# TARGET T0319 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.0135 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.217 0.062 0.010 0.216 0.007 0.019 0.231 0.083 0.050 0.030 2 K 0.064 0.254 0.063 0.006 0.205 0.008 0.024 0.287 0.057 0.018 0.016 3 F 0.092 0.053 0.018 0.006 0.121 0.006 0.028 0.520 0.095 0.024 0.036 4 L 0.049 0.059 0.017 0.009 0.090 0.008 0.031 0.575 0.114 0.031 0.018 5 T 0.029 0.049 0.012 0.008 0.049 0.007 0.020 0.664 0.120 0.031 0.011 6 T 0.007 0.012 0.005 0.007 0.014 0.012 0.035 0.731 0.161 0.013 0.003 7 N 0.012 0.019 0.009 0.005 0.022 0.009 0.047 0.725 0.120 0.027 0.006 8 F 0.014 0.009 0.002 0.003 0.016 0.007 0.033 0.715 0.125 0.068 0.007 9 L 0.025 0.039 0.008 0.004 0.039 0.011 0.043 0.630 0.127 0.056 0.018 10 K 0.067 0.041 0.010 0.005 0.084 0.015 0.069 0.287 0.111 0.243 0.068 11 C 0.079 0.313 0.142 0.009 0.286 0.003 0.011 0.078 0.032 0.028 0.020 12 S 0.045 0.083 0.032 0.007 0.061 0.007 0.031 0.409 0.195 0.101 0.027 13 V 0.089 0.102 0.024 0.013 0.135 0.019 0.071 0.249 0.169 0.094 0.036 14 K 0.029 0.116 0.049 0.041 0.083 0.074 0.146 0.269 0.123 0.051 0.020 15 A 0.173 0.090 0.043 0.009 0.190 0.010 0.027 0.121 0.068 0.177 0.092 16 C 0.231 0.149 0.030 0.011 0.307 0.011 0.011 0.058 0.050 0.068 0.074 17 D 0.108 0.149 0.092 0.042 0.225 0.036 0.050 0.105 0.070 0.070 0.053 18 T 0.151 0.115 0.058 0.026 0.142 0.017 0.030 0.081 0.088 0.177 0.115 19 S 0.082 0.172 0.104 0.087 0.147 0.047 0.049 0.092 0.092 0.085 0.042 20 N 0.026 0.059 0.047 0.086 0.040 0.093 0.113 0.178 0.177 0.156 0.024 21 D 0.034 0.092 0.114 0.098 0.056 0.043 0.077 0.102 0.106 0.233 0.045 22 N 0.091 0.131 0.104 0.060 0.111 0.029 0.036 0.049 0.069 0.221 0.100 23 F 0.081 0.386 0.198 0.015 0.239 0.006 0.005 0.011 0.010 0.021 0.027 24 P 0.191 0.260 0.064 0.005 0.405 0.003 0.008 0.013 0.009 0.013 0.029 25 L 0.238 0.159 0.030 0.003 0.512 0.004 0.003 0.005 0.003 0.007 0.034 26 Q 0.219 0.136 0.021 0.001 0.584 0.001 0.002 0.005 0.002 0.008 0.021 27 Y 0.300 0.135 0.049 0.013 0.374 0.011 0.008 0.011 0.004 0.015 0.082 28 D 0.245 0.140 0.053 0.015 0.334 0.007 0.015 0.014 0.008 0.053 0.117 29 G 0.134 0.129 0.070 0.036 0.174 0.017 0.011 0.070 0.114 0.155 0.091 30 S 0.012 0.099 0.063 0.035 0.051 0.055 0.103 0.333 0.175 0.068 0.007 31 K 0.215 0.102 0.031 0.008 0.196 0.008 0.026 0.122 0.071 0.133 0.087 32 C 0.213 0.147 0.028 0.008 0.386 0.006 0.008 0.051 0.037 0.047 0.068 33 Q 0.139 0.242 0.046 0.004 0.425 0.005 0.013 0.070 0.025 0.011 0.020 34 L 0.356 0.119 0.023 0.004 0.307 0.005 0.019 0.088 0.017 0.012 0.048 35 V 0.119 0.133 0.045 0.050 0.177 0.063 0.062 0.206 0.065 0.045 0.035 36 Q 0.093 0.179 0.060 0.031 0.187 0.029 0.049 0.250 0.057 0.040 0.027 37 D 0.107 0.093 0.032 0.025 0.139 0.028 0.041 0.225 0.100 0.145 0.065 38 E 0.046 0.248 0.129 0.030 0.135 0.015 0.027 0.193 0.096 0.061 0.020 39 S 0.135 0.069 0.026 0.008 0.139 0.007 0.030 0.263 0.141 0.115 0.068 40 I 0.086 0.121 0.034 0.010 0.165 0.012 0.031 0.265 0.168 0.071 0.037 41 E 0.104 0.087 0.016 0.003 0.182 0.012 0.089 0.354 0.069 0.052 0.032 42 F 0.055 0.127 0.112 0.040 0.099 0.086 0.086 0.068 0.054 0.206 0.067 43 N 0.439 0.029 0.007 0.001 0.418 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.095 44 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.508 0.472 0.012 0.001 45 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.856 0.120 0.007 0.001 46 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.860 0.099 0.031 0.001 47 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.813 0.149 0.025 0.002 48 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.801 0.171 0.003 0.001 49 N 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.044 0.811 0.106 0.025 0.002 50 I 0.001 0.004 0.003 0.004 0.002 0.009 0.066 0.527 0.239 0.143 0.003 51 V 0.034 0.104 0.027 0.004 0.052 0.003 0.015 0.421 0.267 0.052 0.020 52 D 0.001 0.009 0.007 0.008 0.003 0.039 0.173 0.536 0.204 0.020 0.001 53 R 0.014 0.024 0.009 0.001 0.021 0.003 0.030 0.183 0.161 0.523 0.030 54 V 0.108 0.307 0.060 0.005 0.312 0.007 0.012 0.022 0.020 0.070 0.077 55 D 0.211 0.187 0.062 0.002 0.408 0.001 0.001 0.004 0.002 0.042 0.081 56 W 0.003 0.008 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.661 0.304 0.008 0.003 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.066 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.056 0.006 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.031 0.002 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.026 0.001 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.013 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.031 0.003 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.045 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.867 0.115 0.003 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.082 0.832 0.068 0.013 0.001 66 L 0.006 0.707 0.198 0.004 0.062 0.001 0.002 0.009 0.003 0.006 0.002 67 G 0.081 0.020 0.020 0.023 0.030 0.016 0.009 0.022 0.024 0.365 0.390 68 N 0.159 0.079 0.027 0.010 0.221 0.008 0.019 0.068 0.117 0.187 0.105 69 N 0.026 0.059 0.025 0.015 0.079 0.012 0.030 0.209 0.335 0.177 0.032 70 A 0.078 0.103 0.050 0.008 0.114 0.013 0.105 0.111 0.123 0.256 0.040 71 L 0.031 0.486 0.272 0.010 0.118 0.002 0.014 0.033 0.015 0.009 0.009 72 P 0.012 0.462 0.334 0.023 0.094 0.009 0.009 0.028 0.018 0.007 0.005 73 P 0.048 0.115 0.038 0.008 0.096 0.026 0.102 0.259 0.237 0.052 0.018 74 T 0.082 0.152 0.135 0.018 0.150 0.013 0.052 0.087 0.072 0.167 0.071 75 K 0.095 0.340 0.167 0.013 0.284 0.005 0.017 0.022 0.012 0.018 0.027 76 P 0.071 0.283 0.123 0.018 0.212 0.017 0.036 0.078 0.078 0.055 0.028 77 S 0.085 0.158 0.121 0.019 0.146 0.019 0.050 0.099 0.103 0.145 0.055 78 F 0.050 0.406 0.227 0.014 0.166 0.006 0.017 0.047 0.023 0.024 0.021 79 P 0.068 0.261 0.105 0.016 0.203 0.012 0.021 0.123 0.102 0.054 0.034 80 S 0.025 0.090 0.044 0.011 0.059 0.022 0.049 0.349 0.279 0.059 0.013 81 S 0.087 0.093 0.040 0.005 0.113 0.005 0.020 0.263 0.117 0.199 0.056 82 I 0.083 0.052 0.014 0.006 0.086 0.007 0.017 0.333 0.221 0.139 0.041 83 Q 0.019 0.075 0.027 0.020 0.058 0.043 0.071 0.477 0.164 0.035 0.010 84 E 0.110 0.085 0.050 0.006 0.148 0.005 0.020 0.268 0.109 0.145 0.053 85 L 0.076 0.070 0.027 0.009 0.090 0.012 0.033 0.402 0.143 0.101 0.036 86 T 0.032 0.178 0.108 0.030 0.087 0.020 0.032 0.293 0.089 0.105 0.026 87 D 0.039 0.092 0.057 0.027 0.080 0.029 0.044 0.422 0.107 0.075 0.028 88 D 0.012 0.039 0.029 0.009 0.023 0.013 0.029 0.529 0.161 0.134 0.022 89 D 0.057 0.086 0.031 0.005 0.098 0.003 0.008 0.408 0.067 0.191 0.045 90 M 0.004 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.782 0.154 0.035 0.005 91 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.947 0.037 0.002 0.001 92 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.029 0.007 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.048 0.002 0.001 94 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.001 0.001 95 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.024 0.003 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.038 0.002 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.069 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.944 0.050 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.935 0.051 0.005 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.884 0.090 0.008 0.001 101 L 0.003 0.012 0.002 0.001 0.006 0.006 0.039 0.790 0.119 0.019 0.002 102 Q 0.023 0.008 0.002 0.001 0.020 0.006 0.067 0.653 0.139 0.069 0.012 103 T 0.064 0.255 0.038 0.006 0.240 0.005 0.016 0.223 0.091 0.046 0.017 104 S 0.188 0.104 0.017 0.003 0.275 0.005 0.031 0.234 0.070 0.040 0.034 105 I 0.302 0.066 0.011 0.010 0.220 0.018 0.046 0.171 0.056 0.036 0.063 106 A 0.103 0.123 0.065 0.072 0.189 0.087 0.108 0.133 0.039 0.050 0.030 107 E 0.106 0.124 0.054 0.120 0.135 0.066 0.093 0.079 0.046 0.122 0.056 108 G 0.078 0.194 0.157 0.126 0.166 0.051 0.019 0.045 0.035 0.085 0.042 109 E 0.250 0.104 0.015 0.003 0.491 0.006 0.011 0.029 0.017 0.029 0.045 110 M 0.280 0.107 0.012 0.001 0.521 0.001 0.001 0.007 0.003 0.012 0.055 111 K 0.100 0.363 0.053 0.002 0.437 0.001 0.002 0.005 0.003 0.012 0.023 112 C 0.115 0.207 0.088 0.007 0.555 0.001 0.001 0.009 0.003 0.004 0.010 113 R 0.003 0.010 0.024 0.005 0.002 0.007 0.053 0.715 0.176 0.003 0.001 114 N 0.007 0.024 0.039 0.017 0.009 0.049 0.343 0.360 0.077 0.067 0.009 115 C 0.006 0.757 0.109 0.015 0.103 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 116 G 0.034 0.005 0.008 0.013 0.005 0.014 0.004 0.008 0.029 0.460 0.419 117 H 0.036 0.472 0.115 0.009 0.301 0.005 0.008 0.022 0.014 0.013 0.006 118 I 0.402 0.052 0.008 0.001 0.425 0.002 0.003 0.009 0.015 0.028 0.056 119 Y 0.071 0.393 0.100 0.006 0.398 0.003 0.004 0.009 0.004 0.002 0.011 120 Y 0.295 0.151 0.014 0.001 0.469 0.001 0.002 0.008 0.002 0.008 0.050 121 I 0.358 0.094 0.052 0.031 0.267 0.022 0.013 0.023 0.008 0.020 0.110 122 K 0.023 0.039 0.042 0.167 0.042 0.231 0.222 0.153 0.047 0.023 0.011 123 N 0.012 0.122 0.211 0.262 0.032 0.053 0.072 0.062 0.048 0.105 0.020 124 G 0.038 0.056 0.093 0.147 0.036 0.034 0.030 0.050 0.056 0.368 0.091 125 I 0.036 0.403 0.210 0.021 0.150 0.012 0.020 0.064 0.048 0.021 0.015 126 P 0.059 0.299 0.106 0.025 0.189 0.025 0.043 0.107 0.086 0.034 0.027 127 N 0.053 0.068 0.040 0.032 0.085 0.048 0.107 0.185 0.221 0.120 0.040 128 L 0.080 0.092 0.045 0.013 0.149 0.017 0.080 0.123 0.136 0.202 0.063 129 L 0.138 0.231 0.135 0.010 0.217 0.007 0.031 0.047 0.038 0.085 0.062 130 L 0.020 0.420 0.378 0.024 0.093 0.006 0.021 0.017 0.008 0.007 0.007 131 P 0.018 0.526 0.277 0.015 0.105 0.003 0.004 0.021 0.018 0.006 0.007 132 P 0.008 0.030 0.012 0.005 0.018 0.028 0.080 0.328 0.458 0.027 0.005 133 H 0.018 0.022 0.011 0.006 0.025 0.007 0.035 0.192 0.223 0.416 0.045 134 L 0.131 0.080 0.020 0.007 0.144 0.012 0.050 0.162 0.129 0.193 0.072 135 V 0.071 0.199 0.087 0.021 0.169 0.019 0.036 0.182 0.100 0.078 0.038