# TARGET T0319 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.0135 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.003 0.002 0.042 0.007 0.005 0.910 2 K 0.211 0.030 0.012 0.241 0.023 0.028 0.455 3 F 0.316 0.021 0.015 0.478 0.046 0.032 0.091 4 L 0.193 0.011 0.016 0.621 0.023 0.023 0.113 5 T 0.152 0.005 0.018 0.702 0.021 0.018 0.085 6 T 0.178 0.002 0.044 0.653 0.029 0.033 0.062 7 N 0.262 0.007 0.056 0.507 0.034 0.061 0.072 8 F 0.194 0.010 0.098 0.473 0.033 0.095 0.097 9 L 0.233 0.017 0.048 0.349 0.140 0.117 0.097 10 K 0.203 0.021 0.032 0.255 0.081 0.189 0.218 11 C 0.104 0.019 0.030 0.139 0.164 0.097 0.446 12 S 0.085 0.016 0.038 0.088 0.158 0.096 0.519 13 V 0.076 0.012 0.179 0.178 0.179 0.122 0.253 14 K 0.118 0.015 0.218 0.176 0.113 0.195 0.166 15 A 0.156 0.019 0.184 0.106 0.100 0.243 0.191 16 C 0.236 0.037 0.084 0.050 0.110 0.094 0.390 17 D 0.300 0.037 0.055 0.032 0.132 0.143 0.300 18 T 0.236 0.040 0.049 0.020 0.143 0.153 0.360 19 S 0.179 0.040 0.022 0.011 0.231 0.144 0.374 20 N 0.092 0.015 0.021 0.006 0.258 0.195 0.412 21 D 0.038 0.008 0.023 0.005 0.277 0.542 0.107 22 N 0.060 0.008 0.018 0.002 0.292 0.377 0.242 23 F 0.230 0.021 0.005 0.001 0.220 0.017 0.506 24 P 0.531 0.017 0.004 0.001 0.038 0.008 0.400 25 L 0.867 0.004 0.003 0.002 0.022 0.007 0.093 26 Q 0.961 0.004 0.002 0.003 0.004 0.003 0.022 27 Y 0.967 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.021 28 D 0.903 0.003 0.001 0.004 0.011 0.011 0.066 29 G 0.663 0.002 0.016 0.015 0.081 0.087 0.136 30 S 0.567 0.004 0.019 0.017 0.138 0.132 0.122 31 K 0.749 0.006 0.017 0.024 0.061 0.058 0.085 32 C 0.850 0.004 0.005 0.025 0.016 0.013 0.086 33 Q 0.887 0.003 0.003 0.035 0.012 0.008 0.052 34 L 0.889 0.007 0.003 0.048 0.012 0.006 0.035 35 V 0.828 0.006 0.004 0.053 0.019 0.011 0.078 36 Q 0.688 0.009 0.011 0.067 0.055 0.037 0.133 37 D 0.364 0.008 0.026 0.105 0.166 0.068 0.263 38 E 0.145 0.008 0.043 0.124 0.292 0.149 0.239 39 S 0.137 0.013 0.059 0.096 0.165 0.199 0.331 40 I 0.220 0.025 0.062 0.069 0.153 0.107 0.364 41 E 0.202 0.043 0.039 0.044 0.078 0.098 0.496 42 F 0.099 0.049 0.017 0.030 0.166 0.083 0.557 43 N 0.010 0.006 0.001 0.008 0.045 0.008 0.921 44 P 0.001 0.001 0.035 0.906 0.005 0.045 0.009 45 E 0.001 0.001 0.025 0.946 0.003 0.024 0.002 46 F 0.001 0.001 0.028 0.957 0.001 0.009 0.003 47 L 0.002 0.001 0.009 0.977 0.001 0.008 0.003 48 L 0.004 0.001 0.024 0.924 0.004 0.040 0.003 49 N 0.003 0.001 0.029 0.762 0.004 0.195 0.006 50 I 0.006 0.004 0.049 0.647 0.028 0.217 0.050 51 V 0.019 0.011 0.070 0.435 0.266 0.067 0.132 52 D 0.037 0.010 0.119 0.278 0.115 0.262 0.179 53 R 0.013 0.006 0.156 0.391 0.061 0.208 0.164 54 V 0.020 0.033 0.035 0.257 0.127 0.073 0.454 55 D 0.005 0.008 0.006 0.076 0.041 0.022 0.840 56 W 0.001 0.001 0.009 0.973 0.002 0.011 0.004 57 P 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.003 0.001 58 A 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 64 A 0.001 0.001 0.003 0.977 0.001 0.016 0.002 65 E 0.001 0.001 0.007 0.891 0.005 0.090 0.007 66 L 0.001 0.003 0.010 0.526 0.017 0.425 0.019 67 G 0.001 0.002 0.008 0.083 0.042 0.725 0.141 68 N 0.001 0.004 0.124 0.025 0.117 0.136 0.592 69 N 0.007 0.005 0.264 0.022 0.191 0.189 0.322 70 A 0.008 0.009 0.261 0.015 0.271 0.232 0.204 71 L 0.013 0.021 0.012 0.004 0.417 0.006 0.528 72 P 0.009 0.033 0.013 0.001 0.015 0.009 0.920 73 P 0.006 0.012 0.212 0.013 0.057 0.585 0.115 74 T 0.008 0.013 0.202 0.018 0.128 0.519 0.112 75 K 0.013 0.022 0.037 0.003 0.328 0.022 0.574 76 P 0.009 0.022 0.019 0.004 0.072 0.230 0.644 77 S 0.016 0.049 0.023 0.005 0.204 0.383 0.320 78 F 0.016 0.021 0.008 0.005 0.345 0.025 0.581 79 P 0.015 0.014 0.019 0.020 0.071 0.034 0.827 80 S 0.025 0.026 0.096 0.106 0.198 0.123 0.426 81 S 0.034 0.043 0.155 0.151 0.115 0.132 0.370 82 I 0.014 0.012 0.287 0.468 0.031 0.079 0.109 83 Q 0.016 0.005 0.246 0.463 0.042 0.111 0.117 84 E 0.019 0.013 0.254 0.400 0.048 0.129 0.136 85 L 0.013 0.013 0.156 0.343 0.085 0.107 0.282 86 T 0.012 0.016 0.052 0.283 0.133 0.141 0.362 87 D 0.002 0.002 0.046 0.429 0.138 0.228 0.155 88 D 0.003 0.007 0.033 0.411 0.168 0.209 0.169 89 D 0.001 0.003 0.022 0.685 0.063 0.071 0.154 90 M 0.001 0.001 0.004 0.980 0.003 0.006 0.006 91 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.004 0.002 92 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 94 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 95 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.015 0.002 100 L 0.001 0.001 0.003 0.949 0.003 0.040 0.004 101 L 0.007 0.001 0.009 0.793 0.021 0.141 0.029 102 Q 0.022 0.002 0.017 0.676 0.064 0.146 0.073 103 T 0.067 0.003 0.016 0.676 0.063 0.094 0.082 104 S 0.227 0.010 0.012 0.494 0.077 0.076 0.105 105 I 0.462 0.008 0.023 0.345 0.023 0.055 0.083 106 A 0.597 0.009 0.012 0.199 0.019 0.098 0.066 107 E 0.377 0.007 0.020 0.077 0.049 0.366 0.104 108 G 0.208 0.001 0.010 0.010 0.125 0.565 0.082 109 E 0.607 0.007 0.008 0.004 0.113 0.061 0.199 110 M 0.840 0.022 0.001 0.001 0.016 0.003 0.117 111 K 0.781 0.067 0.001 0.001 0.008 0.001 0.142 112 C 0.403 0.028 0.004 0.001 0.023 0.004 0.537 113 R 0.014 0.001 0.056 0.006 0.070 0.807 0.046 114 N 0.009 0.002 0.047 0.005 0.061 0.853 0.022 115 C 0.071 0.019 0.128 0.029 0.173 0.436 0.143 116 G 0.106 0.011 0.029 0.016 0.225 0.370 0.242 117 H 0.444 0.023 0.014 0.012 0.116 0.027 0.363 118 I 0.799 0.049 0.005 0.009 0.019 0.007 0.111 119 Y 0.832 0.012 0.006 0.013 0.034 0.009 0.094 120 Y 0.730 0.015 0.009 0.013 0.033 0.019 0.180 121 I 0.447 0.020 0.034 0.038 0.065 0.073 0.324 122 K 0.280 0.032 0.056 0.053 0.106 0.200 0.272 123 N 0.067 0.008 0.047 0.037 0.160 0.595 0.086 124 G 0.060 0.010 0.038 0.020 0.209 0.360 0.304 125 I 0.095 0.044 0.043 0.024 0.114 0.037 0.644 126 P 0.096 0.045 0.175 0.057 0.086 0.173 0.367 127 N 0.093 0.020 0.236 0.048 0.113 0.306 0.184 128 L 0.122 0.033 0.213 0.049 0.144 0.178 0.260 129 L 0.124 0.085 0.076 0.025 0.178 0.119 0.393 130 L 0.051 0.021 0.035 0.014 0.156 0.087 0.636 131 P 0.014 0.005 0.017 0.005 0.060 0.022 0.877 132 P 0.008 0.006 0.397 0.061 0.067 0.228 0.233 133 H 0.008 0.005 0.300 0.045 0.114 0.340 0.187 134 L 0.018 0.027 0.118 0.035 0.035 0.105 0.660 135 V 0.005 0.003 0.003 0.003 0.004 0.002 0.981