004 96 L 0.001 0.001 0.003 0.967 0.006 0.016 0.007 97 H 0.002 0.001 0.006 0.958 0.005 0.018 0.010 98 T 0.004 0.001 0.005 0.931 0.011 0.043 0.006 99 L 0.006 0.001 0.004 0.938 0.005 0.039 0.008 100 L 0.033 0.002 0.003 0.871 0.017 0.047 0.026 101 L 0.132 0.003 0.008 0.707 0.038 0.043 0.070 102 Q 0.368 0.005 0.014 0.453 0.034 0.047 0.079 103 T 0.319 0.006 0.020 0.434 0.049 0.047 0.125 104 S 0.437 0.008 0.015 0.303 0.073 0.034 0.131 105 I 0.541 0.013 0.022 0.133 0.063 0.046 0.182 106 A 0.607 0.014 0.029 0.101 0.056 0.070 0.124 107 E 0.334 0.004 0.044 0.088 0.078 0.332 0.120 108 G 0.284 0.003 0.029 0.031 0.178 0.307 0.168 109 E 0.719 0.007 0.009 0.008 0.063 0.029 0.166 110 M 0.820 0.014 0.004 0.006 0.034 0.008 0.113 111 K 0.778 0.045 0.002 0.008 0.022 0.007 0.138 112 C 0.383 0.025 0.010 0.009 0.037 0.017 0.519 113 R 0.017 0.002 0.086 0.012 0.059 0.791 0.033 114 N 0.008 0.002 0.077 0.006 0.044 0.847 0.016 115 C 0.047 0.011 0.097 0.017 0.126 0.533 0.170 116 G 0.142 0.012 0.011 0.004 0.297 0.144 0.390 117 H 0.255 0.014 0.006 0.002 0.235 0.033 0.456 118 I 0.697 0.054 0.002 0.001 0.036 0.007 0.203 119 Y 0.800 0.013 0.001 0.002 0.021 0.002 0.162 120 Y 0.661 0.012 0.003 0.003 0.029 0.006 0.286 121 I 0.381 0.077 0.021 0.032 0.059 0.028 0.403 122 K 0.072 0.029 0.070 0.040 0.143 0.124 0.522 123 N 0.009 0.004 0.091 0.040 0.221 0.545 0.090 124 G 0.006 0.007 0.107 0.028 0.224 0.474 0.154 125 I 0.021 0.042 0.055 0.027 0.296 0.079 0.482 126 P 0.026 0.020 0.125 0.030 0.135 0.121 0.544 127 N 0.013 0.007 0.247 0.013 0.230 0.269 0.221 128 L 0.025 0.016 0.354 0.013 0.143 0.163 0.286 129 L 0.025 0.045 0.228 0.008 0.029 0.152 0.514 130 L 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 0.001 0.977 131 P 0.007 0.007 0.003 0.002 0.003 0.003 0.975 132 P 0.003 0.004 0.374 0.369 0.050 0.090 0.109 133 H 0.004 0.003 0.449 0.356 0.023 0.108 0.057 134 L 0.007 0.006 0.466 0.335 0.011 0.080 0.095 135 V 0.005 0.003 0.052 0.223 0.023 0.021 0.672