# TARGET T0319 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0319.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.8416 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.007 0.771 0.006 0.010 0.052 0.002 0.001 0.010 0.069 0.018 0.033 0.019 2 K 0.020 0.022 0.449 0.004 0.013 0.148 0.014 0.014 0.060 0.081 0.017 0.042 0.116 3 F 0.069 0.027 0.186 0.007 0.014 0.263 0.040 0.056 0.086 0.047 0.018 0.072 0.114 4 L 0.091 0.015 0.101 0.010 0.017 0.421 0.049 0.034 0.059 0.033 0.026 0.066 0.078 5 T 0.069 0.006 0.122 0.015 0.017 0.477 0.031 0.025 0.044 0.035 0.030 0.044 0.085 6 T 0.031 0.003 0.089 0.010 0.020 0.672 0.007 0.009 0.014 0.045 0.050 0.026 0.024 7 N 0.015 0.005 0.093 0.004 0.025 0.680 0.003 0.002 0.012 0.056 0.068 0.018 0.018 8 F 0.011 0.007 0.086 0.004 0.037 0.728 0.002 0.001 0.006 0.027 0.060 0.005 0.027 9 L 0.021 0.009 0.050 0.006 0.044 0.716 0.004 0.004 0.007 0.023 0.083 0.016 0.017 10 K 0.044 0.008 0.047 0.004 0.043 0.623 0.008 0.004 0.007 0.032 0.127 0.022 0.030 11 C 0.018 0.008 0.138 0.004 0.030 0.479 0.003 0.002 0.008 0.093 0.162 0.020 0.034 12 S 0.012 0.010 0.259 0.006 0.042 0.226 0.001 0.001 0.005 0.112 0.271 0.023 0.031 13 V 0.021 0.021 0.198 0.006 0.082 0.211 0.003 0.002 0.011 0.127 0.200 0.018 0.101 14 K 0.020 0.019 0.151 0.021 0.085 0.170 0.003 0.002 0.014 0.145 0.202 0.133 0.036 15 A 0.028 0.019 0.254 0.013 0.072 0.101 0.004 0.002 0.015 0.115 0.201 0.032 0.144 16 C 0.020 0.043 0.424 0.028 0.030 0.059 0.006 0.002 0.023 0.117 0.080 0.049 0.120 17 D 0.018 0.037 0.326 0.017 0.029 0.041 0.004 0.003 0.019 0.138 0.167 0.139 0.061 18 T 0.017 0.039 0.244 0.008 0.031 0.031 0.005 0.003 0.018 0.246 0.195 0.021 0.142 19 S 0.016 0.039 0.301 0.009 0.034 0.018 0.003 0.002 0.008 0.232 0.192 0.097 0.050 20 N 0.004 0.013 0.225 0.005 0.035 0.011 0.001 0.001 0.003 0.356 0.282 0.019 0.046 21 D 0.003 0.008 0.175 0.009 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.344 0.375 0.026 0.022 22 N 0.009 0.026 0.280 0.016 0.021 0.004 0.002 0.001 0.002 0.337 0.218 0.013 0.072 23 F 0.014 0.040 0.326 0.007 0.013 0.005 0.002 0.001 0.005 0.312 0.038 0.198 0.039 24 P 0.020 0.011 0.464 0.047 0.015 0.006 0.003 0.001 0.005 0.097 0.047 0.012 0.274 25 L 0.199 0.009 0.232 0.045 0.012 0.007 0.020 0.001 0.013 0.063 0.031 0.273 0.095 26 Q 0.371 0.014 0.059 0.002 0.003 0.004 0.044 0.001 0.011 0.012 0.006 0.136 0.336 27 Y 0.407 0.007 0.093 0.005 0.002 0.004 0.034 0.002 0.006 0.012 0.005 0.175 0.250 28 D 0.198 0.011 0.189 0.014 0.003 0.005 0.012 0.001 0.006 0.022 0.009 0.305 0.225 29 G 0.119 0.003 0.099 0.018 0.053 0.040 0.008 0.001 0.003 0.088 0.125 0.050 0.393 30 S 0.089 0.002 0.123 0.166 0.058 0.049 0.006 0.001 0.005 0.105 0.137 0.186 0.074 31 K 0.085 0.006 0.148 0.008 0.083 0.087 0.011 0.001 0.014 0.054 0.048 0.149 0.306 32 C 0.101 0.009 0.111 0.040 0.023 0.075 0.014 0.001 0.014 0.027 0.012 0.036 0.538 33 Q 0.077 0.003 0.067 0.035 0.006 0.035 0.013 0.001 0.015 0.011 0.004 0.687 0.046 34 L 0.059 0.006 0.053 0.004 0.006 0.038 0.014 0.001 0.018 0.008 0.004 0.021 0.768 35 V 0.071 0.008 0.208 0.190 0.011 0.050 0.021 0.001 0.015 0.021 0.017 0.245 0.142 36 Q 0.062 0.016 0.207 0.031 0.021 0.046 0.014 0.001 0.021 0.064 0.048 0.158 0.311 37 D 0.014 0.006 0.237 0.055 0.059 0.068 0.004 0.001 0.013 0.202 0.160 0.036 0.144 38 E 0.005 0.003 0.312 0.026 0.046 0.044 0.002 0.001 0.011 0.250 0.161 0.107 0.032 39 S 0.008 0.012 0.491 0.007 0.025 0.043 0.004 0.001 0.031 0.109 0.062 0.015 0.191 40 I 0.017 0.022 0.393 0.002 0.012 0.027 0.007 0.001 0.055 0.079 0.021 0.265 0.099 41 E 0.013 0.047 0.492 0.003 0.006 0.019 0.007 0.001 0.048 0.044 0.020 0.033 0.268 42 F 0.005 0.072 0.631 0.002 0.005 0.027 0.003 0.001 0.018 0.112 0.026 0.060 0.039 43 N 0.001 0.004 0.859 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.086 0.003 0.003 0.031 44 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.043 0.898 0.001 0.001 0.001 0.008 0.042 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.050 0.909 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.001 0.001 46 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.078 0.896 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.040 0.934 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.002 48 L 0.002 0.001 0.006 0.002 0.090 0.838 0.001 0.001 0.003 0.005 0.046 0.002 0.003 49 N 0.001 0.002 0.007 0.001 0.071 0.765 0.001 0.001 0.003 0.019 0.124 0.001 0.003 50 I 0.001 0.003 0.030 0.001 0.086 0.705 0.001 0.001 0.005 0.013 0.149 0.001 0.005 51 V 0.001 0.017 0.214 0.004 0.081 0.424 0.001 0.002 0.013 0.141 0.090 0.006 0.006 52 D 0.001 0.002 0.184 0.007 0.173 0.321 0.001 0.001 0.006 0.112 0.182 0.003 0.009 53 R 0.001 0.002 0.122 0.001 0.285 0.273 0.001 0.001 0.006 0.061 0.239 0.002 0.008 54 V 0.001 0.038 0.366 0.001 0.048 0.201 0.001 0.001 0.019 0.197 0.112 0.010 0.010 55 D 0.001 0.012 0.571 0.001 0.012 0.276 0.001 0.001 0.006 0.076 0.034 0.001 0.012 56 W 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.001 0.001 66 L 0.001 0.001 0.023 0.001 0.008 0.385 0.001 0.001 0.001 0.057 0.526 0.001 0.001 67 G 0.001 0.004 0.136 0.001 0.020 0.016 0.001 0.001 0.001 0.024 0.798 0.001 0.001 68 N 0.001 0.015 0.564 0.001 0.165 0.032 0.001 0.001 0.002 0.114 0.097 0.001 0.010 69 N 0.001 0.017 0.226 0.003 0.212 0.049 0.001 0.001 0.012 0.188 0.269 0.015 0.008 70 A 0.001 0.037 0.284 0.002 0.163 0.049 0.001 0.001 0.010 0.188 0.236 0.004 0.025 71 L 0.001 0.040 0.668 0.002 0.007 0.008 0.001 0.001 0.011 0.223 0.014 0.017 0.009 72 P 0.001 0.008 0.881 0.004 0.011 0.002 0.001 0.001 0.003 0.056 0.029 0.001 0.006 73 P 0.001 0.015 0.320 0.001 0.074 0.009 0.001 0.001 0.003 0.202 0.366 0.003 0.006 74 T 0.001 0.048 0.326 0.001 0.090 0.010 0.001 0.001 0.004 0.226 0.282 0.003 0.008 75 K 0.001 0.016 0.568 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.370 0.017 0.008 0.004 76 P 0.001 0.015 0.701 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.111 0.142 0.001 0.013 77 S 0.001 0.040 0.576 0.001 0.018 0.006 0.001 0.001 0.002 0.184 0.159 0.009 0.005 78 F 0.001 0.030 0.615 0.001 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.285 0.035 0.007 0.007 79 P 0.001 0.010 0.537 0.002 0.051 0.053 0.001 0.001 0.001 0.155 0.182 0.002 0.009 80 S 0.002 0.018 0.253 0.004 0.109 0.080 0.001 0.001 0.002 0.212 0.300 0.012 0.009 81 S 0.004 0.044 0.454 0.007 0.121 0.077 0.001 0.001 0.005 0.121 0.103 0.019 0.045 82 I 0.010 0.042 0.329 0.007 0.192 0.152 0.002 0.001 0.009 0.066 0.060 0.022 0.108 83 Q 0.016 0.018 0.247 0.024 0.155 0.181 0.002 0.001 0.012 0.111 0.082 0.101 0.048 84 E 0.010 0.020 0.311 0.007 0.114 0.228 0.003 0.001 0.017 0.073 0.076 0.024 0.116 85 L 0.006 0.057 0.399 0.005 0.051 0.197 0.002 0.001 0.012 0.099 0.095 0.023 0.054 86 T 0.002 0.017 0.502 0.002 0.018 0.156 0.001 0.001 0.008 0.115 0.134 0.011 0.032 87 D 0.001 0.005 0.167 0.001 0.031 0.309 0.001 0.001 0.001 0.147 0.327 0.005 0.005 88 D 0.001 0.003 0.127 0.001 0.033 0.274 0.001 0.001 0.001 0.146 0.412 0.001 0.002 89 D 0.001 0.003 0.161 0.001 0.025 0.543 0.001 0.001 0.001 0.129 0.131 0.002 0.004 90 M 0.001 0.001 0.027 0.001 0.007 0.926 0.001 0.001 0.001 0.018 0.020 0.001 0.001 91 A 0.001 0.002 0.012 0.001 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 94 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 95 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 97 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 0.001 0.001 101 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.804 0.001 0.001 0.001 0.012 0.165 0.001 0.001 102 Q 0.001 0.001 0.046 0.001 0.013 0.588 0.001 0.001 0.001 0.066 0.278 0.001 0.005 103 T 0.008 0.004 0.290 0.007 0.020 0.300 0.002 0.001 0.005 0.170 0.151 0.012 0.031 104 S 0.044 0.026 0.301 0.003 0.021 0.167 0.007 0.001 0.017 0.064 0.068 0.152 0.130 105 I 0.119 0.012 0.107 0.008 0.022 0.088 0.024 0.003 0.021 0.034 0.057 0.039 0.467 106 A 0.272 0.004 0.067 0.090 0.009 0.018 0.025 0.002 0.013 0.026 0.035 0.374 0.065 107 E 0.227 0.003 0.085 0.049 0.005 0.007 0.010 0.001 0.007 0.063 0.067 0.093 0.383 108 G 0.248 0.001 0.109 0.023 0.004 0.002 0.007 0.001 0.006 0.068 0.048 0.352 0.133 109 E 0.363 0.002 0.056 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 0.011 0.004 0.048 0.483 110 M 0.321 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.012 0.003 0.001 0.552 0.078 111 K 0.426 0.014 0.045 0.005 0.001 0.001 0.029 0.001 0.007 0.005 0.001 0.043 0.423 112 C 0.119 0.094 0.193 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.018 0.004 0.159 0.393 113 R 0.002 0.001 0.029 0.003 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.055 0.864 0.003 0.008 114 N 0.002 0.001 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.901 0.003 0.004 115 C 0.004 0.005 0.064 0.009 0.040 0.009 0.001 0.001 0.001 0.115 0.724 0.021 0.009 116 G 0.003 0.003 0.345 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.299 0.300 0.009 0.014 117 H 0.039 0.022 0.532 0.010 0.001 0.002 0.010 0.001 0.004 0.123 0.020 0.104 0.133 118 I 0.085 0.061 0.069 0.006 0.001 0.001 0.031 0.001 0.006 0.010 0.001 0.011 0.719 119 Y 0.082 0.003 0.052 0.012 0.001 0.002 0.020 0.002 0.012 0.007 0.001 0.794 0.014 120 Y 0.075 0.014 0.118 0.002 0.004 0.005 0.027 0.003 0.046 0.010 0.003 0.019 0.675 121 I 0.124 0.028 0.283 0.054 0.045 0.031 0.024 0.008 0.040 0.016 0.036 0.189 0.123 122 K 0.068 0.016 0.221 0.020 0.103 0.035 0.014 0.007 0.025 0.087 0.148 0.088 0.168 123 N 0.008 0.005 0.135 0.017 0.059 0.016 0.002 0.004 0.007 0.204 0.476 0.034 0.031 124 G 0.009 0.020 0.276 0.020 0.027 0.009 0.002 0.001 0.005 0.254 0.319 0.013 0.046 125 I 0.004 0.054 0.437 0.004 0.013 0.013 0.001 0.001 0.007 0.300 0.025 0.107 0.034 126 P 0.003 0.057 0.392 0.007 0.127 0.069 0.001 0.001 0.007 0.079 0.143 0.008 0.103 127 N 0.010 0.019 0.197 0.018 0.314 0.088 0.002 0.002 0.005 0.110 0.191 0.026 0.017 128 L 0.008 0.026 0.200 0.003 0.272 0.079 0.003 0.001 0.007 0.115 0.231 0.008 0.045 129 L 0.006 0.028 0.410 0.003 0.106 0.043 0.003 0.001 0.007 0.198 0.147 0.020 0.026 130 L 0.001 0.025 0.589 0.003 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 0.314 0.020 0.018 0.014 131 P 0.001 0.012 0.838 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.113 0.010 0.003 0.012 132 P 0.001 0.006 0.130 0.001 0.473 0.051 0.001 0.001 0.001 0.065 0.269 0.001 0.004 133 H 0.001 0.007 0.101 0.001 0.415 0.046 0.001 0.001 0.001 0.124 0.298 0.003 0.003 134 L 0.001 0.013 0.331 0.002 0.315 0.072 0.001 0.001 0.003 0.080 0.170 0.003 0.009 135 V 0.001 0.009 0.930 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.031 0.005 0.002 0.008