# TARGET T0319 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.0135 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.129 0.068 0.046 0.040 0.038 0.054 0.029 0.004 0.001 0.006 0.586 2 K 0.026 0.053 0.009 0.100 0.070 0.113 0.156 0.003 0.001 0.004 0.466 3 F 0.069 0.072 0.010 0.060 0.063 0.096 0.058 0.002 0.001 0.004 0.566 4 L 0.027 0.190 0.002 0.241 0.133 0.205 0.090 0.002 0.001 0.002 0.108 5 T 0.021 0.243 0.002 0.095 0.055 0.124 0.156 0.003 0.001 0.004 0.297 6 T 0.037 0.393 0.004 0.163 0.066 0.093 0.056 0.004 0.001 0.004 0.180 7 N 0.025 0.376 0.002 0.016 0.015 0.024 0.232 0.003 0.001 0.005 0.302 8 F 0.079 0.437 0.007 0.023 0.026 0.040 0.105 0.011 0.001 0.010 0.262 9 L 0.055 0.719 0.012 0.013 0.016 0.031 0.039 0.006 0.001 0.003 0.107 10 K 0.094 0.580 0.005 0.008 0.009 0.029 0.026 0.031 0.001 0.006 0.213 11 C 0.245 0.540 0.028 0.004 0.006 0.014 0.004 0.010 0.001 0.001 0.148 12 S 0.074 0.409 0.004 0.012 0.026 0.010 0.007 0.035 0.001 0.001 0.423 13 V 0.074 0.282 0.018 0.024 0.031 0.064 0.021 0.012 0.001 0.003 0.472 14 K 0.036 0.174 0.013 0.041 0.050 0.120 0.111 0.014 0.001 0.003 0.438 15 A 0.218 0.185 0.008 0.032 0.028 0.047 0.097 0.014 0.001 0.006 0.364 16 C 0.217 0.217 0.020 0.056 0.042 0.067 0.049 0.007 0.001 0.006 0.319 17 D 0.054 0.097 0.011 0.050 0.128 0.113 0.084 0.006 0.001 0.004 0.452 18 T 0.062 0.045 0.006 0.038 0.095 0.128 0.064 0.005 0.001 0.005 0.551 19 S 0.107 0.050 0.005 0.064 0.139 0.183 0.118 0.008 0.001 0.007 0.318 20 N 0.098 0.039 0.005 0.028 0.067 0.069 0.217 0.006 0.001 0.013 0.458 21 D 0.081 0.019 0.008 0.027 0.028 0.047 0.161 0.004 0.001 0.017 0.609 22 N 0.173 0.010 0.015 0.031 0.030 0.046 0.252 0.004 0.001 0.045 0.394 23 F 0.206 0.007 0.027 0.077 0.070 0.057 0.197 0.002 0.001 0.022 0.334 24 P 0.006 0.001 0.008 0.022 0.018 0.034 0.042 0.001 0.001 0.002 0.867 25 L 0.006 0.001 0.001 0.177 0.230 0.357 0.053 0.001 0.001 0.002 0.173 26 Q 0.018 0.004 0.001 0.100 0.103 0.204 0.069 0.001 0.001 0.003 0.498 27 Y 0.015 0.006 0.001 0.165 0.273 0.385 0.032 0.001 0.001 0.002 0.120 28 D 0.009 0.008 0.001 0.138 0.133 0.281 0.103 0.001 0.001 0.003 0.323 29 G 0.018 0.009 0.001 0.152 0.097 0.206 0.073 0.001 0.001 0.008 0.435 30 S 0.033 0.019 0.003 0.101 0.109 0.182 0.185 0.002 0.001 0.013 0.355 31 K 0.059 0.027 0.004 0.040 0.064 0.096 0.147 0.003 0.001 0.016 0.544 32 C 0.078 0.060 0.009 0.061 0.124 0.198 0.098 0.003 0.001 0.012 0.358 33 Q 0.049 0.069 0.005 0.061 0.167 0.238 0.103 0.003 0.001 0.008 0.299 34 L 0.063 0.082 0.006 0.027 0.105 0.145 0.050 0.003 0.001 0.004 0.514 35 V 0.055 0.074 0.006 0.051 0.203 0.310 0.044 0.004 0.001 0.004 0.249 36 Q 0.040 0.053 0.004 0.037 0.107 0.218 0.096 0.005 0.001 0.005 0.436 37 D 0.052 0.038 0.007 0.042 0.071 0.158 0.074 0.005 0.001 0.007 0.546 38 E 0.069 0.033 0.005 0.023 0.041 0.051 0.141 0.004 0.001 0.008 0.625 39 S 0.150 0.031 0.007 0.031 0.033 0.039 0.170 0.004 0.001 0.018 0.517 40 I 0.164 0.047 0.018 0.035 0.032 0.044 0.182 0.004 0.001 0.012 0.462 41 E 0.125 0.049 0.009 0.058 0.039 0.055 0.226 0.005 0.001 0.011 0.423 42 F 0.151 0.062 0.030 0.065 0.044 0.096 0.153 0.004 0.001 0.012 0.383 43 N 0.068 0.041 0.007 0.066 0.085 0.110 0.270 0.003 0.001 0.004 0.346 44 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.992 45 E 0.003 0.003 0.001 0.006 0.004 0.013 0.448 0.001 0.001 0.005 0.516 46 F 0.173 0.025 0.001 0.012 0.007 0.015 0.513 0.003 0.001 0.038 0.213 47 L 0.077 0.811 0.001 0.016 0.004 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.067 48 L 0.018 0.885 0.001 0.006 0.004 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.068 49 N 0.050 0.840 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.095 50 I 0.131 0.796 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.055 51 V 0.036 0.883 0.013 0.003 0.004 0.011 0.007 0.008 0.001 0.001 0.035 52 D 0.040 0.525 0.005 0.004 0.006 0.007 0.010 0.016 0.001 0.001 0.387 53 R 0.283 0.446 0.006 0.004 0.002 0.002 0.008 0.026 0.001 0.001 0.222 54 V 0.403 0.357 0.058 0.007 0.003 0.006 0.020 0.016 0.001 0.003 0.127 55 D 0.153 0.221 0.053 0.017 0.011 0.014 0.082 0.018 0.001 0.002 0.430 56 W 0.061 0.170 0.019 0.035 0.004 0.015 0.043 0.004 0.001 0.001 0.648 57 P 0.001 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.965 58 A 0.032 0.123 0.001 0.010 0.006 0.012 0.556 0.003 0.001 0.009 0.249 59 V 0.033 0.804 0.001 0.007 0.002 0.009 0.046 0.002 0.001 0.001 0.094 60 L 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 61 T 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 62 V 0.008 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 63 A 0.012 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 64 A 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 65 E 0.043 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.029 66 L 0.096 0.849 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.024 67 G 0.164 0.513 0.027 0.003 0.003 0.002 0.017 0.070 0.001 0.002 0.199 68 N 0.077 0.248 0.393 0.006 0.002 0.004 0.033 0.006 0.001 0.002 0.231 69 N 0.032 0.100 0.005 0.021 0.008 0.005 0.039 0.010 0.001 0.001 0.779 70 A 0.247 0.057 0.006 0.015 0.005 0.007 0.070 0.007 0.001 0.006 0.580 71 L 0.269 0.115 0.031 0.088 0.015 0.038 0.075 0.008 0.001 0.004 0.355 72 P 0.068 0.010 0.003 0.012 0.004 0.005 0.019 0.002 0.001 0.001 0.878 73 P 0.010 0.001 0.003 0.012 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.964 74 T 0.020 0.001 0.001 0.039 0.011 0.014 0.046 0.002 0.001 0.001 0.867 75 K 0.426 0.003 0.002 0.046 0.004 0.007 0.035 0.001 0.001 0.004 0.472 76 P 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.977 77 S 0.059 0.001 0.001 0.060 0.006 0.012 0.234 0.001 0.001 0.004 0.623 78 F 0.313 0.002 0.002 0.040 0.003 0.006 0.083 0.001 0.001 0.006 0.546 79 P 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.953 80 S 0.032 0.001 0.001 0.027 0.003 0.007 0.167 0.001 0.001 0.006 0.757 81 S 0.146 0.009 0.001 0.030 0.006 0.009 0.307 0.001 0.001 0.010 0.481 82 I 0.230 0.111 0.004 0.049 0.013 0.020 0.120 0.002 0.001 0.014 0.438 83 Q 0.059 0.204 0.003 0.036 0.017 0.035 0.183 0.002 0.001 0.008 0.455 84 E 0.185 0.181 0.002 0.017 0.013 0.020 0.136 0.013 0.001 0.012 0.419 85 L 0.383 0.346 0.018 0.012 0.008 0.013 0.038 0.010 0.001 0.006 0.165 86 T 0.129 0.392 0.020 0.020 0.011 0.019 0.110 0.032 0.001 0.006 0.262 87 D 0.177 0.164 0.025 0.015 0.005 0.007 0.069 0.029 0.001 0.008 0.502 88 D 0.230 0.117 0.025 0.005 0.002 0.003 0.200 0.015 0.001 0.010 0.395 89 D 0.072 0.128 0.013 0.004 0.001 0.002 0.444 0.012 0.001 0.011 0.314 90 M 0.013 0.263 0.003 0.003 0.001 0.001 0.242 0.003 0.001 0.006 0.467 91 A 0.008 0.319 0.001 0.001 0.001 0.001 0.516 0.001 0.001 0.008 0.146 92 I 0.020 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.006 0.001 0.001 0.039 93 L 0.021 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 94 N 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 95 D 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.029 96 L 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.005 97 H 0.006 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 98 T 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.010 99 L 0.022 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 100 L 0.012 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 101 L 0.006 0.962 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.016 102 Q 0.057 0.868 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 0.046 103 T 0.115 0.715 0.017 0.006 0.009 0.008 0.003 0.039 0.001 0.001 0.087 104 S 0.118 0.464 0.034 0.063 0.053 0.042 0.013 0.037 0.001 0.001 0.176 105 I 0.027 0.312 0.071 0.099 0.087 0.126 0.052 0.011 0.001 0.001 0.213 106 A 0.022 0.200 0.005 0.188 0.158 0.278 0.041 0.005 0.001 0.002 0.101 107 E 0.033 0.151 0.006 0.084 0.063 0.129 0.088 0.007 0.001 0.005 0.433 108 G 0.105 0.075 0.016 0.125 0.127 0.138 0.093 0.011 0.001 0.016 0.297 109 E 0.106 0.044 0.056 0.074 0.081 0.109 0.118 0.004 0.001 0.015 0.393 110 M 0.015 0.017 0.011 0.108 0.227 0.236 0.062 0.002 0.001 0.004 0.318 111 K 0.017 0.010 0.004 0.078 0.197 0.288 0.060 0.001 0.001 0.004 0.340 112 C 0.033 0.016 0.004 0.067 0.178 0.294 0.048 0.001 0.001 0.003 0.354 113 R 0.012 0.010 0.001 0.050 0.129 0.239 0.059 0.001 0.001 0.002 0.496 114 N 0.028 0.010 0.001 0.033 0.108 0.169 0.144 0.002 0.001 0.009 0.497 115 C 0.118 0.018 0.003 0.030 0.044 0.071 0.136 0.003 0.001 0.019 0.560 116 G 0.120 0.023 0.007 0.033 0.063 0.073 0.165 0.004 0.001 0.024 0.489 117 H 0.168 0.017 0.015 0.033 0.080 0.087 0.147 0.002 0.001 0.022 0.429 118 I 0.049 0.013 0.012 0.032 0.094 0.177 0.094 0.001 0.001 0.007 0.519 119 Y 0.021 0.008 0.003 0.058 0.320 0.343 0.052 0.001 0.001 0.002 0.192 120 Y 0.007 0.005 0.002 0.040 0.137 0.278 0.035 0.001 0.001 0.001 0.493 121 I 0.005 0.005 0.001 0.078 0.269 0.418 0.033 0.001 0.001 0.001 0.189 122 K 0.014 0.007 0.001 0.051 0.104 0.245 0.093 0.001 0.001 0.004 0.481 123 N 0.023 0.008 0.001 0.028 0.030 0.084 0.113 0.001 0.001 0.005 0.709 124 G 0.158 0.007 0.003 0.032 0.026 0.032 0.165 0.004 0.001 0.021 0.550 125 I 0.265 0.012 0.019 0.023 0.019 0.028 0.230 0.001 0.001 0.012 0.392 126 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.969 127 N 0.038 0.010 0.001 0.028 0.039 0.044 0.118 0.001 0.001 0.002 0.721 128 L 0.281 0.029 0.001 0.013 0.012 0.024 0.096 0.002 0.001 0.007 0.536 129 L 0.312 0.090 0.005 0.048 0.039 0.089 0.070 0.006 0.001 0.005 0.336 130 L 0.108 0.026 0.009 0.042 0.014 0.059 0.048 0.002 0.001 0.003 0.690 131 P 0.031 0.006 0.002 0.023 0.009 0.020 0.024 0.001 0.001 0.001 0.884 132 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 133 H 0.044 0.007 0.001 0.027 0.012 0.033 0.174 0.001 0.001 0.004 0.698 134 L 0.381 0.018 0.001 0.021 0.011 0.022 0.119 0.002 0.001 0.008 0.417 135 V 0.241 0.137 0.003 0.064 0.022 0.040 0.078 0.001 0.001 0.003 0.410