# TARGET T0319 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.0135 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.001 0.003 0.041 0.079 0.819 2 K 0.544 0.014 0.005 0.092 0.043 0.301 3 F 0.667 0.011 0.009 0.129 0.044 0.140 4 L 0.662 0.012 0.021 0.149 0.056 0.100 5 T 0.583 0.004 0.035 0.180 0.104 0.095 6 T 0.366 0.003 0.076 0.256 0.194 0.104 7 N 0.255 0.007 0.092 0.328 0.198 0.121 8 F 0.281 0.010 0.111 0.274 0.207 0.118 9 L 0.251 0.007 0.114 0.341 0.174 0.113 10 K 0.247 0.011 0.097 0.347 0.169 0.128 11 C 0.223 0.017 0.051 0.236 0.214 0.260 12 S 0.247 0.012 0.055 0.197 0.226 0.264 13 V 0.176 0.009 0.131 0.230 0.275 0.179 14 K 0.219 0.011 0.110 0.249 0.248 0.162 15 A 0.259 0.013 0.075 0.223 0.258 0.171 16 C 0.229 0.027 0.047 0.176 0.278 0.244 17 D 0.244 0.022 0.038 0.096 0.317 0.283 18 T 0.189 0.031 0.056 0.069 0.422 0.233 19 S 0.110 0.045 0.052 0.044 0.484 0.264 20 N 0.075 0.012 0.068 0.021 0.615 0.209 21 D 0.061 0.008 0.063 0.023 0.636 0.209 22 N 0.109 0.015 0.034 0.010 0.532 0.300 23 F 0.289 0.025 0.015 0.005 0.336 0.330 24 P 0.382 0.021 0.010 0.004 0.172 0.411 25 L 0.616 0.017 0.011 0.005 0.099 0.253 26 Q 0.743 0.012 0.006 0.005 0.068 0.167 27 Y 0.773 0.019 0.005 0.005 0.042 0.155 28 D 0.579 0.012 0.006 0.008 0.118 0.276 29 G 0.422 0.007 0.026 0.024 0.209 0.313 30 S 0.434 0.008 0.038 0.029 0.198 0.293 31 K 0.596 0.013 0.050 0.039 0.142 0.160 32 C 0.655 0.009 0.024 0.058 0.096 0.158 33 Q 0.726 0.007 0.019 0.067 0.058 0.124 34 L 0.742 0.007 0.015 0.086 0.051 0.100 35 V 0.670 0.010 0.013 0.112 0.064 0.130 36 Q 0.548 0.012 0.020 0.125 0.115 0.181 37 D 0.310 0.013 0.039 0.187 0.211 0.241 38 E 0.164 0.013 0.047 0.154 0.291 0.331 39 S 0.119 0.011 0.083 0.079 0.346 0.361 40 I 0.209 0.019 0.085 0.047 0.331 0.310 41 E 0.138 0.051 0.056 0.038 0.310 0.406 42 F 0.067 0.052 0.019 0.034 0.275 0.554 43 N 0.013 0.005 0.001 0.012 0.133 0.835 44 P 0.001 0.001 0.027 0.954 0.014 0.005 45 E 0.001 0.001 0.014 0.980 0.005 0.001 46 F 0.001 0.001 0.020 0.973 0.006 0.001 47 L 0.002 0.001 0.007 0.983 0.005 0.002 48 L 0.002 0.001 0.010 0.980 0.006 0.002 49 N 0.002 0.001 0.015 0.958 0.015 0.009 50 I 0.005 0.002 0.022 0.894 0.031 0.045 51 V 0.022 0.005 0.183 0.514 0.210 0.066 52 D 0.015 0.003 0.239 0.312 0.317 0.113 53 R 0.031 0.019 0.204 0.437 0.171 0.137 54 V 0.029 0.036 0.039 0.309 0.187 0.399 55 D 0.014 0.019 0.016 0.301 0.124 0.525 56 W 0.001 0.001 0.024 0.948 0.015 0.013 57 P 0.001 0.001 0.013 0.980 0.006 0.002 58 A 0.001 0.001 0.019 0.976 0.004 0.001 59 V 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 60 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 61 T 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 64 A 0.001 0.001 0.011 0.983 0.006 0.001 65 E 0.001 0.001 0.012 0.964 0.017 0.007 66 L 0.001 0.002 0.019 0.850 0.045 0.084 67 G 0.001 0.003 0.040 0.179 0.234 0.543 68 N 0.001 0.002 0.345 0.080 0.376 0.197 69 N 0.003 0.003 0.356 0.041 0.430 0.167 70 A 0.009 0.014 0.210 0.030 0.486 0.252 71 L 0.008 0.039 0.018 0.011 0.325 0.599 72 P 0.013 0.021 0.009 0.005 0.466 0.485 73 P 0.007 0.010 0.072 0.019 0.586 0.306 74 T 0.010 0.013 0.074 0.017 0.600 0.287 75 K 0.013 0.028 0.069 0.010 0.649 0.231 76 P 0.010 0.023 0.037 0.017 0.387 0.526 77 S 0.014 0.042 0.031 0.018 0.343 0.552 78 F 0.014 0.029 0.020 0.022 0.353 0.562 79 P 0.017 0.015 0.022 0.043 0.338 0.564 80 S 0.020 0.009 0.102 0.191 0.360 0.318 81 S 0.040 0.019 0.108 0.236 0.338 0.258 82 I 0.035 0.011 0.246 0.409 0.196 0.103 83 Q 0.056 0.012 0.156 0.476 0.167 0.134 84 E 0.056 0.012 0.116 0.443 0.229 0.144 85 L 0.039 0.017 0.089 0.381 0.232 0.242 86 T 0.032 0.014 0.040 0.328 0.269 0.317 87 D 0.018 0.007 0.060 0.312 0.345 0.259 88 D 0.011 0.005 0.038 0.374 0.315 0.257 89 D 0.013 0.007 0.010 0.333 0.211 0.426 90 M 0.001 0.001 0.002 0.962 0.018 0.017 91 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 92 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 94 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 95 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 96 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 97 H 0.002 0.001 0.003 0.989 0.006 0.001 98 T 0.003 0.001 0.004 0.982 0.009 0.002 99 L 0.004 0.001 0.005 0.968 0.014 0.009 100 L 0.010 0.001 0.009 0.934 0.026 0.021 101 L 0.029 0.002 0.010 0.897 0.042 0.020 102 Q 0.059 0.001 0.008 0.832 0.063 0.038 103 T 0.131 0.001 0.010 0.626 0.098 0.135 104 S 0.407 0.003 0.012 0.309 0.096 0.172 105 I 0.660 0.006 0.008 0.153 0.061 0.112 106 A 0.778 0.005 0.004 0.068 0.069 0.076 107 E 0.770 0.001 0.002 0.026 0.063 0.138 108 G 0.641 0.001 0.004 0.012 0.111 0.230 109 E 0.892 0.003 0.001 0.003 0.032 0.070 110 M 0.977 0.002 0.001 0.001 0.005 0.015 111 K 0.960 0.006 0.001 0.001 0.005 0.027 112 C 0.666 0.037 0.003 0.001 0.278 0.015 113 R 0.024 0.002 0.010 0.001 0.954 0.010 114 N 0.003 0.001 0.011 0.001 0.979 0.006 115 C 0.016 0.011 0.008 0.001 0.959 0.006 116 G 0.097 0.009 0.001 0.001 0.297 0.596 117 H 0.754 0.019 0.001 0.001 0.050 0.176 118 I 0.881 0.011 0.001 0.001 0.027 0.080 119 Y 0.946 0.005 0.001 0.001 0.009 0.039 120 Y 0.896 0.006 0.002 0.001 0.021 0.075 121 I 0.693 0.022 0.007 0.004 0.131 0.144 122 K 0.364 0.014 0.012 0.008 0.425 0.176 123 N 0.080 0.010 0.038 0.020 0.655 0.198 124 G 0.075 0.028 0.030 0.020 0.640 0.207 125 I 0.124 0.046 0.032 0.032 0.381 0.385 126 P 0.126 0.032 0.125 0.070 0.349 0.298 127 N 0.114 0.030 0.228 0.075 0.334 0.219 128 L 0.197 0.058 0.188 0.078 0.270 0.208 129 L 0.168 0.052 0.053 0.085 0.296 0.347 130 L 0.066 0.029 0.016 0.064 0.293 0.532 131 P 0.023 0.008 0.034 0.052 0.447 0.436 132 P 0.008 0.003 0.391 0.125 0.333 0.141 133 H 0.017 0.006 0.469 0.095 0.265 0.149 134 L 0.039 0.025 0.290 0.146 0.229 0.271 135 V 0.007 0.003 0.001 0.008 0.039 0.942