# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.0135 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.096 0.027 0.056 0.079 0.052 0.472 0.192 2 K 0.010 0.055 0.037 0.069 0.085 0.045 0.611 0.087 3 F 0.012 0.094 0.077 0.053 0.119 0.072 0.359 0.214 4 L 0.034 0.243 0.122 0.129 0.159 0.070 0.064 0.178 5 T 0.061 0.352 0.069 0.040 0.076 0.062 0.079 0.262 6 T 0.043 0.361 0.067 0.034 0.054 0.063 0.086 0.292 7 N 0.087 0.278 0.101 0.048 0.076 0.092 0.119 0.199 8 F 0.057 0.104 0.102 0.030 0.036 0.091 0.320 0.260 9 L 0.050 0.193 0.112 0.055 0.062 0.073 0.174 0.280 10 K 0.069 0.134 0.063 0.026 0.053 0.074 0.082 0.499 11 C 0.042 0.089 0.076 0.050 0.044 0.100 0.073 0.527 12 S 0.138 0.176 0.045 0.040 0.053 0.078 0.072 0.398 13 V 0.196 0.064 0.027 0.013 0.025 0.086 0.059 0.531 14 K 0.043 0.021 0.032 0.058 0.063 0.121 0.098 0.564 15 A 0.017 0.011 0.022 0.017 0.036 0.111 0.198 0.589 16 C 0.035 0.020 0.040 0.061 0.064 0.132 0.138 0.511 17 D 0.093 0.016 0.045 0.060 0.098 0.114 0.078 0.495 18 T 0.037 0.007 0.035 0.028 0.038 0.088 0.071 0.696 19 S 0.210 0.008 0.036 0.031 0.051 0.119 0.047 0.497 20 N 0.207 0.003 0.015 0.018 0.020 0.078 0.057 0.601 21 D 0.011 0.002 0.028 0.022 0.057 0.183 0.018 0.679 22 N 0.006 0.001 0.038 0.011 0.052 0.071 0.025 0.797 23 F 0.055 0.006 0.054 0.296 0.129 0.105 0.046 0.310 24 P 0.015 0.005 0.109 0.049 0.102 0.064 0.046 0.610 25 L 0.012 0.008 0.116 0.151 0.282 0.067 0.039 0.324 26 Q 0.011 0.004 0.220 0.146 0.246 0.051 0.073 0.249 27 Y 0.015 0.010 0.133 0.167 0.134 0.067 0.073 0.401 28 D 0.067 0.061 0.131 0.129 0.182 0.061 0.055 0.313 29 G 0.078 0.049 0.051 0.042 0.072 0.077 0.043 0.587 30 S 0.047 0.080 0.062 0.090 0.103 0.078 0.041 0.499 31 K 0.070 0.103 0.034 0.064 0.124 0.075 0.059 0.471 32 C 0.081 0.074 0.030 0.078 0.087 0.082 0.068 0.500 33 Q 0.025 0.052 0.042 0.230 0.214 0.058 0.045 0.334 34 L 0.028 0.026 0.020 0.050 0.109 0.077 0.040 0.650 35 V 0.061 0.023 0.080 0.179 0.128 0.085 0.144 0.300 36 Q 0.159 0.026 0.018 0.036 0.048 0.070 0.053 0.591 37 D 0.208 0.021 0.010 0.014 0.024 0.057 0.080 0.586 38 E 0.039 0.011 0.014 0.027 0.043 0.125 0.017 0.724 39 S 0.019 0.006 0.016 0.020 0.062 0.077 0.056 0.744 40 I 0.029 0.043 0.020 0.037 0.033 0.105 0.064 0.669 41 E 0.007 0.058 0.047 0.055 0.062 0.145 0.032 0.594 42 F 0.006 0.080 0.015 0.013 0.008 0.063 0.028 0.789 43 N 0.036 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 44 P 0.032 0.937 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 0.012 45 E 0.016 0.553 0.015 0.005 0.005 0.014 0.312 0.079 46 F 0.027 0.714 0.012 0.004 0.005 0.015 0.183 0.039 47 L 0.091 0.660 0.013 0.004 0.007 0.031 0.108 0.086 48 L 0.095 0.361 0.037 0.016 0.020 0.042 0.144 0.285 49 N 0.027 0.126 0.035 0.014 0.022 0.078 0.149 0.548 50 I 0.198 0.063 0.050 0.017 0.021 0.099 0.101 0.451 51 V 0.352 0.015 0.032 0.023 0.018 0.080 0.106 0.372 52 D 0.025 0.008 0.008 0.003 0.005 0.078 0.025 0.849 53 R 0.005 0.016 0.017 0.003 0.007 0.123 0.016 0.812 54 V 0.007 0.048 0.015 0.010 0.005 0.117 0.021 0.777 55 D 0.043 0.876 0.003 0.001 0.001 0.009 0.018 0.048 56 W 0.026 0.943 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.014 57 P 0.004 0.177 0.006 0.001 0.002 0.007 0.783 0.021 58 A 0.002 0.818 0.003 0.001 0.002 0.003 0.164 0.008 59 V 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.004 60 L 0.003 0.964 0.007 0.003 0.003 0.002 0.012 0.007 61 T 0.009 0.912 0.023 0.004 0.005 0.005 0.029 0.013 62 V 0.065 0.837 0.023 0.002 0.002 0.007 0.039 0.025 63 A 0.283 0.279 0.127 0.007 0.005 0.024 0.205 0.072 64 A 0.193 0.073 0.036 0.004 0.003 0.049 0.172 0.470 65 E 0.065 0.022 0.024 0.001 0.002 0.061 0.085 0.739 66 L 0.038 0.014 0.050 0.005 0.004 0.114 0.046 0.729 67 G 0.164 0.013 0.007 0.003 0.005 0.076 0.015 0.716 68 N 0.100 0.008 0.008 0.002 0.004 0.062 0.023 0.794 69 N 0.036 0.012 0.024 0.007 0.011 0.172 0.028 0.711 70 A 0.011 0.003 0.049 0.011 0.016 0.134 0.074 0.702 71 L 0.068 0.008 0.045 0.015 0.012 0.143 0.038 0.672 72 P 0.648 0.012 0.027 0.004 0.006 0.049 0.051 0.203 73 P 0.023 0.005 0.027 0.009 0.016 0.119 0.036 0.765 74 T 0.024 0.003 0.020 0.005 0.016 0.080 0.015 0.839 75 K 0.160 0.006 0.021 0.024 0.024 0.143 0.074 0.548 76 P 0.017 0.004 0.018 0.011 0.015 0.165 0.025 0.745 77 S 0.018 0.006 0.016 0.005 0.011 0.118 0.029 0.798 78 F 0.093 0.055 0.013 0.009 0.007 0.117 0.049 0.657 79 P 0.321 0.254 0.012 0.005 0.005 0.062 0.039 0.303 80 S 0.094 0.218 0.024 0.009 0.013 0.091 0.043 0.508 81 S 0.179 0.245 0.017 0.008 0.017 0.076 0.065 0.393 82 I 0.167 0.108 0.027 0.015 0.020 0.092 0.243 0.328 83 Q 0.037 0.092 0.029 0.024 0.043 0.126 0.128 0.520 84 E 0.075 0.072 0.032 0.014 0.029 0.113 0.063 0.602 85 L 0.056 0.058 0.029 0.021 0.022 0.158 0.048 0.608 86 T 0.111 0.169 0.017 0.006 0.012 0.096 0.043 0.546 87 D 0.092 0.388 0.004 0.005 0.005 0.069 0.024 0.414 88 D 0.024 0.616 0.005 0.002 0.003 0.039 0.041 0.269 89 D 0.018 0.910 0.001 0.001 0.001 0.004 0.047 0.019 90 M 0.009 0.541 0.004 0.001 0.001 0.007 0.410 0.027 91 A 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.013 92 I 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 93 L 0.008 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.006 94 N 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.002 95 D 0.001 0.837 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.005 96 L 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 97 H 0.006 0.967 0.003 0.001 0.001 0.002 0.014 0.007 98 T 0.032 0.868 0.010 0.001 0.001 0.009 0.040 0.038 99 L 0.056 0.339 0.042 0.004 0.003 0.033 0.441 0.082 100 L 0.022 0.108 0.049 0.005 0.006 0.064 0.657 0.090 101 L 0.032 0.272 0.027 0.007 0.009 0.080 0.110 0.463 102 Q 0.025 0.229 0.058 0.010 0.029 0.105 0.071 0.474 103 T 0.035 0.171 0.145 0.046 0.069 0.109 0.157 0.268 104 S 0.067 0.082 0.115 0.082 0.130 0.120 0.131 0.272 105 I 0.082 0.041 0.104 0.055 0.064 0.104 0.089 0.461 106 A 0.048 0.044 0.092 0.085 0.104 0.116 0.080 0.432 107 E 0.041 0.020 0.042 0.039 0.114 0.073 0.030 0.642 108 G 0.034 0.022 0.048 0.191 0.282 0.063 0.049 0.310 109 E 0.016 0.012 0.043 0.182 0.269 0.079 0.027 0.373 110 M 0.003 0.002 0.045 0.327 0.341 0.037 0.023 0.222 111 K 0.011 0.003 0.037 0.260 0.272 0.057 0.055 0.304 112 C 0.247 0.011 0.047 0.122 0.119 0.066 0.158 0.230 113 R 0.225 0.005 0.016 0.040 0.047 0.094 0.027 0.547 114 N 0.098 0.006 0.009 0.009 0.021 0.054 0.021 0.783 115 C 0.028 0.009 0.024 0.027 0.098 0.158 0.032 0.625 116 G 0.010 0.004 0.036 0.079 0.246 0.086 0.035 0.505 117 H 0.006 0.004 0.061 0.364 0.326 0.038 0.026 0.175 118 I 0.003 0.004 0.119 0.153 0.240 0.048 0.033 0.400 119 Y 0.003 0.002 0.186 0.380 0.305 0.019 0.036 0.069 120 Y 0.014 0.003 0.269 0.194 0.205 0.035 0.063 0.216 121 I 0.316 0.009 0.116 0.135 0.116 0.044 0.084 0.180 122 K 0.162 0.005 0.035 0.041 0.045 0.081 0.053 0.578 123 N 0.004 0.002 0.021 0.008 0.022 0.124 0.014 0.805 124 G 0.013 0.007 0.020 0.008 0.013 0.096 0.017 0.828 125 I 0.331 0.036 0.030 0.039 0.019 0.115 0.144 0.285 126 P 0.269 0.029 0.024 0.012 0.019 0.085 0.042 0.519 127 N 0.130 0.012 0.049 0.021 0.058 0.086 0.067 0.577 128 L 0.021 0.007 0.045 0.022 0.036 0.151 0.038 0.680 129 L 0.006 0.006 0.054 0.036 0.058 0.153 0.035 0.651 130 L 0.040 0.014 0.031 0.016 0.018 0.116 0.033 0.732 131 P 0.619 0.083 0.010 0.009 0.009 0.040 0.093 0.137 132 P 0.141 0.040 0.014 0.008 0.015 0.093 0.054 0.636 133 H 0.051 0.024 0.030 0.022 0.057 0.129 0.073 0.614 134 L 0.036 0.017 0.023 0.039 0.060 0.119 0.065 0.643 135 V 0.032 0.014 0.023 0.043 0.066 0.121 0.046 0.656