# TARGET T0319 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.0135 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.209 0.207 0.175 0.105 0.155 0.015 0.046 0.051 0.016 0.020 0.001 2 K 0.356 0.231 0.227 0.022 0.035 0.063 0.025 0.002 0.032 0.006 0.002 3 F 0.491 0.162 0.239 0.022 0.010 0.053 0.002 0.001 0.016 0.001 0.003 4 L 0.656 0.143 0.082 0.047 0.023 0.030 0.002 0.001 0.014 0.001 0.002 5 T 0.660 0.132 0.068 0.044 0.023 0.040 0.005 0.003 0.024 0.001 0.001 6 T 0.767 0.093 0.031 0.054 0.022 0.011 0.006 0.002 0.010 0.003 0.001 7 N 0.733 0.041 0.056 0.075 0.015 0.039 0.028 0.004 0.007 0.001 0.001 8 F 0.677 0.058 0.060 0.148 0.011 0.021 0.012 0.004 0.009 0.001 0.001 9 L 0.426 0.180 0.202 0.106 0.025 0.034 0.011 0.005 0.009 0.002 0.001 10 K 0.443 0.166 0.118 0.171 0.031 0.028 0.020 0.006 0.015 0.003 0.001 11 C 0.248 0.219 0.193 0.140 0.116 0.019 0.018 0.007 0.032 0.009 0.001 12 S 0.357 0.052 0.206 0.179 0.029 0.056 0.072 0.021 0.016 0.008 0.001 13 V 0.292 0.264 0.263 0.071 0.027 0.047 0.007 0.002 0.025 0.002 0.001 14 K 0.405 0.153 0.230 0.131 0.021 0.026 0.011 0.004 0.013 0.005 0.001 15 A 0.200 0.115 0.195 0.108 0.069 0.044 0.148 0.052 0.045 0.023 0.001 16 C 0.320 0.222 0.238 0.111 0.048 0.029 0.008 0.003 0.016 0.003 0.001 17 D 0.422 0.117 0.105 0.159 0.044 0.052 0.058 0.012 0.024 0.007 0.001 18 T 0.404 0.181 0.119 0.196 0.050 0.018 0.009 0.005 0.015 0.004 0.001 19 S 0.285 0.189 0.257 0.126 0.051 0.037 0.012 0.007 0.029 0.007 0.001 20 N 0.539 0.084 0.108 0.168 0.035 0.021 0.013 0.005 0.015 0.009 0.001 21 D 0.364 0.044 0.060 0.395 0.021 0.013 0.083 0.010 0.005 0.003 0.001 22 N 0.104 0.107 0.104 0.389 0.046 0.031 0.140 0.029 0.043 0.006 0.001 23 F 0.004 0.480 0.328 0.001 0.043 0.013 0.013 0.001 0.117 0.001 0.001 24 P 0.016 0.015 0.847 0.003 0.001 0.075 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 25 L 0.013 0.574 0.313 0.007 0.044 0.028 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 26 Q 0.009 0.713 0.172 0.005 0.030 0.035 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 27 Y 0.014 0.609 0.256 0.011 0.051 0.040 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 28 D 0.020 0.448 0.246 0.026 0.057 0.076 0.026 0.001 0.097 0.002 0.001 29 G 0.173 0.051 0.262 0.030 0.173 0.023 0.036 0.077 0.006 0.165 0.002 30 S 0.606 0.093 0.080 0.159 0.031 0.008 0.006 0.004 0.008 0.003 0.001 31 K 0.306 0.262 0.198 0.130 0.047 0.024 0.010 0.002 0.017 0.003 0.002 32 C 0.122 0.447 0.267 0.045 0.051 0.032 0.010 0.002 0.022 0.001 0.001 33 Q 0.101 0.608 0.132 0.023 0.046 0.032 0.006 0.001 0.050 0.001 0.001 34 L 0.078 0.310 0.537 0.008 0.008 0.042 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 35 V 0.213 0.443 0.155 0.074 0.026 0.044 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001 36 Q 0.185 0.323 0.259 0.040 0.076 0.048 0.025 0.003 0.033 0.009 0.001 37 D 0.467 0.107 0.128 0.162 0.038 0.031 0.034 0.006 0.022 0.004 0.002 38 E 0.256 0.273 0.187 0.142 0.061 0.027 0.023 0.003 0.025 0.003 0.001 39 S 0.232 0.164 0.332 0.114 0.045 0.041 0.024 0.010 0.031 0.005 0.003 40 I 0.123 0.447 0.235 0.032 0.070 0.031 0.014 0.002 0.044 0.002 0.001 41 E 0.294 0.100 0.472 0.058 0.006 0.049 0.005 0.002 0.007 0.002 0.005 42 F 0.162 0.308 0.270 0.111 0.079 0.039 0.011 0.005 0.010 0.004 0.001 43 N 0.044 0.118 0.427 0.003 0.045 0.153 0.003 0.001 0.199 0.006 0.001 44 P 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 F 0.964 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.917 0.001 0.001 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 I 0.849 0.004 0.006 0.135 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.746 0.063 0.091 0.056 0.005 0.012 0.009 0.002 0.016 0.001 0.001 52 D 0.887 0.003 0.051 0.043 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.431 0.019 0.011 0.494 0.007 0.008 0.017 0.008 0.005 0.001 0.001 54 V 0.276 0.215 0.349 0.059 0.022 0.040 0.013 0.002 0.022 0.002 0.001 55 D 0.241 0.033 0.399 0.056 0.005 0.221 0.015 0.004 0.020 0.005 0.002 56 W 0.969 0.005 0.011 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 57 P 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 T 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.935 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.220 0.004 0.018 0.753 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 G 0.039 0.001 0.010 0.016 0.003 0.003 0.398 0.428 0.003 0.097 0.001 68 N 0.156 0.117 0.275 0.157 0.030 0.152 0.066 0.006 0.037 0.006 0.001 69 N 0.243 0.136 0.143 0.312 0.041 0.047 0.052 0.007 0.018 0.001 0.001 70 A 0.143 0.167 0.201 0.276 0.044 0.065 0.061 0.004 0.037 0.001 0.001 71 L 0.025 0.359 0.458 0.002 0.012 0.022 0.005 0.001 0.115 0.001 0.001 72 P 0.011 0.004 0.966 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 73 P 0.317 0.005 0.597 0.020 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 74 T 0.234 0.218 0.246 0.145 0.063 0.042 0.016 0.009 0.024 0.002 0.001 75 K 0.039 0.198 0.500 0.006 0.038 0.020 0.020 0.001 0.172 0.006 0.001 76 P 0.229 0.004 0.640 0.022 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 77 S 0.196 0.114 0.258 0.275 0.030 0.082 0.015 0.010 0.019 0.002 0.001 78 F 0.016 0.360 0.397 0.003 0.041 0.019 0.006 0.001 0.156 0.002 0.001 79 P 0.265 0.008 0.652 0.026 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 80 S 0.545 0.058 0.190 0.085 0.041 0.016 0.018 0.026 0.008 0.014 0.001 81 S 0.487 0.069 0.190 0.142 0.031 0.043 0.011 0.005 0.017 0.003 0.001 82 I 0.641 0.065 0.079 0.171 0.009 0.016 0.005 0.003 0.009 0.001 0.001 83 Q 0.632 0.108 0.155 0.056 0.017 0.012 0.005 0.001 0.010 0.003 0.001 84 E 0.538 0.053 0.148 0.148 0.026 0.035 0.022 0.007 0.020 0.001 0.001 85 L 0.444 0.081 0.247 0.153 0.008 0.037 0.009 0.003 0.017 0.001 0.001 86 T 0.400 0.182 0.161 0.148 0.033 0.031 0.011 0.004 0.025 0.006 0.001 87 D 0.474 0.060 0.122 0.173 0.032 0.036 0.055 0.007 0.024 0.017 0.001 88 D 0.370 0.043 0.133 0.286 0.022 0.062 0.053 0.010 0.017 0.003 0.001 89 D 0.314 0.038 0.124 0.252 0.014 0.143 0.023 0.003 0.084 0.003 0.001 90 M 0.958 0.002 0.007 0.026 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.971 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 92 I 0.985 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 T 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.986 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.969 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.920 0.005 0.011 0.057 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Q 0.803 0.019 0.031 0.112 0.005 0.010 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 103 T 0.626 0.146 0.089 0.098 0.013 0.011 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 104 S 0.434 0.185 0.186 0.062 0.020 0.073 0.017 0.003 0.019 0.002 0.001 105 I 0.246 0.507 0.140 0.030 0.025 0.027 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 106 A 0.531 0.213 0.087 0.096 0.029 0.024 0.003 0.001 0.014 0.002 0.001 107 E 0.089 0.456 0.175 0.122 0.071 0.022 0.014 0.001 0.048 0.001 0.001 108 G 0.018 0.034 0.048 0.015 0.291 0.002 0.057 0.236 0.004 0.293 0.001 109 E 0.048 0.451 0.331 0.026 0.099 0.025 0.004 0.001 0.010 0.002 0.002 110 M 0.018 0.501 0.300 0.017 0.072 0.049 0.008 0.002 0.031 0.002 0.001 111 K 0.021 0.679 0.196 0.019 0.047 0.023 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 112 C 0.023 0.282 0.451 0.006 0.102 0.045 0.005 0.001 0.081 0.004 0.001 113 R 0.820 0.008 0.089 0.043 0.006 0.005 0.004 0.007 0.001 0.015 0.002 114 N 0.541 0.039 0.042 0.273 0.011 0.019 0.039 0.014 0.020 0.002 0.001 115 C 0.225 0.087 0.190 0.430 0.033 0.007 0.008 0.004 0.011 0.006 0.001 116 G 0.055 0.007 0.037 0.033 0.032 0.003 0.203 0.544 0.004 0.082 0.001 117 H 0.052 0.354 0.473 0.033 0.043 0.029 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 118 I 0.040 0.523 0.360 0.012 0.012 0.030 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 119 Y 0.024 0.743 0.121 0.006 0.059 0.016 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 120 Y 0.024 0.413 0.454 0.003 0.008 0.071 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 121 I 0.104 0.391 0.344 0.028 0.023 0.070 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 122 K 0.334 0.328 0.176 0.056 0.030 0.031 0.010 0.003 0.024 0.007 0.001 123 N 0.093 0.071 0.112 0.220 0.056 0.027 0.357 0.012 0.046 0.005 0.001 124 G 0.045 0.017 0.089 0.026 0.083 0.004 0.060 0.465 0.002 0.209 0.001 125 I 0.033 0.315 0.347 0.004 0.019 0.029 0.010 0.001 0.242 0.001 0.001 126 P 0.241 0.004 0.684 0.012 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 127 N 0.260 0.060 0.115 0.201 0.021 0.139 0.144 0.025 0.033 0.001 0.001 128 L 0.207 0.280 0.188 0.203 0.061 0.021 0.018 0.003 0.018 0.001 0.001 129 L 0.094 0.206 0.559 0.046 0.034 0.025 0.012 0.002 0.019 0.002 0.001 130 L 0.025 0.108 0.800 0.001 0.007 0.019 0.002 0.001 0.035 0.002 0.001 131 P 0.025 0.002 0.941 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 132 P 0.775 0.001 0.166 0.022 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 133 H 0.449 0.038 0.070 0.310 0.018 0.023 0.054 0.026 0.009 0.001 0.001 134 L 0.375 0.097 0.152 0.284 0.010 0.046 0.014 0.002 0.019 0.001 0.001 135 V 0.203 0.334 0.250 0.069 0.054 0.034 0.014 0.005 0.031 0.007 0.001